View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11740_high_1 (Length: 900)

Name: NF11740_high_1
Description: NF11740
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11740_high_1
NF11740_high_1
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (117-592)||(28018782-28019263)
chr6 (638-900)||(28018527-28018786)
chr6 (484-900)||(28036203-28036617)
chr6 (571-894)||(27922026-27922339)
chr6 (577-833)||(28003889-28004143)
chr6 (576-824)||(28047467-28047715)
chr6 (583-785)||(28075977-28076177)
chr6 (271-457)||(12217216-12217401)
chr6 (790-900)||(28075473-28075580)
chr6 (254-465)||(1143864-1144076)
chr6 (660-832)||(28035565-28035737)
chr6 (476-572)||(28076222-28076318)
chr6 (473-572)||(28047751-28047850)
chr6 (657-784)||(27917221-27917350)
chr6 (621-781)||(28091658-28091820)
chr6 (657-824)||(28017828-28017994)
chr6 (659-784)||(28074645-28074772)
chr6 (477-572)||(28004177-28004275)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (254-468)||(5857942-5858156)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (626-778)||(1440076-1440230)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (399-466)||(36137162-36137229)
chr3 (365-466)||(36143635-36143736)
chr3 (399-466)||(19432344-19432411)
[»] scaffold2113 (2 HSPs)
scaffold2113 (571-640)||(1-70)
scaffold2113 (504-556)||(146-198)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 28019263 - 28018782
Alignment:
Q  117 tcttcaacgagcaacaagaaggaagaatcatgaagattgaaaagaagcatcaatggcgaaagcatgtgtaactgaatcgtaactaactttgttacgattc 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28019263 tcttcaacgagcaacaaaaaggaagaatcatgaagattgaaaagaagcatcaatggcgaaagcatgtgtaactgaatcgtaactaactttgttatgattc 28019164  T
Q  217 attatggcaagtgtaatgaatcaaacattacttgatggaagaaatgaatgaagcaaattctcattaattgaatcaaagaagcattacaacttatatagag 316  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28019163 attatggcaagtgtaataaatcaaacattacttgatggaagaaatgaatgaagcaaattctcattaattgaatcaaagaagcattacaacttatatagag 28019064  T
Q  317 atcgtagatgaatagaataactatggtacatcaattgtatgcaatctaaatcctaatacagttagttcaaactaaatacctagataacttgtgaagcaag 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  28019063 atcgtagatgaatagaataactatggtacatcaattgtatgcaatctaaatcctaatacagttagttcaaacaaactacctagataacttgtgaagcaag 28018964  T
Q  417 ttatctacacaactaacttttagtttcctttatttctttattatgcaa------tataaaatacttgaggatttcaaagtttggaaacaatatctcatga 510  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28018963 ctatctatacaactaacttttagtttcctttatttcttcattatgcaatatatatataaattacttgaggatttcaaagtttggaaacaatatctcatga 28018864  T
Q  511 aggtattacctaaacacctaaatccttggaaaaatccgtagaaaaataagaaatttctagtactttattccaaggactagag 592  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  28018863 aggtattacctaaacacctatttccttggaaaaatccgtagaaaaatcagaaatttctagtactttattcataggactagag 28018782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 638 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 28018786 - 28018527
Alignment:
Q  638 tagagtacagtctaagagttcaatgtttgataatcattttgtggtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctcttt 737  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28018786 tagagtacagtctacgagttcaatgtttgatgatcattttgtggtattagctcgtcttagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctgttt 28018687  T
Q  738 gctctatgtgatttcccataaggcgattcatacctaacataacacaatatcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataatgtatattatatat 837  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28018686 ggtctatgtgatttcccataaggcgattcatacctaacataacacaatatcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataatgtatattatatat 28018587  T
Q  838 gcataaatgtcacacacccttgtaatatgtgatcatgtatgtgtgaaagccatctatgtcctt 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28018586 gcataaatgtcacacacccttgtaatatgtg---atgtatgtgtgaaagccatctatgtcctt 28018527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 484 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 28036617 - 28036203
Alignment:
Q  484 tcaaagtttggaaacaatatctcatgaaggtattacctaaacacctaaatccttggaaaaatccgtagaaaaataagaaatttctagtacttta------ 577  Q
    ||||||||  || |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||| | ||          
