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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11737A_low_265 (Length: 272)
Name: NF11737A_low_265
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11737A_low_265 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 22 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 12587391 - 12587147
Alignment:
| Q |
22 |
aagaggtacactctcttccttatttttatgattttaaacttatttgttt---------attattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
112 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
12587391 |
aagaggtacactctcttccttatttttatgattttaaacttatttgttttgtttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
12587292 |
T |
|
| Q |
113 |
attgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataagtgattatttgggattattcaacaatcttaaactttaccgctattttattgct |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
12587291 |
attgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataagtgattatttgagattattcaacaatcttaaactttactactattttattgct |
12587192 |
T |
|
| Q |
213 |
ttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgatt |
257 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
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| T |
12587191 |
ttaagtgtctgtgttgatgtttttatgttctttttatgattgatt |
12587147 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 94 - 257
Target Start/End: Original strand, 35036079 - 35036246
Alignment:
| Q |
94 |
ctattattaccttgttgatattgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataa----gtgattatttgggattattcaacaatctta |
189 |
Q |
| |
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|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||| ||| | |
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|
| T |
35036079 |
ctattattactttgttgatattgaatttatgttgatagtgtaaactttattgttagggtttaataattaagtgtttttttgggattattcaacgatcatg |
35036178 |
T |
|
| Q |
190 |
aactttaccgctattttattgctttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgatt |
257 |
Q |
| |
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|||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
35036179 |
aactttgccactattttattcctttaagtgtttatgttgatgtttttatgtcctttttatgattgatt |
35036246 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 108 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 27323308 - 27323175
Alignment:
| Q |
108 |
ttgatattgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataagtgattatttgggattattcaacaatcttaaactttaccgctatttta |
207 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| | | ||||||| |
|
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| T |
27323308 |
ttgatattgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgacaaatgattatttaggattattcaataatcttgaactttgctgttatttta |
27323209 |
T |
|
| Q |
208 |
ttgctttaagtgtttgtgttgatgtttttatgtt |
241 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
27323208 |
ttgctttaagtgtttgctttgatgtttttatgtt |
27323175 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 63 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 27324458 - 27324409
Alignment:
| Q |
63 |
atttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
112 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
27324458 |
atttgtttattattgtaatgagagttaacatctattatcaccttgttgat |
27324409 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 22 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 21880389 - 21880145
Alignment:
| Q |
22 |
aagaggtacactctcttccttatttttatgattttaaacttatttgttt---------attattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21880389 |
aagaggtacactctcttccttatttttatgattttaaacttatttgttttgtttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
21880290 |
T |
|
| Q |
113 |
attgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataagtgattatttgggattattcaacaatcttaaactttaccgctattttattgct |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
21880289 |
attgaatttatgttgattgtgtaaaatttattgttagggtttgataagtgattatttgggattattcaacaatcttaaactttactactattttattgct |
21880190 |
T |
|
| Q |
213 |
ttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgatt |
257 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |
|
|
| T |
21880189 |
ttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttatttttatgatcgatt |
21880145 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 213 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 15494216 - 15494177
Alignment:
| Q |
213 |
ttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgat |
252 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
15494216 |
ttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttctttttatgat |
15494177 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 49602941 - 49602697
Alignment:
| Q |
22 |
aagaggtacactctcttccttatttttatgattttaaacttatttgttt---------attattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
112 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49602941 |
aagaggtacactctcttccttatttatatgattttaaacttatttgttttgtttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
49602842 |
T |
|
| Q |
113 |
attgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataagtgattatttgggattattcaacaatcttaaactttaccgctattttattgct |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
49602841 |
attgaatttatgttgattgtacaaactttattgttagggtttgataagtgattatttgggattattcaacaatcttaaactctactactattttattgct |
49602742 |
T |
|
| Q |
213 |
ttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgatt |
257 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
49602741 |
ttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttctttttatgattgatt |
49602697 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 64 - 257
Target Start/End: Original strand, 6901002 - 6901195
Alignment:
| Q |
64 |
tttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgatattgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataagtga |
163 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6901002 |
tttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgatattgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataagtga |
6901101 |
T |
|
| Q |
164 |
ttatttgggattattcaacaatcttaaactttaccgctattttattgctttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgatt |
257 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
6901102 |
ttatttaggattattcaacaatattaaactttactactattttattgctttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttctttttatgattgatt |
6901195 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 62
Target Start/End: Original strand, 6900763 - 6900803
Alignment:
| Q |
22 |
aagaggtacactctcttccttatttttatgattttaaactt |
62 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6900763 |
aagaggtgcactctcttccttatttttatgattttaaactt |
6900803 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 22 - 257
Target Start/End: Original strand, 22970236 - 22970480
Alignment:
| Q |
22 |
aagaggtacactctcttccttatttttatgattttaaacttatttg---------tttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22970236 |
aagaggtacactctcttccttatttttatgattttaaacttatttgttttgtttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgat |
22970335 |
T |
|
| Q |
113 |
attgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataagtgattatttgggattattcaacaatcttaaactttaccgctattttattgct |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
22970336 |
attgaatttatgttgattgtaaaaaatttattgttagggtttgataagtgattatttgagattattcaacaatcttaaactttactactattttattgct |
22970435 |
T |
|
| Q |
213 |
ttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgatt |
257 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |
|
|
| T |
22970436 |
ttaagtgtatgtgttgatgtttttatgttatttttatgatagatt |
22970480 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 61 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 22329848 - 22329651
Alignment:
| Q |
61 |
ttatttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgatattgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataag |
160 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22329848 |
ttatttgtttgttattgtaatgagagttaacatctattattaagttgttgatattgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataag |
22329749 |
T |
|
| Q |
161 |
tgattatttgggattattcaacaatcttaaactttaccgctattttattgctttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgattcc |
259 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||| || ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
22329748 |
tgattatttgggattatt-tacaatcttgaattttgctgctattttattactttaagtgtttgtgttggtgtttttttgtttcttttatgattgattcc |
22329651 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 61 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 35360511 - 35360315
Alignment:
| Q |
61 |
ttatttgtttattattgtaatgagagttaacatctattattaccttgttgatattgaatttatgttgattgtgtaaactttattgttagggtttgataag |
160 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| |||| | ||||||| | ||||||||||||| |||||| || || ||||||| ||| ||||||||||||||||||| || || |
|
|
| T |
35360511 |
ttatttgttaattacagtaacgtgagttaatttatattattaccttgccgatattaaacttttgttgatagtgataactttattgttagggtttaat-ag |
35360413 |
T |
|
| Q |
161 |
tgattatttgggattattcaacaatcttaaactttaccgctattttattgctttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgattcc |
259 |
Q |
| |
|
|| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | | |||||| | |||| | ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
35360412 |
tgtttatttggaattattcaacaattttaaactttgctgttattttttcgcttccaatgtttatgttgatg-ttttatgttctttttatgattgattcc |
35360315 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 175 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 3497398 - 3497316
Alignment:
| Q |
175 |
tattcaacaatcttaaactttaccgctattttattgctttaagtgtttgtgttgatgtttttatgttcttcttatgattgatt |
257 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
3497398 |
tattcaacaatcttgaactttacgactattttattgctttaagtgtttatgttgatatttttatgtcctttttatgattgatt |
3497316 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University