View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_low_320 (Length: 251)

Name: NF11737A_low_320
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_low_320
NF11737A_low_320
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-233)||(15419-15651)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-233)||(14738682-14738914)
chr6 (1-233)||(33332186-33332418)
chr6 (28-233)||(24432458-24432663)
chr6 (17-233)||(29485332-29485535)
chr6 (18-238)||(24077670-24077890)
chr6 (27-135)||(13879919-13880027)
chr6 (27-135)||(22349864-22349972)
chr6 (27-135)||(25942849-25942957)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-233)||(27448567-27448799)
chr5 (1-233)||(43595866-43596098)
chr5 (1-233)||(43628660-43628892)
chr5 (1-233)||(33790060-33790292)
chr5 (1-233)||(31398102-31398334)
chr5 (1-233)||(37557734-37557966)
chr5 (18-232)||(24556712-24556925)
chr5 (18-232)||(24597744-24597957)
chr5 (125-233)||(28837037-28837145)
chr5 (18-192)||(34841402-34841576)
chr5 (27-189)||(31781298-31781460)
chr5 (27-135)||(25446667-25446775)
chr5 (27-166)||(10628539-10628678)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-233)||(18856385-18856617)
chr8 (1-233)||(18866780-18867012)
chr8 (1-233)||(35744134-35744367)
chr8 (1-233)||(10685374-10685606)
chr8 (1-233)||(26300095-26300327)
chr8 (27-201)||(23800654-23800828)
chr8 (27-209)||(16756079-16756261)
chr8 (27-209)||(28329088-28329270)
chr8 (27-135)||(21038610-21038718)
chr8 (23-207)||(33033816-33034001)
chr8 (56-141)||(26269193-26269278)
chr8 (27-135)||(28891944-28892052)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-233)||(41396984-41397216)
chr1 (1-199)||(19359948-19360146)
chr1 (1-233)||(47099928-47100160)
chr1 (37-232)||(9024944-9025139)
chr1 (18-131)||(17346640-17346753)
chr1 (27-135)||(9522908-9523016)
chr1 (28-123)||(2400129-2400224)
chr1 (56-135)||(14998244-14998323)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-233)||(19348023-19348255)
chr2 (27-181)||(10446561-10446715)
chr2 (1-143)||(25402485-25402627)
chr2 (27-135)||(2737385-2737493)
chr2 (27-135)||(39681226-39681334)
chr2 (56-135)||(17933330-17933409)
chr2 (27-135)||(20053653-20053761)
chr2 (27-207)||(28456323-28456503)
chr2 (27-135)||(22716126-22716234)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-233)||(16883672-16883904)
chr7 (1-233)||(21644782-21645014)
chr7 (1-233)||(24262433-24262665)
chr7 (1-233)||(18412403-18412635)
chr7 (1-233)||(9186255-9186487)
chr7 (1-233)||(21987665-21987897)
chr7 (1-233)||(49090433-49090666)
chr7 (17-233)||(5818312-5818527)
chr7 (1-164)||(12405151-12405314)
chr7 (27-135)||(25352532-25352640)
chr7 (27-135)||(25406594-25406702)
chr7 (27-189)||(7070975-7071137)
chr7 (27-135)||(3323680-3323788)
chr7 (27-207)||(44015486-44015666)
chr7 (58-143)||(3786969-3787054)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (1-233)||(32479085-32479317)
chr3 (1-233)||(2673330-2673562)
chr3 (1-233)||(8515839-8516071)
chr3 (7-233)||(28490289-28490515)
chr3 (1-233)||(16263107-16263339)
chr3 (1-233)||(9602957-9603189)
chr3 (17-233)||(3324662-3324878)
chr3 (27-135)||(10898185-10898293)
chr3 (17-135)||(29912848-29912966)
chr3 (189-233)||(1309616-1309660)
chr3 (27-135)||(6304491-6304599)
chr3 (27-135)||(10097699-10097807)
chr3 (27-135)||(10204584-10204692)
chr3 (27-135)||(22624872-22624980)
chr3 (56-209)||(47881707-47881860)
chr3 (27-135)||(10611670-10611778)
chr3 (27-135)||(16458645-16458753)
chr3 (58-126)||(27734443-27734511)
chr3 (59-135)||(54189720-54189796)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (7-233)||(9225520-9225746)
chr4 (1-233)||(16625103-16625335)
chr4 (1-233)||(5146649-5146878)
chr4 (27-207)||(16633670-16633850)
chr4 (31-125)||(15313502-15313596)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (18-233)||(1252-1467)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (1-183)||(150065-150247)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (8-214)||(4311-4521)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (27-233)||(35755-35961)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (9-143)||(19057-19191)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (56-135)||(17534-17613)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (58-135)||(50099-50176)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 15419 - 15651
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15419 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 15518  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15519 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 15618  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15619 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 15651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 14738682 - 14738914
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14738682 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgc 14738781  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14738782 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 14738881  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14738882 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 14738914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 33332186 - 33332418
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33332186 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 33332285  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33332286 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcttgcaaagtccaag 33332385  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33332386 gcacgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 33332418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 28 - 233
Target Start/End: Original strand, 24432458 - 24432663
Alignment:
Q  28 ttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaa 127  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  24432458 ttatgagagtgtgggtgcactagcggtcataagttgggaaccagagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacgtatgtcatagaaaggaa 24432557  T
Q  128 tattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgt 227  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  24432558 tattttgagactttggctctaaaagaatgaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcacagtccaaggcgtgggcaccgttcgtctaaagatgt 24432657  T
Q  228 ttgatg 233  Q
    ||||||    
T  24432658 ttgatg 24432663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 29485535 - 29485332
Alignment:
Q  17 aatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29485535 aatgaagattgttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 29485436  T
Q  117 ctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcg 216  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||             |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29485435 ctaggaaggaatattttgggactttggttctaaaagaaggagg-------------ggaaataataaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacattcg 29485349  T
Q  217 tctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||    
T  29485348 tctaaagatgtttgatg 29485332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 24077890 - 24077670
Alignment:
Q  18 atgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcc 117  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |      
T  24077890 atgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagcgatcacaagttgggaatcagagaagagttgggtcttggactcagggtgctcttatcacatgttttt 24077791  T
