View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11745_high_1 (Length: 871)

Name: NF11745_high_1
Description: NF11745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11745_high_1
NF11745_high_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (32-867)||(37219788-37220623)
chr5 (527-593)||(37206552-37206616)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 37220623 - 37219788
Alignment:
Q  32 aatatattgagattttgaacaaaataaataaataacccgtaggaggatttgacagagtcttagtttttgttgtgattgacatataatatatgttgagttt 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  37220623 aatatattgagattttgaacaaaataaataaataacccgtaggaggatttgacagagtcttagttattgttgtcattgaaatataatatatgttgagttt 37220524  T
Q  132 tttaaaagatttttggatttcataatgtttgnnnnnnnttattatatgcatggaaagcagatttcctgctgtaactgcagggtctgtaaccacagcgtgc 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37220523 tttaaaagatttttggatttcataatgtttgaaaaaaattattatatgcatggaaagcagatttcctgctgtaactgcagggtctgtaaccacagggtgc 37220424  T
Q  232 tgtaaagtatatgagctttctgataagaattatacgatcatgatcaatttaatagttgtcaattttaatctttcgatcttaaaggaacggctgatattga 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37220423 tgtaaagtatatgagctttctgataagaattatacgatcatgatcaatttaatagttgtcaattttaatctttcgatcttaaaggaacggctgatattga 37220324  T
Q  332 aaacggcgtgtaactgcgtgcatctgctatagcaccaaatccagggcctagatacatatgtcatgttggaaccattcctaatatagtaggtagctagagc 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37220323 aaacggcgtgtaactgcgtgcatctgctatagcaccaaatccagggcctagatacatatgtcatgttggaaccattcctaatatagtaggtagctagagc 37220224  T
Q  432 taagtcacgactactactacactttgattctgcactagatacatatgttttaatttaaacatatcagatatcatgatcaattactataaatatgtgtgat 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37220223 taagtcacgactactactacactttgattctgcactagatacatatgttttaatttaaacatatcagatatcatgatcaattactataaatatgtgtgat 37220124  T
Q  532 atgttttaatttaagtagataaatccaaatatgtaagtacgaaaagtttattgtttaattcctatggatgcaggttgtgtgaggacatattcgtcacctt 631  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37220123 atgttttaatttaagtagataaatccaaatatgtaagtacgaaaagtttattgtttaattcctatggatgcaggttgtgtgaggacatattcgtcacctt 37220024  T
Q  632 ggaaagggtttacaattgactttgactttagagtaaaataaagaggggaatatgtggtaattgaaaaatataatatttataaaaatgtgatattctctgt 731  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  37220023 ggaaagggtttacaattgactttgactttagagtaaaataaagaggggaatatgtggtaattgaaaaatataatatttataaaaatatgatattctctga 37219924  T
Q  732 aatttatcaagtatacaaggtcacaaaaagatatttgtattcgcaatagaacaagttggtgttgaataggtatgaaaaatatgttaagctgcaaatactc 831  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219923 aatttatcaagtatacaaggtcacaaaaagatatttgtattcgcaatagaacaagttggtgttgaataggtatgaaaaatatgttaagctgcaaatactc 37219824  T
Q  832 gtgttcgaacatatacaagtggttttcttctctctc 867  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219823 gtgttcgaacatatacaagtggttttcttctctctc 37219788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 527 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 37206616 - 37206552
Alignment:
Q  527 gtgatatgttttaatttaagtagataaatccaaatatgtaagtacgaaaagtttattgtttaattcc 593  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  37206616 gtgatatgttctaatttatgtagataaatccaaatatgtaagtac--aaagtttattttttaattcc 37206552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University