View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11741_low_12 (Length: 261)

Name: NF11741_low_12
Description: NF11741
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11741_low_12
NF11741_low_12
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (13-261)||(31498532-31498781)
chr4 (47-203)||(31157589-31157746)
chr4 (58-139)||(31032524-31032605)
chr4 (45-203)||(31027948-31028107)
chr4 (64-139)||(31017946-31018021)
chr4 (65-201)||(31148705-31148842)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (58-261)||(33272193-33272397)
chr6 (86-261)||(33285963-33286139)
chr6 (63-261)||(33057957-33058156)
chr6 (65-260)||(33304880-33305076)
chr6 (67-207)||(33359118-33359259)
chr6 (63-261)||(33263029-33263228)
chr6 (63-207)||(33399349-33399494)
chr6 (67-207)||(9167171-9167312)
chr6 (63-207)||(33644135-33644280)
chr6 (66-203)||(33388467-33388605)
chr6 (63-207)||(28869733-28869877)
chr6 (63-261)||(33410357-33410556)
chr6 (67-207)||(31562356-31562497)
chr6 (171-207)||(33399530-33399566)
[»] scaffold1408 (1 HSPs)
scaffold1408 (76-207)||(1060-1192)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (76-207)||(6806-6938)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (88-261)||(17440310-17440484)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 31498781 - 31498532
Alignment:
Q  13 atttggtaggaaaagtaatacactttcacttatattcaaatcccatggaatgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31498781 atttggtaggaaaagtaatacactttcaattatattcaaatcccatggaatgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagaaagctg 31498682  T
Q  113 agaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaattc-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaaccgca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31498681 agaccaaatatgttgttgggtatgcttacaagattcttgcaatcttttaaattcaaggaaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaaccgca 31498582  T
Q  212 acaaatttttacatccttccagatttaagtgctcaagatttgggaactct 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31498581 acaaatttttacatccttccagatttaagtgctcaagatttgggaactct 31498532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 203
Target Start/End: Original strand, 31157589 - 31157746
Alignment:
Q  47 ttcaaatcccatggaatgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagat 146  Q
    ||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||  | | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||    
T  31157589 ttcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagat 31157688  T
Q  147 tcttgcaatcttttaaattca-gggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatc 203  Q
    | ||||||||||| || |||| |  ||||| |||||||||||  ||||| ||||||||    
T  31157689 ttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatc 31157746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 58 - 139
Target Start/End: Original strand, 31032524 - 31032605
Alignment:
Q  58 tggaatgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctt 139  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||  | | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31032524 tggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagaggtgagaccaaatatgttgttgggtatgctt 31032605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 45 - 203
Target Start/End: Original strand, 31027948 - 31028107
Alignment:
Q  45 tattcaaatcccatggaatgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaag 144  Q
    ||||||||| || || | || ||||||||| ||||||||   | | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||   ||    
T  31027948 tattcaaatgccttgtattggtaaacactttggaacaccaggaaagatttagatatttaagagaggtgagaccaaatatgttgttaggtatgcttattag 31028047  T
Q  145 attcttgcaatcttttaaattcaggga-acaatctttcttagaagtccaatagatggatc 203  Q
    ||| ||||||| ||| || |||| | | |||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  31028048 atttttgcaatttttcaagttcaagaatacaagctttctcagaagaccaatagatggatc 31028107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 64 - 139
Target Start/End: Original strand, 31017946 - 31018021
Alignment:
Q  64 gttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctt 139  Q
    ||||||||||| |||||||||| | | |||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  31017946 gttaaacactttggaacacccagaaagatttagatatttaagagaggtgagaacaaatatgctgttgggtatgctt 31018021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 201
Target Start/End: Original strand, 31148705 - 31148842
Alignment:
Q  65 ttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaat 164  Q
    |||||||||| |||||||||  | | |||||||  || ||||||||||||||||||||| || || |||||  ||   || || ||||||||||| ||||    
T  31148705 ttaaacactttggaacaccccgaaagatttagacattcaagagagctgagaccaaatatattttttggtattattattagttttttgcaatctttcaaat 31148804  T
Q  165 tcagg-gaacaatctttcttagaagtccaatagatgga 201  Q
    |||||  ||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  31148805 tcaggtaaacaagctttcttagaaccccaatagatgga 31148842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 58 - 261
Target Start/End: Original strand, 33272193 - 33272397
Alignment:
Q  58 tggaatgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatct 157  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |    
T  33272193 tggattgttaaacactttagaacaaccacgcatatttagatcttcaagagagcaaagatcaaatatgttgttgggtatgcttactagatttttgcaattt 33272292  T
Q  158 tttaaattc-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaaccgcaacaaatttttacatccttccagatttaagtgctcaagatttggga 256  Q