T  28036617 tcaaagttcagacacaatatctcacaaagatattacctaaacacctaaatcattggagaaatccgtagaaaaacaaggagtttctagtagtgtactattc 28036518  T
Q  578 --ttccaaggactagagaatacaaacaatggagtttatggcaaagtgtaatgaatcaaacattagagtacagtctaagagttcaatgtttgataatcatt 675  Q
      |||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||    
T  28036517 tattccaaggactagaaattacaaacaatagagttcatgacaaagtgtagtgaatcaaacattagagtacagtct--gagttcaatatttgattatcatt 28036420  T
Q  676 ttgtggtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttcccataaggcgattcatacctaac 775  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28036419 gtgtggtattagctcgtcttagacgcttcttcctgtttctccatgctatctgaattctgtttggtctatctgatttcccataaggcgattcatgcctaac 28036320  T
Q  776 ataacacaatatcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataatgtatattatatatgcataaatgtcacacacccttgtaatatgtgatcatgt 875  Q
     |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||| |||| ||| |||||||||| || || ||||    
T  28036319 gtaacaca--atcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttaataatgtatat----tatgcataaaagtcagacagccttgtaataagt-at-atgt 28036228  T
Q  876 atgtgtgaaagccatctatgtcctt 900  Q
    ||| ||||  |||||||||||||||    
T  28036227 atgcgtgagggccatctatgtcctt 28036203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 571 - 894
Target Start/End: Complemental strand, 27922339 - 27922026
Alignment:
Q  571 tactttattccaaggactagagaatacaaacaatggagtttatggcaaagtgtaatgaatcaaacattagagtacagtctaagagttcaatgtttgataa 670  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  27922339 tactctattccgaggactagagattacaaacaataaagttcatggcaaagtttagtgaatcaaacattagagtacagtctataatttcaatgtttgataa 27922240  T
Q  671 tcattttgtggtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttcccataaggcgattcatac 770  Q
    | ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27922239 ttattgtgtggtattagctcgtcttagatgcttcttcctgtttgtccatgcaacctgaattctgcttactctatgtgatttcccataaggcgattcatac 27922140  T
Q  771 ctaacataacacaatatcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataatgtatattatatatgcataaatgtcacacacccttgtaatatgtgat 870  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| ||  |||||||||||||||||||      
T  27922139 ctaacataacaca--atcatcaaatcattatgtcagagccatggttttgataatgtatat----tatgcataaaagt--cacacccttgtaatatgtg-- 27922050  T
Q  871 catgtatgtgtgaaagccatctat 894  Q
     ||||||||||||| |||||||||    
T  27922049 tatgtatgtgtgaaggccatctat 27922026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 577 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 28004143 - 28003889
Alignment:
Q  577 attccaaggactagagaatacaaacaatggagtttatggcaaagtgtaatgaatcaaacattagagtacagtctaagagttcaatgtttgataatcattt 676  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  28004143 attccaaggactggagattacaaacaatagagttcatggcaaagtgtagtgaatcaaacattagagtacagtctatgagttcaatgtttgataatcattg 28004044  T
Q  677 tgtggtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttcccataaggcgattcatacctaaca 776  Q
    ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||  || ||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  28004043 tgtggcattagctcgtcttagatgcttcttcctgtttatccatgcaatctgaattttgtttgctctatatgatttcccataaggcgattcattcctacaa 28003944  T
Q  777 taacacaatatcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataatgtatattat 833  Q
    |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28003943 taacacaaca--gtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgattatgtatattat 28003889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 576 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 28047715 - 28047467
Alignment:
Q  576 tattccaaggactagagaatacaaacaatggagtttatggcaaagtgtaatgaatcaaacattagagtacagtctaagagttcaatgtttgataatcatt 675  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||    
T  28047715 tattccgagaactagagattacaaacaatagagttcatggtaaagtgtagtgaatcaaacattagagtacagtctatgacctcaatgtttgataataatt 28047616  T
Q  676 ttgtg--gtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttcccataaggcgattcataccta 773  Q
    |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||| |||||| |||| |||||||    
T  28047615 ttgtgtggtattagctcgtcttagacgcttcttcctgcttctccatgcaacctgaattctgtttgctgcaagtgatctccaataaggtgattgataccta 28047516  T
