View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_low_483 (Length: 231)

Name: NF11737A_low_483
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_low_483
NF11737A_low_483
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (22-215)||(24767426-24767619)
chr6 (22-215)||(18651236-18651429)
chr6 (22-215)||(2553582-2553775)
chr6 (22-192)||(12734070-12734240)
chr6 (73-215)||(21168194-21168337)
chr6 (102-190)||(17606361-17606449)
chr6 (84-215)||(15958815-15958946)
chr6 (88-189)||(17579109-17579210)
chr6 (88-189)||(17573683-17573784)
chr6 (98-215)||(21630109-21630226)
chr6 (23-215)||(20883035-20883227)
chr6 (102-215)||(10577251-10577364)
chr6 (85-194)||(13937708-13937817)
chr6 (22-215)||(14372993-14373186)
chr6 (114-215)||(33185473-33185574)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (22-215)||(47876928-47877121)
chr7 (22-215)||(235439-235634)
chr7 (22-215)||(11277254-11277447)
chr7 (22-215)||(17720580-17720773)
chr7 (22-215)||(37919489-37919682)
chr7 (22-215)||(29967920-29968113)
chr7 (22-215)||(4938130-4938323)
chr7 (102-190)||(18532653-18532741)
chr7 (126-190)||(25619508-25619572)
chr7 (126-190)||(37254807-37254871)
chr7 (22-95)||(31177427-31177500)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (22-215)||(34332817-34333010)
chr3 (22-215)||(40930530-40930723)
chr3 (22-215)||(19920231-19920424)
chr3 (22-215)||(2364222-2364415)
chr3 (22-215)||(7312721-7312914)
chr3 (22-215)||(10323573-10323766)
chr3 (102-215)||(29523747-29523860)
chr3 (48-180)||(7032289-7032421)
chr3 (102-215)||(11203844-11203957)
chr3 (102-215)||(12342228-12342340)
chr3 (78-195)||(26771011-26771128)
chr3 (102-215)||(33496572-33496685)
chr3 (51-215)||(15312557-15312721)
chr3 (78-215)||(2755843-2755980)
chr3 (78-199)||(17097894-17098015)
chr3 (126-190)||(35214398-35214462)
chr3 (85-194)||(963186-963295)
chr3 (102-186)||(36801106-36801190)
chr3 (88-179)||(7031055-7031146)
chr3 (132-190)||(19890733-19890791)
chr3 (78-194)||(3140853-3140969)
chr3 (81-202)||(16178952-16179073)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (22-215)||(28535677-28535870)
chr5 (25-215)||(35983793-35983983)
chr5 (22-215)||(30732316-30732509)
chr5 (22-215)||(12825144-12825337)
chr5 (22-214)||(23238329-23238521)
chr5 (22-215)||(42928076-42928269)
chr5 (22-199)||(8227971-8228148)
chr5 (22-215)||(27117163-27117356)
chr5 (22-215)||(42513665-42513858)
chr5 (78-215)||(31641513-31641649)
chr5 (22-185)||(19255154-19255318)
chr5 (22-131)||(12820035-12820144)
chr5 (88-190)||(25857451-25857553)
chr5 (98-215)||(27767063-27767180)
chr5 (88-215)||(8300184-8300311)
chr5 (102-215)||(33385376-33385489)
chr5 (102-215)||(10776789-10776903)
chr5 (84-215)||(26072899-26073030)
chr5 (126-215)||(18359094-18359183)
chr5 (78-194)||(33169659-33169775)
chr5 (27-213)||(27165956-27166142)
chr5 (78-187)||(18089791-18089900)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (22-215)||(13396333-13396526)
chr8 (22-215)||(41665371-41665564)
chr8 (22-215)||(9922546-9922739)
chr8 (22-211)||(32266509-32266698)
chr8 (22-215)||(7924331-7924524)
chr8 (22-215)||(8299748-8299941)
chr8 (22-215)||(172048-172241)
chr8 (22-215)||(13200068-13200261)
chr8 (88-215)||(20824307-20824434)
chr8 (102-190)||(17699507-17699595)
chr8 (102-215)||(37434157-37434270)
chr8 (124-215)||(2170389-2170480)
chr8 (22-154)||(2529831-2529963)
chr8 (35-167)||(34137013-34137145)
chr8 (123-190)||(43270496-43270563)
chr8 (89-185)||(5181682-5181778)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (22-215)||(1828542-1828735)
chr4 (22-215)||(7403858-7404051)
chr4 (22-215)||(15740166-15740359)
chr4 (22-215)||(19755209-19755405)
chr4 (22-215)||(19784401-19784597)
chr4 (22-215)||(47685897-47686090)
chr4 (22-215)||(13270893-13271086)
chr4 (22-215)||(23642593-23642786)
chr4 (22-215)||(47418749-47418942)
chr4 (84-215)||(11587200-11587331)
chr4 (102-190)||(45472736-45472824)
chr4 (81-189)||(55725714-55725822)
chr4 (102-215)||(12697838-12697951)
chr4 (123-190)||(8361146-8361213)
chr4 (126-189)||(20002774-20002837)
chr4 (78-194)||(46145676-46145792)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (22-215)||(51052425-51052618)
chr1 (22-215)||(11909107-11909300)
chr1 (22-215)||(6050548-6050741)
chr1 (22-215)||(35540994-35541187)
chr1 (88-190)||(16917836-16917938)
chr1 (22-215)||(47623079-47623270)
chr1 (125-190)||(43388415-43388480)
chr1 (139-215)||(28351776-28351852)
chr1 (126-190)||(37191237-37191301)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (34-215)||(4552126-4552307)
chr2 (22-215)||(41206961-41207154)
chr2 (22-190)||(15917599-15917767)
chr2 (22-189)||(12645481-12645648)
chr2 (48-185)||(17764994-17765131)
chr2 (22-215)||(28252665-28252858)
chr2 (128-190)||(10999978-11000040)
chr2 (102-190)||(14439777-14439865)
chr2 (22-215)||(38604376-38604569)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (22-215)||(3197-3390)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (30-215)||(11207-11392)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (22-215)||(105845-106038)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 24767619 - 24767426
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24767619 catcttcaacgttcccgcaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctaag 24767520  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24767519 aagtcgtcaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactagggctgctcctgtgatgtc 24767426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 18651429 - 18651236
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||||| | || ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  18651429 catcttcaacggtcccgcatccagagacacacaaccgcgcatccaaaggtaaaatcccacggttttccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcag 18651330  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18651329 aagtcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatctaactggggctgctcctgtgatgtc 18651236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 2553582 - 2553775
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |     
T  2553582 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaactgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctttcaa 2553681  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  2553682 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcttgtgatgtc 2553775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 192
Target Start/End: Original strand, 12734070 - 12734240
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||| ||| || || || |||||||||  || ||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  12734070 catcttcgacattcccacatctagaaacacataaccgctcctccagagatagaatgccacgggttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 12734169  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgta 192  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  12734170 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccatattatgatgta 12734240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 73 - 215
Target Start/End: Original strand, 21168194 - 21168337
Alignment:
Q  73 aaatgccacgatttgccaaattatttttt-gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaa 171  Q
    |||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||  ||||    | ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||    
T  21168194 aaatgccacggtttgccaatttttttttttgtaggtaatcgatcttgcaaaagtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaa 21168293  T
Q  172 ttaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  21168294 ttaactccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 21168337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 102 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 17606449 - 17606361