    ||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||| ||||||| ||||||   ||||||||| ||||    
T  33272293 tttaaattcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagatttttacacccttccaaatttaaccactcaagattcggga 33272392  T
Q  257 actct 261  Q
    |||||    
T  33272393 actct 33272397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 86 - 261
Target Start/End: Original strand, 33285963 - 33286139
Alignment:
Q  86 cacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaattc-agggaacaatctttctta 184  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||  |||||  |||||||    
T  33285963 cacatatatagatatttaagagagcttagaccgaatatgttgttgggtatgcttacaagatttttgcaatcttttaaattcaagtaaacaaggtttctta 33286062  T
Q  185 gaagtccaatagatggatccaaccgcaacaaatttttacatccttccagatttaagtgctcaagatttgggaactct 261  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |   |  |||||||||||| ||||||   ||||||||| |||||||||    
T  33286063 gaagtccaatagatggatccaactccaaaaggctgatacatccttccaaatttaaccactcaagattcgggaactct 33286139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 63 - 261
Target Start/End: Original strand, 33057957 - 33058156
Alignment:
Q  63 tgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaa 162  Q
    ||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  | ||| | |||||||||||||     
T  33057957 tgttaaatactttggaacagccacacatatttaggtattgaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgctaactagacttttgcaatcttttag 33058056  T
Q  163 attc-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaaccgcaacaa-atttttacatccttccagatttaagtgctcaagatttgggaactc 260  Q
     ||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||| |||||||||||| || |||  |||||||||| ||||||||    
T  33058057 gttcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaa-ctcaacaaggtttatacatccttccaaatctaaacgctcaagattcgggaactc 33058155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 65 - 260
Target Start/End: Original strand, 33304880 - 33305076
Alignment:
Q  65 ttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaat 164  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| || | |||||    
T  33304880 ttaaacactttggaacatccatacatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttattgggtatgcttactagatttttgcattcatataaat 33304979  T
Q  165 tc-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaaccgcaacaaatttttacatccttccagatttaagtgctcaagatttgggaactc 260  Q
    || ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |  ||| |||||||||||| |||||  | ||||||||| ||||||||    
T  33304980 tcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaaggtttatacatccttccaaatttagcttctcaagattcgggaactc 33305076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 67 - 207
Target Start/End: Original strand, 33359118 - 33359259
Alignment:
Q  67 aaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaattc 166  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |||    
T  33359118 aaacactttggaacaaccgcacatattttgatcttcaagagagctaagaccaaatatgttgttgggtatgcttactagatttttgtaatcttttaagttc 33359217  T
Q  167 -agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
     ||  ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  33359218 aagtaaacaagcttttttagaagtccaagagatggatccaac 33359259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 63 - 261
Target Start/End: Original strand, 33263029 - 33263228
Alignment:
Q  63 tgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaa 162  Q
    |||||||||||| |||||| | ||  ||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||| |||| ||||||||| |||| || | ||||| || |||    
T  33263029 tgttaaacactttggaacagcaactgatatttagatcttcaagagagcccagaccgaatatggtgttcggtatgcttacaaggttatagcaattttctaa 33263128  T
Q  163 attc-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaaccgcaacaa-atttttacatccttccagatttaagtgctcaagatttgggaactc 260  Q
    |||| ||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||    
T  33263129 attcaagtaaacaagatttcttagaagtccaatagatggatccaa-ctcaacaagatttgtacatccttccaaatttaaccactcaagatttgggaactc 33263227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 63 - 207
Target Start/End: Original strand, 33399349 - 33399494
Alignment:
Q  63 tgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaa 162  Q
    |||||||||||| |||||| |||  ||||||||||| || ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |  ||||||||||     
T  33399349 tgttaaacactttggaacagccattcatatttagatattcaagagagctaagatcgaatatgttgttgggtatgcttaccagattttcacaatcttttac 33399448  T
Q  163 attc-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
    |||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399449 attcaagcaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaac 33399494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 67 - 207
Target Start/End: Original strand, 9167171 - 9167312
Alignment:
Q  67 aaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaattc 166  Q
    ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||   |||||    |||||||||| ||||    
T  9167171 aaacaatttggaacagccacacatatttagatctttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtattcttattagatttccacaatcttttacattc 9167270  T
Q  167 -agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
     ||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9167271 aagtaaacaagctttcttagaagtccaagagatggatccaac 9167312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 63 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 33644280 - 33644135
Alignment:
