View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11741_low_3 (Length: 397)

Name: NF11741_low_3
Description: NF11741
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11741_low_3
NF11741_low_3
[»] chr5 (27 HSPs)
chr5 (1-327)||(17418733-17419059)
chr5 (8-376)||(30059521-30059889)
chr5 (12-376)||(30399229-30399593)
chr5 (8-397)||(30714005-30714394)
chr5 (90-397)||(30243025-30243332)
chr5 (90-376)||(29871350-29871636)
chr5 (89-382)||(30748801-30749094)
chr5 (90-367)||(30482577-30482854)
chr5 (89-370)||(30677820-30678101)
chr5 (8-375)||(29852464-29852831)
chr5 (90-382)||(30339178-30339470)
chr5 (96-376)||(30434986-30435266)
chr5 (1-376)||(30205674-30206052)
chr5 (195-397)||(4380801-4381003)
chr5 (94-162)||(30474750-30474818)
chr5 (105-151)||(30522299-30522345)
chr5 (105-151)||(30562639-30562685)
chr5 (8-56)||(30242955-30243003)
chr5 (8-56)||(30339108-30339156)
chr5 (8-56)||(30435294-30435342)
chr5 (8-56)||(30482876-30482924)
chr5 (8-55)||(30749116-30749163)
chr5 (306-376)||(17982082-17982152)
chr5 (319-373)||(30203318-30203372)
chr5 (11-56)||(30474853-30474898)
chr5 (3-51)||(17982404-17982452)
chr5 (8-56)||(29871658-29871706)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-383)||(26706489-26706871)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-397)||(20297167-20297563)
chr4 (322-369)||(52351128-52351175)
chr4 (77-151)||(13615990-13616062)
chr4 (11-56)||(52351438-52351483)
chr4 (114-146)||(52351351-52351383)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (105-151)||(7582399-7582445)
chr1 (108-217)||(7098735-7098844)
chr1 (306-375)||(7582597-7582666)
chr1 (306-366)||(7098589-7098649)
chr1 (3-57)||(7098895-7098949)
chr1 (1-51)||(7582295-7582345)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 27)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Original strand, 17418733 - 17419059
Alignment:
Q  1 tcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgag 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17418733 tcaagaagctaagttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgag 17418832  T
Q  101 aaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagta 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17418833 caactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagta 17418932  T
Q  201 atttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttatatgga 300  Q
    |||| |||  | ||| ||| |||  |||  |||| |  |||||||||  || | |||||||||| | || | |||||   ||| |||||||||| ||| |    
T  17418933 atttagttaatgttgcacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaa 17419032  T
Q  301 taatctgaaatacttggatgatgatga 327  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  17419033 aaatctgaaatacttggatgatgatga 17419059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30059889 - 30059521
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaa-cgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaacta 106  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||  ||| | | |||||  |||||| |||| ||||||||| |||| || ||    
T  30059889 gctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattc-caaagaaccctgttgttagtgttgagcaagta 30059791  T
Q  107 cttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttgg 206  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||| |||  || ||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30059790 cttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaactgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttgccaagttggataattattcttagtaatttag 30059691  T
Q  207 ttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttatatggataatct 306  Q
    || ||||| |||| |    ||| |||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  30059690 tttctcttaaacttaagcgttgtaagaaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaaacctggaattatcttatatggataatct 30059591  T
Q  307 gaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30059590 gaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggaactc 30059521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30399593 - 30399229
Alignment:
Q  12 atttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttga 111  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||| || ||  |||| | | |||||||| || || |||| ||    
T  30399593 atttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggaaagcaactatggatttaccaatcccccaactattagtgctcagcaagtactcga 30399494  T
Q  112 agtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttggttgct 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||    
T  30399493 agtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataaattactatgacggattatcattaccaagttggataattattcttagtaatttagtttct 30399394  T
Q  212 cttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttatatggataatctgaaat 311  Q
    ||||||||  |   |||||||||| | ||||| |||| |||| |||||||||| || | | ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  30399393 cttgaacttgggaattgcaagaaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaaaactggaattatctgatatggataatctgaaat 30399294  T
Q  312 acttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 376  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30399293 acttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgagggttttcccatctctggaggaactc 30399229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 397
Target Start/End: Original strand, 30714005 - 30714394
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaa-cgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaacta 106  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||  ||| | | |||||  ||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  30714005 gctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattc-caaagacccctgttgttagtgctgagcaagta 30714103  T
Q  107 cttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttgg 206  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30714104 ctcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcattaccaagttggataattattcttagtaatttag 30714203  T
Q  207 ttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttatatggataatct 306  Q
    || |||||| |||      |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| |||| ||||| |  |||  |||||||    
T  30714204 tttctcttgtacttctccattgcaagaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactgagattatatggtatcaataatct 30714303  T
Q  307 gaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatcttatctaccaaac 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||| ||||| ||||    
T  30714304 gaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccctctctggagatactcgaattatcttgtctacgaaac 30714394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 90 - 397
Target Start/End: Original strand, 30243025 - 30243332
Alignment:
Q  90 ttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 189  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||  ||||||||||||||||     
