View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_low_391 (Length: 245)

Name: NF11737A_low_391
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_low_391
NF11737A_low_391
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (20-245)||(37261564-37261789)
chr5 (20-245)||(3690238-3690463)
chr5 (20-245)||(3876324-3876549)
chr5 (20-245)||(25542526-25542751)
chr5 (20-245)||(27881345-27881570)
chr5 (20-245)||(30346362-30346587)
chr5 (20-245)||(37373197-37373422)
chr5 (20-245)||(39883444-39883669)
chr5 (20-245)||(14192545-14192770)
chr5 (24-245)||(17871375-17871596)
chr5 (20-242)||(10025242-10025464)
chr5 (20-204)||(24629686-24629870)
chr5 (20-245)||(8428318-8428532)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (20-245)||(10038891-10039116)
chr3 (20-245)||(10110861-10111086)
chr3 (20-245)||(10237815-10238040)
chr3 (20-239)||(11368906-11369125)
chr3 (20-245)||(33032-33257)
chr3 (20-245)||(10000668-10000893)
chr3 (20-245)||(13530300-13530525)
chr3 (20-245)||(10968515-10968740)
chr3 (20-242)||(50410432-50410654)
chr3 (20-200)||(52918332-52918512)
chr3 (86-241)||(11362524-11362681)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (20-245)||(17610-17834)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (20-245)||(2452850-2453075)
chr1 (20-245)||(36207476-36207701)
chr1 (20-245)||(16042286-16042511)
chr1 (20-245)||(37389885-37390110)
chr1 (20-241)||(48233643-48233864)
chr1 (20-245)||(48775068-48775293)
chr1 (24-245)||(6310731-6310952)
chr1 (31-245)||(2329427-2329641)
chr1 (20-204)||(52500879-52501063)
chr1 (120-245)||(18148949-18149074)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (20-245)||(186815-187040)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (20-245)||(321069-321294)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (29-245)||(314-530)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (20-245)||(32193-32418)
scaffold0073 (20-245)||(12-237)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (20-245)||(25218298-25218523)
chr8 (20-245)||(21113477-21113702)
chr8 (20-241)||(25208780-25209001)
chr8 (20-241)||(7822103-7822324)
chr8 (108-241)||(30307442-30307575)
chr8 (20-104)||(30325877-30325961)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (20-245)||(5828288-5828513)
chr7 (20-245)||(21069795-21070020)
chr7 (20-245)||(7036981-7037206)
chr7 (20-245)||(9000878-9001103)
chr7 (20-245)||(42232260-42232486)
chr7 (20-241)||(12780881-12781102)
chr7 (24-245)||(22844064-22844285)
chr7 (88-245)||(12785790-12785936)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (20-245)||(2201912-2202137)
chr6 (20-241)||(12517539-12517760)
chr6 (20-241)||(18344390-18344611)
chr6 (24-245)||(30881587-30881808)
chr6 (65-245)||(10187805-10187985)
chr6 (130-245)||(15333904-15334019)
chr6 (53-198)||(18814054-18814199)
chr6 (206-245)||(29639947-29639986)
chr6 (206-245)||(31510118-31510157)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (20-245)||(35856168-35856393)
chr4 (20-245)||(55558856-55559081)
chr4 (20-241)||(1860942-1861163)
chr4 (29-245)||(38518357-38518573)
chr4 (20-241)||(617957-618178)
chr4 (20-241)||(13337500-13337721)
chr4 (20-245)||(49710433-49710658)
chr4 (88-245)||(49786640-49786786)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (20-245)||(27509635-27509860)
chr2 (29-245)||(24246086-24246302)
chr2 (20-245)||(24268803-24269028)
chr2 (20-245)||(27192750-27192975)
chr2 (20-245)||(27842564-27842789)
chr2 (20-245)||(35609914-35610139)
chr2 (20-245)||(21395631-21395856)
chr2 (55-245)||(17683597-17683787)
chr2 (27-178)||(3642920-3643071)
chr2 (88-245)||(28665984-28666130)
chr2 (88-245)||(37824818-37824964)
chr2 (89-245)||(41919986-41920131)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (20-245)||(183072-183297)
scaffold0003 (20-241)||(165796-166019)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (20-245)||(19267-19491)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (20-245)||(28452-28677)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (20-241)||(4993-5214)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (87-245)||(40017-40175)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (88-241)||(1265-1418)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (20-172)||(14010-14162)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (88-245)||(48748-48894)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 37261789 - 37261564
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  37261789 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcctgttgtctgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgtctcgatcaattcatcaaa 37261690  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  37261689 gatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaag 37261590  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  37261589 tggatactctcaattggagacggcaa 37261564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 3690463 - 3690238
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3690463 gaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 3690364  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  3690363 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaag 3690264  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  3690263 tggatactctcaattggagacggcaa 3690238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 3876324 - 3876549
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3876324 gaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 3876423  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  3876424 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaag 3876523  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  3876524 tggatactctcaattggagacggcaa 3876549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 25542526 - 25542751
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||  || || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25542526 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgtggcagaatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 25542625  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  25542626 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcaaagcagaaagaaattgctaactttggcaag 25542725  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  25542726 tggatactctcaattggagacggcaa 25542751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27881570 - 27881345
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  27881570 gaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcatgttgtccgaggaggaacaaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcatcaaa 27881471  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  27881470 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttaccgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacatgcagagcaggtagaaattgctaattttggcaag 27881371  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  27881370 tggatactctcaattggagacggcaa 27881345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 30346362 - 30346587