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    |||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17606449 gtaggtaaatgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 17606361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 84 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 15958946 - 15958815
Alignment:
Q  84 tttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatat 183  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  15958946 tttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgccatattaacttcatat 15958847  T
Q  184 tttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    || ||||||||||  | || ||||||||||||    
T  15958846 ttggatgtaactgaagttgttcctgtgatgtc 15958815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 88 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 17579210 - 17579109
Alignment:
Q  88 ccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttg 187  Q
    ||||||||  ||| ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17579210 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 17579111  T
Q  188 at 189  Q
    ||    
T  17579110 at 17579109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 17573784 - 17573683
Alignment:
Q  88 ccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttg 187  Q
    ||||||||  ||| ||||||||  ||||||| |  ||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17573784 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 17573685  T
Q  188 at 189  Q
    ||    
T  17573684 at 17573683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 98 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 21630226 - 21630109
Alignment:
Q  98 ttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactgg 197  Q
    ||||||||||||  ||||||| |  ||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |  ||     
T  21630226 ttttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 21630127  T
Q  198 ggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    || || ||||||||||||    
T  21630126 ggttgttcctgtgatgtc 21630109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 20883227 - 20883035
Alignment:
Q  23 atcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaaga 122  Q
    ||||||||||| |||||| || |  ||||| ||||| |||| ||||| || ||||||||||| | |||| ||   ||| ||||||||   |||||| |      
T  20883227 atcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagatataatgccacgatctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaac 20883128  T
Q  123 agtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||||    
T  20883127 agccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccatattttgatgaacatgtggttgttcctgtgatgtc 20883035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 10577364 - 10577251
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggct 201  Q
    ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |  || || |    
T  10577364 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatattttgatgaacatgaggtt 10577265  T
Q  202 gctcctgtgatgtc 215  Q
    | ||||||||||||    
T  10577264 gttcctgtgatgtc 10577251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 194
Target Start/End: Original strand, 13937708 - 13937817
Alignment:
Q  85 ttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatatt 184  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||| | ||||| || |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  13937708 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 13937807  T
Q  185 ttgatgtaac 194  Q
    ||||||||||    
T  13937808 ttgatgtaac 13937817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 14373186 - 14372993
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||| ||| |||| | || ||||||||||||||| ||| || ||  | ||||||||| |||||||||||   ||| ||||||||    | ||| |     
T  14373186 catcttcatcatgcccataaccggaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggtttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaa 14373087  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||  |||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||| ||||||| ||||||     ||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  14373086 aagctgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccatagaagaatgtaactgaggctgttcctgggatgtc 14372993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 114 - 215
Target Start/End: Original strand, 33185473 - 33185574
Alignment:
Q  114 tccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatg 213  Q
    |||||||| | ||| |||||||  ||||||||||| | ||| || ||||||||| ||||||| ||||  |||| |||||| ||| | ||||||| |||||    
T  33185473 tccctaagcattcgtcaagcaaaaatagagactttcagagggacatgtttatgccaaattaattccaagttttaatgtaaatggagatgctcctatgatg 33185572  T
Q  214 tc 215  Q
    ||    
T  33185573 tc 33185574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 47876928 - 47877121
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  47876928 catcttcaacgttcccgcatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctctcag 47877027  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47877028 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccctattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 47877121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 235634 - 235439
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattatttttt--gtaggtaactgatcccta 119  Q
    |||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||     
T  235634 catcttcaacgttctcgcaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaatgattttttttgtaggtaaccgatccctc 235535  T
Q  120 agaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  235534 agaagtcgccaagcaaggatagagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 235439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11277447 - 11277254
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |     
T  11277447 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattatttttcgtaggtaaccgatctctcaa 11277348  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  11277347 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtgatgtc 11277254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 17720580 - 17720773
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||  |||||||||| | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||    
T  17720580 catcttcttcattcccacaactagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctcag 17720679  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  17720680 aagtcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 17720773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 37919489 - 37919682
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||    
T  37919489 catcttcaacgttcccacaactagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgcaacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatctctcag 37919588  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37919589 gagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 37919682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 29967920 - 29968113
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||| |||| || |     
T  29967920 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaa 29968019  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  29968020 aagtcctcaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggttgctcctgtgatgtc 29968113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 4938323 - 4938130
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  4938323 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 4938224  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  4938223 tagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 4938130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 190
Target Start/End: Original strand, 18532653 - 18532741
