View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_low_112 (Length: 367)

Name: NF11737A_low_112
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_low_112
NF11737A_low_112
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (10-349)||(48349881-48350220)
chr7 (10-349)||(1944153-1944492)
chr7 (10-349)||(1945533-1945872)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (10-349)||(2963430-2963769)
chr5 (10-349)||(29977444-29977783)
chr5 (10-349)||(30018859-30019198)
chr5 (10-349)||(22354345-22354684)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (10-349)||(39056076-39056415)
chr1 (10-349)||(41301898-41302241)
chr1 (10-349)||(41294597-41294936)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-349)||(8009719-8010058)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-349)||(34652333-34652672)
[»] scaffold0510 (2 HSPs)
scaffold0510 (10-349)||(11684-12023)
scaffold0510 (10-349)||(5272-5602)
[»] scaffold0053 (1 HSPs)
scaffold0053 (10-349)||(53209-53548)
[»] scaffold0039 (1 HSPs)
scaffold0039 (16-95)||(7861-7940)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Original strand, 48349881 - 48350220
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48349881 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgaccaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 48349980  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48349981 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 48350080  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48350081 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgtctcttttttcccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 48350180  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  48350181 accagtgtccatgagaagatccggaacccgatcaatgatg 48350220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 1944492 - 1944153
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    ||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  1944492 gacatcagtgaggccgggagagaataccgggcccaatacaaattcaatacaaatgaggccaaaatcatacaaaaatttattctttacaatgtcatgccca 1944393  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1944392 atagtcatctttctgactgtgttgtcgaggtgtgccctttaatttactacatcctcaaagacatcaaggtagatattgcccgtaccattgcttgggaact 1944293  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||          || |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||     
T  1944292 ccgaatggtcacactgcaaggaagaggtgagagagaggcccgtctctcttttcctggtttaatcatgggtcttatcaaagataccggcatgcgcctaccc 1944193  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  1944192 actagtgtccatgagaatatcaggaacccaatcaatgatg 1944153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Original strand, 1945533 - 1945872
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    |||||||| || || |||||||| || |||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  1945533 gacatcagcgaggccgggagagaataccgggcccagtacaaaatcatgacaaatgagaccaaaatcatacaaaaattcattctctataatgtcatgccca 1945632  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1945633 atagtcatctttctgactgtgttgtcgaggtgtgccctttaatttactacatcctcaagggcatcaagctagatattgcccggaccattgcatgggaact 1945732  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    | ||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||          |||||||||||||| || ||||| ||  ||||||||||||| |||||     
T  1945733 cagaatgatcacactacaaggaagaggtgaaagagaggctcgtctctcttttcccggtttaatcataggtctcatcaagtataccggcatgcgactaccc 1945832  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  1945833 actagcgtccatgagaagatcagaaacccaatcaatgatg 1945872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 2963769 - 2963430
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2963769 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgaccaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 2963670  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2963669 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 2963570  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2963569 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgtctcttttttcccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 2963470  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  2963469 accagtgtccatgagaagatccggaacccgatcaatgatg 2963430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 29977783 - 29977444
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29977783 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgaccaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 29977684  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29977683 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 29977584  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29977583 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgtctcttttttcccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 29977484  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29977483 accagtgtccatgagaagatccggaacccgatcaatgatg 29977444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Original strand, 30018859 - 30019198
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30018859 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgaccaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 30018958  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30018959 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 30019058  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30019059 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgtctcttttttcccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 30019158  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  30019159 accagtgtccatgagaagatccggaacccgatcaatgatg 30019198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 22354684 - 22354345
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||  |||||    
T  22354684 gacatcagtgaggccgggagagaatatcgggcccagtacaaattcatgacaaatgaggccaaaatcatacaaaaattaattctctataatgtcgtgccca 22354585  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22354584 atagtcatctttctgactgtgttgtcgaggtgtgccctttaatttactacatcctcaaaggcatcaaggtagatattgcccggaccattgcatgggaact 22354485  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||          |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| |||||     
T  22354484 ccgaatgatcacactacaaggaagaggtgaaagagaggctcgtctctcttttcccggtttaatcatgggtgtcatcaaggataccggcatgcgactaccc 22354385  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    ||||   |||| ||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  22354384 actaacatccatgagaagatcataaacccaatcaatgatg 22354345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Original strand, 39056076 - 39056415
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39056076 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgaccaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 39056175  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39056176 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 39056275  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39056276 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgtctcttttttcccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 39056375  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  39056376 accagtgtccatgagaagatccggaacccgatcaatgatg 39056415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Original strand, 41301898 - 41302241
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    ||||||||||| ||  ||||||| || |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  41301898 gacatcagtgaggccaggagagaataccgggcctagtacaaattcatgacaaatgaggccaaaatcatacaaaaattcattctctataatgtcatgccca 41301997  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41301998 atagtcatctttctgactgtgttgtcgaggtgtgccctttaatttactacatcctcaaaggcatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 41302097  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41302098 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgtctcttttttcccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctaccc 41302197  T
Q  310 actagtgtc----cacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    |||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41302198 actagtgtccatgcatgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 41302241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 41294936 - 41294597
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41294936 gacatcagtgaggccgggagagagtatcgggcccagtacaaattcatgacaaatgaggccaaaatcatacaaaaattcattctctataatgtcaggccca 41294837  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41294836 atagtcatctttctgactgtgttgtcgaggtgtgccctttaatctactacatcctcaagggcattaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 41294737  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||          ||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||     
T  41294736 ccgaatggtcacgttgcaaggaagaggtgaaagagatgctcgtctctcttttccccgtttaatcatgggtcttatcaaagataccggcatacgcctaccc 41294637  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41294636 actggtgtccatgagaagatcaggaacccgatcaatgatg 41294597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Original strand, 8009719 - 8010058
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8009719 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgaccaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 8009818  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8009819 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 8009918  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8009919 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgtctcttttttcccgatttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 8010018  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  8010019 accagtgtccatgagaagatccggaacccgatcaatgatg 8010058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 34652672 - 34652333
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34652672 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgaccaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggctca 34652573  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34652572 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 34652473  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34652472 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgtctcttttttcccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 34652373  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  34652372 accagtgtccatgagaagatccggaacccgatcaatgatg 34652333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0510 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: scaffold0510
Description:

