View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_low_331 (Length: 250)

Name: NF11737A_low_331
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_low_331
NF11737A_low_331
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (14-250)||(35743045-35743281)
chr8 (14-250)||(10686459-10686695)
chr8 (14-250)||(18867865-18868101)
chr8 (14-250)||(26299029-26299265)
chr8 (88-238)||(28893015-28893165)
chr8 (88-238)||(16755040-16755190)
chr8 (88-238)||(4815006-4815156)
chr8 (88-238)||(25682563-25682713)
chr8 (88-238)||(28330146-28330296)
chr8 (74-238)||(15946914-15947078)
chr8 (70-238)||(21039682-21039849)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (14-250)||(31399187-31399423)
chr5 (14-250)||(33789012-33789248)
chr5 (14-250)||(43594777-43595013)
chr5 (14-250)||(43627571-43627807)
chr5 (14-250)||(27447479-27447715)
chr5 (14-250)||(37558797-37559033)
chr5 (14-250)||(24557779-24558015)
chr5 (14-250)||(24598811-24599047)
chr5 (14-247)||(28835958-28836190)
chr5 (14-97)||(28805070-28805153)
chr5 (88-238)||(25447738-25447889)
chr5 (204-241)||(29103928-29103965)
chr5 (204-241)||(29267741-29267778)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (14-250)||(16882583-16882819)
chr7 (14-250)||(24263518-24263754)
chr7 (14-245)||(18411313-18411544)
chr7 (14-246)||(21986576-21986808)
chr7 (14-250)||(9187340-9187576)
chr7 (115-250)||(21643794-21643929)
chr7 (14-164)||(24272181-24272331)
chr7 (14-120)||(21642343-21642449)
chr7 (88-238)||(3322568-3322718)
chr7 (88-238)||(7072302-7072452)
chr7 (88-238)||(25407665-25407815)
chr7 (70-245)||(44012293-44012467)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (14-250)||(33333271-33333507)
chr6 (14-250)||(14739767-14740003)
chr6 (14-248)||(24433517-24433751)
chr6 (88-238)||(13880990-13881140)
chr6 (88-238)||(35203843-35203993)
chr6 (88-238)||(25943920-25944070)
chr6 (70-236)||(17692617-17692783)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (14-250)||(8514750-8514986)
chr3 (14-250)||(32477996-32478232)
chr3 (14-247)||(2674418-2674651)
chr3 (14-250)||(1308527-1308763)
chr3 (14-224)||(22170529-22170739)
chr3 (14-250)||(3325733-3325969)
chr3 (14-121)||(18144952-18145059)
chr3 (88-238)||(6305562-6305712)
chr3 (88-238)||(10096586-10096736)
chr3 (88-238)||(10203472-10203622)
chr3 (88-238)||(10610553-10610703)
chr3 (88-238)||(16459715-16459865)
chr3 (88-238)||(10899260-10899410)
chr3 (88-238)||(22623759-22623909)
chr3 (88-238)||(29911733-29911883)
chr3 (88-238)||(54190759-54190909)
chr3 (88-238)||(47880668-47880818)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (14-250)||(19346934-19347170)
chr2 (14-250)||(25393542-25393778)
chr2 (37-198)||(39485468-39485629)
chr2 (14-100)||(31058614-31058700)
chr2 (14-246)||(31133776-31134008)
chr2 (88-238)||(45569641-45569791)
chr2 (14-89)||(39485393-39485468)
chr2 (92-238)||(2738456-2738602)
chr2 (88-238)||(39684498-39684648)
chr2 (88-238)||(17934335-17934485)
chr2 (88-238)||(20052541-20052690)
chr2 (88-238)||(22715014-22715164)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (14-250)||(9226596-9226832)
chr4 (14-250)||(18858232-18858468)
chr4 (14-250)||(16626188-16626424)
chr4 (14-246)||(5145564-5145796)
chr4 (88-238)||(4567590-4567740)
chr4 (136-236)||(16634744-16634844)
chr4 (88-238)||(15314567-15314718)
chr4 (70-238)||(47564964-47565132)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (14-250)||(16504-16740)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (14-248)||(164-398)
scaffold0006 (14-248)||(8320-8554)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (14-250)||(41395907-41396131)
chr1 (14-129)||(19369001-19369116)
chr1 (88-238)||(9523979-9524129)
chr1 (88-238)||(2397035-2397185)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (54-250)||(34706-34902)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (88-238)||(924-1074)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (88-238)||(18577-18727)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 35743045 - 35743281
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743045 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 35743144  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743145 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 35743244  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743245 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 35743281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10686695 - 10686459
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686695 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 10686596  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10686595 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 10686496  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10686495 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 10686459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 18868101 - 18867865
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868101 catcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 18868002  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18868001 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacattcaaagaggagtaatctgccggtttccca 18867902  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867901 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 18867865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 26299029 - 26299265
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299029 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 26299128  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  26299129 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttccca 26299228  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26299229 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 26299265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 28893165 - 28893015
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  28893165 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 28893066  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28893065 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 28893015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 16755040 - 16755190
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  16755040 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 16755139  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16755140 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 16755190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 4815006 - 4815156
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||| ||| || ||||    
T  4815006 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagactttca 4815105  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4815106 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4815156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25682713 - 25682563
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  25682713 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 25682614  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25682613 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25682563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 28330296 - 28330146
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  28330296 ttcacacctttaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 28330197  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  28330196 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 28330146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 15947078 - 15946914
Alignment:
Q  74 acaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagc 173  Q
    |||||||||| || |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| || |||| | | ||| |||| |||||    
T  15947078 acaacttgtaacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacacttcacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagc 15946979  T
Q  174 tccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    ||||||||| |||||    ||||| || | | || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15946978 tccgaaaactttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15946914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 21039849 - 21039682
Alignment:
Q  70 ttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 169  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| |    
T  21039849 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgcta 21039751  T
Q  170 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |||||| |||||| |||||    ||||| ||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21039750 aagctctgaaaacattcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacctccataggtgtcttga 21039682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31399423 - 31399187
