View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1172_low_54 (Length: 417)

Name: NF1172_low_54
Description: NF1172
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1172_low_54
NF1172_low_54
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (142-410)||(10941897-10942161)
chr2 (142-410)||(10947766-10948030)
chr2 (29-147)||(10937744-10937861)
chr2 (162-380)||(20054167-20054380)
chr2 (162-380)||(22716640-22716853)
chr2 (165-392)||(28456913-28457135)
chr2 (162-380)||(2736766-2736979)
chr2 (194-380)||(39680607-39680788)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (162-380)||(25351913-25352126)
chr7 (162-380)||(44016072-44016285)
chr7 (162-380)||(7070356-7070569)
chr7 (162-380)||(25405975-25406188)
chr7 (162-380)||(3324194-3324407)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (162-380)||(25942230-25942443)
chr6 (162-380)||(17694258-17694471)
chr6 (162-380)||(13879300-13879513)
chr6 (162-386)||(5165250-5165469)
chr6 (295-392)||(22351389-22351486)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (162-380)||(2400631-2400844)
chr1 (162-380)||(9522286-9522499)
chr1 (162-386)||(14997592-14997809)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (194-372)||(54189079-54189252)
chr3 (162-380)||(22625386-22625599)
chr3 (162-380)||(29913362-29913575)
chr3 (165-386)||(47882298-47882514)
chr3 (162-380)||(10612184-10612397)
chr3 (162-380)||(10897566-10897779)
chr3 (197-380)||(16458027-16458205)
chr3 (194-380)||(6303872-6304053)
chr3 (194-380)||(10205130-10205311)
chr3 (194-372)||(10098234-10098407)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (162-386)||(33033196-33033414)
chr8 (195-380)||(28891325-28891505)
chr8 (194-386)||(21034423-21034610)
chr8 (162-380)||(16756667-16756880)
chr8 (162-380)||(28328469-28328682)
chr8 (222-386)||(15945207-15945369)
chr8 (194-280)||(4819678-4819764)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (194-386)||(4558863-4559050)
chr4 (162-380)||(15312879-15313092)
chr4 (214-386)||(16633045-16633212)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (162-380)||(25446048-25446261)
chr5 (162-392)||(31781867-31782093)
chr5 (161-386)||(10627914-10628134)
chr5 (258-386)||(28786954-28787077)
chr5 (162-256)||(28788402-28788496)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (165-386)||(16880-17096)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (326-380)||(16601-16655)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 142 - 410
Target Start/End: Original strand, 10941897 - 10942161
Alignment:
Q  142 gttgtttcaatgaacaatgatcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatag 241  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  10941897 gttgtttcaatgaacaatgatcgtcaaatcatctatgatcttgttaaactatgtcagttgctccattatatattttgactccaccatccagtaaaagtag 10941996  T
Q  242 agttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgc 341  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10941997 agttgttgtttcagacattgtctacgtgccaaagact----ttg-tcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtctcccttgc 10942091  T
Q  342 tacctttctcaacaccttat-ccccaagacactgaatgatggcacttatcgcctcttgtcattcatctca 410  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10942092 tacctttctcaacaccttatcccccaagacattgaatgacggcacttatcacctcttgtcattcatctca 10942161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 142 - 410
Target Start/End: Original strand, 10947766 - 10948030
Alignment:
Q  142 gttgtttcaatgaacaatgatcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatag 241  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  10947766 gttgtttcaatgaacaatgatcgtcaaatcatctatgatcttgttaaactatgtcagttgctccattatatattttgactccaccatccagtaaaagtag 10947865  T
Q  242 agttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgc 341  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10947866 agttgttgtttcagacattgtctacgtgccaaagact----ttg-tcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtctcccttgc 10947960  T
Q  342 tacctttctcaacaccttat-ccccaagacactgaatgatggcacttatcgcctcttgtcattcatctca 410  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10947961 tacctttctcaacaccttatcccccaagacattgaatgacggcacttatcacctcttgtcattcatctca 10948030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 29 - 147
Target Start/End: Original strand, 10937744 - 10937861
Alignment:
Q  29 agtttctaccaaaaagagtgaaataaaggatacttgttttctttttagcagccatgcgatatcaagttgtgttgtaaaggatatctgtgcgtagaaggtg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10937744 agtttctaccaaaaagagtgaaataatg-atacttgttttctttttagcagccatgcgatatcaagttgtgttgtaaaggatatctgtgcgtagaaggtg 10937842  T
Q  129 tcaaagtagagttgttgtt 147  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10937843 tcaaagtagagttgttgtt 10937861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 20054167 - 20054380
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  20054167 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 20054266  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  20054267 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttat 20054361  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  20054362 ccccaagacacagaatgat 20054380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 22716640 - 22716853
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  22716640 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 22716739  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  22716740 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttat 22716834  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  22716835 ccccaagacacagaatgat 22716853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 165 - 392
Target Start/End: Original strand, 28456913 - 28457135
Alignment:
Q  165 ccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtct 264  Q
    |||||||||| || ||||| || || |  |||||||  |||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  28456913 ccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttattccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagaattgttgtttcagacattgtct 28457012  T
Q  265 acgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccc 364  Q
    | ||| ||| ||||||      |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || | || ||||| |||||||||||||||||    
T  28457013 atgtgacaaggacttgg-----tcatgtacaatgaatcaagtttattccacatagaaacaacagtagtctctcatgttacctctctcaacaccttatccc 28457107  T
