View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_high_1 (Length: 971)

Name: NF11737A_high_1
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_high_1
NF11737A_high_1
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (13-935)||(43010593-43011512)
chr2 (13-935)||(43012890-43013809)
chr2 (13-959)||(25202979-25203934)
chr2 (157-529)||(35075039-35075411)
chr2 (720-959)||(35074796-35075035)
chr2 (13-85)||(35075408-35075480)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-935)||(25675856-25676775)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-959)||(15090163-15091117)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 43011512 - 43010593
Alignment:
Q  13 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011512 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 43011413  T
Q  113 cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 212  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011412 cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 43011313  T
Q  213 ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011312 ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 43011213  T
Q  313 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011212 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 43011113  T
Q  413 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011112 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 43011013  T
Q  513 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011012 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 43010913  T
Q  610 acactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaag 709  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  43010912 acactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaag 43010813  T
Q  710 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattt 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||   ||    
T  43010812 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tt 43010719  T
Q  810 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43010718 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 43010619  T
Q  910 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 935  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  43010618 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 43010593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 807; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 43013809 - 43012890
Alignment:
Q  13 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013809 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 43013710  T
Q  113 cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 212  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013709 cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 43013610  T
Q  213 ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013609 ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 43013510  T
Q  313 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013509 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 43013410  T
Q  413 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013409 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 43013310  T
Q  513 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013309 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 43013210  T
Q  610 acactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaag 709  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  43013209 acactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaag 43013110  T
Q  710 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattt 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| | ||   ||    
T  43013109 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacatttcacgtg---cacgattg---tt 43013016  T
Q  810 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013015 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 43012916  T
Q  910 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 935  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  43012915 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 43012890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 959
Target Start/End: Original strand, 25202979 - 25203934
Alignment:
Q  13 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 112  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |    
T  25202979 tggacatcacaatgcaactaaccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaatacctatgatctcaatccattcac 25203078  T
Q  113 cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 212  Q
    | ||||||||||||| ||       |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  25203079 cctgatagtcgaaacacatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagtcatgccatccccaatactagatcataaccgcccta 25203178  T
Q  213 ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| |||   ||||| ||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||    
T  25203179 ctcaaaaagcataacatctatctcccatttaaccacttgaagagaaataataacattgtggcactctcccatagtcggagctacatgttcgtcacccaat 25203278  T
Q  313 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 412  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25203279 ctgatatgtctagcaggagtctcggtaatgcgcaaacctaaagccaaacctatacaccttggcatgaaatttttgtttgctccactatcaaccaacatca 25203378  T
Q  413 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 512  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||| ||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  25203379 gcaccggtatctcccccactgtcctttgcaacttgatgcattgaggcatatcttgataatactcggtttgtctatcaaaagtcaacaaattttcaaaagt 25203478  T
Q  513 cagcacattcaattgcaactctt------ctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagc 603  Q
     | || |||||||||||||||||      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25203479 taacaaattcaattgcaactcttctgcacctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcggaatcatcctcaagc 25203578  T
Q  604 accataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcct 703  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25203579 accataacacgcaaatttttatccgtacattgataacgaggatgatacgggcctccacatttaaaacagagtccttttttacgacggtcagcaatctcct 25203678  T
Q  704 gtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagt 803  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||  |    
T  25203679 gtgaagacagattcctcacattcttgtcacgccaatttccaatgttggtagtgtgtgttttgttttgtctaacattaaacattccacgcaaaccacctat 25203778  T
Q  804 ggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgaca 903  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||    
T  25203779 ggatcttcctccactgtttcctccaggaaaatgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgccctttctaccttcattttgtgtaaca 25203878  T
Q  904 actttgttaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 959  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  25203879 accttgttaccaaaaacaggtcgagatagtgaaccatgtgaccttctcgatgtcca 25203934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 157 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 35075411 - 35075039
Alignment:
Q  157 gtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacag 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  35075411 gtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcccaactcaaaaagcttaagatctatctcccattcaaccccttgaacaa 35075312  T
Q  257 aaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagc 356  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35075311 aattaataacaccatggcattctcccaaagttggagccacatgttcgtcacccaatctgatacgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagc 35075212  T
Q  357 caaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattga 456  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  35075211 caaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcaacaccgatatctccctcactgtcctttgaaacctgatgcattga 35075112  T
Q  457 agcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgca 529  Q
    ||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35075111 agcatatcttgataatactcagtgtgtctatcaaaagtaaacgcattttcaaaagtcaacacattcaattgca 35075039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 720 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 35075035 - 35074796
Alignment:
Q  720 cacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactg 819  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  35075035 cacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgtcgaacattaaacattccacgtgcaccacctgtgaattttcctcaactg 35074936  T
Q  820 tttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaa 919  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35074935 tttcctccaagaaaacgatcatgattgtctttgttattatgaaccataacccgatcgccatttctaccttcattctgtgtgacaaccttgttaccaaaaa 35074836  T
Q  920 cgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 959  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35074835 tgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca 35074796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 35075480 - 35075408
Alignment:
Q  13 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtac 85  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35075480 tggacatcacaatgcaactgaccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtac 35075408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 935
Target Start/End: Original strand, 25675856 - 25676775
Alignment:
Q  13 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25675856 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 25675955  T
Q  113 cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 212  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25675956 cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 25676055  T
Q  213 ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676056 ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 25676155  T
Q  313 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676156 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 25676255  T
Q  413 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676256 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 25676355  T
Q  513 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676356 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 25676455  T
Q  610 acactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaag 709  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  25676456 acactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaag 25676555  T
Q  710 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattt 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||   ||    
T  25676556 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tt 25676649  T
Q  810 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676650 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 25676749  T
Q  910 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 935  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  25676750 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 25676775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 959
Target Start/End: Original strand, 15090163 - 15091117
Alignment:
Q  13 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  15090163 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggattgcactct--agtacgaattcctctgatctcaatccattcac 15090260  T
Q  113 cttgatagtcgaaacgcannnnnnn-------ctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataac 205  Q
    | ||||||||||||| |               |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090261 cctgatagtcgaaacactttttttttttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataac 15090360  T
Q  206 cgcgcaactcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtc 305  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||    
T  15090361 cgcccaactcaaaaagcataatatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataataacaccatggcattctcccaaagtcggagccacgtgactgtc 15090460  T
Q  306 acccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaacc 405  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090461 acccaatctgatacgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaacc 15090560  T
Q  406 aacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcatttt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15090561 aacatcagcaccggtatctccctcactgtcccttgaaacctgatgtattgaagcatatcttgataatactcggtttgtctatcaaaagtcaacgcatttt 15090660  T
Q  506 caaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaag 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090661 caaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaag 15090760  T
Q  603 caccataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcc 702  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15090761 caccataacacgcaaatttttatccggacattgatgacgaggatgatacgggcctccacatttaaaacagagtcctttttaacgacggtcagcaatctcc 15090860  T
Q  703 tgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccag 802  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15090861 tgtgaagacagactcctcacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccacctg 15090960  T
Q  803 tggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgac 902  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15090961 tggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgccatttctaccttcattctgtgtgac 15091060  T
Q  903 aactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 959  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  15091061 aaccttgtaaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca 15091117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University