Target: scaffold0510; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Original strand, 11684 - 12023
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11684 gacatcagtgaggccgggagagagtatcgggcccagtacaaattcatgacaaatgaggccaaaatcatacaaaaattcattctctataatgtcaggccca 11783  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11784 atagtcatctttctgactgtgttgtcgaggtgtgccctttaatctactacatcctcaagggcattaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 11883  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||          ||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||     
T  11884 ccgaatggtcacgttgcaaggaagaggtgaaagagatgctcgtctctcttttccccgtttaatcatgggtcttatcaaagataccggcatacgcctaccc 11983  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11984 actggtgtccatgagaagatcaggaacccgatcaatgatg 12023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0510; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Original strand, 5272 - 5602
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    ||||||||||| ||  ||||||| || |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  5272 gacatcagtgaggccaggagagaataccgggcctagtacaaattcatgacaaatgaggccaaaatcatacaaaaattcattctctataatgtcatgccca 5371  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||    
T  5372 atagtcatctttctgactgtgttgtcgaggtgtgccctttaatttactacatcctcaaaggcatcaaggtagatattgcccgtaccatttcttgggacct 5471  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    |||||||||||| |             ||||||||| |||||          ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  5472 ccgaatggtcacac-------------tgaaagagaggctcgtctctcttttcccggttgaatcctgggtctcattaaagataccggcatgcgcctaccc 5558  T
Q  310 actagtgtc----cacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    |||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5559 actagtgtccatgcatgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 5602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0053
Description:

Target: scaffold0053; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 10 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 53548 - 53209
Alignment:
Q  10 gacatcagtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattctttataatgtcaggccca 109  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  53548 gacatcagtgaggccgggagagaatactgggcccaatacaaattcatgacaaatgaggccaaaatcatacaaaaattcattctctataatgtcatgccca 53449  T
Q  110 atagtcatctgtctgattgtgttgtcgaggtgtgtcctttaatctactacatcctcaaggggatcaaggtagatattgcccggaccattgcttgggaact 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  53448 atagtcatctttctgactgtgttgtcgaggtgtgccctttaatttactacatcctcaaaggcatcaaggtagatattgcccgtaccattgcttgggaact 53349  T
Q  210 ccgaatggtcaccctgcaaggaagaggtgaaagagaagctcgnnnnnnnnnncccggtttaatcatgggactcattaaagataccggcatgcgcctacca 309  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||          ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||     
T  53348 ccgaatggtcacactacaaggaagaggtgaaagagaggctcgtctctcttttcccggtttaatcatgggtctcatcaaggatgccggcatgcgcctaccc 53249  T
Q  310 actagtgtccacgagaagatcaggaaccccatcaatgatg 349  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  53248 actagcgtccatgagaagatcagaaacccaatcaatgatg 53209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0039
Description:

Target: scaffold0039; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 95
Target Start/End: Original strand, 7861 - 7940
Alignment:
Q  16 agtgatgcagggagagagtatcgggcccaatacaaattcatgactaatgaggccaaaattatccaaaaattcattcttta 95  Q
    ||||| || ||| ||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7861 agtgaggccgggcgagagtaccgagcccaatacaagttcatgaccaatgaggccaaatttatccaaaaattcattcttta 7940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University