View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11733_low_1 (Length: 1205)

Name: NF11733_low_1
Description: NF11733
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11733_low_1
NF11733_low_1
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (1-1188)||(53491265-53492455)
chr3 (578-1179)||(53498870-53499468)
chr3 (829-1175)||(16069958-16070303)
chr3 (1-272)||(53500118-53500375)
chr3 (369-564)||(53499888-53500085)
chr3 (578-764)||(16070390-16070576)
chr3 (343-546)||(16071131-16071337)
chr3 (1-115)||(16071454-16071570)
chr3 (1051-1089)||(53516478-53516516)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (587-1122)||(45354908-45355440)
chr7 (346-502)||(45354189-45354343)
chr7 (1-87)||(45353620-45353706)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1161; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1161; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1188
Target Start/End: Complemental strand, 53492455 - 53491265
Alignment:
1 aggggacatcgtgacttgcctttgaaacttaatcaatggtgcaatgctgttagatgggtggtcggagatcccacaccattcatcaggtactttctttttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53492455 aggggacatcgtgacttgcctttgaaactcaatcaatggtgcaatgttgttagatgggtggtcggagatcccacaccattcatcaggtactttctttttt 53492356  T
101 accatgttttcctttttccatgttataacaatgtgttggctgctgtaacgtaatgaaaactttcaagctttatataagaggcttaaacaattccaaaaat 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53492355 accatcttttcctttttccatgttataacaatgtgttggctgctgtaacgtaatgaaaactttcaagctttatataagaggcttaaacaattccaaaaat 53492256  T
201 tgatattatgcattgtagttatatgtcttacataatgccttaaaattctgcccattttctttttgaatggattttcatcttacggtgagttttctttttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53492255 tgatattatgcattgtagttatatgtcttacataatgccttaaaattctgcccattttctttttgaatggattttcatcttacggtgagttttctttttg 53492156  T
301 aatgggtgttcaccttgtttgggtttggtgaattagtcttggatattgtttttatcatgcacatctactttatattggaacttgtttatagtcccatttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53492155 aatgggtgttcaccttgtttgggtttggtgaattagtcttggatattgtttttatcatgcacatctactttatattggaacttgtttatagtcccatttt 53492056  T
401 agggtgcttattcaaattttgattgcaggagtcgtgagttcctttggcaagaaggtcacagtgcttttgcaacagaggatgaagcacatgcagaggtatt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53492055 agggtgcttattcaaattttgattgcaggagtcgtgagttcctttggcaagaaggtcacagtgcttttgcaacagaggatgaagcacatgcagaggtatt 53491956  T
501 ccgtc---tagttattttaggaatctgccttaatatatgcatctttggcatctgtaatgagtatttgaggcctttcctcctgttcaattttcctaggcat 597  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53491955 ccgtcaagtagttattttaggaatctgccttaatatatgcatctttggcatctgtaatgagtatttgaggcctttcctcctgttcaattttcctaggcat 53491856  T
598 ttattccaaacactggttgtgggatacaaggtgcaactacccattgtttgagacaaaagtttgctgaaaagttcgaggtaaaatttgaagatatgaaggg 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53491855 ttattccaaacactggttgtgggatacaaggtgcaactacccattgtttgagacaaaagtttgctgaaaagttcgaggtaaaatttgaagatatgaaggg 53491756  T
698 agagaaagcaatggtttggcagaattcatggggctattctactcgaactgtaagcttttaatgtctagagtatacatgaatggaaggattcctcttatgt 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53491755 agagaaagcaatggtttggcagaattcatggggctattctactcgaactgtaagcttttaatgtctagagtatacatgaatggaaggattcctcttatgt 53491656  T
798 acgattgcatttatatttttgtccgcttttttaacagattggagcgatggtgatggttcatggtgatgacaagggattggtgctacctcctaaagtagca 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53491655 acgattgcatttatatttttgtccgcttttttaacagattggagcgatggtgatggttcatggtgatgacaagggattggtgctacctcctaaagtagca 53491556  T
898 tcgactcaagtcattgtgattccagtgccttacaaagatgttgatactcaaggaatctatgacacttgtaaagcaactgtgaatatgttgtgtgaagcaa 997  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53491555 tcaactcaagtcattgtgattccagtgccttacaaagatgttgatactcaaggaatctatgacacttgtaaagcaactgtgaatatgttgtgtgaagcaa 53491456  T
