View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11740_low_20 (Length: 392)

Name: NF11740_low_20
Description: NF11740
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11740_low_20
NF11740_low_20
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-377)||(4863977-4864353)
chr7 (1-373)||(4696858-4697230)
chr7 (1-373)||(4666993-4667368)
chr7 (86-373)||(4672843-4673130)
chr7 (1-320)||(4630982-4631301)
chr7 (1-377)||(4636912-4637288)
chr7 (1-363)||(4845690-4846055)
chr7 (1-340)||(4815965-4816304)
chr7 (1-342)||(4783534-4783875)
chr7 (1-254)||(4663046-4663299)
chr7 (1-375)||(4711738-4712115)
chr7 (1-300)||(4653575-4653874)
chr7 (87-327)||(4643848-4644088)
chr7 (1-60)||(4672731-4672790)
chr7 (1-61)||(4643726-4643786)
chr7 (6-47)||(4647584-4647625)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-312)||(18925471-18925782)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 4863977 - 4864353
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863977 aaaatgtaaccttaccatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 4864076  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864077 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 4864176  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864177 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 4864276  T
Q  301 taacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataatattttgggtcattga 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864277 taacgctttgtcgttaagaacttggtagttcgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataatattttgggtcattga 4864353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 4697230 - 4696858
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||  |  ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||  ||| |  |||   |||||||||||||    
T  4697230 aaaatgcaaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaattccaagttacattgaaatcctctgtctcatccaatccacgacttcttgcagtt 4697131  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697130 aagtacacagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 4697031  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |     |||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  4697030 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccagttacgaaacataccagtatcttggtttggtggaacttgattgccacccacattgactctataaaccgtctc 4696931  T
Q  301 taacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataatattttgggtca 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4696930 taacgctttgtcgttaagaacttggtagtccctgttgtctaagtcaagtgatatcaaatgatattttgggtca 4696858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Original strand, 4666993 - 4667368
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||| || ||||| || | |||| |||||| |  ||| |||||||||||||||    
T  4666993 aaaatgcaaccttaccatataagtaaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttggcatccattccataacttcttgcagtt 4667092  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || | |  ||||||  ||||||   ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4667093 aagtacacaacttctggtgcagtgtaatttggaatagtattttgtaaatagtttggatgatcaggtccaaaataacttgatatgctttgtggatattgtt 4667192  T
Q  198 tctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgt 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  4667193 tctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcaccaggtggaacttgactttcaccaacgctgactctataaaccgt 4667292  T
Q  298 ctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataatattttgggtca 373  Q
    ||| |  ||||||| |||| |||  ||||| ||  || |||||||||||||| || |||||| ||| |||||||||    
T  4667293 ctccatagctttgttgttaggaatatggtattcattgctgtcaaagtcaagtaatgtcaaatgataatttgggtca 4667368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 86 - 373
Target Start/End: Original strand, 4672843 - 4673130
Alignment:
Q  86 taacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgcttt 185  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  | |||| ||||||||  || | ||||||||||  ||      
T  4672843 taacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaaaagttgagatgatgcatatactcacttgatacactaa 4672942  T
Q  186 gtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgac 285  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  4672943 gtggatattgtttctccaagtaaccatgaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcacccggtggaacttgactttcaccaacgttgac 4673042  T
Q  286 tctataaaccgtctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataatattttgggtca 373  Q
    |||||||||| | || || ||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  4673043 tctataaaccatttccaaagctttttcgttatgaatttggtattccgtgttgtctaagtcaagtgatttcaaatgataatttgggtca 4673130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Original strand, 4630982 - 4631301
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |  ||| |||||||| ||||||    
T  4630982 aaaatgtaatcttaccatataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataacttctcgcagtt 4631081  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||  |||||| |||||||||  ||||| ||||||||  ||  ||||||||| |||||    
T  4631082 aagtaaacagcttctggtgcagtgtaatttgaaatggtattgtttaaatagtttagatgatgtccaaaataacttgatacactaagtggatattctttct 4631181  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |   |||||||||||| |||||||  | |||||||||||||| || ||    
T  4631182 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcataatttggtggaacttgattttcaccagcgttgactctataaactgtttc 4631281  T
Q  301 taacgctttgtcgttaagaa 320  Q
     |  ||||||| ||||||||    
T  4631282 catagctttgttgttaagaa 4631301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 4636912 - 4637288
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||  |||||  |||||||||||||||||||    
T  4636912 aaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattataatcctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagtt 4637011  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||   ||||||| |||  | || | |||| |||| ||||||||||  ||   ||| || | |||||    
T  4637012 aagtacacaacttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttatgtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttct 4637111  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 300  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||| ||||    
T  4637112 ccaagtaaagaggaaaatcattgccccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctc 4637211  T
Q  301 taacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataatattttgggtcattga 377  Q
     || |||||||| ||| ||| | |||| |||||||  ||  |||||| || ||||||||| || |||||||||||||    
T  4637212 caaagctttgtctttatgaattcggtattccgtgtactctgagtcaactggtttcaaatagtaatttgggtcattga 4637288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 4846055 - 4845690
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||    
T  4846055 aaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccataacttcttgcagtt 4845956  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtt 197  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||  |||||| |||||||    |  | ||  ||||||||  ||  ||||||||| ||    
T  4845955 aagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaaacttgatacactaagtggatattctt 4845856  T
Q  198 tctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgt 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  4845855 tctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgactctataaaccat 4845756  T
Q  298 ctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataata 363  Q
    ||| || ||||| || ||| ||| || ||| ||  ||||||||||| ||| | |||| ||||||||    