Q  365 caagacactgaatgatggcacttatcgc 392  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  28457108 caagacacagaatgatggcactgatcgc 28457135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2736979 - 2736766
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  2736979 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagaaattg 2736880  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
     ||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | | ||||||||||||    
T  2736879 cctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctttcaacaccttat 2736785  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  2736784 ccccaagacacagaatgat 2736766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 39680788 - 39680607
Alignment:
Q  194 gtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatata 293  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||      |||| ||    
T  39680788 gtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcaggcactgtctatgtgccaaagacttgg-----tcatgta 39680694  T
Q  294 caatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgat 380  Q
     |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  39680693 taatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccctaagacacagaatgat 39680607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 25352126 - 25351913
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  25352126 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 25352027  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  25352026 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttat 25351932  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  25351931 ccccaagacacagaatgat 25351913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 44016072 - 44016285
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  44016072 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccactattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 44016171  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||| ||||||      |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44016172 tctatgtgccaaggacttgg-----tcatgtacaatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtttcccttgctacctctctcaacaccttat 44016266  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||| ||||||  |||||||    
T  44016267 cccaaagacatagaatgat 44016285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 7070569 - 7070356
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  7070569 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacattg 7070470  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
     ||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  7070469 cctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttat 7070375  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  7070374 ccccaagacacagaatgat 7070356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 25406188 - 25405975
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  25406188 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactg 25406089  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  25406088 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttat 25405994  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  25405993 ccccaagacacagaatgat 25405975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 3324194 - 3324407
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  3324194 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactg 3324293  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||  ||| | |||||||||||| |    
T  3324294 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctccctttatacttctctcaacaccttgt 3324388  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  3324389 ccccaagacacagaatgat 3324407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 25942443 - 25942230
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  25942443 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 25942344  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  25942343 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttat 25942249  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  25942248 ccccaagacacagaatgat 25942230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 17694258 - 17694471
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||     
T  17694258 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcgataaaagtagagttgttgtttcagacattt 17694357  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||     |||||| | || || ||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  17694358 tctatgtgccaaa-----gacttggttatgtataattaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttat 17694452  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  17694453 ccccaagacacagaatgat 17694471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 13879513 - 13879300
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  13879513 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactg 13879414  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  13879413 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttat 13879319  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  13879318 ccccaagacacagaatgat 13879300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 162 - 386
Target Start/End: Original strand, 5165250 - 5165469
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  |||| ||| |||||||||  |||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  5165250 tcgccaaatcatcaataatcttattgaatttcgtcaattgatccattataggttttgattccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcggacattg 5165349  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||| ||||||      |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||| | |||||||    
T  5165350 tctatgtgccaaggacttgg-----tcatgtacaatgaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgaaaccttat 5165444  T
Q  362 ccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||    
T  5165445 ccccaagacaaagaatgatagcact 5165469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 295 - 392
Target Start/End: Original strand, 22351389 - 22351486
Alignment:
Q  295 aatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgatggcacttatcgc 392  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||    
T  22351389 aatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacatagaatgatagcactgatcgc 22351486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 2400631 - 2400844