998 aaaatacgtgctgagttagattctagagataactgttctcctgaaaggaagtattctgattgggaattgaaaggtgtccctctaaggattgaaattgggc 1097  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53491455 aaaatacgtgctgagttagattctagagataactgttctcctgaaaggaagtattctgattgggaattgaaaggtgtccctctaaggattgaaattgggc 53491356  T
1098 caaaggatttagtaaataagcaggttatctatgttgtcttgttgttgctcttatattcttacatatgtcattttgcttctactgtttatgt 1188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53491355 caaaggatttagtaaataagcaggttatctatgttgtcttgttgttgctcttatattcttacatatgtcattttgcttctactgtttatgt 53491265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 578 - 1179
Target Start/End: Complemental strand, 53499468 - 53498870
Alignment:
578 tgttcaattttcctaggcatttattccaaacactggttgtgggatacaaggtgcaactacccattgtttgagacaaaagtttgctgaaaagttcgaggta 677  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
53499468 tgttcagttttcctaggcatttattccaaacactggttgtgggatacaaggtgcaactacccattgcttgggacaaaagtttgctgaaaagttcgaggta 53499369  T
678 aaatttgaagatatgaagggagagaaagcaatggtttggcagaattcatggggctattctactcgaactgtaagcttttaatgtctagagtatacatgaa 777  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53499368 aaatttgaagataagaagggagagaaagcaatggtttggcagaactcatggggctattctactcgaactgtaagcttttaatgtctagagtatacatgaa 53499269  T
778 tggaaggattcctcttatgtacgattgcatttatatttttgtccgcttttttaacagattggagcgatggtgatggttcatggtgatgacaagggattgg 877  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
53499268 tggaagaactccttttatgtacgattgcatttatattttagtccgcttatttaacagattggagcaatggtgatggttcatggcgatgacaagggattgg 53499169  T
878 tgctacctcctaaagtagcatcgactcaagtcattgtgattccagtgccttacaaagatgttgatactcaaggaatctatgacacttgtaaagcaactgt 977  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53499168 tgctacctcctaaagtagcatcaactcaagtcattgtgattccagtgccttacaaagatgttgatactcaaggaatctatgacacttgtaaagcaactgt 53499069  T
978 gaatatgttgtgtgaagcaaaaaatacgtgctgagttagattctagagataactgttctcctgaaaggaagtattctgattgggaattgaaaggtgtccc 1077  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
53499068 gaatatgctgtgtgaagca-aaaatacgtgctgagttagattctagagatagctactctcctgaaaagaagtattctgaatgggaaatgaaaggcgtccc 53498970  T
1078 tctaaggattgaaattgggccaaaggatttagtaaataagcaggttatctatgttgtcttgttgttgctcttatattcttacatatgtcattttgcttct 1177  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||    
53498969 tctaaggattgaaattaggccaatggatttagaaaataaacaggttatctatgttgtcctgttgttgctcttatattct--cacatgtcattttgcttct 53498872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 829 - 1175
Target Start/End: Complemental strand, 16070303 - 16069958
Alignment:
829 taacagattggagcgatggtgatggttcatggtgatgacaagggattggtgctacctcctaaagtagcatcgactcaagtcattgtgattccagtgcctt 928  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
16070303 taacagattggagtgatggtgatggttcatggtgatgacaagggattggtgctaccgcctaaagtagcatcaactcaagtcattgtgattccagtgcctt 16070204  T
929 acaaagatgttgatactcaaggaatctatgacacttgtaaagcaactgtgaatatgttgtgtgaagcaaaaaatacgtgctgagttagattctagagata 1028  Q
    ||||| | ||||||  | |||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
16070203 acaaaaacgttgattgtgaaggaatcaatgacgcttgtaaagcagccgtgaagatgttgcgtgaag-aaaaaattcgtgccgagttagattctagagata 16070105  T
1029 actgttctcctgaaaggaagtattctgattgggaattgaaaggtgtccctctaaggattgaaattgggccaaaggatttagtaaataagcaggttatcta 1128  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||  |    
16070104 actattctcttgaaagaaagtattctgaatgggaaatgaaaggtgtccctttaatggttgaaattgggctaaagggtttaggaaataagcaggttattaa 16070005  T
1129 tgttgtcttgttgttgctcttatattcttacatatgtcattttgctt 1175  Q