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30346362 gaatgacaatagttttaggtggtgatgtcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 30346461  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||| | ||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  30346462 gatatgtgcttattttaatgtgttaagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 30346561  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  30346562 tggatactctgaattggagacggcaa 30346587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 37373422 - 37373197
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||||| | | |||||||||| |||||||||  |||||| |||  ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||    
T  37373422 gaatcacagtagttttaggtggtgattttaagcagatattgcctgttgtctgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcgtcggtcaattcgtcaaa 37373323  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  37373322 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 37373223  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  37373222 tggatactctcaattggagacggcaa 37373197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 39883669 - 39883444
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||  |  |||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  39883669 gaatgacagtagttttacgtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtcctaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaa 39883570  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  39883569 gatattggcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcagcttcggtacatgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaag 39883470  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  39883469 tggatactctcaattggagacggcaa 39883444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 14192545 - 14192770
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| | |||||| |||||||||||||| | |||||||  |||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||    
T  14192545 gaatgacagttgttttaggtggtgatttcaggcatatattgcatgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgccccaattaattcattaaa 14192644  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  14192645 gatatgggcttattataatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgtagagtaggaagaaattgctaattttgacaag 14192744  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  14192745 tggatactctcaattggagacggcaa 14192770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 24 - 245
Target Start/End: Original strand, 17871375 - 17871596
Alignment:
Q  24 gacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagata 123  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||  || |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17871375 gacaaaagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtcatccgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagata 17871474  T
Q  124 tgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtgga 223  Q
    || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||    
T  17871475 tgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgcatctttggtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatgga 17871574  T
Q  224 tactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||| |||| |||||    
T  17871575 tactctcaattagagaaggcaa 17871596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 10025464 - 10025242
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||| | |||| |||||||||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10025464 gaatgacaatagttttaggtggtgatattaggcagatattgcctgctgtccgaaaaggaacgaggcaatatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 10025365  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  10025364 gatatgtgcttattttgatgtgttgagacttactgttaatatgagactgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 10025265  T
Q  220 tggatactctcaattggagacgg 242  Q
    |||||||||| |||| |||||||    
T  10025264 tggatactctgaattagagacgg 10025242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 204
Target Start/End: Original strand, 24629686 - 24629870
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24629686 gaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 24629785  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaatt 204  Q
    |||||| ||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  24629786 gatatgtgcttattttaatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaatt 24629870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 8428318 - 8428532
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||   |||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  8428318 gaatggcagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccagatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 8428417  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||| ||           ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  8428418 gatatgggcttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 8428506  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  8428507 tggatactctcaattggagacggcaa 8428532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10039116 - 10038891
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10039116 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaagaagatattgcatgttgtctgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 10039017  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  10039016 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttattgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaag 10038917  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  10038916 tggatactctcaattgaagacggcaa 10038891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10111086 - 10110861
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10111086 gaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 10110987  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||| | ||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  10110986 gatatgagcttattttaatgtgttaatgcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctacagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 10110887  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||| | |||||||||||||||    
T  10110886 tggatactatgaattggagacggcaa 10110861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10238040 - 10237815
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10238040 gaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcttgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 10237941  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  10237940 gatatgggcttattttaatgtgttaaggcttactgttaatataagattggatgcatctttggtacctgctgagcagaaagaaattgctaattttggcaag 10237841  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  10237840 tggatactctgaattggagacggcaa 10237815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 11369125 - 11368906
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||| | |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11369125 gaatgacagtagttttaagtggtgatttcaggcatatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 11369026  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||| || ||||||||||| |    
T  11369025 gatatggacttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcagagaaggaagaaactgataattttggcaag 11368926  T
Q  220 tggatactctcaattggaga 239  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  11368925 tggataccctcaattggaga 11368906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 33257 - 33032