T  30243025 ttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttaccaagttggataat 30243124  T
Q  190 tattcttagtaatttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaatta 289  Q
    | |||||||||||||  || ||||||||||  |   |||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||| |||||    
T  30243125 tcttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaaaactggaatta 30243224  T
Q  290 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatcttatc 389  Q
    |   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||    
T  30243225 ttcgaaatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctagaggtactccaattatcttgtc 30243324  T
Q  390 taccaaac 397  Q
    ||||||||    
T  30243325 taccaaac 30243332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 90 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 29871636 - 29871350
Alignment:
Q  90 ttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 189  Q
    ||||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||     
T  29871636 ttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataat 29871537  T
Q  190 tattcttagtaatttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaatta 289  Q
    |||||||||||||||  || ||||| ||||      |||||| ||  | |||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||| |||||    
T  29871536 tattcttagtaatttaatttctcttaaacttgaggattgcaacaagattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaatta 29871437  T
Q  290 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29871436 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtatggaggtgaggattttcccatctctggaggaactc 29871350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 89 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 30749094 - 30748801
Alignment:
Q  89 gttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataa 188  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||    
T  30749094 gttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataa 30748995  T
Q  189 gtattcttagtaatttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaatt 288  Q
     |||||||||||||||  || ||||||||||     ||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| || | |||    
T  30748994 ttattcttagtaatttaatttctcttgaacttgagatttgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactaagatt 30748895  T
Q  289 atcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctactta 382  Q
    || |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||    
T  30748894 atatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagtatggtatggaggtgagcgttttcccatctctagaggaactcaactta 30748801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 90 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 30482854 - 30482577
Alignment:
Q  90 ttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 189  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||| ||  ||| ||||||||||||||||||    
T  30482854 ttagtgctgagcaagtacttgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattacaatgaagggttatcgttaccaagttggataag 30482755  T
Q  190 tattcttagtaatttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaatta 289  Q
      |||||||||||||  || ||||||||||  |   |||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||| |||||    
T  30482754 ccttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaatta 30482655  T
Q  290 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctg 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  30482654 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgatggttttccgatctctg 30482577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 89 - 370
Target Start/End: Original strand, 30677820 - 30678101
Alignment:
Q  89 gttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataa 188  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||  || ||| |||||||||||||||||    
T  30677820 gttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttaaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaagattatcgttaccaagttggataa 30677919  T
Q  189 gtattcttagtaatttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaatt 288  Q
     |||||||||||||||  || ||||||||||       ||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||| |||| | ||||||  |||| |||    
T  30677920 ttattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggaatgcaacaaaattgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatctctaaaaagactgagatt 30678019  T
Q  289 atcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggag 370  Q
    ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30678020 atctcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatgaaggtgagggttttcccatctctggag 30678101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 29852831 - 29852464
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactac 107  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| | || |||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||| ||  || |||| | | ||  || |||| || |||    
T  29852831 gctaatttgatgggtaaaacagacattcatgaattatgtttgtcatgggaaagcaatgatggatttactgagcccccaactattcatgatgagcaagtac 29852732  T
Q  108 ttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttggt 207  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||  |    
T  29852731 tcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggacataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataagccttcttagtagtttaat 29852632  T
Q  208 tgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttatatggataatctg 307  Q
    | ||||||||||  |   |||||| ||| | |||||||||| ||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||  |||||   | ||||||||||||    
T  29852631 ttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttactttgtaaactaccatatctaaaaaagttggtattattcaaaatggataatctg 29852532  T
Q  308 aaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtact 375  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29852531 aaatacttagatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggagatact 29852464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 90 - 382
Target Start/End: Original strand, 30339178 - 30339470
Alignment:
Q  90 ttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 189  Q
    ||||||||||| || | || |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||| || |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  30339178 ttagtgctgagcaagtgctcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaattccttgacagtaaatttctatgaaggattatcgttaccaagttggataag 30339277  T
Q  190 tattcttagtaatttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaatta 289  Q
      |||||||||||||  || ||||| | ||  |   |||||| ||| | |||| ||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| || | | ||    
T  30339278 ccttcttagtaatttaatttctcttaatctttggaattgcaacaaaattgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaaatcttagagta 30339377  T