Q  118 tagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 217  Q
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||   | |||||||    
T  24077790 gggaaaggaatattttgagactttggatctaaaagaaggtggagttgttcgactcaaaaataacaaggcttgcaaagtccaacgcatgtctaccgttcgt 24077691  T
Q  218 ctaaagatgtttgatgtccat 238  Q
     |||| ||||||||| |||||    
T  24077690 ttaaatatgtttgatatccat 24077670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 13879919 - 13880027
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  13879919 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 13880018  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  13880019 gtactttga 13880027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 22349972 - 22349864
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22349972 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctaggtgctcttatcacatatgtccgagaaagga 22349873  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  22349872 gtactttga 22349864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 25942849 - 25942957
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  25942849 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 25942948  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  25942949 gtactttga 25942957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 27448799 - 27448567
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27448799 agttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgc 27448700  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27448699 tcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 27448600  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27448599 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 27448567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 43596098 - 43595866
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43596098 agttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgc 43595999  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595998 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 43595899  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43595898 gcatgggcaacgttcgtctaaatatgtttgatg 43595866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 43628892 - 43628660
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43628892 agttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgc 43628793  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43628792 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 43628693  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43628692 gcatgggcaacgttcgtctaaatatgtttgatg 43628660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 33790292 - 33790060
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790292 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 33790193  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790192 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 33790093  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33790092 gcatgggcaacgttcatctaaagatgtttgatg 33790060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 31398102 - 31398334
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398102 agttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 31398201  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398202 tcttatcacatgagccctagaaaggaacattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 31398301  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398302 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 31398334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 37557734 - 37557966
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37557734 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccagagaagagttgggttttggactcgggatgc 37557833  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37557834 tcttatcacatgattcctagaatggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggaattgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 37557933  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37557934 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 37557966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Original strand, 24556712 - 24556925
Alignment:
Q  18 atgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcc 117  Q
    |||||||  ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  24556712 atgaagatggttatgaga-tgtgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttgggttttggacttgggatgatcttatcacatgtatcc 24556810  T
Q  118 tagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 217  Q
    || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24556811 tacaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgt 24556910  T
Q  218 ctaaagatgtttgat 232  Q
    |||||||||||||||    
T  24556911 ctaaagatgtttgat 24556925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Original strand, 24597744 - 24597957
Alignment:
Q  18 atgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcc 117  Q
    |||||||  ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  24597744 atgaagatggttatgaga-tgtgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttgggttttggacttgggatgatcttatcacatgtatcc 24597842  T
Q  118 tagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 217  Q
    || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24597843 tacaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgt 24597942  T
Q  218 ctaaagatgtttgat 232  Q
    |||||||||||||||    
T  24597943 ctaaagatgtttgat 24597957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 125 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 28837145 - 28837037
Alignment:
Q  125 gaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaaga 224  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28837145 gaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttgttcgacttggaaataacaaagcatgcaaagtccaaggcatgggcaccgtttgtctaaaga 28837046  T
Q  225 tgtttgatg 233  Q
    |||||||||    
T  28837045 tgtttgatg 28837037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34841576 - 34841402
Alignment:
Q  18 atgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcc 117  Q
    |||||||  |||| |||||||| |||||||||| ||| |||| |||| ||||  | || |||| ||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||| |    
T  34841576 atgaagatggttaggagagtgcaggtgcactagcggtcacaaattggaaaccaaaaaatagttaggtcttggacttgggttgctctgatcacatgtgttc 34841477  T
Q  118 tagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaa 192  Q
    ||||||| | |||||||||||||||    |||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  34841476 tagaaagaagtattttgagactttggagttaaaagaagacggagttgttcgactcgaaaacaacaaagcttgcaa 34841402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 31781460 - 31781298
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||  || ||||||   || |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  31781460 gttatgagagtgttggagcactaaccgtgacaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctggatgctcttatcacatctgtctgagaaagga 31781361  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttg 189  Q
     || ||||| || |||   || |||||||  ||||||||||| || || |||||||| |||||    
T  31781360 gtactttgaaacattggagctgaaagaagatggagttgttcgccttggtaataacaaggcttg 31781298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 25446667 - 25446775
