View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11737A_low_82 (Length: 407)

Name: NF11737A_low_82
Description: NF11737A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11737A_low_82
NF11737A_low_82
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-402)||(36314413-36314808)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (10-354)||(19345129-19345458)
chr8 (22-354)||(19503885-19504202)
chr8 (10-328)||(19390543-19390864)
chr8 (10-357)||(19410740-19411072)
chr8 (10-357)||(19457759-19458091)
chr8 (10-357)||(19522987-19523319)
chr8 (10-354)||(19592090-19592416)
chr8 (10-357)||(19469355-19469684)
chr8 (10-357)||(19540279-19540608)
chr8 (24-179)||(19337427-19337582)
chr8 (22-179)||(19355445-19355602)
chr8 (11-148)||(19468610-19468747)
chr8 (11-148)||(19555531-19555668)
chr8 (242-354)||(19337681-19337793)
chr8 (255-354)||(19355714-19355813)
chr8 (231-354)||(19468410-19468533)
chr8 (231-354)||(19555331-19555454)
chr8 (231-336)||(19404923-19405028)
chr8 (237-334)||(19376801-19376898)
chr8 (10-166)||(19376577-19376733)
chr8 (10-161)||(19172821-19172972)
chr8 (10-161)||(19287674-19287825)
chr8 (10-148)||(19404708-19404846)
chr8 (24-136)||(19370934-19371046)
chr8 (246-328)||(19172660-19172742)
chr8 (243-341)||(19287901-19287999)
chr8 (24-136)||(19341154-19341266)
chr8 (265-312)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (231-327)||(19543241-19543337)
chr6 (7-161)||(19543023-19543177)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 36314808 - 36314413
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36314808 acatcaaaaaacgcgggaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccagtgaatgttcaacatatgtatcagta 36314709  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314708 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatatgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 36314609  T
Q  210 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 309  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314608 ggtgttgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 36314509  T
Q  310 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacacc---aagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314508 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 36314413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 10 - 354
Target Start/End: Original strand, 19345129 - 19345458
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  19345129 acatcaagaaaagcggcatagcgtattggaaaagcggaaaacttaatagcaatggaatattcgagaacattcccacgaaagttcaacgtatatatcagta 19345228  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||| || | ||||  |       
T  19345229 cattattgtctctaacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaacgggaggttagta--- 19345325  T
Q  210 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 309  Q
    ||| ||||            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  19345326 ggtcatga------------tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaatt 19345413  T
Q  310 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 354  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19345414 gtagggaaaatggtgaggtttttcagaaaatggtgggaacaccaa 19345458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 22 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 19504202 - 19503885
Alignment:
Q  22 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 121  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  19504202 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggaatattcgagaacattcccacaaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctc 19504103  T
Q  122 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||| | ||||  |   ||| ||||        
T  19504102 taacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaaggggaggttagta---ggtcatga---- 19504010  T
Q  222 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 321  Q
            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||    
T  19504009 --------tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatg 19503918  T
Q  322 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 354  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  19503917 gtgaggtttttcagaaaattgcgggaacaccaa 19503885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 328
Target Start/End: Original strand, 19390543 - 19390864
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||    
T  19390543 acatcaagaaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggtttattcgagaacattccggtgaatgttcaacgtatatatcaata 19390642  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |  |||||||||| | ||||| ||||    
T  19390643 cattattgtctctaacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaaagatgggaagtttatacgatggttcattacctcgaaggggaggttaataagt 19390742  T
Q  210 ggtgatga---agacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaa 306  Q
    | ||||||   ||| | |  ||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19390743 gctgatgagggagagatttatagtgcagacattgctaatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaa 19390842  T
Q  307 cttgtagggaacctggtgaggt 328  Q
    |||| ||||| ||| |||||||    
T  19390843 cttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Original strand, 19410740 - 19411072
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19410740 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19410839  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19410840 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19410936  T
Q  210 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 309  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19410937 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19411024  T
Q  310 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 357  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19411025 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19411072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Original strand, 19457759 - 19458091
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19457759 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19457858  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19457859 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19457955  T
Q  210 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 309  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19457956 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19458043  T
Q  310 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 357  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19458044 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 19523319 - 19522987
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19523319 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19523220  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19523219 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19523123  T
Q  210 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 309  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523122 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19523035  T
Q  310 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 357  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19523034 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 354
Target Start/End: Original strand, 19592090 - 19592416
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19592090 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19592189  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19592190 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19592286  T
Q  210 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 309  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19592287 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19592371  T
Q  310 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 354  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19592372 gcagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggcgggaacaccaa 19592416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 19469684 - 19469355
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19469684 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19469585  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19469584 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19469488  T
Q  210 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 309  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19469487 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19469403  T
Q  310 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 357  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19469402 gcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19469355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 19540608 - 19540279
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19540608 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19540509  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 209  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19540508 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19540412  T