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  18532653 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgcgagattaactccatattttgatg 18532741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 190
Target Start/End: Original strand, 25619508 - 25619572
Alignment:
Q  126 cgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  25619508 cgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccatattttgatg 25619572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 190
Target Start/End: Original strand, 37254807 - 37254871
Alignment:
Q  126 cgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    |||||||||||||| || ||||| | || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  37254807 cgccaagcaaggattgaaacttttaaagtaacctgtttatgccagattaactccatattttgatg 37254871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 22 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 31177500 - 31177427
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaatta 95  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| |||||| |||||| ||| ||||  || |||||||||||||| |||||||    
T  31177500 catcttcgacaatcccacatccagcaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgtcaaatta 31177427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 34333010 - 34332817
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||    
T  34333010 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaatcgatctctcag 34332911  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34332910 aagttgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 34332817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 40930723 - 40930530
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |     
T  40930723 catcttcgacgttcccacaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaaggccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatccctcaa 40930624  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  40930623 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactgaggttgctcctgtgatgtc 40930530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 19920424 - 19920231
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| || |||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  19920424 catcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgcctcgatttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 19920325  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||  || ||||||||||||| |||||||||||||    
T  19920324 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatatgatggtgtaactggggcttctcctgtgatgtc 19920231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 2364222 - 2364415
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  2364222 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 2364321  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  2364322 tagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 2364415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 7312721 - 7312914
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||||  | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  7312721 catcttcgacaatcccacatccagaaacacaaagccgctcctccacagacagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 7312820  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  7312821 tagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7312914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 10323766 - 10323573
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| | | | ||| || |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  10323766 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcatccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 10323667  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  10323666 tagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 10323573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 29523860 - 29523747
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggct 201  Q
    ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  || || |    
T  29523860 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 29523761  T
Q  202 gctcctgtgatgtc 215  Q
    | ||||||||||||    
T  29523760 gttcctgtgatgtc 29523747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 180
Target Start/End: Original strand, 7032289 - 7032421
Alignment:
Q  48 acacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactt 147  Q
    |||||| ||||||| | || ||||||||  |||| ||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||    
T  7032289 acacacgaccgcgcatccaaaggtaaaagaccacaattcgccagattgttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaattt 7032388  T
Q  148 tgataggaacctgtttatgcaaaattaactcca 180  Q
    ||| |||||||||||| ||| |||  |||||||    
T  7032389 tgagaggaacctgtttgtgccaaaccaactcca 7032421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Original strand, 11203844 - 11203957
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggct 201  Q
    ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  || || |    
T  11203844 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 11203943  T
Q  202 gctcctgtgatgtc 215  Q
    | ||||||||||||    
T  11203944 gttcctgtgatgtc 11203957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 12342340 - 12342228
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggct 201  Q
    ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  || || |    
T  12342340 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaag-aacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 12342242  T
Q  202 gctcctgtgatgtc 215  Q
    | ||||||||||||    
T  12342241 gttcctgtgatgtc 12342228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 78 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 26771128 - 26771011
Alignment:
Q  78 ccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaact 177  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||||||||  ||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||||||||||| | |||||||    
T  26771128 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaacgatccctcaaaagccgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaact 26771029  T
Q  178 ccatattttgatgtaact 195  Q
    |||||||| |||||||||    
T  26771028 ccatatttggatgtaact 26771011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Original strand, 33496572 - 33496685
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggct 201  Q
    ||||||||  ||||||| |  ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |  || || |    
T  33496572 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatattgatgaacatgaggtt 33496671  T
Q  202 gctcctgtgatgtc 215  Q
    | ||||||||||||    
T  33496672 gttcctgtgatgtc 33496685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 51 - 215
Target Start/End: Original strand, 15312557 - 15312721
Alignment:
Q  51 cacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttga 150  Q
    ||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||| ||||||| | |||  |||| ||  ||| ||| || |||| ||||||||  ||| ||||||| |    
T  15312557 cacaaccgcgcctccattggtataatcccacgattttccaaattctctttaataggcaaacgattcctcagcagtcaccaagcaaatatatagactttta 15312656  T
Q  151 taggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||  || ||||| ||||||    
T  15312657 gaggtacctgtttatgccaaattaactccaaattttgatgtaaatgggtatgttcctgcgatgtc 15312721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 78 - 215
Target Start/End: Original strand, 2755843 - 2755980
Alignment:
Q  78 ccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaact 177  Q
    |||||| |||||||||| | ||| ||||||||| | ||||| || |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||    
T  2755843 ccacgacttgccaaattttatttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaatatagacactttcaaaggtacctgtttgtgccaaatcaact 2755942  T