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || || || || || | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  2400631 tcgccaaatcatcaataattttattgaactctgtcagttgctccattatagattttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 2400730  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||     |||||  |||| ||  ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  2400731 tctatgtgccaaa-----gacttagtcatgtattatgaattaagtttattccatatagacacaacagtagtttcccttgatacttctctcaacaccttat 2400825  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  2400826 ccccaagacacagaatgat 2400844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 9522499 - 9522286
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  9522499 tcgccaaatcatcaataatcttattgaacttcgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcgataaaagtagagttgttgtttcagacactg 9522400  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  9522399 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttat 9522305  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  9522304 ccccaagacacagaatgat 9522286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 162 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 14997809 - 14997592
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  14997809 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatttggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 14997710  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| |||||||      |||||| |||| |||||  |||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  14997709 tctatgtgccaa-----ggacttggtcatgtacaa--aatcaagtctattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctatctcaataccttat 14997617  T
Q  362 ccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
    |||||||||||  ||||||||||||    
T  14997616 ccccaagacacataatgatggcact 14997592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 194 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 54189252 - 54189079
Alignment:
Q  194 gtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatata 293  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||      |||| ||    
T  54189252 gtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttgg-----tcatgta 54189158  T
Q  294 caatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacac 372  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  54189157 taatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtttcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacac 54189079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 22625386 - 22625599
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  22625386 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacactg 22625485  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | | ||||||||||||    
T  22625486 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctatcaacaccttat 22625580  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  22625581 ccccaagacacagaatgat 22625599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 29913362 - 29913575
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29913362 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 29913461  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  29913462 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattcctcatagacacagcagtagactcccttgatacttctctcaacaccttat 29913556  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  29913557 ccccaagacacagaatgat 29913575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 165 - 386
Target Start/End: Original strand, 47882298 - 47882514
Alignment:
Q  165 ccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtct 264  Q
    |||||||||| || ||||| || || |  ||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  47882298 ccaaatcatcaataatcttattgaactccgtctgttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtct 47882397  T
Q  265 acgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccc 364  Q
    | |||| || ||||||      |||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47882398 atgtgctaaggacttgg-----tcatgtacaatgaatcaagtttatttcacatagacacaacagtagtctcccttgctacctctctcaacaccttatccc 47882492  T
Q  365 caagacactgaatgatggcact 386  Q
    ||||||||  |||||| |||||    
T  47882493 caagacacaaaatgatagcact 47882514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 10612184 - 10612397
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  10612184 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatttgataaaagtagagttgttgtttcagacattg 10612283  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  10612284 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtctcccttgatacttttctcaacaccttat 10612378  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    |||||| |||| |||||||    
T  10612379 ccccaaaacacagaatgat 10612397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 10897779 - 10897566
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  10897779 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctcgattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattg 10897680  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
     ||| | ||||||||||||      |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  10897679 cctatgggccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttat 10897585  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  10897584 ccccaagacacagaatgat 10897566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 197 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 16458205 - 16458027
Alignment:
Q  197 agttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaa 296  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||      |||| || ||    
T  16458205 agttgctccattataggttttgactccaccatttggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataa 16458111  T
Q  297 tgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgat 380  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16458110 tgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgat 16458027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 194 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 6304053 - 6303872
Alignment:
Q  194 gtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatata 293  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||      |||| ||    
T  6304053 gtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttgg-----tcatgta 6303959  T