Q  210 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 309  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19540411 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19540327  T
Q  310 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 357  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19540326 gcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19540279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 179
Target Start/End: Original strand, 19337427 - 19337582
Alignment:
Q  24 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 123  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||    
T  19337427 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaactcaaaagcaatggaatgttcgagaacattcctgcgaaagttcaacgtatataccagtacattattgtgtcta 19337526  T
Q  124 acaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 179  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19337527 acaaggatgaagattcttttgcttttgaagttaaagatgggaaatttatacgatgg 19337582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 179
Target Start/End: Original strand, 19355445 - 19355602
Alignment:
Q  22 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 121  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||| |||||||||||| ||    
T  19355445 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttagaagtaatggaatattcgagaacattccagcgaaagttcaaagtatatatcggtacattattgtgtc 19355544  T
Q  122 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 179  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19355545 taacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaatgatgggaattttatacgatgg 19355602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 19468747 - 19468610
Alignment:
Q  11 catcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtac 110  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19468747 catcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtac 19468648  T
Q  111 attattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 148  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19468647 attattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19468610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 19555668 - 19555531
Alignment:
Q  11 catcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtac 110  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19555668 catcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtac 19555569  T
Q  111 attattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 148  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19555568 attattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19555531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 242 - 354
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337793
Alignment:
Q  242 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 341  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  342 gtgggaacaccaa 354  Q
    ||||||| |||||    
T  19337781 gtgggaagaccaa 19337793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 255 - 354
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355813
Alignment:
Q  255 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 354  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 231 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  231 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 330  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  331 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 354  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 231 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555331
Alignment:
Q  231 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 330  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  331 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 354  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19555331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 231 - 336
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405028
Alignment:
Q  231 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 330  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  331 ttcaga 336  Q
    ||||||    
T  19405023 ttcaga 19405028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 237 - 334
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19376898
Alignment:
Q  237 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttca 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttca 19376898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 166
Target Start/End: Original strand, 19376577 - 19376733
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||    
T  19376577 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaatatgtatcggta 19376676  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaa 166  Q
    ||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||   ||||||| |||||||| ||||    
T  19376677 catcattgtctctaacaaggatgaagattcctttagttttgaaattaaagatcggaa 19376733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 19172972 - 19172821
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| ||    
T  19172972 acatcaagcaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaacagcaatggattattcaagaacattctagtgaaagttcaacatgtgtatcaata 19172873  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagat 161  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||| ||| | ||||||    
T  19172872 cattattgtctctaacaaggatgaagactccttcactttcgaaatcaaagat 19172821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 161
Target Start/End: Original strand, 19287674 - 19287825
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||    
T  19287674 acatcaagcaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacgtagacgcaatggtttattcgagaacattccagtgaaagttcaacgtgtgtatcaata 19287773  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagat 161  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||| ||| | ||||||    
T  19287774 cattattgtctctaacaaggatgaagactccttcactttcgaaatcaaagat 19287825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 148
Target Start/End: Original strand, 19404708 - 19404846
Alignment:
Q  10 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 109  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||    |||||||||  ||||||||| ||    
T  19404708 acatcaagaaaagaggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcgatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaactatgtatcaata 19404807  T
Q  110 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 148  Q
    || |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19404808 cactattgtctctaacaaggatgaagattctttcacttt 19404846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 136
Target Start/End: Original strand, 19370934 - 19371046
Alignment:
Q  24 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 123  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19370934 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttagaagcaatggattattcgagaacattccagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19371033  T
Q  124 acaagaatgaaga 136  Q
    ||||  |||||||    
T  19371034 acaaagatgaaga 19371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 246 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  246 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 328  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 243 - 341
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  243 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 341  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 136
Target Start/End: Original strand, 19341154 - 19341266
Alignment:
Q  24 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 123  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19341154 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttggaagcaatggattattcgagaacattctagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19341253  T
Q  124 acaagaatgaaga 136  Q
    ||||  |||||||    
T  19341254 acaaagatgaaga 19341266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 312
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  265 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 312  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 231 - 327
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  231 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 327  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 161
Target Start/End: Original strand, 19543023 - 19543177
Alignment:
Q  7 tggacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatca 106  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  | |||| |||||| ||   ||||||||||| | ||||| |    
T  19543023 tggaaatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttagaagaaatgggttattcgtgaacataccggcgaatgttcaacgtgtgtatga 19543122  T
Q  107 gtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagat 161  Q
     ||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||  ||||| || ||||||||    
T  19543123 atacattattgtttctaagaaagatgaagattcctttacttttaaaattaaagat 19543177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University