Q  178 ccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||||||||||||||  ||| || ||||| ||||||    
T  2755943 ccatattttgatgtaacatgggttgttcctgcgatgtc 2755980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 78 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 17098015 - 17097894
Alignment:
Q  78 ccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaact 177  Q
    ||||| ||||||||||| | ||| ||||||||| ||||| | |  |||||| |||||| |||||||||||| | |    ||||||||||| |||||||||    
T  17098015 ccacggtttgccaaattttctttagtaggtaaccgatccatcaacagtcgctaagcaaagatagagactttcacatatgcctgtttatgccaaattaact 17097916  T
Q  178 ccatattttgatgtaactgggg 199  Q
    ||| |||||||||||| |||||    
T  17097915 ccacattttgatgtaaatgggg 17097894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 35214462 - 35214398
Alignment:
Q  126 cgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  35214462 cgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatattttgatg 35214398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 963295 - 963186
Alignment:
Q  85 ttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatatt 184  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||| | ||||| || |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  963295 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 963196  T
Q  185 ttgatgtaac 194  Q
    ||||||||||    
T  963195 ttgatgtaac 963186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 102 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 36801190 - 36801106
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatatttt 186  Q
    ||||||||  ||||||| || ||| |||||||||||||| | ||||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  36801190 gtaggtaaacgatccctcagcagttgccaagcaaggatataaacttttaagggaacctatttatgctaaattaactccatatttt 36801106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 7031146 - 7031055
Alignment:
Q  88 ccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactcc 179  Q
    ||||||||  ||| ||||||||  ||||||| |  || ||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  7031146 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagacgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactcc 7031055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 132 - 190
Target Start/End: Original strand, 19890733 - 19890791
Alignment:
Q  132 gcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    |||||||| || ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  19890733 gcaaggatggaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatattttgatg 19890791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 78 - 194
Target Start/End: Original strand, 3140853 - 3140969
Alignment:
Q  78 ccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaact 177  Q
    |||||| |||||||||| | ||| ||||||||| | ||||| || |   |||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| | | |||| ||||    
T  3140853 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagtaaatgccaagcaaatatagacactttcaaaggcacctgtttgtaccaaatcaact 3140952  T
Q  178 ccatattttgatgtaac 194  Q
    |||||||||||||||||    
T  3140953 ccatattttgatgtaac 3140969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 202
Target Start/End: Original strand, 16178952 - 16179073
Alignment:
Q  81 cgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactcca 180  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||   ||||| | |  || ||||| ||||  ||||| ||||| | ||| |||||||||||| |||||||||| |    
T  16178952 cgatttgccaaattctctttagtaggtagacgatccttcatcaggcgccacgcaaaaatagatactttaagaggtacctgtttatgccaaattaactcta 16179051  T
Q  181 tattttgatgtaactggggctg 202  Q
     ||||||| |||| ||||||||    
T  16179052 aattttgacgtaaatggggctg 16179073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 28535870 - 28535677
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  28535870 catcttctacattcccacaaccagaaacacacatctgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcag 28535771  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28535770 aagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtc 28535677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 35983983 - 35983793
Alignment:
Q  25 cttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaag 124  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  35983983 cttctacattcccacaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgattcctcagaag 35983884  T
Q  125 tcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35983883 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtc 35983793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 30732509 - 30732316
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  30732509 catcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 30732410  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  30732409 aagtcgccaagcaaagatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 30732316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 12825144 - 12825337
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  12825144 catcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 12825243  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  12825244 aagtcgccaagcaaggatacatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 12825337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 214
Target Start/End: Original strand, 23238329 - 23238521
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||| || |     
T  23238329 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaagctaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaa 23238428  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgt 214  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  23238429 aagtctccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtgatgt 23238521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 42928076 - 42928269
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||| ||| ||  |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  42928076 catcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcacctccaagggtaaaatgccacagtttgtcaaattattttttgtagttaaccgatccctcag 42928175  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  42928176 aagccgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactggggctgttcctgcgatgtc 42928269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 199
Target Start/End: Original strand, 8227971 - 8228148
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||| || |     
T  8227971 catcttcaacgttctcacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaa 8228070  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactgggg 199  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  8228071 aagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccatattatggtgtaactgggg 8228148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 27117356 - 27117163
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| || || || ||||||||| ||| ||||||||  |||||| |||||| | ||||| ||    
T  27117356 catcttcgacattcccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaatgccacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcag 27117257  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||    
T  27117256 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggatctgctcctgtgatgtc 27117163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 42513665 - 42513858
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| ||| ||||| || |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  42513665 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgtcacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 42513764  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  42513765 tagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 42513858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 78 - 215
