View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11734_low_4 (Length: 675)

Name: NF11734_low_4
Description: NF11734
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11734_low_4
NF11734_low_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-651)||(525452-526102)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 526102 - 525452
Alignment:
Q  1 cgattggaacatatatgtaagtgggtcatgtagtataagaaactaaaaaacaagtgggtgggggtgtgggaagggaattatggaactgctatggtttaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  526102 cgattggaacatatatgtaagtgggtcatgtagtataagaaactaaaaaacaagtgggtgggggtgtgggaagggaattatggaactgctatggtttaag 526003  T
Q  101 aggttgtcctaaaagagaatgaaaaaacacatgcaaaatgagtttgaatatgatagaagattattacttaggaggtggtgatggtgaagcctgagaagag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  526002 aggttgtcctaaaagagaatgaaaaaacacatgaaaaatgagtttgaatatgatataagattattagttaggaggtggtgatggtgaagcctgagaagag 525903  T
Q  201 gtgaaaaggaatggtaatagaagtgtgtgcagttattgcttacggtaatgagagggtgtagtagcatttatggaggtacgagttggtgtaaatgggatgt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  525902 gtgaaaaggaatggtaatagaagtgtgtgcagttattgcttacggtaatgagagggtgtagtagcatttatggaggtacgagttggtgtaaatgggatgt 525803  T
Q  301 aggatatactatagagacagacagagaagcagaaaggtaatctcatgagttttaaatttattaannnnnnngctctgatgtttggtgtggtggagtgaat 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  525802 aggatataatatagagacagacagagaagcagaaaggtaatctcatgagttttaaatttattaatttttttgctctgatgtttggtgtggtggagtgaat 525703  T
Q  401 accttctgaactcttaattactcatatgtctcaatttcctccctcagtatactaccaccagtactactactgctgtctttgcctcttgctcttgcattac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  525702 accttctgaactcttaattactcatatgtctcaatttcctccctcagtatactaccaccagtactactactgctgtctttgcctcttgctcttgcattac 525603  T
Q  501 atatttattcctagtttggttgtttggtgttgttttctttgggttcatcttagattcttctatacttacttatcacatcagctccctctacatacgttct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  525602 atatttattcctagtttggttgtttggtgttgttttctttgggttcatcttagattcttctatacttacttatcacatcagctccctctacatacgtcct 525503  T
Q  601 cttctgtattctctttatttatatcttcatttatttgaggggagatatagt 651  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  525502 cttctgtattctctttatttatatcttcatttatttgaggggagatatagt 525452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University