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399423 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 31399324  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31399323 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaattcgccggtttccca 31399224  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399223 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 31399187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 33789012 - 33789248
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789012 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 33789111  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33789112 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttccca 33789211  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789212 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 33789248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 43594777 - 43595013
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594777 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 43594876  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43594877 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 43594976  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43594977 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 43595013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 43627571 - 43627807
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627571 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 43627670  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43627671 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 43627770  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43627771 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 43627807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 27447479 - 27447715
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447479 catcaaaggtaacatccctacttatcaaggctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 27447578  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27447579 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 27447678  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27447679 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 27447715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 37559033 - 37558797
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559033 catcaaaggtaacatccctacttatcacgactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 37558934  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37558933 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttccca 37558834  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  37558833 ctccatacctccataagtgtcttgaagtctatccccg 37558797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 24558015 - 24557779
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24558015 catcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 24557916  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  24557915 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttccca 24557816  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24557815 ctccatacttccataggtgtcttgaagtttattcccg 24557779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 24599047 - 24598811
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599047 catcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 24598948  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  24598947 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttccca 24598848  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24598847 ctccatacttccataggtgtcttgaagtttattcccg 24598811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 247
Target Start/End: Original strand, 28835958 - 28836190
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28835958 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttctcaccttccggataaccaatgaa 28836057  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  28836058 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatacgcatatg-caaagctccgaaaaccatcaaagatgagtaatctaccggtttccca 28836156  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 247  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28836157 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 28836190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 28805153 - 28805070
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacacctt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28805153 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagatttcaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 28805070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25447889 - 25447738
Alignment:
Q  88 ttcacaccttcc-ggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttc 186  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| |||    
T  25447889 ttcacacctttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttc 25447790  T
Q  187 aaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    ||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25447789 aagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25447738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 204 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 29103965 - 29103928
Alignment:
Q  204 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 241  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29103965 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29103928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 204 - 241
Target Start/End: Original strand, 29267741 - 29267778
Alignment:
Q  204 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 241  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29267741 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29267778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 16882583 - 16882819
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882583 catcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 16882682  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16882683 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 16882782  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882783 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 16882819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 24263754 - 24263518
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263754 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 24263655  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24263654 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 24263555  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24263554 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 24263518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Original strand, 18411313 - 18411544
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18411313 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacaaatgaa 18411412  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18411413 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttccca 18411512  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctat 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411513 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctat 18411544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Original strand, 21986576 - 21986808
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21986576 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccagataaccaatgaa 21986675  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||    
T  21986676 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccgatttccca 21986775  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatt 246  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21986776 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctatt 21986808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9187576 - 9187340
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187576 catcaaaggtaacatccatactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacagcttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 9187477  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||    
T  9187476 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaaagatgagtagtttgccggtttccca 9187377  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9187376 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 9187340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 115 - 250
Target Start/End: Original strand, 21643794 - 21643929
Alignment:
Q  115 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21643794 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccac 21643893  T
Q  215 tccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21643894 tccatacctccataggtgtcttgaagtctatacccg 21643929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24272331 - 24272181
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272331 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttaatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 24272232  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcata 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24272231 gacacatttcaaagctctaggctcaatcttgtcttgcttgatatgcgcata 24272181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 120
