View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_high_2 (Length: 848)

Name: NF11737A_high_2
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_high_2
NF11737A_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-848)||(3246596-3247427)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 3247427 - 3246596
Alignment:
Q  16 gacatcagttaccaagacaatgtaaagaggccttgaagccaaaatactctttgaggagattaagtaatagaaaacaaccagcaatgctattatcagtgaa 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3247427 gacatcggttaccaagacaatgtaaagaggccttgaagccaaaatactctttgaggagattaagtaatagaaaacaaccagcaatgctattatcagtgaa 3247328  T
Q  116 cttagtgcacgtgtgttttcggaagttaaaatgcagaagttcagctctcttgatgagaaaaatgtatgccggcgccagttatgaggtttctttgcttggt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3247327 cttagtgcacgtgtgttttcggaagttaaaatgcagaagttcagctctcttgatgagaaaaatgtatgccggcgccagttatgaggtttctttgcttggt 3247228  T
Q  216 ttgtgtttagtgatcctgtttgtttaggtcttgatgaggattctgtttctttggccttagaatcttgtattagaggctcatcttcacttttggtctcaaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3247227 ttgtgtttagtgatcctgtttgtttaggtcttgatgaggattctgtttctttggccttagaatcttgtattagaggctcatcttcacttttggtctcaaa 3247128  T
Q  316 atttgaatacttaaaacctccttgatgtttatgccttgactccctagaggcatcatgcttactgtcatcagcattatctgaaaacacaacagaagaacaa 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3247127 atttgaatacttaaaacctccttgatgtttaagccttgaagcactagaggcatcatgtttattgtcatcagcattatctgaaaacacaacagaagaacaa 3247028  T
Q  416 ttaatgcaaataagcaacatgtacttagaaaccatcatcatataacaaatcatgttttatttttcaccccaaactaaaaaacaaatgtgaaagttgcaat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3247027 ttaatgcaaataagcaacatgtacttagaaaccatcatcatataacaaatcatgttttatttttcaccccaaactaaaaaacaaatgtgaaagttgcaat 3246928  T
Q  516 tttcttacaccatttatcaaataaagctagatcatgttgagagtcccttacaagcgggggtaacccggacccatgatctagcttttagatcgagttgaat 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3246927 tttcttacaccatttatcaaataaagctagatcacgttgagagtcccttacaagcgggggtaaccctgtcccatgagctagcttttagatcgagttgaat 3246828  T
Q  616 gataatgtaatatcaaaatatatctaagatgtgacaaatatctttttctatataaataaggtatcacgaccctcgaaacattccaaccttgttgcatttt 715  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3246827 gataatgtaatatcaaaatctatctaagatgtgataaatatctttttctatataaataaggtatcacgaccctcgaaatattccaaccttgttgcatttt 3246728  T
Q  716 caaaacacaaactcgagacatctaattaaactagaaaacaattgtgtctttttatcctaattctacgaacctcgtgctctagatgttttctaccaaggtc 815  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246727 caaaacacaaactcgagacatctaattaaactag-aaacaattgtgtaattttatcctaattctacgaacctcgtgctctagatgttttctaccaaggtc 3246629  T
Q  816 cactagtgtgatctagatcgcagcgttaaaatg 848  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3246628 cactagtgtgatctagatcgcggcgttaaaatg 3246596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University