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||  |||||| | |  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  33257 gaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgcatgttgtccgaggaggaacgacgccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 33158  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  33157 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 33058  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||    
T  33057 tggatactctcaattagagacggcaa 33032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10000893 - 10000668
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10000893 gaatgacaatagttttaggtggggatttcaggcagatgttgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 10000794  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||| |    
T  10000793 gatatgggcttattttaatgtgttaaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagtagaaagaaattgttaattttggcaag 10000694  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||| | |||||||||||||||    
T  10000693 tggatactatgaattggagacggcaa 10000668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 13530525 - 13530300
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13530525 gaatgacagtagttttagctggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccaaaaaggaacgaggcacgatattgttgatgcctcaatcaattcatcaca 13530426  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  13530425 gatatgggcttattgtaatgtgtagaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcttcggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaag 13530326  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |  |||||||||||||||||||||||    
T  13530325 tatatactctcaattggagacggcaa 13530300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 10968515 - 10968740
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||| | || ||| |||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968515 gaatgacagtagttttagatggtgatttcaggcagatattgtctgtagtccgaaacggatcgagggaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 10968614  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10968615 gatatgggtttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcagtacctatagagcaggaagaaattgctaattttggcaag 10968714  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||    
T  10968715 tggacactctcaattggagatggcaa 10968740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 20 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 50410654 - 50410432
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||| | |||| ||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50410654 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatactgcctgttgtccgtaaagcaacgaggcacgatatttttgatgcctcaatcaattcatcaaa 50410555  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  50410554 gatattggcttattctaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcttcggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaag 50410455  T
Q  220 tggatactctcaattggagacgg 242  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  50410454 tggatactctcaattagagacgg 50410432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 52918512 - 52918332
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||  || ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918512 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtagtccgaaaaggatcgagggaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 52918413  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaaga 200  Q
    |||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  52918412 gatacgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgtagagtaggaaga 52918332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 86 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 11362681 - 11362524
Alignment:
Q  86 aggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacg 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||     
T  11362681 aggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacc 11362582  T
Q  186 tgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtgg--atactctcaattggagacg 241  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  11362581 tgcagagcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggagacg 11362524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 17610 - 17834
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17610 gaatgacaagagttttatgtggtgatttcaggcagctattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 17709  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  17710 gatatgggctt-ttgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttagcaag 17808  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||    
T  17809 tggatactctcaattggagacagcaa 17834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 2452850 - 2453075
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2452850 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcgaggcaggatattgttgatgcttcaatcaattcatcaaa 2452949  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||| ||| |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  2452950 gatataggcatattgtaatgtgtcgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcatgaagaaattgctaattttgacaag 2453049  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  2453050 tggatactctcaattggagacggcaa 2453075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 36207701 - 36207476
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36207701 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcagacagatattgcctgttgtctgaaaaggaaagaggcaggatattattgatgcctcaatcaattcatcaaa 36207602  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  36207601 gatatgagtttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggttcatcttcggtacctgcaaagcaggaagaaattgataattttggcaag 36207502  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  36207501 tggatactctcaattgaagacggcaa 36207476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 16042511 - 16042286
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||  |  |||||| |||  ||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  16042511 gaatgacagtagttttacgtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtcctaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagttaattcgtcaaa 16042412  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16042411 gatattggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcagcttcggtacatgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaag 16042312  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  16042311 tggatactctcaattggagacggcaa 16042286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 37389885 - 37390110
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  37389885 gaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggctggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 37389984  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  37389985 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactattaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 37390084  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||| |||||||||||||||||||    
T  37390085 tggatattctcaattggagacggcaa 37390110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 48233864 - 48233643