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||| ||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  25446667 gttatgatagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 25446766  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  25446767 gtactttga 25446775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 166
Target Start/End: Original strand, 10628539 - 10628678
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||  || ||||||   || ||||||||||||||  | ||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10628539 gttatgagagtgttggagcactaactgtgacaagttgggaacctaaaaagggttgggtcttggactctgggtgttcttatcacatttgtccgagaaagga 10628638  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgtt 166  Q
     || ||||| |||||    || |||||||| |||||||||    
T  10628639 gtactttgaaactttagagctgaaagaaggtggagttgtt 10628678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 18856385 - 18856617
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18856385 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgc 18856484  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856485 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 18856584  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856585 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 18856617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 18866780 - 18867012
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18866780 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcaggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgc 18866879  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18866880 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 18866979  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18866980 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 18867012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 35744367 - 35744134
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35744367 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 35744268  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaagg-aggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 199  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35744267 tcatatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 35744168  T
Q  200 ggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35744167 ggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 35744134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 10685374 - 10685606
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10685374 agttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 10685473  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10685474 tcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 10685573  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10685574 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 10685606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 26300327 - 26300095
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26300327 agttgcggaggcttcaagtgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggacttgggatgc 26300228  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26300227 tcttatcacatgtgtcatagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 26300128  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26300127 gcatgggcaacgttcgtgtaaagatgtttgatg 26300095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 27 - 201
Target Start/End: Original strand, 23800654 - 23800828
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  23800654 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggttttgaactcgggatgctcttatcacatgtgtcttaggaagga 23800753  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaagg 201  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23800754 atattttgagactttggttctaaaagaaggaagagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaagg 23800828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 16756261 - 16756079
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  16756261 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 16756162  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggca 209  Q
     || ||||| || ||    || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||    
T  16756161 gtactttgaaacgttagagctgaaagaaggtggagtagttcgccttggtaataataaggcttgtaaaattcaaggtatgggca 16756079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 209
Target Start/End: Original strand, 28329088 - 28329270
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28329088 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 28329187  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggca 209  Q
     || ||||| || ||    || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||    
T  28329188 gtactttgaaacgttagagctgaaagaaggtggagtagttcgccttggtaataataaggcttgtaaaattcaaggtatgggca 28329270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 21038610 - 21038718
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  21038610 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 21038709  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  21038710 ttactttga 21038718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 207
Target Start/End: Original strand, 33033816 - 33034001
Alignment:
Q  23 gaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttggg-aaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaga 121  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||   || |||||||||| |||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||| | |||    
T  33033816 gaatgttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttggggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatatgttcgaga 33033915  T
Q  122 aaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatggg 207  Q
    ||||| || ||||| |||||    || ||||||||  |||||||||| || || ||||| || ||||||||| | ||||| |||||    
T  33033916 aaggagtactttgaaactttagagctgaaagaaggttgagttgttcgccttggtaataataaggcttgcaaaattcaaggtatggg 33034001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 26269278 - 26269193
Alignment:
Q  56 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagacttt 141  Q
    |||||||||||||| || ||| | ||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  26269278 acaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctagatgctcttatcacatctgtccgagaaaggactactttgaaacttt 26269193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 28891944 - 28892052
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || ||| ||||||| || ||| | ||||||||    
T  28891944 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgcacttatcatatctgttcgagaaagga 28892043  T
Q  127 atattttga 135  Q
    ||| |||||    
T  28892044 atactttga 28892052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 41397216 - 41396984
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41397216 agttgcggaggcttcaaataaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 41397117  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41397116 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 41397017  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41397016 gcatgggcaacgtttgtctaaagatgtttgatg 41396984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Original strand, 19359948 - 19360146
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19359948 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 19360047  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19360048 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgaggctttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 19360146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 47099928 - 47100160