Q  294 caatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgat 380  Q
     |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6303958 taatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgat 6303872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 194 - 380
Target Start/End: Original strand, 10205130 - 10205311
Alignment:
Q  194 gtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatata 293  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||      |||| ||    
T  10205130 gtcagttgctccattataggttttgactccaccatacggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttgg-----tcatgta 10205224  T
Q  294 caatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgat 380  Q
     |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||   | |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10205225 taatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcccctcttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgat 10205311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 372
Target Start/End: Original strand, 10098234 - 10098407
Alignment:
Q  194 gtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatata 293  Q
    |||| |||||||||||||  |||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||      |||| ||    
T  10098234 gtcaattgctccattataggttttgactccaccatacggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttgg-----tcatgta 10098328  T
Q  294 caatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacac 372  Q
     |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||   |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  10098329 taatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagccccccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacac 10098407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 162 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 33033414 - 33033196
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||  |||||||||||| |||||| || |||||||| |||||| ||||    
T  33033414 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataagtttcgactccaccattcggtaaaagta-agttgttgcttcagacattg 33033316  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||| ||||||      |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33033315 tctatgtgccaaggacttgg-----tcatgtacaatgaatcaagtttattccacatagacacagtagtagtctcccttgctacctctctcaacaccttat 33033221  T
Q  362 ccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||    
T  33033220 ccccaagacacagaatgatagcact 33033196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 195 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 28891505 - 28891325
Alignment:
Q  195 tcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatac 294  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||      |||| ||     
T  28891505 tcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtat 28891411  T
Q  295 aatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgat 380  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||| || |||  ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28891410 aatgaatcaagcttattccacatagacacagcattagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgat 28891325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 194 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 21034610 - 21034423
Alignment:
Q  194 gtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatata 293  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||      |||| ||    
T  21034610 gtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagtcattgtctatgtgccaaagacttgg-----tcatgta 21034516  T
Q  294 caatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||    
T  21034515 taatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctcttaacaccttatccccaagccacaaaatgatagcact 21034423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 16756667 - 16756880
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  16756667 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactg 16756766  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  16756767 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttat 16756861  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  16756862 ccccaagacacagaatgat 16756880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 28328682 - 28328469
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||  | ||    
T  28328682 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcaggcactg 28328583  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  28328582 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttat 28328488  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  28328487 ccccaagacacagaatgat 28328469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 222 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 15945369 - 15945207
Alignment:
Q  222 ccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagac 321  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||      |||||| |||| ||| |||||||  |||||||||| ||||||    
T  15945369 ccaccattcagtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaa-----ggacttggtcatgtacgatgaatcatgtttattccacatagac 15945275  T
Q  322 ac---atcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
    ||   |  |||||| ||||||| ||||| || |||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  15945274 acagtagtagtagtctcccttgatacctctcccaactccttatctccaagacacaaaatgatggcact 15945207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 280
Target Start/End: Original strand, 4819678 - 4819764
Alignment:
Q  194 gtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttg 280  Q
    |||| |||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  4819678 gtcatttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttg 4819764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 194 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 4559050 - 4558863
Alignment:
Q  194 gtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatata 293  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||  |||||      |||| ||    
T  4559050 gtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtaccaagtacttgg-----tcatgta 4558956  T
Q  294 caatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  4558955 caatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtctcccttcctacctctctccacaccttatccccaagacacagaatgatagcact 4558863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 15313092 - 15312879