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48233864 gaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgagacaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 48233765  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| | ||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  48233764 gatatgtgtttattgtaatttgttgaggcttactgttgatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcaggaagaaattcctaattttgacaag 48233665  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    || |||||||||| | ||||||    
T  48233664 tgaatactctcaacttgagacg 48233643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 48775068 - 48775293
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||  | ||||||   |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48775068 gaatgacggtagttttaggtggtgatttcagacaaatattgtatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 48775167  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
     ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || | |||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  48775168 tatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatcagattgggtgcatcttcgggacctacagagcagaaagaaactgctaattttggcaag 48775267  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  48775268 tggatactctcaattggagacggcaa 48775293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 24 - 245
Target Start/End: Original strand, 6310731 - 6310952
Alignment:
Q  24 gacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagata 123  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| | |||||| ||  |||||  |||   |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  6310731 gacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgtctgttgtccgaggaggaatgaggcctgatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagata 6310830  T
Q  124 tgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtgga 223  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  6310831 tgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtgga 6310930  T
Q  224 tactctcaattggagacggcaa 245  Q
    || |||| ||||||||||||||    
T  6310931 tagtctccattggagacggcaa 6310952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 31 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2329641 - 2329427
Alignment:
Q  31 gttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggctt 130  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| |  ||| ||| ||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2329641 gttttaggtggtgatttcaggcagatactacctgttgtccgtgaagcaacgaggcacgatattgttaatgccttaatcaattcatcaaagatatgggctt 2329542  T
Q  131 attgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctc 230  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2329541 attgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcctcttcgttacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctc 2329442  T
Q  231 aattggagacggcaa 245  Q
    |||| ||||||||||    
T  2329441 aattagagacggcaa 2329427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 52501063 - 52500879
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52501063 gaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 52500964  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaatt 204  Q
    |||||| ||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  52500963 gatatgtgcttattttaatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaatt 52500879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 120 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 18149074 - 18148949
Alignment:
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||||| |||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  18149074 gatatggacttattttaatgtgttaaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 18148975  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  18148974 tggatactctgaattggagacggcaa 18148949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 187040 - 186815
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  187040 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaagcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcaccaatcaattcatcaaa 186941  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| |||  || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  186940 gatatgggcttattgtaatgttttaaggcctactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacttgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 186841  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  186840 tggatactctcaattggagacggcaa 186815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 321069 - 321294
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  321069 gaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgccttaatcaattcatcaac 321168  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  321169 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacttttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 321268  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||    
T  321269 tggatattctcaatttgagacggcaa 321294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 29 - 245
Target Start/End: Original strand, 314 - 530
Alignment:
Q  29 tagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggc 128  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  314 tagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaggaggaacaaggccggatattgttgatgcctcaatcaattcgtcaaagatatgggc 413  T
Q  129 ttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactc 228  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  414 ttattgtaatgtgttgaggcttactattaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactc 513  T
Q  229 tcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||    
T  514 tcaattggagacggcaa 530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 32418 - 32193
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  32418 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgacgaggaacgaggccagatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaa 32319  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32318 gatatgtgcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaag 32219  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  32218 tggatactctcaattggatacggcaa 32193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 237 - 12
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  || || ||  |||||| |||  |||||||||||||| |||  ||||||| |||||    
T  237 gaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgccttttttccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgtctcggtcaattcgtcaaa 138  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
     |||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  137 tatattggcttattgtaatgttttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaag 38  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  37 tggatactctcaattggagacggcaa 12  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 25218298 - 25218523
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  25218298 gaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 25218397  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  25218398 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 25218497  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  25218498 tggatactctcaattggagacggcaa 25218523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 21113477 - 21113702