Target Start/End: Original strand, 21642343 - 21642449
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642343 catcgaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccaatagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 21642442  T
Q  114 gacacat 120  Q
    |||||||    
T  21642443 gacacat 21642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 3322568 - 3322718
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||  |||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  3322568 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcaccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 3322667  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3322668 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 3322718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 7072452 - 7072302
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  7072452 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttca 7072353  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7072352 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 7072302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25407815 - 25407665
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  25407815 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 25407716  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  || || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25407715 agttagagtagtctacccgtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25407665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 245
Target Start/End: Original strand, 44012293 - 44012467
Alignment:
Q  70 ttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 169  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |    
T  44012293 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgcta 44012392  T
Q  170 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 245  Q
    ||||||| ||||| ||||||   ||||| || |||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || |||||    
T  44012393 aagctcc-aaaactttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctctataagtgtcttcaaatctat 44012467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 33333507 - 33333271
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33333507 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttcctgataaccaatgaa 33333408  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333407 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 33333308  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33333307 ctccatacctccataggtatcttgaagtctattcccg 33333271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14740003 - 14739767
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740003 catcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 14739904  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14739903 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 14739804  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14739803 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 14739767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 24433751 - 24433517
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24433751 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattcaaatttacacaacttgtaacccttcacaccttccagataaccaatgaa 24433652  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||   || ||||||||     
T  24433651 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtattgattgatatgcgcatatgtcaaaactccgaaaaccttcaaagatgagtaaattgctggtttcccg 24433552  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcc 248  Q
    ||||||   || ||||| |||||||||||||||||    
T  24433551 ctccatttttcaataggcgtcttgaagtctattcc 24433517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13881140 - 13880990
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  13881140 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 13881041  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13881040 agttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 13880990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 35203843 - 35203993
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  35203843 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 35203942  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35203943 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 35203993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25944070 - 25943920
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||| |  | | ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  25944070 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacatttcacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 25943971  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25943970 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25943920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 70 - 236
Target Start/End: Original strand, 17692617 - 17692783
Alignment:
Q  70 ttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 169  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||||||   ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |    
T  17692617 ttccacaacctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgcta 17692716  T
Q  170 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctt 236  Q
    |||| |||||||| |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17692717 aagccccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccatatgtgtctt 17692783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 8514750 - 8514986
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514750 catcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 8514849  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8514850 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 8514949  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514950 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 8514986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 32477996 - 32478232
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477996 catcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 32478095  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32478096 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 32478195  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478196 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 32478232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 2674651 - 2674418
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674651 catcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaactcttatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 2674552  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674551 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 2674452  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 247  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2674451 ctccatacctccataggtgtctagaagtttattc 2674418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 1308527 - 1308763
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308527 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 1308626  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  1308627 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttccca 1308726  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1308727 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 1308763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 14 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 22170739 - 22170529
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170739 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 22170640  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22170639 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 22170540  T
Q  214 ctccatacctc 224  Q
    |||||||||||    
T  22170539 ctccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 3325969 - 3325733
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325969 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaattttcacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 3325870  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |  ||||||||    
T  3325869 gacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatcttctagtttccca 3325770  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325769 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattcccg 3325733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 14 - 121
Target Start/End: Original strand, 18144952 - 18145059
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18144952 catcaaaggtaacgtccctacttatcaagacatttgatcctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 18145051  T
Q  114 gacacatt 121  Q
    ||||||||    
T  18145052 gacacatt 18145059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 6305712 - 6305562