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||    
T  47099928 agttgtggaggcttccaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgagttttggaccttggatgc 47100027  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  47100028 tcttatcacatgtgtcataggaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcgaaaataacaaagcgtgcaaagtccaag 47100127  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  47100128 gcatgggcactgttcgtctaaagatgtttgatg 47100160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 37 - 232
Target Start/End: Original strand, 9024944 - 9025139
Alignment:
Q  37 tgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgag 136  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |  |||||||||||||||||||||||  ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9024944 tgcgggtgcactagtggtcacaagttcgaagtcggagaagagttgggttttggacctggggttttcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttaag 9025043  T
Q  137 ac-tttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgat 232  Q
    || ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9025044 acttttggctctaaaagaagaaggagttgttcgactcgg-aataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgtctaaagatgtttgat 9025139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 131
Target Start/End: Original strand, 17346640 - 17346753
Alignment:
Q  18 atgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcc 117  Q
    |||||||  ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17346640 atgaagatggttattagagtgtgggtgcattagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttaggttttggagtcggggtgctcttatcacatgtgtcc 17346739  T
Q  118 tagaaaggaatatt 131  Q
    ||| || |||||||    
T  17346740 taggaatgaatatt 17346753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 9522908 - 9523016
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  9522908 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggatgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccaagaaagga 9523007  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  9523008 gtactttga 9523016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 2400224 - 2400129
Alignment:
Q  28 ttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaa 123  Q
    |||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2400224 ttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctggatgctcttatcacatctgtccgagaaa 2400129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 56 - 135
Target Start/End: Original strand, 14998244 - 14998323
Alignment:
Q  56 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttga 135  Q
    ||||||||| |||| || ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| || |||||    
T  14998244 acaagttggaaacctgaaaagagctgggtcttgaactctggatgctcttatcacatctgttcaagaaaggagtactttga 14998323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 19348255 - 19348023
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19348255 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcaggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 19348156  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19348155 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcttgcaaagtccaag 19348056  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19348055 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 19348023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 27 - 181
Target Start/End: Original strand, 10446561 - 10446715
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  10446561 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcccaggaagga 10446660  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 181  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10446661 atattttgatactttggctctaaaagaaagaggagttgttcgactcggaaataac 10446715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 25402627 - 25402485
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25402627 agttgcggaggcatcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccagagaagagttgggttttggactcgggatgc 25402528  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25402527 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 25402485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 2737385 - 2737493
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  2737385 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 2737484  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  2737485 gtactttga 2737493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 39681226 - 39681334
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  39681226 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 39681325  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  39681326 gtactttga 39681334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 56 - 135
Target Start/End: Original strand, 17933330 - 17933409
Alignment:
Q  56 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttga 135  Q
    |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  17933330 acaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaaggagtactttga 17933409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 20053761 - 20053653
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||  || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  20053761 gttatgagagtgttggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 20053662  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  20053661 gtactttga 20053653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 28456503 - 28456323
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||  || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | | ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  28456503 gttatgagagtgttggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctaggtcttggactctggttgctcttatcacatctgtccgagaaatga 28456404  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatggg 207  Q
     || ||||| || ||    || |||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||||||| | ||||| |||||    
T  28456403 gtactttgaaacattacagctgaaagaaggtggagttgttcgccttggtaataataaggcttgcaaaattcaaggtatggg 28456323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 22716234 - 22716126
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   |  |||||||||||||| || ||| | | ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22716234 gttatgagagtgctggagcactaactgcgacaagttgggaacctgaaaagggctaggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 22716135  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  22716134 gtactttga 22716126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 16883904 - 16883672
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883904 agttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 16883805  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883804 tcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 16883705  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883704 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 16883672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21645014 - 21644782