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  || |||||||||||||||  |||| |||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  15313092 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtaagttgctccattataggttttgactccatcattcgataaaagtagagttgttgtttcagacattg 15312993  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| ||||||||||||||      |||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | |||||||| |||||    
T  15312992 tctatgtgccaaagacttgg-----tcatgtataataaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacatcttat 15312898  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    | ||||||||| |||||||    
T  15312897 ctccaagacacagaatgat 15312879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 214 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 16633212 - 16633045
Alignment:
Q  214 ttttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattcc 313  Q
    |||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||| | ||||| || ||||||| ||||||      |||| ||||||||||| | |||||| |    
T  16633212 ttttgactccaccattcggtataagtagagttgttgtttcaaacattgtgtatgtgccaaggacttgg-----tcatgtacaatgaatcaattttatttc 16633118  T
Q  314 atatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  16633117 acatagacacatcagtagtctcccttgctgcctctctcaacaccttatccccaatacacagaatgatggcact 16633045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 25446261 - 25446048
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattg 261  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  25446261 tcgccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccacctttcgataaaagtagagttgttgtttcagacactg 25446162  T
Q  262 tctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttat 361  Q
    |||| |||||||||||||||     |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  25446161 tctatgtgccaaagacttga-----tcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacatagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttat 25446067  T
Q  362 ccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  25446066 ccccaagacacagaatgat 25446048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 162 - 392
Target Start/End: Original strand, 31781867 - 31782093
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatatttta-actccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagatt 260  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || |  |||||||||| ||||||   ||||  |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||    
T  31781867 tcgccaaatcatcaataatcttattgaattccgtcagttgcttcattattggtttttgactcgaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacatt 31781966  T
Q  261 gtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacacctta 360  Q
    ||||| ||| | | ||||||      |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  31781967 gtctatgtgtccaggacttgg-----tcatgtacaatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtctcccttgctacctctctcaacacctta 31782061  T
Q  361 tccccaagacactgaatgatggcacttatcgc 392  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  31782062 tccccaagacacagaacgatggcactgatcgc 31782093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 161 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 10628134 - 10627914
Alignment:
Q  161 atcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagatt 260  Q
    |||||||||||| | || ||||| || || |  |||||||||||||||||   |||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| |||    
T  10628134 atcgccaaatcaacaataatcttattgaactccgtcagttgctccattatcggttttgactccaccattcggttaaagtagagttgttgtttcagacatt 10628035  T
Q  261 gtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacacctta 360  Q
    ||||| ||||||| ||||||      ||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||| || |||| | ||| ||    
T  10628034 gtctatgtgccaaggacttgg-----tcatgcacaatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtctcccttgctaactctctctataccgta 10627940  T
Q  361 tccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
    |||||||||||| |||||||||||||    
T  10627939 tccccaagacacagaatgatggcact 10627914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 258 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 28787077 - 28786954
Alignment:
Q  258 attgtctacgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacacc 357  Q
    |||||||| |||||||||||||| |     ||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||    
T  28787077 attgtctatgtgccaaagacttggc-----catgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacacc 28786983  T
Q  358 ttatccccaagacactgaatgatggcact 386  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  28786982 ttatccccaagacacagaatgatagcact 28786954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 28788496 - 28788402
Alignment:
Q  162 tcgccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcaga 256  Q
    ||||||||||||| |  ||||| ||||| |  ||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||  ||||| ||  ||||||||||||||    
T  28788496 tcgccaaatcatcaaaaatcttattaaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccgttcgataaaagtatggttgttgtttcaga 28788402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 165 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 17096 - 16880
Alignment:
Q  165 ccaaatcatctatgatcttgttaaaatatgtcagttgctccattatatattttaactccaccattcagtaaaaatagagttgttgtttcagagattgtct 264  Q
    |||||||||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||  |||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | |||||    
T  17096 ccaaatcatcaataatcttattgaactccgtcagttgctccattataggttttgattccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtct 16997  T
Q  265 acgtgccaaagacttgacttgatcatatacaatgaatctagtttattccatatagacacatcagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccc 364  Q
    | ||||||||||||||      |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| ||||    
T  16996 atgtgccaaagacttgg-----tcatgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttgtccc 16902  T
Q  365 caagacactgaatgatggcact 386  Q
    |||||||| ||||||| |||||    
T  16901 caagacacagaatgatagcact 16880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 380
Target Start/End: Original strand, 16601 - 16655
Alignment:
Q  326 cagtagtttcccttgctacctttctcaacaccttatccccaagacactgaatgat 380  Q
    ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16601 cagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgat 16655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University