Q  774 acataacacaatatcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataat 824  Q
    ||||||||||| | |  |||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  28047515 acataacacaacaac--caaatcatgatgtcagagacatggttttgataat 28047467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 583 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 28076177 - 28075977
Alignment:
Q  583 aggactagagaatacaaacaatggagtttatggcaaagtgtaatgaatcaaacattagagtacagtctaagagttcaatgtttgataatcattttgtggt 682  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||| |||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||||     
T  28076177 aggactagaaattacaaacaatagagttcatggaaaagtacagtgaatcaaacattagagtacagtct--gagttcaatgtttgataatcactgtgtggc 28076080  T
Q  683 attagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttcccataaggcgattcatacctaacataacac 782  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28076079 attagctcgtcttagactcttcttcctgtttctccatgctatctgaattctgtttggtctatgtgatttcccataaggcgattcatgcctaacataacac 28075980  T
Q  783 aat 785  Q
    |||    
T  28075979 aat 28075977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 271 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 12217401 - 12217216
Alignment:
Q  271 aaattctcattaattgaatcaaagaagcattacaacttatatagagatcgtagatgaatagaataactatggtacatcaattgtatgcaatctaaatcct 370  Q
    ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| |||||||| ||||| |||| || ||||| ||||||  |||| ||| ||||||| ||||||| |||    
T  12217401 aaattctcattgattgaatcatatgagcattacagcttatatatagatcctagacgactagaacaactataatacaccaactgtatgctatctaaaacct 12217302  T
Q  371 aatacagttagttcaaactaaatacctagataacttgtgaagcaagttatctacacaactaacttttagtttcctttatttctttat 457  Q
    | |||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12217301 attacagttagttacaactaactac-tagataacttgtggaacaagttatctatacaactaactcttagtttcctttatttctttat 12217216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 790 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 28075580 - 28075473
Alignment:
Q  790 tcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataatgtatattatatatgcataaatgtcacacacccttgtaatatgtgatcatgtatgtgtgaaagcca 889  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||    
T  28075580 tcaaataaatatgtca-agccatgattttgataatgtatattatatatgcataaatgtcacacacccttgtaatatgtg--tatgtatgtgtgaaggcca 28075484  T
Q  890 tctatgtcctt 900  Q
    |||||||||||    
T  28075483 tctatgtcctt 28075473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 254 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 1144076 - 1143864
Alignment:
Q  254 gaagaaatgaatgaagcaaattctcattaattg-aatcaaagaagcattacaacttatatagagatcgtagatgaatagaataactatggtacatcaatt 352  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||  |||||||||  |||||||||| |   |||||| ||| ||||| |||||||||||| |    
T  1144076 gaagaaatgaatgaataaaattctcattaattggaaccaaatgagcattacagtttatatagagtttcaagatgagtaggataacaatggtacatcaact 1143977  T
Q  353 gtatgcaatctaaatcctaatacagttagttcaaactaaatacctagataacttgtgaagcaagttatctacacaactaacttttagtttcctttatttc 452  Q
    |||| | ||||| ||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||| | ||||||||||   ||| ||| | ||| ||||| |||||||    
T  1143976 gtatactatctagatcctaatacagttagttataactaactagctagataacttgtggaacaagttatctctgcaattaattcttattttcccttatttc 1143877  T
Q  453 tttattatgcaat 465  Q
    || ||||||||||    
T  1143876 ttcattatgcaat 1143864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 660 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 28035737 - 28035565
Alignment:
Q  660 atgtttgataatcattttgtg--gtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttcccata 757  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||| | | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||| |||    
T  28035737 atgtttgataattattttgtgtggtattagcttgacttagacgcttcttcctattgctccatgcaacctgaattctgtttgctgcaagtgatctccaata 28035638  T
Q  758 aggcgattcatacctaacataacacaatatcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataatgtatatta 832  Q
    ||| |||| ||||||||||| |||||| | |  |||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  28035637 aggtgattgatacctaacatgacacaacaac--caaatcatgatgtcagagccatggttttgatactatatatta 28035565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 476 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 28076318 - 28076222