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21645014 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaactggagaagagttgggttttggactcgggatgc 21644915  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21644914 tcttaccacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 21644815  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21644814 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 21644782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 24262433 - 24262665
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24262433 agttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 24262532  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24262533 tcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 24262632  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24262633 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 24262665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 18412635 - 18412403
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18412635 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtacgggtgcactagtggttacaagttggaaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgc 18412536  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18412535 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 18412436  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18412435 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 18412403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 9186255 - 9186487
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9186255 agttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtacgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 9186354  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9186355 tcttatcacatgtgtcctagaaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaag 9186454  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9186455 gcatgggcatcgttcgtctaaagatgtttgatg 9186487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21987897 - 21987665
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  21987897 agttgcggaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttaggttttggactcaggatgc 21987798  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21987797 tcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaag 21987698  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21987697 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 21987665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 49090666 - 49090433
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| |||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49090666 agttgcggaggcgtccaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgagttttggactcgggatgc 49090567  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaat-aacaaagcttgcaaagtccaa 199  Q
    ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  49090566 tctgatcacatgtgtcttaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgctcgactcggaaataaaaaaagcgtgcaaagtccaa 49090467  T
Q  200 ggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49090466 ggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 49090433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 233
Target Start/End: Original strand, 5818312 - 5818527
Alignment:
Q  17 aatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 116  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | || |||||||||||    
T  5818312 aatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaaccggagaagaggtgggttttggactcggggtgttttt-tcacatgtgtc 5818410  T
Q  117 ctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcg 216  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5818411 ctaggaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaaacttgcaaagtccaaggcatgggaaacgttcg 5818510  T
Q  217 tctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||    
T  5818511 tctaaagatgtttgatg 5818527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 12405314 - 12405151
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12405314 agttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgtgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgagttttggactcgggatgc 12405215  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12405214 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 12405151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 25352532 - 25352640
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  25352532 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 25352631  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  25352632 gtactttga 25352640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 25406594 - 25406702
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  25406594 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 25406693  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  25406694 gtactttga 25406702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 189
Target Start/End: Original strand, 7070975 - 7071137
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  7070975 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagatctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 7071074  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttg 189  Q
     || ||||| || ||    || |||||||| ||||||||||| || || || || ||||||||    
T  7071075 gtactttgaaacgttagagctgaaagaaggtggagttgttcgccttggcaacaataaagcttg 7071137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 3323788 - 3323680
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| |  ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  3323788 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctggaaagagctgggtcttggactccgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 3323689  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  3323688 gtactttga 3323680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 44015666 - 44015486
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||  || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  44015666 gttatgagagtgttggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactatgggtgctcttatcacatatgtctgagaaagga 44015567  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatggg 207  Q
     || ||||| || ||    || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||    
T  44015566 gtactttgaaacattagagctgaaagaaggtggagttgttcgcctcggtaataataaggcttgtaaaattcaaggtatggg 44015486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 143
Target Start/End: Original strand, 3786969 - 3787054
Alignment:
Q  58 aagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 143  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||| |  ||| ||||||||||| || ||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  3786969 aagttaggaaccagagaagagttgggtaatggacccttgattctcttatcacaagtatccaagaaagaaataatttgagactttga 3787054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 32479317 - 32479085
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32479317 agttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 32479218  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32479217 tcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 32479118  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32479117 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 32479085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 2673330 - 2673562