Q  290 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctactta 382  Q
    | |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339378 tatcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctactta 30339470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 96 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30435266 - 30434986
Alignment:
Q  96 ctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattct 195  Q
    ||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  30435266 ctgagcaattactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttaccaagttggataattattct 30435167  T
Q  196 tagtaatttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttat 295  Q
    |||||||||  || ||||| ||||  |   |||||| ||| | |||||||||| |||| |||||||||| |||| | ||||||| || | | ||| |  |    
T  30435166 tagtaatttaatttctcttaaacttggggattgcaacaaaattgtgcggcttccgttatttggtaaactaccatctctaaaaaaacttagagtatatggt 30435067  T
Q  296 atggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 376  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  30435066 atgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggctttcccatctttggaggtactc 30434986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30206052 - 30205674
Alignment:
Q  1 tcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgag 100  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  ||||| || | ||| || |||||||||| | |||||  ||||    
T  30206052 tcaagcagccaatttgatgggtaaaaaagacctccaggaattatgtttttcgtggaccagcaatgacggatttacgaagacccctactattagttttgag 30205953  T
Q  101 aaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagta 200  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||   | ||||| |  || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30205952 caactatttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgataatttgtcactataacagattattcttaccaagttggataagtattctcagta 30205853  T
Q  201 atttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttatatgga 300  Q
    |||| |||||||||| |||  |   |||  ||||||  |||||||||| || | |||||||||| | || ||| ||||| ||    ||   | ||||| |    
T  30205852 atttagttgctcttgtactttggaattgtgagaaatgtgtgcggcttccgtcatttggtaaactacaatctttgaaaaaactcgctttgcataatatgaa 30205753  T
Q  301 taatctgaaatacttggatgatgat---gaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 376  Q
    | || ||||||||||||||||||||   |||||| | |||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  30205752 tgatttgaaatacttggatgatgatgaagaatctcaagatggtattgtggcgaggattttcccatctctggaggtactc 30205674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 195 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 4381003 - 4380801
Alignment:
Q  195 ttagtaatttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatctta 294  Q
    ||||||||||  || ||||| ||||  || ||||||| ||| | |||||||||| || ||||||||||||  ||| | |||||||  || |||||| |      
T  4381003 ttagtaatttaatttctcttaaactttgtgtttgcaacaaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcg 4380904  T
Q  295 tatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatcttatctacca 394  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||||    
T  4380903 tacggataatctgaaatacttggatgatgatgaatttgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgaattatattgtctacca 4380804  T
Q  395 aac 397  Q
    |||    
T  4380803 aac 4380801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 94 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 30474818 - 30474750
Alignment:
Q  94 tgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatga 162  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||    
T  30474818 tgctgagcaagtacttgaaatgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgaaaatactttactatga 30474750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 105 - 151
Target Start/End: Original strand, 30522299 - 30522345
Alignment:
Q  105 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaata 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30522299 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagatcttgaaaata 30522345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 105 - 151
Target Start/End: Original strand, 30562639 - 30562685
Alignment:
Q  105 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaata 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30562639 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagatcttgaaaata 30562685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Original strand, 30242955 - 30243003
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 56  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  30242955 gctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgga 30243003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Original strand, 30339108 - 30339156
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 56  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  30339108 gctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcgtgga 30339156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 30435342 - 30435294
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 56  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30435342 gctaatttgaagggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcgtgga 30435294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 30482924 - 30482876
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 56  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  30482924 gctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgga 30482876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 30749163 - 30749116
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgg 55  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||    
T  30749163 gctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 30749116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 306 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 17982152 - 17982082
Alignment:
Q  306 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 376  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||| |||    |||||||||||||||| |||||    
T  17982152 tgaaatacttggatgatgatgaatttgaaaatggtgtggagatgataaatttcccatctctggagatactc 17982082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 319 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30203372 - 30203318
Alignment:
Q  319 tgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggta 373  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  30203372 tgatgatgaatctcacaatggtatggaggtgaggattttcccatatttggaggta 30203318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 30474898 - 30474853
Alignment:
Q  11 aatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 56  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  30474898 aatttgatgggtaaaaaggacctccaagaattatccttgtcatgga 30474853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 17982452 - 17982404