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  21113477 gaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaca 21113576  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  21113577 gatatgtgcttattttaatgtgttgacgcttactgttaatatgcgattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 21113676  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  21113677 tggatactctgaattggagacggcaa 21113702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Original strand, 25208780 - 25209001
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||| || ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  25208780 gaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttttccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 25208879  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||| |    
T  25208880 gatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttaatgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggacgaaattactaatttttgcaag 25208979  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  25208980 tggatactctcaattggagacg 25209001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 7822324 - 7822103
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||  |||||| |||  |  |||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  7822324 gaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctattgtccgaggaggaacgaggccgattattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 7822225  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| | | |    
T  7822224 gatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcttcggtacctgtagagcaggaagaaattgcgaatttttgtaag 7822125  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  7822124 tggatactctcaattggagacg 7822103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 108 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 30307575 - 30307442
Alignment:
Q  108 caattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgct 207  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  30307575 caattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagtgggaagaaattgct 30307476  T
Q  208 aattttggcatgtggatactctcaattggagacg 241  Q
    |||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  30307475 aatttttgcaagtagatactctcaattggagacg 30307442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 30325961 - 30325877
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctc 104  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  30325961 gaatgacagtagttttaggttgtgattttaggcagatattgcctattgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctc 30325877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 5828288 - 5828513
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5828288 gaatgatattagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 5828387  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  5828388 gatatgggtttattttaatgtgttgaggcttactattaatatgagattgagtgcatcttcggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 5828487  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  5828488 tggatactctgaattggagacggcaa 5828513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 21069795 - 21070020
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21069795 gaatcacagtagttttaggtggtgatttcaggtagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcattaaa 21069894  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||| ||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |    
T  21069895 gatatgggtttattgtaatgtatcgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttgacaag 21069994  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  21069995 tggatactctcaattggagacggcaa 21070020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 7037206 - 7036981
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  7037206 gaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 7037107  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  7037106 gatataggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaag 7037007  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  7037006 tggatactctcaattggagacggcaa 7036981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 9000878 - 9001103
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  9000878 gaatgacagtagttttaggttgtgattttaggcagatattgcctattgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaa 9000977  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9000978 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcatagcaggaagaaattgctaattttggcaag 9001077  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  9001078 tggatactctcaattggatacggcaa 9001103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 42232486 - 42232260
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagtttt-atgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaa 118  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42232486 gaatgacaatagtttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcagtatattgttgatgcatcaatcaattcatcaa 42232387  T
Q  119 agatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcat 218  Q
    ||||||| ||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  42232386 agatatgtgcttattttaatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagtagaaagaaattgctaattttggcaa 42232287  T
Q  219 gtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  42232286 gtggatactctgaattggagacggcaa 42232260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Original strand, 12780881 - 12781102
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||| || |||  |  |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  12780881 gaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatgttgcctgtagtccaaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 12780980  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  12780981 gatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgtagagcaagaagaaattgctaatttttgcaag 12781080  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12781081 tggatactctcaattggagacg 12781102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 22844285 - 22844064
Alignment:
Q  24 gacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagata 123  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||||  ||  || |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22844285 gacaaaagttttaggtggtgatttcatgcagatattgcatgtcatccgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagata 22844186  T
Q  124 tgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtgga 223  Q
    || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||    
T  22844185 tgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgcatctttggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaattgga 22844086  T
Q  224 tactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||| |||| |||| |||||    
T  22844085 tactcttaattagagaaggcaa 22844064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 245
Target Start/End: Original strand, 12785790 - 12785936
Alignment:
Q  88 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtg 187  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||| |||  ||||||||| ||           ||| | |||||||||||||| |     
T  12785790 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 12785878  T
