View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11745_high_58 (Length: 424)

Name: NF11745_high_58
Description: NF11745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11745_high_58
NF11745_high_58
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (50-413)||(35939239-35939602)
chr1 (77-244)||(35946403-35946570)
chr1 (62-241)||(35952551-35952730)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 35939602 - 35939239
Alignment:
Q  50 aataataatattgtggtgatgattaacgatgcaggtgacaaatactgcaactggagctcaggtaacagtgagaatagtggaccaatgctctaatggtgga 149  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  35939602 aataataatattgtggtgatgactaatgatgcaggtgacaaatactgcaactggagctcaggtaacagtgagaatagtggaccaatgctccaacggtgga 35939503  T
Q  150 cttgacttagatgggaatgtcttcaatcaaattgataccaatggtcagggcgttcagaatggtcaccttacagttaactatagctttgttaattgcggtg 249  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939502 cttgacttagatgtgaatgtcttcaatcaaattgataccaatggacagggcgttcagaatggtcaccttacagttaactatagctttgttaattgcggtg 35939403  T
Q  250 attaattgattcattcagcagtgtgaatgaatcactctttgtaataaaaattatataagtagtactgctactttcttataacaccataaataaaactaat 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939402 attaattgattcattcagcagtgtgaatgaatcactctttgtaataaaaattatataagtagtactgctgctttcttataacaccataaataaaactaat 35939303  T
Q  350 gagtggtgctacgtgtatactttaattggatgaaatttatgacgaatctatacttgttcatctc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  35939302 gagtggtgctacgtgtatactttaattggatgaaatttatgatgaatctatacttgttcttctc 35939239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 77 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 35946570 - 35946403
Alignment:
Q  77 gatgcaggtgacaaatactgcaactggagctcaggtaacagtgagaatagtggaccaatgctctaatggtggacttgacttagatgggaatgtcttcaat 176  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  35946570 gatgcaggtgaaaaatactgcaactggagctcaggaaacagtgagaatagtggatcagtgcgccaatggtggacttgacttagatgtgaatgtcttcaaa 35946471  T
Q  177 caaattgataccaatggtcagggcgttcagaatggtcaccttacagttaactatagctttgttaattg 244  Q
    | ||||||||||||||| |||||    ||||| |||||||||| |||| | |||  ||||||||||||    
T  35946470 cgaattgataccaatggacagggttaccagaagggtcaccttatagttgattatgtctttgttaattg 35946403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 62 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 35952730 - 35952551
Alignment:
Q  62 gtggtgatgattaacgatgcaggtgacaaatactgcaactggagctcaggtaacagtgagaatagtggaccaatgctctaatggtggacttgacttagat 161  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  | ||||||||  | ||||| |||    
T  35952730 gtggtgatgactaatgatgcaggtgacaaatactgcaactggagctcaggcaacagtaagaatagtggaccaatgtgccaatggtgggttagacttggat 35952631  T
Q  162 gggaatgtcttcaatcaaattgataccaatggtcagggcgttcagaatggtcaccttacagttaactatagctttgttaa 241  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    ||| | ||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  35952630 gtgaatgtcttcaatcaaattgataccaatggacaaggttaccagcagggtcaccttacggttaactatgtctttgttaa 35952551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University