Q  63 tgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaa 162  Q
    |||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| | ||||| |  ||||||||||     
T  33644280 tgttaaacactttggaacaaccacccaaatttagatcttgaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgcttaccagattttcacaatcttttac 33644181  T
Q  163 attc-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
    |||| ||  ||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  33644180 attcaagtaaacaagctttcttaaaagtccaatagataaatccaac 33644135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 66 - 203
Target Start/End: Original strand, 33388467 - 33388605
Alignment:
Q  66 taaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaatt 165  Q
    ||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| | |||||   |||| |||  |||||    
T  33388467 taaacgctttggaacaaccacatatatttagatcttcaagagagctaagaccggatatgttgttgggtatgcttactagatttacgcaaccttccaaatt 33388566  T
Q  166 c-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatc 203  Q
    | ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33388567 caagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatc 33388605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 63 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 28869877 - 28869733
Alignment:
Q  63 tgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaa 162  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| ||||  ||| | | ||| | |||| | |||||    
T  28869877 tgttaaacactttggaacagccagacatatttagatcttcaagagagttaagaccgaatatgttgtt-ggtacacttactatattatagcaaccgtttaa 28869779  T
Q  163 attcaggga-acaatctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
    ||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28869778 attcaagtatacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaac 28869733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 63 - 261
Target Start/End: Original strand, 33410357 - 33410556
Alignment:
Q  63 tgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaa 162  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||| | | |||  ||||||  |  ||    
T  33410357 tgttaaacactttggaacagccacacatatatagatcttcaagagagctaagacagaatatgctgttgggtatgcttactaaatttatgcaatagtccaa 33410456  T
Q  163 attc-agggaacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaaccgcaacaaattttt-acatccttccagatttaagtgctcaagatttgggaactc 260  Q
    |||| ||  ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| | | |||| ||||| ||||| ||||| ||||||   ||||||||| ||||||||    
T  33410457 attcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatcgatgaatccaa-ctccacaagtttttcacatctttccaaatttaacgactcaagattcgggaactc 33410555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31562497 - 31562356
Alignment:
Q  67 aaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaattc 166  Q
    |||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||  | | |||||||    
T  31562497 aaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattc 31562398  T
Q  167 agggaa-caatctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
    | | ||  || ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  31562397 aagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccaac 31562356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 207
Target Start/End: Original strand, 33399530 - 33399566
Alignment:
Q  171 aacaatctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399530 aacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaac 33399566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 76 - 207
Target Start/End: Original strand, 1060 - 1192
Alignment:
Q  76 ggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaattc-agggaaca 174  Q
    |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||   | ||||||| ||  ||||    
T  1060 ggaacatccagacatatttagatatttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgcttactagattatagcaacgctctaaattcaagtaaaca 1159  T
Q  175 atctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1160 agctttcttagaagtccaatagatggatccaac 1192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 76 - 207
Target Start/End: Original strand, 6806 - 6938
Alignment:
Q  76 ggaacacccacacatatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaattc-agggaaca 174  Q
    |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||   | ||||||| ||  ||||    
T  6806 ggaacatccagacatatttagatatttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgcttactagattatagcaacgctctaaattcaagtaaaca 6905  T
Q  175 atctttcttagaagtccaatagatggatccaac 207  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6906 agctttcttagaagtccaatagatggatccaac 6938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 88 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 17440484 - 17440310
Alignment:
Q  88 catatttagatctttaagagagctgagaccaaatatgttgttgggtatgctttcaagattcttgcaatcttttaaattc-agggaacaatctttcttaga 186  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||| ||| ||  ||||| ||||||||||    
T  17440484 catatttagatattcaagagagctaagacagaatatgttgttgggtatgcttactagattatagcaatcttttaagttcaagtaaacaagctttcttaga 17440385  T
Q  187 agtccaatagatggatccaaccgcaacaaat-ttttacatccttccagatttaagtgctcaagatttgggaactct 261  Q
    |||||||| |||||||||||   | |||| | ||| ||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||    
T  17440384 agtccaattgatggatccaa-ttccacaagtctttcacatccttccaaatttaaccactcaagatttgggaactct 17440310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University