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2673330 agttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttaggttttggactcgggatgc 2673429  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2673430 tcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 2673529  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2673530 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 2673562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 8516071 - 8515839
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8516071 agttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttaggttttggactcgggatgc 8515972  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8515971 tcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 8515872  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8515871 gcatgggaaacgttcgtctaaagatgtttgatg 8515839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 28490289 - 28490515
Alignment:
Q  7 ggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttat 106  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  28490289 ggaggcttcaaatgaagagggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgagttttggactcgggatgctcttat 28490388  T
Q  107 cacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgg 206  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28490389 cacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattcttaaagaaggaggagttgttcgacttggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggtatgg 28490488  T
Q  207 gcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  28490489 gcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 28490515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 16263339 - 16263107
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16263339 agttgcggaggcttcaaatgaagatggttttgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgc 16263240  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  16263239 tcttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctctaaaataaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcgtgcaaagtccaag 16263140  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16263139 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 16263107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 9602957 - 9603189
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9602957 agttgcggaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 9603056  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  9603057 tcttatcatatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttggctctaagagaaggagaagttgttcgactcagaaataacaaagcgtgcaaagtccaaa 9603156  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||| |||  |||||||| ||||||||||||    
T  9603157 gcatggacaatattcgtctatagatgtttgatg 9603189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 233
Target Start/End: Original strand, 3324662 - 3324878
Alignment:
Q  17 aatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 116  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3324662 aatgaagatggttatgagagggcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggtgttggactcgggatgctcttattacatgtgtc 3324761  T
Q  117 ctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcg 216  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  3324762 ctaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataaaaaagcatgcaaagcccaaggcatgggcaccgttcg 3324861  T
Q  217 tctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||    
T  3324862 tctaaagatgtttgatg 3324878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 10898185 - 10898293
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10898185 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctggatgctcttatcacatttgtccaagaaagga 10898284  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  10898285 gtactttga 10898293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 29912966 - 29912848
Alignment:
Q  17 aatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 116  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  29912966 aatgaggaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtc 29912867  T
Q  117 ctagaaaggaatattttga 135  Q
    | |||||||| || |||||    
T  29912866 cgagaaaggagtactttga 29912848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1309660 - 1309616
Alignment:
Q  189 gcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1309660 gcaacgtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 1309616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 6304491 - 6304599
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  6304491 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtctttgactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 6304590  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  6304591 gtactttga 6304599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 10097807 - 10097699
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || ||||||||| |||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10097807 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttggtaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 10097708  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  10097707 gtactttga 10097699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 10204692 - 10204584
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || ||||||||| |||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10204692 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttggtaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaagga 10204593  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  10204592 gtactttga 10204584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 22624980 - 22624872
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22624980 gttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 22624881  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  22624880 gtactttga 22624872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 47881860 - 47881707
Alignment:
Q  56 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaag 155  Q
    ||||||||| |||| || ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||    ||||||||||    
T  47881860 acaagttggaaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaaggagtactttgaaacattagagctaaaagaag 47881761  T
Q  156 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggca 209  Q
    | ||||| ||||| || || ||||| ||  |||| ||| | ||||| |||||||    
T  47881760 gtggagtagttcgccttggcaataataagacttgtaaaattcaaggtatgggca 47881707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 10611778 - 10611670
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    |||||||||||||  | ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10611778 gttatgagagtgctcgagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 10611679  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  10611678 gtactttga 10611670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Original strand, 16458645 - 16458753
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   |  |||||||||||||| || ||| | | ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  16458645 gttatgagagtgctggagcactaactgcgacaagttgggaacctgaaaagggctaggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagga 16458744  T
Q  127 atattttga 135  Q
     || |||||    
T  16458745 gtactttga 16458753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 27734511 - 27734443
Alignment:
Q  58 aagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    |||||||||||| || | ||| | |||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  27734511 aagttgggaacctgaaacgagctaggttatggactcgggatgctcctatcaaatttgtccaagaaagga 27734443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 135