Alignment:
Q  476 tgaggatttcaaagtttggaaacaatatctcatgaaggtattacctaaacacctaaatccttggaaaaatccgtagaaaaataagaaatttctagta 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  28076318 tgaggatttcaaagtttggaaacaatatctgacaaaggtattacctaaacgcctaaatctttggaaaaatccatagaaaaataaggactttctagta 28076222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 473 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 28047850 - 28047751
Alignment:
Q  473 acttgaggatttcaaagtttggaaacaatatctcatgaaggtattacctaaacacctaaatccttggaaaaatccgtagaaaaataagaaatttctagta 572  Q
    |||||||||| | ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  28047850 acttgaggatataaaagttccaaaacaatatctcacgaaggtattacctaaacacctaaatccttagaaaaatccgtagaaaaaaaaggaatttctagta 28047751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 657 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 27917350 - 27917221
Alignment:
Q  657 tcaatgtttgataatcattttgtg--gtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttccc 754  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| | | |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||  | | ||| |||     
T  27917350 tcaatgtttgataatcattttgtgtggtatttgctggccttagacgcttcttcctgtatctccatgcaacctgaattctcgttgctgcaagggatctcca 27917251  T
Q  755 ataaggcgattcatacctaacataacacaa 784  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27917250 ataaggtgattcatacctaacataacacaa 27917221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 621 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 28091820 - 28091658
Alignment:
Q  621 tgtaatgaatcaaacattagagtacagtctaagagttcaatgtttgataatcattttgtg--gtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctcca 718  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||| |   ||||||||||||||||||||||||  |||||||||   | |||||| ||||||||   ||||||    
T  28091820 tgtagtgaatcaaacattagagtagagcctatggcatcaatgtttgataatcattttgtgtggtattagctttacttagacgtttcttcctgtatctcca 28091721  T
Q  719 tgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttcccataaggcgattcatacctaacataaca 781  Q
    ||||||| ||||||| ||||||  | ||||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||    
T  28091720 tgcaacccgaattctatttgctgcaagtgatctccagtaagttgattcatacctaacataaca 28091658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 657 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 28017994 - 28017828
Alignment:
Q  657 tcaatgtttgataatcattttgtg--gtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttccc 754  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |   ||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||  |||||||  | ||||| |||     
T  28017994 tcaatgtttgataatcattttgtgtggcattagcttgaattagacacttcttcatgtttctccatgcatcctgaattacctttgctgcaagtgatctcca 28017895  T
Q  755 ataaggcgattcatacctaacataacacaatatcgtcaaatcaatatgtcagagccatggttttgataat 824  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||   |  |||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  28017894 ataaggtgattgatacctaacataacacaa---caacaaatcatgatgtcagagacatggttttgataat 28017828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 659 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 28074772 - 28074645
Alignment:
Q  659 aatgtttgataatcattttgtg--gtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaacctgaattctctttgctctatgtgatttcccat 756  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||| | | ||||| ||||||| |  ||||||||||| |||||||||| ||||||  | |  || ||| ||    
T  28074772 aatgtttgataatcattttgtgtggtattagcttgacttagacacttcttcatgtttctccatgcatcctgaattctttttgctgcaaggaatctccaat 28074673  T
Q  757 aaggcgattcatacctaacataacacaa 784  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||    
T  28074672 aaggtgattcatacctaacataacacaa 28074645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 477 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 28004275 - 28004177
Alignment:
Q  477 gaggatttcaaagttt---ggaaacaatatctcatgaaggtattacctaaacacctaaatccttggaaaaatccgtagaaaaataagaaatttctagta 572  Q