Target Start/End: Original strand, 31641513 - 31641649
Alignment:
Q  78 ccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaact 177  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||| |||||||||    
T  31641513 ccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaact 31641611  T
Q  178 ccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  31641612 ccatgttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 31641649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 19255318 - 19255154
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaa-aatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaa 120  Q
    |||||||||| | ||| || ||||  ||||||||||||||  ||  ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  19255318 catcttcaacgtgcccgcatccagtgacacacaaccgcgcgctccaagggaataatgccacaatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 19255219  T
Q  121 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattt 185  Q
    |||  ||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  19255218 gaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaattaactccatattt 19255154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 22 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 12820144 - 12820035
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  12820144 catcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 12820045  T
Q  122 aagtcgccaa 131  Q
    ||||||||||    
T  12820044 aagtcgccaa 12820035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 88 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 25857553 - 25857451
Alignment:
Q  88 ccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttg 187  Q
    ||||||||  ||| ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25857553 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 25857454  T
Q  188 atg 190  Q
    |||    
T  25857453 atg 25857451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 98 - 215
Target Start/End: Original strand, 27767063 - 27767180
Alignment:
Q  98 ttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactgg 197  Q
    ||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||     
T  27767063 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatga 27767162  T
Q  198 ggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    || || ||||||||||||    
T  27767163 ggttgttcctgtgatgtc 27767180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 88 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 8300311 - 8300184
Alignment:
Q  88 ccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttg 187  Q
    ||||||||  ||| ||||||||  ||||||| |  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8300311 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 8300212  T
Q  188 atgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||| |  || || || ||||||||||||    
T  8300211 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 8300184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 33385489 - 33385376
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggct 201  Q
    ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  || || |    
T  33385489 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaatatgaggtt 33385390  T
Q  202 gctcctgtgatgtc 215  Q
    | ||||||||||||    
T  33385389 gttcctgtgatgtc 33385376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Original strand, 10776789 - 10776903
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatat-tttgatgtaactggggc 200  Q
    ||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  || ||     
T  10776789 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatatttgatgaacatgaggt 10776888  T
Q  201 tgctcctgtgatgtc 215  Q
    || ||||||||||||    
T  10776889 tgttcctgtgatgtc 10776903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 84 - 215
Target Start/End: Original strand, 26072899 - 26073030
Alignment:
Q  84 tttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatat 183  Q
    |||||||| || | ||| ||||||||  ||||||| |  ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||| | ||||||| |||||||||||| ||    
T  26072899 tttgccaatttctctttagtaggtaatcgatccctcaacagtcgccaaacaaagatagggactttcaaaggaacatatttatgccaaattaactccaaat 26072998  T
Q  184 tttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||| || |||||||| ||||| ||||||    
T  26072999 tttgatgcaaatggggctgttcctgcgatgtc 26073030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 18359183 - 18359094
Alignment:
Q  126 cgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||||    
T  18359183 cgccaagcaaggattgaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 18359094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 194
Target Start/End: Original strand, 33169659 - 33169775
Alignment:
Q  78 ccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaact 177  Q
    |||||| |||||||||| | ||| ||||||||| | ||||| || |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||    
T  33169659 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaact 33169758  T
Q  178 ccatattttgatgtaac 194  Q
    |||||||||||||||||    
T  33169759 ccatattttgatgtaac 33169775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 27 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27166142 - 27165956
Alignment:
Q  27 tcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtc 126  Q
    ||||||| |||| | ||||  ||||||||| |||| | || ||| | ||| |||||| ||||||||||   |||| |||||||  ||||| | ||   ||    
T  27166142 tcaacatgcccataaccagccacacacaactgcgcttccaaaggaagaattccacgacttgccaaatttgcttttataggtaaacgatccttcagcgttc 27166043  T
Q  127 gccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatg 213  Q
    ||||| | | |||||||||||| | ||| |||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||    
T  27166042 gccaaacgaagatagagacttttagaggtacctgttggtgccaaattaattccatattttgatgtaaattgggttgttcctgtgatg 27165956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 78 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 18089900 - 18089791
Alignment:
Q  78 ccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaact 177  Q
    ||||||||||||||||| |   | ||||||||  |||| || |  ||||| ||||||| |||||||||||| |  || |||||||| ||| |||||||||    
T  18089900 ccacgatttgccaaattttgcctagtaggtaaacgatctctcaatagtcgtcaagcaaagatagagactttcaacggtacctgtttgtgccaaattaact 18089801  T
Q  178 ccatattttg 187  Q
    ||| ||||||    
T  18089800 ccaaattttg 18089791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 13396333 - 13396526
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||    
T  13396333 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcag 13396432  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13396433 gagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 13396526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 41665564 - 41665371
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  41665564 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctcttag 41665465  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41665464 gaatcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 41665371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 9922546 - 9922739
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||    
T  9922546 catcttctacattcccacaaccagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctcag 9922645  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  9922646 aagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 9922739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 211
Target Start/End: Original strand, 32266509 - 32266698
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||| || |     
