View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11745_high_48 (Length: 444)

Name: NF11745_high_48
Description: NF11745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11745_high_48
NF11745_high_48
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-418)||(49690692-49691109)
chr1 (1-418)||(49679057-49679475)
chr1 (1-427)||(49686432-49686852)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 418
Target Start/End: Original strand, 49690692 - 49691109
Alignment:
Q  1 cccttttacaacagttgaattcccaagctgtggtgcattggcaattcaaggttgtgataatctcaacaaaactgctatgaagtatgtccagttaatcaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49690692 cccttttacaacagttgaattcccaagctgtggtgcattggcaattcaaggttgtgataatctcaacaaaactgctatgaagtatgtccagttaaccaaa 49690791  T
Q  101 agtggaaaactcttccaagttaaaaagattgataatcactggtccattggcaaccctatttccattattgaccccaatatcaccaagcttttggagaaaa 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49690792 agaggaaaactcttccaagttaaaaagattgataatcactggtccattggcaacactatttccattattgaccccaatatcaccaagcttttggagaaaa 49690891  T
Q  201 atgcttgtgaggcattcagctatgttaatattaccctccctcctcccactccttttggaacnnnnnnnatgaaaaactatataacagctttcaaatgcaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49690892 atgcttgtgaggcattcagctatgttaatattaccctccctcctcccactccttttggaactttttttatgaaaaactacataacagctttcaaatgcaa 49690991  T
Q  301 ccatacccgaaagttaggcattcgccctccaagtaatttcttcataaatagttcttgtcatccctatgatttttacttcggtgattcaatatttgatgac 400  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  49690992 ccatacccgaaaattaggcattcaccctccaagtaatttcttcataaatagttcttgtcatccctatgatttttactttggcgattcaatatttgatgat 49691091  T
Q  401 gagtccaaccactctttc 418  Q
    ||||||||||||||||||    
T  49691092 gagtccaaccactctttc 49691109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 418
Target Start/End: Original strand, 49679057 - 49679475
Alignment:
Q  1 cccttttacaacagttgaattcccaagctgtggtgcattggcaattcaaggttgtgataatctcaacaaaactgctatgaagtatgtccagttaatcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  49679057 cccttttacaacagttgaattcccaagctgtggtacattggcaattcaaggttgtgataatctcaacaaaactgctatgaagcacgtccagttaaccaaa 49679156  T
Q  101 agtggaaaactcttccaagttaaaaagattgataatcactggtccattggcaaccctatttccattattgaccccaatatcaccaagcttttggagaaaa 200  Q
     | ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49679157 ggaggaaaactctttcaagttacaaacattgataatcgcgggtccattggcaacactatttccattattgaccccaatatcaccaagcttttggagaaga 49679256  T
Q  201 atgcttgtgaggcattcagctatgttaatattaccctccctcctcccactccttttggaac-nnnnnnnatgaaaaactatataacagctttcaaatgca 299  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| || |||||||||||||        ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49679257 atgcttgtgaggcattcagccatgttaatattacactccttccttcctctccttttggaacttttttttatgaaaaactacataacagctttcaaatgca 49679356  T
Q  300 accatacccgaaagttaggcattcgccctccaagtaatttcttcataaatagttcttgtcatccctatgatttttacttcggtgattcaatatttgatga 399  Q
    ||| ||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  49679357 accgtacccgaaaattaggcatccaacctccaagtaatttcttcagaaatagttcttgtcatccctatgatttttactttggcgattcaatatttgatga 49679456  T
Q  400 cgagtccaaccactctttc 418  Q
     ||||||||||||||||||    
T  49679457 tgagtccaaccactctttc 49679475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 49686432 - 49686852
Alignment:
Q  1 cccttttacaacagttgaattcccaagctgtggtgcattggcaattcaaggttgtgataatctcaacaaaactgctatgaagtatgtccagttaatcaaa 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||  | |||||||| | ||||    
T  49686432 cccttttaccacagttgaattcccaaactgtggtgcattggcaattcaaggttgtgacgatctcaacaaaactgctacgaaacacgtccagtttaccaaa 49686531  T
Q  101 agtggaaaactcttccaagttaaaaagattgataatcactggtccattggcaaccctatttccattattgaccccaatatcaccaagcttttggagaaaa 200  Q
     | ||||||| ||| ||||||| ||| ||| | ||| |  || |||      || ||||||||||| |||| |  ||| |||||||||||||| ||||||    
T  49686532 ggaggaaaacactttcaagttacaaacattaaaaatgagcggccca------acactatttccattgttgatctgaatttcaccaagcttttgcagaaaa 49686625  T
Q  201 atgcttgtgaggcattcagctatgttaatattaccctccctcctcccactccttttggaacnnnnnnnatgaaaaactatataacagctttcaaatgcaa 300  Q
    ||||||| ||||| || |||||||   |||| || |||||||||||| |||||||||||||       |||||| || | |||||||||||||||||||     
T  49686626 atgcttgcgaggcctttagctatg---atatcactctccctcctccctctccttttggaactttttatatgaaagacaacataacagctttcaaatgcag 49686722  T
Q  301 ccatacccgaaagttaggcattcgccctccaagtaatttcttcataaatagttcttgtcatccctatgatttttacttcggtgatt---caatatttgat 397  Q
    |||||||| ||| |||| ||    ||| |||| ||||||||||| ||||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||   |||||| | ||    
T  49686723 ccatacccaaaaattagccagcaacccaccaaataatttcttcaaaaatagtacatgtcctcgctatgatttttacttcggtgattcaacaatatctaat 49686822  T
Q  398 gacgagtccaaccactctttcacatcctgt 427  Q
    || ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  49686823 gatgagcccaaccactctttcacgtcctgt 49686852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University