View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11733_low_6 (Length: 656)

Name: NF11733_low_6
Description: NF11733
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11733_low_6
NF11733_low_6
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-638)||(9116832-9117456)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 638
Target Start/End: Original strand, 9116832 - 9117456
Alignment:
Q  7 ttggagcagatcaagaggtattaatataacaagttataaataatcaagagataattagtagtactcaccagcatcaaaacctttctcccttaagcgagac 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9116832 ttggagcaaatcaagaggtattaatataacaagttataaataatcaagagataattagt---actcaccagcatcaaaacctttctcccttaagcaagac 9116928  T
Q  107 atcaaggaacgtttgaatccaggaaatgaatcactgccaagaagtccaattgcaagctcaacctctcttctaatcctttctttagcatctttttcatcct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9116929 atcaaggaacgtttgaatccaggaaatgaatcactgccaagaagtccaattgcaagctcaacctctcttctaatcctttctttagcatctttttcatcct 9117028  T
Q  207 catcaacgacatcttcattcccaccaaacaatcccttcaaaatttcattcttctcactatcataccattcaccaatttcttcaacatcttcatcaccctt 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9117029 catcaacaacatcttcattcccaccaaacaatcccttcaaaatttcattcttctcactatcacaccattcaccaatttcttcaacatcttcagcaccctt 9117128  T
Q  307 tccatcacaatctttgctgcgagcaacaacatctttttgttcccctgatctttcgttgtcttccatgaaagacaacacgagatcagacaaatcaggtgaa 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9117129 tccatcacaatctttgctgcgagcaacaacatctttttcttcccctgatctttcgctgtcttccatgaaagacaacacgagatcagacaaatcaggtgaa 9117228  T
Q  407 ctctccggagagtgctcgcttccactgctctcgctgcagagcttcccacgtgatagtgccacatcagcatcaaatgcctccatcattctctgaaacctca 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9117229 ctctccggagagtgctcgcttccactgctctcgctgcagagcttcccacgtgatagtgccacatcagcatcaaatgcttccatcactctctgaaacctca 9117328  T
Q  507 taggaacattagccatatttaaaaagctagcaccactaagaatatatatgcaaacaaatatatgttatggtgctaatgtgataggtctaaattaattaat 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9117329 taggaacattagccatatttaaaaagctagcaccactaaga----atatgcaaacaaatatatgttatggtgctaatgtgataggtctaaattaattaat 9117424  T
Q  607 atatcggtgttgaaatgttgatatggtgttta 638  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9117425 atatcgttgttgaaatgttgatatggtgttta 9117456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University