View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_low_32 (Length: 457)

Name: NF11737A_low_32
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_low_32
NF11737A_low_32
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (18-442)||(32633147-32633571)
chr8 (18-442)||(6310267-6310688)
chr8 (21-442)||(5549675-5550093)
chr8 (24-442)||(5607836-5608251)
chr8 (24-442)||(5627119-5627534)
chr8 (21-442)||(14404603-14405021)
chr8 (20-439)||(13164766-13165182)
chr8 (18-442)||(5571255-5571676)
chr8 (159-442)||(12177099-12177382)
chr8 (159-442)||(12421527-12421810)
chr8 (180-442)||(12188420-12188682)
chr8 (180-442)||(12432848-12433110)
chr8 (335-436)||(9394271-9394372)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (21-442)||(13832-14250)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (201-442)||(19492820-19493061)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 442
Target Start/End: Original strand, 32633147 - 32633571
Alignment:
Q  18 gttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633147 gttaggactgaatctgacttgattgaagacattaccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcg 32633246  T
Q  118 atgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaac 217  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633247 atgaaaactatcgcaccattcagtctttaataaaaaaaattgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaac 32633346  T
Q  218 ccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633347 ccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttc 32633446  T
Q  318 atatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633447 atatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatga 32633546  T
Q  418 aatctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  32633547 aatctttcattgtactagatgatgt 32633571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 6310688 - 6310267
Alignment:
Q  18 gttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcg 117  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||| ||||||  ||||||| |||||  |||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |    
T  6310688 gttaggactgaatctgaaatgattgaagccattactagagctgtattaggaaaattaaatcaacagtatacaaatgatcttccatgtaatttcatacttg 6310589  T
Q  118 atgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaac 217  Q
    ||||||||||| | | |||||| ||||||||         ||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  6310588 atgaaaactattggagcattcaatctttaataaaatc---tgatctaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcacaggtaagacaac 6310492  T
Q  218 ccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttc 317  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||| |    
T  6310491 ccttgctgctgctatgtttcaaagggtctcttttaaatatgaaggcagttgcttcttagaaaaggtaacagaagtatcaaagagacatgggatcaattac 6310392  T
Q  318 atatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatga 417  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6310391 acatgcaacaaacttctttccaagttactcagggaagatcttgatattgatacttccaaattaataccatcaatgatcatgagaagactcaaacgcatga 6310292  T
Q  418 aatctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  6310291 aatctttcattgtaatagatgatgt 6310267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 442
Target Start/End: Original strand, 5549675 - 5550093
Alignment:
Q  21 aggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatg 120  Q
    ||||||||||| || || |||| ||||||| || ||| |||||| |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||    
T  5549675 aggactgaatccgaattaattggagacattaccggagctgtattaagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatg 5549774  T
Q  121 aaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccct 220  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||        ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5549775 aaaactatcggagcattcaatctttaataaaat---ttgattcaacagaagttcaaatcattggagtttggggtatgggaggcattggtaagacaaccct 5549871  T
Q  221 tgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcata 320  Q
    |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||| || |    
T  5549872 tgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgaaaaggttacagaagtatcaaaaagtcgtggaatcaattacaca 5549971  T
Q  321 tgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaat 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  5549972 tgcaacaaacttctttctaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaat 5550071  T
Q  421 ctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5550072 ctttcattgtactagatgatgt 5550093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 24 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5608251 - 5607836
Alignment:
Q  24 actgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaa 123  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5608251 actgaatccaacttaattgaagacattaccagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaa 5608152  T
Q  124 actatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgc 223  Q
    ||||| | | | |||| ||||||||        |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5608151 actattggagcgttcaatctttaataaaat---ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgc 5608055  T
Q  224 tgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgc 323  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  5608054 cactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgc 5607955  T
Q  324 aacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctt 423  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  5607954 aacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctt 5607855  T
Q  424 tcattgtactagatgatgt 442  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5607854 tcattgtactagatgatgt 5607836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 24 - 442
Target Start/End: Original strand, 5627119 - 5627534
Alignment:
Q  24 actgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaa 123  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5627119 actgaatccaacttaattgaagacattaccagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaa 5627218  T
Q  124 actatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgc 223  Q
    ||||| | | | |||| ||||||||        |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5627219 actattggagcgttcaatctttaataaaat---ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgc 5627315  T
Q  224 tgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgc 323  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  5627316 cactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgc 5627415  T
Q  324 aacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctt 423  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  5627416 aacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctt 5627515  T
Q  424 tcattgtactagatgatgt 442  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5627516 tcattgtactagatgatgt 5627534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 442
Target Start/End: Original strand, 14404603 - 14405021
Alignment:
Q  21 aggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatg 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||  | | ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||    
T  14404603 aggactgaatctgacttaattgaagacattaccagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttatacttgatg 14404702  T
Q  121 aaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccct 220  Q
    |||||||| | | |||||| || |||||        ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  14404703 aaaactattggagcattcaatcattaataaaat---ttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaagacaaccct 14404799  T
Q  221 tgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcata 320  Q
    |||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |       
T  14404800 tgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatcaattacgcg 14404899  T
Q  321 tgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaat 420  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  14404900 tgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaat 14404999  T
Q  421 ctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  14405000 ctttcattgtactagatgatgt 14405021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 439
Target Start/End: Original strand, 13164766 - 13165182
Alignment:
Q  20 taggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgat 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||||||  |||| ||| ||| ||||| | || |||||||||||||    