    ||||||  | || |||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||    
16070004 tgttgttatattattgcacttgtattctttcatatgtcattatgctt 16069958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 53500375 - 53500118
Alignment:
1 aggggacatcgtgacttgcctttgaaacttaatcaatggtgcaatgctgttagatgggtggtcggagatcccacaccattcatcaggtactttctttttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
53500375 aggggacatcgtgacttgcctttgaaacttaatcaatggtgcaatgctgttagatgggtggtcggagatcccacaccgttcatcaggtactttttttttt 53500276  T
101 accatgttttcctttttccatgttataacaatgtgttggctgctgtaacgtaatgaaaactttcaagctttatataagaggcttaaacaattccaaaaat 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||             ||||| ||||| ||||||    
53500275 accatcttttcctttttccatgttataatgatgtgttggttgatgtaacgtaa-caaaactttcaagct-------------ttaaaaaattctaaaaat 53500190  T
201 tgatattatgcattgtagttatatgtcttacataatgccttaaaattctgcccattttctttttgaatggat 272  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
53500189 tgatattatgcgttgtagttttatgtcttacataatgccttaaagttctgcacattttctttttgaatggat 53500118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 369 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 53500085 - 53499888
Alignment:
369 tttatattggaacttgtttatagtcccattttagggtgcttattcaaattttgattgcaggagtcgtgagttcctttggcaagaaggtcacagtgctttt 468  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
53500085 tttatattgaaacttgttcatagtcccatttt-gggtgcttatacaaattttgattgcaggagtcgtgagtttctttggcaagaaggtcacggtgctttt 53499987  T
469 gcaacagaggatgaagcacatgcagaggtattccgtc---tagttattttaggaatctgccttaatatatgcatctttggcatctgtaatgagtatttg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
53499986 gcaacagaggatgaagcacatgcagaggtattccatcaagtagttattttaggaatctgccttactatatgcatttttggcatctgtaatgagtctttg 53499888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 578 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 16070576 - 16070390
Alignment:
578 tgttcaattttcctaggcatttattccaaacactggttgtgggatacaaggtgcaactacccattgtttgagacaaaagtttgctgaaaagttcgaggta 677  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||    
16070576 tgttcaatttttctaggcttttattccaaacattggtcgtgggatacaaggtgcagctacccattgtttgggacaaaagtttgctgagaagtttgagata 16070477  T
678 aaatttgaagatatgaagggagagaaagcaatggtttggcagaattcatggggctattctactcgaactgtaagcttttaatgtcta 764  Q
    || |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
16070476 aactttgaagataagaaggtagagaaaacaatggtttggcagaactcatgggggttttctactcgaactgtaagctttcaatgtcta 16070390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 343 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 16071337 - 16071131
Alignment:
343 atattgtttttatcatgcacatctactttatattggaacttg--tttatagtcccattttagggtgcttattcaaattttgattgcaggagtcgtgagtt 440  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||  | ||||||   |||||| |  | |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
16071337 atattgtttttatcacgcacatctactttgtattagaacttgcatatatagtat-attttaagcag-ttagacaaattttgattgcaggagtcgtgagtt 16071240  T
441 cctttggcaagaaggtcacagtgcttttgcaacagaggatgaagcacatgcagaggtattccgtc---tagttattttaggaatctgccttaatatatgc 537  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||| ||||||||||||||| ||   ||||| |||||||||| ||||||||||| |||    
16071239 tctttggcaagaaggacacagtgcttttgcttctgaggaagaagcagatgcagaggtattccatcaagtagttgttttaggaatttgccttaatatttgc 16071140  T
538 atctttggc 546  Q
    || ||||||    
16071139 atatttggc 16071131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 16071570 - 16071454
Alignment:
1 aggggacatcgtgacttgcctttgaaacttaatcaatggtgcaatgctgttagatgggtggtcggagatcccacaccattcatcaggtac--tttctttt 98  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||  ||| ||||    