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  6305712 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 6305613  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6305612 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 6305562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 10096586 - 10096736
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  10096586 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 10096685  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10096686 agttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 10096736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 10203472 - 10203622
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  10203472 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 10203571  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10203572 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10203622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 10610553 - 10610703
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  10610553 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 10610652  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610653 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 16459865 - 16459715
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||| | || |||||||||||||| ||||    
T  16459865 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaactttca 16459766  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  16459765 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttga 16459715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10899410 - 10899260
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| |||||| || |    
T  10899410 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaactttta 10899311  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10899310 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10899260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 22623759 - 22623909
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  22623759 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcatagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 22623858  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  22623859 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaaactccataggtgttttga 22623909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 29911733 - 29911883
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |  ||||    
T  29911733 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagattttca 29911832  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29911833 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 29911883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 54190909 - 54190759
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| || |    
T  54190909 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttta 54190810  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  54190809 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 54190759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 47880668 - 47880818
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||    
T  47880668 ttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacacttcacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttca 47880767  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    ||   ||||| || |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47880768 aattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctacataggtgtcttga 47880818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 19346934 - 19347170
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346934 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaattttcacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 19347033  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347034 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 19347133  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347134 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 19347170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 25393542 - 25393778
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393542 catcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 25393641  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  25393642 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctccgtaaaccttcaaagatgagtaatctgccggtttccca 25393741  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25393742 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 25393778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 37 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 39485629 - 39485468
Alignment:
Q  37 atcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggct 136  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485629 atcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggct 39485530  T
Q  137 caagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaa 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39485529 caagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaa 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 14 - 100
Target Start/End: Original strand, 31058614 - 31058700
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058614 catcaaaggtaacatacctactaatcaagacttttgaccctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccg 31058700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 31134008 - 31133776
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||| ||||| ||| | |||||||   ||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  || ||||||||||||||    
T  31134008 catcaaaagtaacgtccttgcttatcatcgctcttgatcctcatatagattccaatttccacaacttgtaactgtgcacacgctctggataaccaatgaa 31133909  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    || |||||||| | ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||  |||||| ||||||||  ||||| ||  |||  ||||||    
T  31133908 gaaacatttcacaactccagcatcaagcttgtcttacttgatatgcagatacgctaaagcctcgaaaatcttcaaagttgagtagtcttccgacttccca 31133809  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatt 246  Q
    ||| || |||  || |||||||| |||||||||    
T  31133808 ctctatgcctttattggtgtcttaaagtctatt 31133776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 45569791 - 45569641
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  45569791 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 45569692  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45569691 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 45569641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 89
Target Start/End: Original strand, 39485393 - 39485468
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatccctt 89  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485393 catcaaaggtaacatctctactaatcaagatttttgatccttcactagattccaatttccacaacttgtaaccctt 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 2738602 - 2738456
Alignment:
Q  92 caccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaaga 191  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||       
T  2738602 caccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagtt 2738503  T
Q  192 ggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
     ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2738502 agagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 2738456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 39684648 - 39684498
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  39684648 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 39684549  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  39684548 agttagagtagtcttccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 39684498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 17934485 - 17934335
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  17934485 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttca 17934386  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17934385 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 17934335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 20052541 - 20052690
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||| |||||| ||||    
T  20052541 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctc-gaaaactttca 20052639  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20052640 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 20052690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 22715014 - 22715164
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| | | | || |||||||||||||| ||||    
T  22715014 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttca 22715113  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22715114 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttga 22715164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9226832 - 9226596
