View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11740_low_1 (Length: 1065)
Name: NF11740_low_1
Description: NF11740
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11740_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 677; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 677; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 766
Target Start/End: Original strand, 25996714 - 25997466
Alignment:
| Q |
20 |
atggaagcttggattgtgcttgtgtgtatccagcaccgttacattctagggaacagatgcaagaggttgttggtaagatgaaggctatccttattgatgc |
119 |
Q |
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| T |
25996714 |
atggaagcttggattgtgcttgtgtgtatccagcaccattacactccagagaacagatgcaagaggttgttggtaagatgaaggctatccttattgatgc |
25996813 |
T |
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| Q |
120 |
tgctaagacattcaagaaatgaaattaatctcatcatcactgccttaattattggattagtatttattagattagaggttgtatttcatctattaaggag |
219 |
Q |
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| T |
25996814 |
tgctaagacattcaagaaatgaaattaatctcatcatcactgccttaattattggattagtatttattagattagaggttgtatttcatctattaaggag |
25996913 |
T |
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| Q |
220 |
ttatattttgggttttaaattacaggttaaagcgtgagaaatgtattgtcatgctatgatgttgagtttatatatgtagagcgttgctatataaagtgaa |
319 |
Q |
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| T |
25996914 |
ttatattttgggttttaaattataggttaaagcgtgagaaatgtattgtcatgctatgatgttgagtttatatatgtagagcgttgctatataaagtgaa |
25997013 |
T |
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| Q |
320 |
cgtccctttcacgaacataatgtcaccgttagataatcctgtcacacaatacatgaacggatggatgtaagtacaagactttgctacaatggacatgtac |
419 |
Q |
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| T |
25997014 |
cgtccctttcacgaacataatgtcaccgttagataatcctgtcacacaatacatgaacggatggatgtaagtacaagactttgctacaacggacatgtac |
25997113 |
T |
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| Q |
420 |
aatatcgtgatgccatcgggataaatttgtcgcgatttgtagcatttgcatatatgatatctattatgtataactgtttttagggtttactaatcttgaa |
519 |
Q |
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| T |
25997114 |
aatatcatgatgccatcgggataaatttgtcgcgatttgtagcatttgcatatatgatatctattatgtataactgtttttagggtttactaatcttgaa |
25997213 |
T |
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| Q |
520 |
taaaacttatg--taattgtacaacattattttacccgggcatcatggaattaatgtataaattgctgct----tatattttgttctggaaagtatgtga |
613 |
Q |
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| T |
25997214 |
taaaatttatgcataattgtacaacattattttactcgggcatcatggaattaatgtataaattgctgcttatatatattttgttctggaaagtatgtga |
25997313 |
T |
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| Q |
614 |
tactagtcctgtgcatatatcacacttcacacattacctgcattttgttgtagttttcaaattcctttattattgattctgtcgccctatgcaatcgaag |
713 |
Q |
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| T |
25997314 |
tactagtcctgtgcatatatcacacttcacacattacctgcattttgttgtagtcttcaaattcctttattattgattctgtcgccctatgcaatcgaag |
25997413 |
T |
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| Q |
714 |
cataccttgttataaaagaactgttaatgaaaaggtttgctcggattgtgtag |
766 |
Q |
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| T |
25997414 |
cataccttgttataaaagaactgttaatgaaaaggtttgcttggattgcgtag |
25997466 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 764 - 1050
Target Start/End: Original strand, 25997498 - 25997784
Alignment:
| Q |
764 |
tagaaatatctcatagcactccatcggattttcgcaccactgactaagaaatagaaaaattaaaatgaatggacacttacttttaaccagtttcataaca |
863 |
Q |
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| T |
25997498 |
tagaaatatctcatagcactccatcggattttcgcaccactgactaagaaatagaaagattaaaatgaacggacacttacttttaaccagtttcataaca |
25997597 |
T |
|
| Q |
864 |
taattttaatctgctcaactattctatccaccgtccatgaagaattctgaagcagtgttttatttcttaatttccatattatccaaacacttgcaaacca |
963 |
Q |
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| T |
25997598 |
taatttaaatctcctccactattctatccaccgtccatgaagaattctgaagcagtgttttatttcttaatttccatattatccaaacacttgcaaacca |
25997697 |
T |
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| Q |
964 |
aattgttgaaatccttgtgtggtattatacctccttttggaacaaactcatgaattacagattcatagctttaacactaattgatgt |
1050 |
Q |
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| T |
25997698 |
aattgttgaaatccttgtgtggtattatacctccttttggaacaaactcatgaattacagattcatagctttaacactaattgatgt |
25997784 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 331 - 428
Target Start/End: Original strand, 8361981 - 8362078
Alignment:
| Q |
331 |
cgaacataatgtcaccgttagataatcctgtcacacaatacatgaacggatggatgtaagtacaagactttgctacaatggacatgtacaatatcgtg |
428 |
Q |
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| T |
8361981 |
cgaacataatgtcactgttagataaacatgtcatacaatacataaatggatgaatgtaagtatatgactttgctactatgaacatgcacaatgtcgtg |
8362078 |
T |
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