T  32266509 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaa 32266608  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtga 211  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||||    
T  32266609 aagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccaaattatggtgtaactgtggttgctcttgtga 32266698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 7924331 - 7924524
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  7924331 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 7924430  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  7924431 tagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7924524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 8299748 - 8299941
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| |||||| || ||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  8299748 catcttcgacaatcccacatccagcaacacataatcgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 8299847  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  8299848 tagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaaattatggtgtaattggggctactcctgtgatgtc 8299941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 172048 - 172241
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||| || || || |||| |||| ||| ||||||||  |||||| |||||| | ||||| ||    
T  172048 catcttcgacattaccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaatgtcacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcag 172147  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| || || |||||||||  ||||||||||||||||    
T  172148 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccattttatggtgtaactggttctgctcctgtgatgtc 172241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 13200068 - 13200261
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||| || ||||| ||| |  || | ||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |     
T  13200068 catcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggtagaattctgcgctctgccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctcaa 13200167  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     ||  ||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||||    
T  13200168 tagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 13200261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 88 - 215
Target Start/End: Original strand, 20824307 - 20824434
Alignment:
Q  88 ccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttg 187  Q
    ||||||||  ||| ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20824307 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 20824406  T
Q  188 atgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||| |  || || || ||||||||||||    
T  20824407 atgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 20824434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 190
Target Start/End: Original strand, 17699507 - 17699595
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    ||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17699507 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 17699595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Original strand, 37434157 - 37434270
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggct 201  Q
    ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  || || |    
T  37434157 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtt 37434256  T
Q  202 gctcctgtgatgtc 215  Q
    | ||||||||||||    
T  37434257 gttcctgtgatgtc 37434270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 124 - 215
Target Start/End: Original strand, 2170389 - 2170480
Alignment:
Q  124 gtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||||    
T  2170389 gtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 2170480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 154
Target Start/End: Original strand, 2529831 - 2529963
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||| |||| || | ||| ||| ||||||| | ||||||| | ||||||||||||  ||||||| |     
T  2529831 catcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagtagaattccacgatctaccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaa 2529930  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgatagg 154  Q
     || |||||||||||||| || |||||| ||||    
T  2529931 tagccgccaagcaaggattgaaactttggtagg 2529963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 34137145 - 34137013
Alignment:
Q  35 cccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagca 134  Q
    |||||| |||| | ||||||||||| ||| |||||| |  || || || ||||||||||| | ||| ||||||||  ||||| | | ||| |||||||||    
T  34137145 cccacaaccagtagcacacaaccgcccctccacaggaatgataccgcggtttgccaaattttctttcgtaggtaaacgatccatcataagccgccaagca 34137046  T
Q  135 aggatagagactttgataggaacctgtttatgc 167  Q
    || ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  34137045 agaatagagactttgagaggtacctgtttatgc 34137013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 123 - 190
Target Start/End: Original strand, 43270496 - 43270563
Alignment:
Q  123 agtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  43270496 agtcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagatgaactccatattttgatg 43270563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 89 - 185
Target Start/End: Original strand, 5181682 - 5181778
Alignment:
Q  89 caaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattt 185  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||||| ||  | |||||| |||| ||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  5181682 caaattatcttttgttggtaaatgatccctcagccgccgccaaacaagaatatagacttttagaggcacctgtttatgccaaattatctccatattt 5181778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 1828735 - 1828542
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||| |  |     
T  1828735 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattagtttttgtaggtaacctatctcgcaa 1828636  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1828635 tagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 1828542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 7403858 - 7404051
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  7403858 catcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaatgccacggtttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctcag 7403957  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7403958 aagtcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7404051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 15740166 - 15740359
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |     
T  15740166 catctttaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggcttgtcaaattattttttgtaggtaaccgatctcgcaa 15740265  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  15740266 aagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 15740359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 19755209 - 19755405
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaa---aatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccct 118  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||   |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  19755209 catcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctct 19755308  T
Q  119 aagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     || |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  19755309 caggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctcttgtgatgtc 19755405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 19784597 - 19784401
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaa---aatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccct 118  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||   |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  19784597 catcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctct 19784498  T