T  4845755 ctccaaagctttatcattacgaatttcgtattctctgttgtcaaagccaattaatttgaaataata 4845690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 4816304 - 4815965
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||  ||| |||||||||||||||    
T  4816304 aaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagtt 4816205  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||   ||||||| |||  | || | |||| |||| ||||||||||  ||   ||| || | |||||    
T  4816204 aagtaaacaccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttatgtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttct 4816105  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |     | |||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  4816104 ccaagtaacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccgtctc 4816005  T
Q  301 taacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtca 340  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4816004 taaagctttgttgttaagaacttggtattccgtgttgtca 4815965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 4783875 - 4783534
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||  ||| |||||||||||||||    
T  4783875 aaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagtt 4783776  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||   ||||||| |||  | || | |||| |||| ||||||||||  ||   ||| || | |||||    
T  4783775 aagtaaacaccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttatgtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttct 4783676  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |     | |||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  4783675 ccaagtaacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccgtctc 4783576  T
Q  301 taacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtcaaa 342  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  4783575 taaagctttgtagttaagaacttgataatccgtgttgtcaaa 4783534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 4663046 - 4663299
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||| ||| |||||||||||    
T  4663046 aaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagtt 4663145  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||| ||||||| |  ||||||||||||||  ||||||||||||| | |||    
T  4663146 aagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatctccaaaatcacttgatacactttgtggatattctatct 4663245  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcac 254  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  4663246 ccaagtaacgaggagaatcattttcccaataacgaaacatacctgtatcatcac 4663299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4712115 - 4711738
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |  ||| ||||||||||||||     
T  4712115 aaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagta 4712016  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtt 197  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||||||  ||||||    |  | || || ||||||  ||||||||||||| ||    
T  4712015 aagtatacagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctt 4711916  T
Q  198 tctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgt 297  Q
    | |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| ||| |    
T  4711915 tttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccat 4711816  T
Q  298 ctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagtccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataatattttgggtcatt 375  Q
     || || |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  4711815 ttccaaagctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcatt 4711738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Original strand, 4653575 - 4653874
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |  || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |  ||| |||||||| ||||||    
T  4653575 aaaatgtaacctgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataacttctcgcagtt 4653674  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    | ||| ||| ||||||||||  |||||||| |||| || ||||||| |||||| ||||||| |  ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  4653675 aggtatacagcttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgtttttatagttgagatgatttacaaaatcacttgatacacttagtggatattgtttct 4653774  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 300  Q
    | |||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||       |||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |||||    
T  4653775 ctaagtaacgaggataatcgttatcccaattacgaaacaaaccagtatctaggtttggtggaacttgattttcaccaacgttgacactataaactgtctc 4653874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 87 - 327
Target Start/End: Original strand, 4643848 - 4644088
Alignment:
Q  87 aacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttg 186  Q
    |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||  || |||  |||||| |||||||||| | ||||| |||||| |||| |    
T  4643848 aacttcttgcagttaaataaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcattttttaaatagtttagatgatgttcataatcatttgatacgcttag 4643947  T
Q  187 tggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgact 286  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||| ||  ||| || ||||||    
T  4643948 cggatattgtttctccaagtaacgaggataatcattgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgaattcgaccaacgttgact 4644047  T
Q  287 ctataaaccgtctctaacgctttgtcgttaagaacttggta 327  Q
    ||||||||| |||| || |||||||| ||||||| ||||||    
T  4644048 ctataaaccatctccaaagctttgtcattaagaatttggta 4644088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 4672731 - 4672790
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacatt 60  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4672731 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 4672790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 61
Target Start/End: Original strand, 4643726 - 4643786
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattg 61  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4643726 aaaatgtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaattccaagttacattg 4643786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 47
Target Start/End: Original strand, 4647584 - 4647625
Alignment:
Q  6 gtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaat 47  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  4647584 gtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacttcaaaat 4647625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 18925782 - 18925471
Alignment:
Q  1 aaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagtt 100  Q
    |||||| || ||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||| |  ||| |||||||||||||||    
T  18925782 aaaatgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagtt 18925683  T
Q  101 aagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatgtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttct 200  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||  |||||| |||| |||| |||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||    
T  18925682 aagtatacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgtttatatagttgagattatgtgtaaaatcatttgatacacttagtggatattgtttct 18925583  T
Q  201 ccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| ||   ||||||||||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  18925582 ccaagtaacgaggaaaatcgttgtcccaataacgaaacatacctgtgtcattacttcgtggaacttgattatcaccaacgctgactctataaaccgtctc 18925483  T
Q  301 taacgctttgtc 312  Q
    |||| |||||||    
T  18925482 taacactttgtc 18925471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University