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226832 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 9226733  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9226732 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 9226633  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226632 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 9226596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 18858232 - 18858468
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858232 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 18858331  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18858332 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 18858431  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858432 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 18858468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16626424 - 16626188
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16626424 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaactcgtaacccttcagaccttccggataaccaatgaa 16626325  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  16626324 gatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttccca 16626225  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16626224 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 16626188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Original strand, 5145564 - 5145796
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  5145564 catcaaaggtaatatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttctggataacgaataaa 5145663  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  5145664 gacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtctttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccggtttccca 5145763  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatt 246  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5145764 ttccatacttccataggtgtcttgaagtctatt 5145796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4567740 - 4567590
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  4567740 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 4567641  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    ||   ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4567640 aattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4567590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 136 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16634844 - 16634744
Alignment:
Q  136 tcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtct 235  Q
    ||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||   ||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16634844 tcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 16634745  T
Q  236 t 236  Q
    |    
T  16634744 t 16634744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 15314718 - 15314567
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| | | | || |||||||||||||| ||||    
T  15314718 ttcacaccttcaggataactcatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttca 15314619  T
Q  188 aagaggagtaatcc-gccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| |||  ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15314618 agttagagtagtcctaccggtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15314567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 47565132 - 47564964
Alignment:
Q  70 ttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 169  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  |   ||| ||| |||| |    
T  47565132 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgcta 47565033  T
Q  170 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    ||||||| ||||| ||||||   ||||| || | |||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  47565032 aagctccaaaaactttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacgtccataggtgtcttga 47564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16740 - 16504
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16740 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 16641  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16640 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttccca 16541  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16540 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 16504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 14 - 248
Target Start/End: Original strand, 164 - 398
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  164 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 263  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  264 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttccca 363  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcc 248  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  364 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattcc 398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 14 - 248
Target Start/End: Original strand, 8320 - 8554
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320 catcaaaggtaacatccctactaattaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaa 8419  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  8420 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttccca 8519  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcc 248  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8520 ctccatacttccataggtgtcttgaagtctattcc 8554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 41395907 - 41396131
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395907 catcaaaggtaacatccctactaactaagactcttgatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 41396006  T
Q  114 gacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttccca 213  Q
    |||||||||| |             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  41396007 gacacatttccac------------agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttccca 41396094  T
Q  214 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41396095 ctccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 41396131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 19369116 - 19369001
Alignment:
Q  14 catcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369116 catcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattctaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaa 19369017  T
Q  114 gacacatttcaaagct 129  Q
    ||||||||||||||||    
T  19369016 gacacatttcaaagct 19369001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 9524129 - 9523979
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  9524129 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 9524030  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9524029 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 9523979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 2397035 - 2397185
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  2397035 ttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 2397134  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2397135 agttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccataggtgttttga 2397185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 109; Significance: 6e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 54 - 250
Target Start/End: Original strand, 34706 - 34902
Alignment:
Q  54 tccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 153  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  34706 tccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgcttg 34805  T
Q  154 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 250  Q
    |||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||| |||||   |    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  34806 atatgcgcatatgccaaatcttagagaaccttcatagatgagtagaacattagtttcccactccatacttccataggtatcctgaagtttattcccg 34902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Original strand, 924 - 1074
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | ||||||||  ||||| ||||||||| | | ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  924 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattttacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 1023  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1024 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 1074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 88 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 18727 - 18577
Alignment:
Q  88 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 187  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  | | ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  18727 ttcacagcttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 18628  T
Q  188 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 238  Q
    ||   ||||| |  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18627 aattagagtagtttgccggcctcccactccaaacctccataggtgtcttga 18577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University