Target Start/End: Original strand, 54189720 - 54189796
Alignment:
Q  59 agttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttga 135  Q
    ||||||||||| || ||| | ||||| |||||| | || |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  54189720 agttgggaacctgaaaagggctgggtcttggacactgggtgctcttatcacatctgtccgagaaaggagtactttga 54189796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 9225520 - 9225746
Alignment:
Q  7 ggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttat 106  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9225520 ggagacttcaaatgaagaaggttatgagagtgagggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttat 9225619  T
Q  107 cacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9225620 cacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgg 9225719  T
Q  207 gcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  9225720 gcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 9225746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 16625103 - 16625335
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| |||||| || ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625103 agttgcggaggcgtccaatgaagatggttctgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 16625202  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16625203 tcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgaatcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaag 16625302  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625303 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 16625335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5146878 - 5146649
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  5146878 agttgcggaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaactggagaagagtcggtttttggactcaggatgc 5146779  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 200  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  5146778 tcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttga---tttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagtgtgcaaagtccaag 5146682  T
Q  201 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||| | ||||||||||| |||||||||||||||    
T  5146681 gcacgagcaacgttcgtataaagatgtttgatg 5146649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 207
Target Start/End: Original strand, 16633670 - 16633850
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||||||||| || ||||||   || ||||||| |||||| || ||| ||||||| ||||||||  | ||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  16633670 gttatgagagtgcaggagcactaactgtgacaagtttggaacctgaaaagggttgggtcttggactctaggtgctcttttcacatttgtccgagaaagga 16633769  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatggg 207  Q
     || ||||| |||||  | || |||||||  |||||| |||| || || ||||| || |||| |||| | ||||| |||||    
T  16633770 gtactttgaaactttattgctgaaagaagctggagttattcgccttggtaataataaggctttcaaaattcaaggtatggg 16633850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 125
Target Start/End: Original strand, 15313502 - 15313596
Alignment:
Q  31 tgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagg 125  Q
    ||||||||| || ||||||   || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||| |||||||    
T  15313502 tgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctctccgagaaagg 15313596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1467 - 1252
Alignment:
Q  18 atgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcc 117  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1467 atgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtct 1368  T
Q  118 tagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 217  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1367 tagaaatgaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagtagctcgactcggaaataacaaggcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 1268  T
Q  218 ctaaagatgtttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||    
T  1267 ctaaagatgtttgatg 1252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Original strand, 150065 - 150247
Alignment:
Q  1 agttgtggaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  150065 agttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 150164  T
Q  101 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaa 183  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  150165 tcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaa 150247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 214
Target Start/End: Original strand, 4311 - 4521
Alignment:
Q  8 gaggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatc 107  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4311 gaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttggaaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatc 4410  T
Q  108 acatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagct----tgcaaagtccaaggca 203  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  4411 acatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagctagcgtgcaaagtccaaggca 4510  T
Q  204 tgggcaacgtt 214  Q
    |||||||||||    
T  4511 tgggcaacgtt 4521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 131; Significance: 5e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 27 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 35961 - 35755
Alignment:
Q  27 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagga 126  Q
    ||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||    
T  35961 gttatgaaagtgtcggtgcactagtggttacaagttgagaactagagaagagttgggttttggactcggggtgctcttatcacatgtgtcttatgaagga 35862  T
Q  127 atattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatg 226  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||     
T  35861 atattttgagaatttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcaaaatccaagtcatgggcaccgttcgtctaaagatc 35762  T
Q  227 tttgatg 233  Q
    |||||||    
T  35761 tttgatg 35755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 9 - 143
Target Start/End: Original strand, 19057 - 19191
Alignment:
Q  9 aggcttcaaatgaagaatgttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatca 108  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  19057 aggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagataggttttggactcgggatgctcttatca 19156  T
Q  109 catgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19157 catgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 19191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 56 - 135
Target Start/End: Original strand, 17534 - 17613
Alignment:
Q  56 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttga 135  Q
    |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  17534 acaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctggatgctcttatcacatctgtccgagaaaggagtactttga 17613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 58 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 50176 - 50099
Alignment:
Q  58 aagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttga 135  Q
    |||||||||||| || ||||| | ||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  50176 aagttgggaacctgaaaagagctaggtcttagactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaaaggagtactttga 50099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University