Q  119 aagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     || |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  19784497 caggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctcttgtgatgtc 19784401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 47686090 - 47685897
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| || |     
T  47686090 catcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagataaaatgccacggtttgccaaattatgttttgtaggtaaccgatctctcaa 47685991  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||| ||| || ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  47685990 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtccagattatggtgtaacttgggctgctcttgtgatgtc 47685897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 13271086 - 13270893
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  13271086 catcttcgacaatcccacatccagtaactcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 13270987  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  13270986 tagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 13270893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 23642786 - 23642593
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  23642786 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 23642687  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  23642686 tagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 23642593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 47418749 - 47418942
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| || | ||| || |||||| ||| | ||| || |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  47418749 catcttcgacaatcccacatcctgcaacgcataaccgctcctccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 47418848  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  47418849 tagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 47418942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 84 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11587331 - 11587200
Alignment:
Q  84 tttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatat 183  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||  ||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||     
T  11587331 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccatag 11587232  T
Q  184 tttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     | |||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  11587231 atggatgcaactgaggctgttcctgtgatgtc 11587200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 102 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 45472824 - 45472736
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    ||||||||  ||||||| |  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45472824 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 45472736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 81 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 55725822 - 55725714
Alignment:
Q  81 cgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactcca 180  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |  || |||||||||||||| || ||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  55725822 cgatctgccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactcca 55725723  T
Q  181 tattttgat 189  Q
    |||||||||    
T  55725722 tattttgat 55725714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Original strand, 12697838 - 12697951
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggct 201  Q
    ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| |  || || |    
T  12697838 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatattttgatgaacatgaggtt 12697937  T
Q  202 gctcctgtgatgtc 215  Q
    | ||||||||||||    
T  12697938 gttcctgtgatgtc 12697951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 123 - 190
Target Start/End: Original strand, 8361146 - 8361213
Alignment:
Q  123 agtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8361146 agtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 8361213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 126 - 189
Target Start/End: Original strand, 20002774 - 20002837
Alignment:
Q  126 cgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgat 189  Q
    |||||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20002774 cgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtttatgccaaattaactccatattttgat 20002837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 78 - 194
Target Start/End: Original strand, 46145676 - 46145792
Alignment:
Q  78 ccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaact 177  Q
    |||||| |||||||||| | ||| ||||||||  | ||||| || |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||| ||| ||| |||| ||||    
T  46145676 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaatcggtccctcagcaagcgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctatttgtgccaaatcaact 46145775  T
Q  178 ccatattttgatgtaac 194  Q
    |||||||||||||||||    
T  46145776 ccatattttgatgtaac 46145792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 51052425 - 51052618
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  51052425 catcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 51052524  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  51052525 aagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 51052618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11909300 - 11909107
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | |||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  11909300 catcttcgacaatcccacatccagaaacacatagccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcag 11909201  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  11909200 aagtcgccaagcaatgatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 11909107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 6050548 - 6050741
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| ||| ||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  6050548 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcagaaccgctcctccacagatagaatgccacaatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 6050647  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  6050648 tagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 6050741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 35540994 - 35541187
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || || ||  ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||    
T  35540994 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccgatccctcag 35541093  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  35541094 tagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 35541187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 88 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 16917938 - 16917836
Alignment:
Q  88 ccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttg 187  Q
    ||||||||  ||| ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16917938 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttg 16917839  T
Q  188 atg 190  Q
    |||    
T  16917838 atg 16917836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 47623270 - 47623079
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||||||||  ||||| ||| || ||| | |||| |||| |||||||||||    || ||||||||  | ||||| |     
T  47623270 catcttcatcatgcccacaaccagaaacaca--accgcccctccataggaataatgtcacggtttgccaaatttcccttcgtaggtaagcggtccctcaa 47623173  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |  ||||||||| || || ||||||||||||    
T  47623172 aagccgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatatatgaatgtaactgaggttgttcctgtgatgtc 47623079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 125 - 190