Alignment:
Q  3 aagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtc 51  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  17982452 aagaagcaaattttataggtaaaaaagacctcaatgaattatgcctgtc 17982404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 29871706 - 29871658
Alignment:
Q  8 gctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 56  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  29871706 gctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatgga 29871658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26706871 - 26706489
Alignment:
Q  1 tcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgag 100  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||| ||| |||| ||| || ||| | || | | |||||| ||||    
T  26706871 tcaagaagccaatttgatggggaaaaaaaacctcgaaaaattatgcttgtcatgggaaaacaatgatggatttaccaagccaccaactattagtgttgag 26706772  T
Q  101 aaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagta 200  Q
     | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || ||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||    
T  26706771 cagctactcaaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggaaataaagtactacgacggattatcattaccaagttgggtaagtattcttagta 26706672  T
Q  201 atttggttgctcttgaactcagtttttgcaagaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttatatgga 300  Q
    |||| ||| ||||||||||  |   |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| | || |||| ||| ||||||||| |||||     
T  26706671 atttagtttctcttgaacttggggattgcaagaaatttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaaaactggaattatcttctatggt 26706572  T
Q  301 taatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttat 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  26706571 taatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggcatggaggtgagggttttcccatctctgaaggtactccacttat 26706489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 20297167 - 20297563
Alignment:
Q  1 tcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgag 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||| || ||| | || | ||| |||||||||    
T  20297167 tcaagaagccaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcttgggaaagcaatgataaatttaccaagccaccaactgtaagtgctgag 20297266  T
Q  101 aaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagta 200  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20297267 aaagtactcgaagtgcttcaacctcagtcaaatctcaagtgcttggaaataaattgctatgatggattgtggttaccaagttggataattattcttagta 20297366  T
Q  201 atttggttgctcttgaactcagtttttgcaa-gaaattagtgcggcttctgttacttggtaaactgccatgtttaaaaaagctgaaattatcttatatgg 299  Q
    |||| ||| || |||||||      |||||| |||||| |||| ||||| |||| |||||||||| |||| | ||||||| |||| | |||||  ||||     
T  20297367 atttagtttcttttgaacttgagaattgcaacgaaatt-gtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaaaaactgacaatatctggtatgt 20297465  T
Q  300 ataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatcttatctaccaaac 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||    
T  20297466 ataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcgggatggtagggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgacttattttgtctacaaaac 20297563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 322 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 52351175 - 52351128
Alignment:
Q  322 tgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctgga 369  Q
    |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52351175 tgatgaatctcacgatggtgtgggggtgagggttttcccatctctgga 52351128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 77 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 13616062 - 13615990
Alignment:
Q  77 aagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaata 151  Q
    |||||||||||| |||||| |||  || ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  13616062 aagacccctattattagtgatgatcaagtacttgaagtgcttc-acctctc-caaatctcaagagcttgaaaata 13615990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 52351483 - 52351438
Alignment:
Q  11 aatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 56  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  52351483 aatttgatgggtaaaaaagacctccgagaattatgcctgtcatgga 52351438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 114 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 52351383 - 52351351
Alignment:
Q  114 tgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttga 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52351383 tgcttcaacctcactcaaatctcaagtgtttga 52351351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 105 - 151
Target Start/End: Original strand, 7582399 - 7582445
Alignment:
Q  105 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaata 151  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  7582399 tacttgaagtgcttcaacctcacacaaatctcaagagcttgaaaata 7582445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 7098844 - 7098735
Alignment:
Q  108 ttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttggt 207  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||  ||  | ||| |||  || ||||||||||| || | |||||||||||| ||    
T  7098844 ttgaagtgcttcaacctcatacaaatctcaagagcttgaaaatacattcttaccaaggattatgctttccaagttggatcagaactcttagtaatttagt 7098745  T
Q  208 tgctcttgaa 217  Q
    | ||||||||    
T  7098744 tactcttgaa 7098735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 306 - 375
Target Start/End: Original strand, 7582597 - 7582666
Alignment:
Q  306 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtact 375  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||| |||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  7582597 tgaaatacttggatgatgatgaatttcacaatggtttggaagtgagaattttcccatctcttgaggtact 7582666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 306 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 7098649 - 7098589
Alignment:
Q  306 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctct 366  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  7098649 tgaaatacttggatgataatgaatttcacaatggtatggaggtaaggattttcccatctct 7098589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 7098949 - 7098895
Alignment:
Q  3 aagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaa 57  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  7098949 aagaagccaatttaatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatggaa 7098895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Original strand, 7582295 - 7582345
Alignment:
Q  1 tcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtc 51  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  7582295 tcaagaagccaacttgatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtc 7582345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University