Q  188 cagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12785879 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 12785936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 2201912 - 2202137
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2201912 gaatgacagtagttttaggtggtgacttcaggcagatattgcccattgtccgaaaaggatcgaggcaggatattgttgatgcctcgatcaattcatcaaa 2202011  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||| ||| |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  2202012 gatataggcatattgtaatgtgtcgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacttgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaag 2202111  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  2202112 tggatactctcaattggagaaggcaa 2202137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 12517760 - 12517539
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  12517760 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagttaattcgtcaaa 12517661  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  12517660 gatatgggcttattgtaatgtgttgaagcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgttcctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaag 12517561  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12517560 tggatactctcaattggagacg 12517539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 18344611 - 18344390
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18344611 gaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaatttatcaaa 18344512  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  18344511 gatatgggcttattgtaatttgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatctttggtatctacagagcaggaagaaattcctaattttgacaag 18344412  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  18344411 tgaatactctcaattggagacg 18344390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 24 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 30881808 - 30881587
Alignment:
Q  24 gacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagata 123  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||  || |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30881808 gacaaaagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtcatccgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagata 30881709  T
Q  124 tgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtgga 223  Q
    || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||    
T  30881708 tgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgcatctttggtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatgga 30881609  T
Q  224 tactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||| |||| |||||    
T  30881608 tactctcaattagagaaggcaa 30881587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 65 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10187985 - 10187805
Alignment:
Q  65 ttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgag 164  Q
    ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  10187985 ttgtccgaaaaggaacgagacaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttattgttaatatgag 10187886  T
Q  165 attaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10187885 attgggtgcatcttcgatacctgtagagcaggaagaaattgctaattttcgcacgtggatgctctcaattggagacggcaa 10187805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 130 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 15334019 - 15333904
Alignment:
Q  130 tattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactct 229  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15334019 tattgtaatgtgttgaagcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcgatacctgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactct 15333920  T
Q  230 caattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||    
T  15333919 caattggagacggcaa 15333904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 53 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 18814199 - 18814054
Alignment:
Q  53 agatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttac 152  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||| ||  | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  18814199 agatattgcatgttgtccgaaaaggaacgagacatgatattgttgatcccttaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttac 18814100  T
Q  153 tgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaa 198  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||||| || ||||||||||    
T  18814099 tgttaatatgagattgggtgcatcgttggtacctgtagagcaggaa 18814054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 206 - 245
Target Start/End: Original strand, 29639947 - 29639986
Alignment:
Q  206 ctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29639947 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 29639986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 206 - 245
Target Start/End: Original strand, 31510118 - 31510157
Alignment:
Q  206 ctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31510118 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 31510157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 35856393 - 35856168
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  35856393 gaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 35856294  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  35856293 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 35856194  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  35856193 tggatactctcaattggagacggcaa 35856168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 55558856 - 55559081
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  55558856 gaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcagtatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 55558955  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  55558956 gatatgtgcttattttaatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 55559055  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  55559056 tggatactctgaattggagacggcaa 55559081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1861163 - 1860942
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  1861163 gaatgacaatagtgtaaggtggtgatttcaggcaaatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcattaaa 1861064  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  1861063 gatatgggcttattttaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 1860964  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  1860963 tggatactctgaattggagacg 1860942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 29 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 38518573 - 38518357
Alignment:
Q  29 tagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggc 128  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||  | |||||||||  |||||| ||   |||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  38518573 tagttttaggtggtgattttaggcagatattaactgttgtctgaggaggaacgagaccggatattgttaatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggc 38518474  T
Q  129 ttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactc 228  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  38518473 ttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactc 38518374  T
Q  229 tcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||    