Target Start/End: Original strand, 43388415 - 43388480
Alignment:
Q  125 tcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43388415 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 43388480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 215
Target Start/End: Original strand, 28351776 - 28351852
Alignment:
Q  139 tagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    |||||||||| | ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||| ||||||||    
T  28351776 tagagactttcagagggaccggtttatgccaaattaactccatattttgatgtgaatggggatactccagtgatgtc 28351852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 37191301 - 37191237
Alignment:
Q  126 cgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | | ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  37191301 cgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccagattaactccatattttgatg 37191237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 34 - 215
Target Start/End: Original strand, 4552126 - 4552307
Alignment:
Q  34 tcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagc 133  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  4552126 tcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagc 4552225  T
Q  134 aaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||| ||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  4552226 aaggatagatactttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 4552307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 41206961 - 41207154
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| | ||| || ||||  |||||||||||||||| ||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  41206961 catcttcaacgtgcccgcatccagtgacacacaaccgcgcctccaagggaataatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcag 41207060  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||| ||||||    
T  41207061 aagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatttggatgtaactgaggatgttcctgcgatgtc 41207154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 190
Target Start/End: Original strand, 15917599 - 15917767
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||| | | || ||| | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||    
T  15917599 catcttcaacatgcccacaaccagtgacacacaaccgcacttccaaaggaataataccacgatttgccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcag 15917698  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
     |||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  15917699 cagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaactcaatattttgatg 15917767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 189
Target Start/End: Original strand, 12645481 - 12645648
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||| |||| || ||||| ||| |  |||| || |||||| | ||||||||||||  ||||||| |     
T  12645481 catcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaggtagaattctgcgatctgtcaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaa 12645580  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgat 189  Q
     || |||||||||||||| || ||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12645581 tagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccatattttgat 12645648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 17765131 - 17764994
Alignment:
Q  48 acacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactt 147  Q
    |||||||||||||||| || ||| |  || ||||| |||||||||||   ||| |||||||| |||||||| |  || ||||||||||| ||||||||||    
T  17765131 acacacaaccgcgcctccaaaggaatgataccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaatagccgccaagcaagaatagagactt 17765032  T
Q  148 tgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattt 185  Q
    | | |||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  17765031 taagaggagcctgtttatgccatattaactccatattt 17764994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 28252665 - 28252858
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||| |||  ||||| || |||||||| |||||| ||| || | | | ||||||| | |||||||||||    || ||||||||  ||||||| |     
T  28252665 catcttcatcatgaccacaaccggaaacacataaccgcccctccatatgaataatgccatggtttgccaaatttcccttcgtaggtaagcgatccctcaa 28252764  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||| ||||||| ||||||  |  ||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  28252765 aagccgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccatagatgaatgtaactgaggctgttcctgtgatgtc 28252858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 128 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 11000040 - 10999978
Alignment:
Q  128 ccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    ||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  11000040 ccaagcaaggatagaaacttttaaagaaacctgtttatggcagattaactccatattttgatg 10999978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 190
Target Start/End: Original strand, 14439777 - 14439865
Alignment:
Q  102 gtaggtaactgatccctaagaagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatg 190  Q
    ||||||||  ||||||| |  ||||| ||||| | |||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  14439777 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgtcaagccaagatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatagtttgatg 14439865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 38604569 - 38604376
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||||| |||||| || || ||||| ||||| |||| ||   | |  |||||||||| |||||||||   | ||||||||||  |||| || |     
T  38604569 catcttcaacatgcccacagcctgagacacataaccgagcctccatgagaaggatgccacgatatgccaaattgactattgtaggtaaacgatctcttaa 38604470  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     ||  |||| |||||||| || ||||| | ||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||| || |  || || ||||||||||||    
T  38604469 cagcagccatgcaaggattgaaacttttagaggtacttgtttatgccagattaactccatattttgatgaaaattaggttgttcctgtgatgtc 38604376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 106; Significance: 3e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 3197 - 3390
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | |||||||||||  |||| ||||||||| |||| || |     
T  3197 catcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattgcttttcgtaggtaaccgatctctcaa 3296  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  3297 aagtctccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactagggttgctcctgtgatgtc 3390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 106; Significance: 3e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11392 - 11207
Alignment:
Q  30 acattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaagaagtcgcc 129  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11392 acattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacggtttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctgagaagtcgcc 11293  T
Q  130 aagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  11292 aagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccagattatggtgtagctgggtctgctcctgtgatgtc 11207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 102; Significance: 8e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 106038 - 105845
Alignment:
Q  22 catcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgccttcacaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaactgatccctaag 121  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |     
T  106038 catcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcat 105939  T
Q  122 aagtcgccaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  105938 tagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 105845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University