T  13164766 taggactgaatctgacttgattgaagacattatcagagttgtattaggaaaattaaatcaccggtacgcaattgaacttacatatagtttcatactcgat 13164865  T
Q  120 gaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccc 219  Q
    ||||| ||  | | |||| | ||||||||        ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  13164866 gaaaattactggagcattaaatctttaataaaaa---ttgattcatcagaagttcaaatcattggagtttggggaatggggggcacaggcaagacaaccc 13164962  T
Q  220 ttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcat 319  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||   | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||  ||     
T  13164963 ttgctgctgccatgtttcaaagagtctcttctcactatgaaggccattgcttcttagaaaatgtgacagaacaatcagaaaagcatggaatcaatgacac 13165062  T
Q  320 atgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaa 419  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||    ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13165063 atgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactctcaaagtaataccatccatgatcaggagaagactcaaacgcatgaaa 13165162  T
Q  420 tctttcattgtactagatga 439  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13165163 tctttcattgtactagatga 13165182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 442
Target Start/End: Original strand, 5571255 - 5571676
Alignment:
Q  18 gttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcg 117  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| | ||||  | |||||||||||| |||||| | |||| ||||| |||||||| ||||| |    
T  5571255 gttaggactgaatctaacatgattgaagacattaccagagctttattagggaaattgaatcaccagtacagagatgaacttacatgtaatttgatacttg 5571354  T
Q  118 atgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaac 217  Q
    ||||||||||| |   | |||  ||||||||        ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||    
T  5571355 atgaaaactattgggccgttcgatctttaataaaat---ttgattcaacaacagttcaaatcattggactttggggaatgggaggcactggtaagacaac 5571451  T
Q  218 ccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttc 317  Q
     |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  5571452 tcttgctgctgctatgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcaattgcttcttagaaagggtgacagaagtttcaaaaaagcatggaatcaattac 5571551  T
Q  318 atatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatga 417  Q
    |  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||  || |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||  ||||    
T  5571552 acgtgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagatcttcgtattgacactcccaaagtaatcccagccatgatcaagagaagactcagacatatga 5571651  T
Q  418 aatctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  5571652 aatctttcattgtattagatgatgt 5571676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 159 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 12177382 - 12177099
Alignment:
Q  159 gattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatg 258  Q
    ||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || |||||    
T  12177382 gattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatg 12177283  T
Q  259 aaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatct 358  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12177282 aaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatct 12177183  T
Q  359 tgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    | |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12177182 tcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12177099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 159 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 12421810 - 12421527
Alignment:
Q  159 gattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatg 258  Q
    ||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || |||||    
T  12421810 gattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatg 12421711  T
Q  259 aaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatct 358  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12421710 aaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatct 12421611  T
Q  359 tgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    | |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12421610 tcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12421527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 180 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 12188682 - 12188420
Alignment:
Q  180 attggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaa 279  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  12188682 attggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaa 12188583  T
Q  280 atgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagt 379  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | |||||    
T  12188582 atgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagt 12188483  T
Q  380 aataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    |||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12188482 aatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12188420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 180 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 12433110 - 12432848
Alignment:
Q  180 attggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaa 279  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  12433110 attggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaa 12433011  T
Q  280 atgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagt 379  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | |||||    
T  12433010 atgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagt 12432911  T
Q  380 aataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    |||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12432910 aatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12432848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 9394372 - 9394271
Alignment:
Q  335 ttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtacta 434  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||  || ||||||||||| |||| ||| | |||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9394372 ttctaagttaatagcggaagatcttggtattgacactcccaaagtaatatcatctatggttatgtaaagactcaaacacatgaaagctttcattgtacta 9394273  T
Q  435 ga 436  Q
    ||    
T  9394272 ga 9394271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 14250 - 13832
Alignment:
Q  21 aggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatg 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||  | | ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||    
T  14250 aggactgaatctgacttaattgaagacattaccagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttatacttgatg 14151  T
Q  121 aaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccct 220  Q
    |||||||| | | |||||| || |||||        ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  14150 aaaactattggagcattcaatcattaataaaat---ttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaagacaaccct 14054  T
Q  221 tgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcata 320  Q
    |||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |       
T  14053 tgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatcaattacgcg 13954  T
Q  321 tgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaat 420  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  13953 tgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaat 13854  T
Q  421 ctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  13853 ctttcattgtactagatgatgt 13832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 201 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 19493061 - 19492820
Alignment:
Q  201 ggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaa 300  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||   |||||| ||| ||| |||| |  |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  19493061 ggcataggtaagacagccattgttgctgctatgtttcaaaatttctcttgcaaatatcaaggtacctgcttcttagaaaaggtggcagaagaatcaaaaa 19492962  T
Q  301 ggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgag 400  Q
    || |||||||||||||||  |  || |||||| |||| |  |||||  |||||||| || |||| ||  |  | | ||||||  |||||||| |||| ||    
T  19492961 ggaatggaatcaatttcacttataaaaaacttgtttccacattactcggggaagatgttaatatcgacacgcctatagtaatgtcatccatggtcattag 19492862  T
Q  401 aagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 442  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19492861 aagactcaaaggaatgaaagctttcattgtactagatgatgt 19492820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University