    |||||||||||||||    |||||||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  28004275 gaggatttcaaagttcacaggaaacaattactcacgatggtataacctaaacacctaaatcctaggagaaatccgtagacaaatatggaatttctagta 28004177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 254 - 468
Target Start/End: Original strand, 5857942 - 5858156
Alignment:
Q  254 gaagaaatgaatgaagca-aattctcattaattgaatcaaagaagcattacaacttatatagagatcgtagatgaatagaataactatggtacatcaatt 352  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||   || || || |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||   || | |||||    
T  5857942 gaagaaatgaatgaagtataattctcattaacgaaaacatagtagcattacaacttatatagagatccttgatgagtagaataactacaatataccaatt 5858041  T
Q  353 gtatgcaatctaaatcctaatacagttagttcaaactaaatacctagataacttgtgaagcaagttatctacacaactaacttttagtttcctttatttc 452  Q
    |||||| |||||| |||||  ||||||||||  ||| || || || ||||||||||| |||||| |||| | | |||||||| |||||||||||||||||    
T  5858042 gtatgctatctaa-tcctatgacagttagttacaaccaactaacttgataacttgtggagcaagctatccatataactaactattagtttcctttatttc 5858140  T
Q  453 tttattatgcaatata 468  Q
    || |||||||||||||    
T  5858141 ttcattatgcaatata 5858156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 68; Significance: 7e-30; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 626 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 1440230 - 1440076
Alignment:
Q  626 tgaatcaaacattagagtacagtctaagagttcaatgtttgataatcattttgt--ggtattagctcgtcgtagacgcttcttcctacttctccatgcaa 723  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||   |||||||||||    
T  1440230 tgaatcaaacattagagtacagcctatgacatcaatgtttgataatcattttgtctggtattagctcgacttagacgcttcttcctgtatctccatgcaa 1440131  T
Q  724 cctgaattctctttgctctatgtgatttcccataaggcgattcatacctaacata 778  Q
    || ||||||| ||||||  | ||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||    
T  1440130 cccgaattctgtttgctgcaagtgatctccaatatgtggattcatacctaacata 1440076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 399 - 466
Target Start/End: Original strand, 36137162 - 36137229
Alignment:
Q  399 gataacttgtgaagcaagttatctacacaactaacttttagtttcctttatttctttattatgcaata 466  Q
    |||||||||||||||||| |||| | | ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36137162 gataacttgtgaagcaagctatccatataactaactaatagtttcctttatttcttcattatgcaata 36137229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 365 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 36143736 - 36143635
Alignment:
Q  365 aatcctaatacagttagttcaaactaaatacctagataacttgtgaagcaagttatctacacaactaacttttagtttcctttatttctttattatgcaa 464  Q
    |||||||  ||||||||||  ||| || || || |||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  36143736 aatcctatgacagttagttacaacaaactaacttgataacttgtgaagcaagctatccaaataactacctagtagtttcctttatttcttcattatgcaa 36143637  T
Q  465 ta 466  Q
    ||    
T  36143636 ta 36143635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 399 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 19432411 - 19432344
Alignment:
Q  399 gataacttgtgaagcaagttatctacacaactaacttttagtttcctttatttctttattatgcaata 466  Q
    ||||||||||  |||||| |||| | | ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19432411 gataacttgtttagcaagatatccatataactaactaatagtttcctttatttcttcattatgcaata 19432344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2113 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000005; HSPs: 2)
Name: scaffold2113
Description:

Target: scaffold2113; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 571 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 70 - 1
Alignment:
Q  571 tactttattccaaggactagagaatacaaacaatggagtttatggcaaagtgtaatgaatcaaacattag 640  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||| || |||||||||||||||    
T  70 tactctattccgaggactagagattacaaacaataaagttcatggcaaagtttagtgaatcaaacattag 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2113; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 504 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 198 - 146
Alignment:
Q  504 ctcatgaaggtattacctaaacacctaaatccttggaaaaatccgtagaaaaa 556  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  198 ctcacgaaggtattacttaaacacctaaatccttggaaaaatccataaaaaaa 146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University