16071570 aggggacaccgcgacttgcctttgaaacttaatcaatggtgcaatgcggttagatgggtggttggagatcccataccattaatcaggcactttttttttt 16071471  T
99 ttaccatgttttccttt 115  Q
    |||||||||||||||||    
16071470 ttaccatgttttccttt 16071454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1051 - 1089
Target Start/End: Complemental strand, 53516516 - 53516478
Alignment:
1051 ttctgattgggaattgaaaggtgtccctctaaggattga 1089  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
53516516 ttctgaatgggaaatgaaaggtgtccctctaaggattga 53516478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 587 - 1122
Target Start/End: Original strand, 45354908 - 45355440
Alignment:
587 ttcctaggcatttattccaaacactggttgtgggatacaaggtgcaactacccattgtttgagacaaaagtttgctgaaaagttcgaggtaaaatttgaa 686  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||| ||| ||| ||| |||| | ||||    
45354908 ttcctaggcatttattccaaacactggtcgtggtatacaaggtgcaacttctcattgtttgggacaaaattttgctaaaatgtttgagataaactatgaa 45355007  T
687 gatatgaagggagagaaagcaatggtttggcagaattcatggggctattctactcgaactgtaagcttttaatgtctagagtatacatgaatggaaggat 786  Q
     ||  ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||  ||||||||||||||||||| ||| |||  | |||||||| || | |  ||    
45355008 aatgagaagggagagaaagcaatggtctggcagaactcgtgggcctatagtactcgaactgtaagcttt-aatttcttcaatatacatgcattgcaatat 45355106  T
787 tcctcttatgtacgattgcatttatatttttgtccgcttttttaacagattggagcgatggtgatggttcatggtgatgacaagggattggtgctacctc 886  Q
    |  ||| |  || ||||||||| |  ||| | | |||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
45355107 tggtctaaa-tatgattgcattaacgtttctttgcgctttttcaacagattggggtgatggtgatggttcatggtgatgacaagggattggtgctgccac 45355205  T
887 ctaaagtagcatcgactcaagtcattgtgattccagtgccttacaaagatgttgatactcaaggaatctatgacacttgtaaagcaactgtgaatatgtt 986  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  | ||||  |||||||||||||||||    
45355206 ctaaagtagcatcagttcaagtcattgtgattcctgtgccttacaaagatgctgatactcaaggaatctttgatgcctgtaccgcaactgtgaatatgtt 45355305  T
987 gtgtgaagcaaaaaatacgtgctgagttagattctagagataactgttctcctgaaaggaagtattctgattgggaattgaaaggtgtccctctaaggat 1086  Q
    ||  ||||| |  ||| |||||||||| |||| | ||||| |||| |||||||| | |||| |||||| | |||||| |||||||||| |||||||||||    
45355306 gttggaagc-aggaattcgtgctgagtcagatgccagagacaactattctcctggatggaaatattctcagtgggaaatgaaaggtgttcctctaaggat 45355404  T
1087 tgaaattgggccaaaggatttagtaaataagcaggt 1122  Q
    |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
45355405 tgaaatcgggcccaaggatttagcaaataagcaggt 45355440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 346 - 502
Target Start/End: Original strand, 45354189 - 45354343
Alignment:
346 ttgtttttatcatgcacatctactttatattggaacttgtttatagtcccattttagggtgcttattcaaattttgattgcaggagtcgtgagttccttt 445  Q
    |||||||||||||| |||| |||||  ||| || |||| | |||||||| |||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
45354189 ttgtttttatcatgtacatttacttcgtat-ggcacttttgtatagtcc-atttcagggtacttataccaattttaattgcaggagtcgtgagtttcttt 45354286  T
446 ggcaagaaggtcacagtgcttttgcaacagaggatgaagcacatgcagaggtattcc 502  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||    
45354287 ggcaagaaggacacactgcttttgcaacaaaggaggaagcagatacagaggtattcc 45354343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 87
Target Start/End: Original strand, 45353620 - 45353706
Alignment:
1 aggggacatcgtgacttgcctttgaaacttaatcaatggtgcaatgctgttagatgggtggtcggagatcccacaccattcatcagg 87  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| | || |  ||||||||||||||||||||    
45353620 aggggacatcgtgacttgcctttgaagcttaatcagtggtgcaatgttgttagatgggagttcagcaatcccacaccattcatcagg 45353706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University