View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11732_low_2 (Length: 839)

Name: NF11732_low_2
Description: NF11732
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11732_low_2
NF11732_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-822)||(27557739-27558583)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 27558583 - 27557739
Alignment:
Q  1 tcatcgtctactcgtttgagtcccattcacgaagatgtagataaagcagcagttggcctccaccatcaacgactcccactgcacttctcgaatttgaatt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  27558583 tcatcgtctactcatttgagtcccattcacgaagatgcagataaagcagcagttggcctccatcatcaacgactccgatagcacttctcgaatttgaatt 27558484  T
Q  101 gaaatcatctgtagcaagacttgtggcagtgccatctaaaatcaaaaca-tttattttcaagtttagagatatctcacaaacacaaataaaaaataagag 199  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  27558483 taaatcatccgtagcaagacttgtggcagtgccatctaaaatcaaaacattttttttttaagtttagagatatctcacaaacacaaataacaaattagag 27558384  T
Q  200 aatcagtcacctttatgcttataca-tgttgaaaccgtatgtggatatatgaaac----------------------tcaaaatgacacaaccatgagga 276  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||| | ||||| | ||||                      |||||||||||||||||||||||    
T  27558383 aatcagtcaactttatgctcatacattattgaaaccgtatatcgatatttaaaactcaaaatgacacaacatggtactcaaaatgacacaaccatgagga 27558284  T
Q  277 atgacataggaaaagcagtttagagatataaatgtaacttgtcccaaataattataattgattatactggtattcctagtattactaaattggtattcct 376  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27558283 atgacatgggaaaagcagtttagagacataaaaataacttgtccca---aattataattgattatactggtattcctagtattactaaattggtattcct 27558187  T
Q  377 ccgatggttagtggttcatttgtaggtaacgaattcactatcaacatggggtcacatatccatgtaataaggtgcct--gccagcttctttatcccgggc 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||| |||     
T  27558186 ccgatggttagtggttcatttgtaggtaacaaattcactattaacat-gggtcacatatccatgtaataaggtgcatgagccagctcctttatcctgggt 27558088  T
Q  475 cttccctattataggataattggtttgggatcttgcaagttgcagctgcctaagggatctaagcttcatcatattttccacgtctcatgtttggagaaat 574  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27558087 cttccctattatagaagtattggtttgggatcttacaagttgcagctgcctaagggatctaagcttcatcatattttccatgtctcatgtttggagaaat 27557988  T
Q  575 tttcaagggttggaatcttgctcgcctactttgtccctacattgtgaagttcctattccatccatctccagatgctttcctggattctcaaatttagggt 674  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27557987 tttcaagggttagaatcttgctcacctactttacccctacattgtgaagtgcctattccatccatctccagatgctttcctggattctcaaatttagggt 27557888  T
Q  675 ggtcaaacaaaagttcacacccattgggaaggactctctccagctgattcctttggggagtaagctccat--tgcatacactaaactttgctatgtgtat 772  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||   ||||||||||||||| ||    
T  27557887 ggtctgacaaaagttcacacccattgggaagga--ctctccagctgattcctttggggagtgggctccattatgcatacgtgaaactttgctatgtgcat 27557790  T
Q  773 ttgcatttgagaataaatgcttttctaactgaggaagtgac-ttatggtct 822  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27557789 ttgcatttgagaataaacgctcttctaactgaggaagtgacgttatggtct 27557739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University