T  38518373 tcaattggagacggcaa 38518357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Original strand, 617957 - 618178
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  617957 gaatgacaatagctttaggtggtgatttcaagcagatattgcatgttgtctgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 618056  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||| |||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  || |    
T  618057 gatataggcttattgtaatttgttgaggctaactgttaatatgagattgagtgcatctttggtatctgcagagcaggaagaaattcctaattttaacaag 618156  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  618157 tgaatactctcaattggagacg 618178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 13337721 - 13337500
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  13337721 gaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaa 13337622  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||||   ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  13337621 gatatgatattattgtaatgtgttgaggtttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 13337522  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  13337521 tggatactctcaattggagacg 13337500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 49710658 - 49710433
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||  |||||| |||   |||||||||||||||||  ||||||| | |||    
T  49710658 gaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgttcgaggaggaacgaggccagatattgttgatgcctccgtcaattcgttaaa 49710559  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |    
T  49710558 gatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagaacagaaagaaattgctaattttggcaag 49710459  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  49710458 tggatactctcaattggacacggcaa 49710433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 245
Target Start/End: Original strand, 49786640 - 49786786
Alignment:
Q  88 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtg 187  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||| |||  ||||||||| ||           ||| | |||||||||||||| |     
T  49786640 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 49786728  T
Q  188 cagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49786729 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 49786786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27509860 - 27509635
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509860 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccaaaaaggaacgagacaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 27509761  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27509760 gatatgggcttattgtaatgtattgaggcttactgttaatataagattgggtgcatctttgctacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaag 27509661  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||    
T  27509660 tagatactctcaattggagacagcaa 27509635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 29 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 24246302 - 24246086
Alignment:
Q  29 tagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaa-ggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatggg 127  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||||| ||||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24246302 tagttttaggtggtgatttaaggcagatattgcatgttgtccgaaaaaggaatgatgcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatggg 24246203  T
Q  128 cttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatact 227  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  24246202 cttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagatt-ggtgaatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatgttggcatgtggattct 24246104  T
Q  228 ctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||    
T  24246103 ctcaattggagacggcaa 24246086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 24268803 - 24269028
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  24268803 gaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaca 24268902  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  24268903 gatatgtgcttattttaatgtgttgacgcttattgttaatatgcgattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 24269002  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  24269003 tggatactctgaattggagacggcaa 24269028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27192975 - 27192750
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27192975 gaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 27192876  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| | ||| || ||||||||||||||||  |||||||| || |    
T  27192875 gatatgggcttattgtaatttgttgaggctgattgttaatatgagattgggtgcatctttgatacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaag 27192776  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27192775 tggatactctcaactggtgacggcaa 27192750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27842789 - 27842564
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27842789 gaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 27842690  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| | ||| || ||||||||||||||||  |||||||| || |    
T  27842689 gatatgggcttattgtaatttgttgaggctgattgttaatatgagattgggtgcatctttgatacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaag 27842590  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27842589 tggatactctcaactggtgacggcaa 27842564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 35610139 - 35609914
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||| | |||||| |||||||||||||| | |||||||| |||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  35610139 gaatgacagttgttttaggtggtgatttcaggcatatattgcctgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgccccaatcaattcattaaa 35610040  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35610039 gatatggacttattataatgtgttgaggcttactgttaatatgacattgggtgcatcttcggtacctttagagcaggaagaaattgctaattttggcaag 35609940  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  35609939 tggatactctcaattggagacggcaa 35609914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21395856 - 21395631
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  21395856 gaatgaccgtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctccgtcaattcgtcaaa 21395757  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  21395756 gttatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagatcaggaagaaattgctaatttcggcaag 21395657  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  21395656 tggatactctcaattggagacggcaa 21395631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 55 - 245
Target Start/End: Original strand, 17683597 - 17683787
Alignment:
Q  55 atattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactg 154  Q
    |||||||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||| ||    
T  17683597 atattgcttgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttaaggcttattg 17683696  T
Q  155 ttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17683697 ttaatatgagattgggtgcatcttcgatacctgtagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 17683787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 27 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 3643071 - 3642920
Alignment:
