View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11731_low_3 (Length: 507)
Name: NF11731_low_3
Description: NF11731
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11731_low_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 493
Target Start/End: Original strand, 17752111 - 17752586
Alignment:
| Q |
18 |
ggtatgggatagatagttttctgtattgatatcgagtgtatatcgcattgatactagggcagagatttgattgtttagccataaagattatacctttatc |
117 |
Q |
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| T |
17752111 |
ggtatgggatagatagttttcagtattgatatcgagtgtatatcacattgatactagggcagagatttgattgtttagccataaagattatacctttatc |
17752210 |
T |
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| Q |
118 |
ctgttttctagtccaattctattgtaatgcaatgagtatatgatgtcaaatgctatatattgctattgatatgattgtatggaaagtaaaaagatatcgg |
217 |
Q |
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| T |
17752211 |
ctgttttctggtccaattttatcgtaatgcaatgagtatatgatgtcaaatgctatatattgctattgatatgattgtatggaaagtaaaaagatattgg |
17752310 |
T |
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| Q |
218 |
ttctgtcaatagtaattaactcaagagatttcttcctcgttttacggtaatccaactttggtattttcaaaattcattaggttgtaaacatgcaagtggt |
317 |
Q |
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| T |
17752311 |
ttctgtcaatgataattaactcaagagatttgttcctcgttttacggtaatccaactttggtattttcaaaattcattaggttgtaaacatgcaagtggt |
17752410 |
T |
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| Q |
318 |
tataatgcattacactgttctgtgataccattaatgatgatatagatttataagtgagttcattcctgaaattgtccattcttctaatcttttaatgagg |
417 |
Q |
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| T |
17752411 |
tataatgcattacactgttctgtgataccattaatgatgatatagatttataagtgagttcattcttgaaattgtccattcttctaatcttttaatgagg |
17752510 |
T |
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| Q |
418 |
gtgaatgtgtgtggacttcaattgtgtgctaaccgtaacatttacatttatgctttttattatttgcctatttcat |
493 |
Q |
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| T |
17752511 |
gtgaatgtgtgtggacttcaattgtgtgcaaactgtaacatttacatttatgctttttatcatttgcctatttcat |
17752586 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 493
Target Start/End: Original strand, 17761098 - 17761573
Alignment:
| Q |
18 |
ggtatgggatagatagttttctgtattgatatcgagtgtatatcgcattgatactagggcagagatttgattgtttagccataaagattatacctttatc |
117 |
Q |
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| T |
17761098 |
ggtatgggatagatagttttcagtattgatatcgagtgtatatcacattgatactagggcagagatttgattgtttagccataaagattatacctttatc |
17761197 |
T |
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| Q |
118 |
ctgttttctagtccaattctattgtaatgcaatgagtatatgatgtcaaatgctatatattgctattgatatgattgtatggaaagtaaaaagatatcgg |
217 |
Q |
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| T |
17761198 |
ctgttttctggtccaattttatcgtaatgcaatgagtatatgatgtcaaatgctatatattgctattgatatgattgtatggaaagtaaaaagatattgg |
17761297 |
T |
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| Q |
218 |
ttctgtcaatagtaattaactcaagagatttcttcctcgttttacggtaatccaactttggtattttcaaaattcattaggttgtaaacatgcaagtggt |
317 |
Q |
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| T |
17761298 |
ttctgtcaatgataattaactcaagagatttgttcctcgttttacggtaatccaactttggtattttcaaaattcattaggttgtaaacatgcaagtggt |
17761397 |
T |
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| Q |
318 |
tataatgcattacactgttctgtgataccattaatgatgatatagatttataagtgagttcattcctgaaattgtccattcttctaatcttttaatgagg |
417 |
Q |
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| T |
17761398 |
tataatgcattacactgttctgtgataccattaatgatgatatagatttataagtgagttcattcttgaaattgtccattcttctaatcttttaatgagg |
17761497 |
T |
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| Q |
418 |
gtgaatgtgtgtggacttcaattgtgtgctaaccgtaacatttacatttatgctttttattatttgcctatttcat |
493 |
Q |
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|
|
| T |
17761498 |
gtgaatgtgtgtggacttcaattgtgtgcaaactgtaacatttacatttatgctttttatcatttgcctatttcat |
17761573 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 29 - 410
Target Start/End: Original strand, 17738031 - 17738424
Alignment:
| Q |
29 |
gatagttttctgtattgatatcgagtgtatatcgcattgatactagggcagagatttgattgtttagccataaagattata------cctttatcctgtt |
122 |
Q |
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|
| T |
17738031 |
gatagttttctgtattgatatccgctctatatcacattgatactagggcagagatt-gattgtttagcaataaagattatatttatacgtttatcctgtt |
17738129 |
T |
|
| Q |
123 |
ttctagtccaattctattgtaatgcaatgagtatatgatgtcaaatgctatatattgctattg------atatgattgtatggaaagtaaaaagatatcg |
216 |
Q |
| |
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| T |
17738130 |
ttctggtccaattctattgtaatgccatgagtat--gatctcaaatgctatatattgctattgtcatcgatatgattgtatggaaagtaaaaagatattg |
17738227 |
T |
|
| Q |
217 |
gttctgtcaatagtaattaactcaagagatttcttcctcgttttacggtaatccaactttggtattttca-aaattcattaggttgtaaacatgcaagtg |
315 |
Q |
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||||| ||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |
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| T |
17738228 |
gttctctcaatggtaattaattgaagagatttgttcctcgttttacggtgatccaactttggtattttcataaaatcattaggttgtaaacattcaagtg |
17738327 |
T |
|
| Q |
316 |
gttataatgcattacactgttctgtgataccattaatgatgatatagatttataagtg--agttcattcctgaaattgtccattcttctaatctttt |
410 |
Q |
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| T |
17738328 |
gttataatgcattagactgttctgtgataccattaatgatggtacagatttagaagtgtaaattcatacttgaaactgtccattcttctaatctttt |
17738424 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 63 - 213
Target Start/End: Original strand, 15734616 - 15734761
Alignment:
| Q |
63 |
cattgatactagggcagagatttgattgtttagccataaagattatacctttatcctgttttctagtccaattctattgtaatgcaatgagtatatgatg |
162 |
Q |
| |
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| T |
15734616 |
cattgatactagggcagagatc-gattgtttagcaataaacattat--------cctgttttctggtccaattctattgtaatgtaatgag--tatgatg |
15734704 |
T |
|
| Q |
163 |
tcaaatgctata------tattgctattgatatgattgtatggaaagtaaaaagata |
213 |
Q |
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| T |
15734705 |
tcaaatgctatatattgctattgctattgatatgatagtatggaaagtaaaaagata |
15734761 |
T |
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