Q  27 aatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643071 aatagttttaggtggtgatttcaggtagatattgcctgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgg 3642972  T
Q  127 gcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatctt 178  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3642971 gcttattgtaatttgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctt 3642920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 245
Target Start/End: Original strand, 28665984 - 28666130
Alignment:
Q  88 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtg 187  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||| |||  ||||||||| ||           ||| | |||||||||||||| |     
T  28665984 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 28666072  T
Q  188 cagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28666073 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 28666130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 245
Target Start/End: Original strand, 37824818 - 37824964
Alignment:
Q  88 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtg 187  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||| |||  ||||||||| ||           ||| | |||||||||||||| |     
T  37824818 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 37824906  T
Q  188 cagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37824907 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 37824964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 89 - 245
Target Start/End: Original strand, 41919986 - 41920131
Alignment:
Q  89 atattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgc 188  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||| |||  ||||||||| ||           ||| | |||||||| ||||| ||     
T  41919986 atattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatctttggtacctgt 41920074  T
Q  189 agagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41920075 agagcaggaagaaattgataatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 41920131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 183297 - 183072
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  183297 gaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaatgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 183198  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  183197 gatatggccttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgatattgggtgcatcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaag 183098  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  183097 tggatactctcaattggagacggcaa 183072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 166019 - 165796
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  166019 gaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 165920  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |    
T  165919 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcagagcaagaataaactgctaattttggcaag 165820  T
Q  220 tgg--atactctcaattggagacg 241  Q
    |||  |||||||||||||||||||    
T  165819 tggatatactctcaattggagacg 165796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 19491 - 19267
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| | |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19491 gaatgacaatagttttaggtggtaatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 19392  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  19391 gatatgggcttattttaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttgatacctgcagagcagaaagaaattgctaa-tttggcaag 19293  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
     ||||||| | |||||||||||||||    
T  19292 gggatactttgaattggagacggcaa 19267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Original strand, 28452 - 28677
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28452 gaatgacaatagtttaaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 28551  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  28552 gatatgtgcttattttaatgagttgagacttactgttaatatgagattggatgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 28651  T
Q  220 tggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||||    
T  28652 tggatactctgaattgaagacagcaa 28677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Original strand, 4993 - 5214
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||  ||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  4993 gaatgacaatagttttagatggtgattttaggcagatattgcctattgttcgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcataaaa 5092  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaggaagaaattgctaattttggcatg 219  Q
    |||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  5093 gatatgtgcttattttaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttgatacctgcaaagcagaaagaaattgctaattttggcaag 5192  T
Q  220 tggatactctcaattggagacg 241  Q
    |||||||||| | |||||||||    
T  5193 tggatactctgacttggagacg 5214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 87 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 40175 - 40017
Alignment:
Q  87 ggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgt 186  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  40175 ggatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgtgtgcatcttcggtacct 40076  T
Q  187 gcagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  40075 acagagcaggaagaaattgctaactttggcaagtgaatactctcaattggagatggcaa 40017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 88 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1418 - 1265
Alignment:
Q  88 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtg 187  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||    
T  1418 gatattatttatgcatcaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgcatcttaggtacatg 1319  T
Q  188 cagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacg 241  Q
     | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1318 tatagcaggaagaaatttctaattttggcaagtggatactctcaattggagacg 1265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 172
Target Start/End: Original strand, 14010 - 14162
Alignment:
Q  20 gaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcccgttgtctgaaaaggaactaggtaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaa 119  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14010 gaatgataatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaagatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaa 14109  T
Q  120 gatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtg 172  Q
     ||||||||||||| | ||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  14110 tatatgggcttattttaatatgttgaggcttactattaatatgagattgggtg 14162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 245
Target Start/End: Original strand, 48748 - 48894
Alignment:
Q  88 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgttatgcgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtg 187  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||| |||  ||||||||| ||           ||| | |||||||||||||| |     
T  48748 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 48836  T
Q  188 cagagcaggaagaaattgctaattttggcatgtggatactctcaattggagacggcaa 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48837 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaa 48894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University