View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11745_low_5 (Length: 690)

Name: NF11745_low_5
Description: NF11745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11745_low_5
NF11745_low_5
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (20-675)||(30395298-30395953)
chr2 (295-675)||(30384821-30385201)
chr2 (317-662)||(30476368-30476713)
chr2 (323-662)||(23783274-23783613)
chr2 (317-662)||(30469227-30469572)
chr2 (317-662)||(30431161-30431506)
chr2 (317-662)||(30437416-30437761)
chr2 (299-675)||(8378905-8379281)
chr2 (324-662)||(23768470-23768808)
chr2 (317-643)||(30425128-30425454)
chr2 (303-675)||(30484532-30484904)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (307-675)||(41626754-41627122)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (472-620)||(15865574-15865722)
chr8 (562-662)||(15844329-15844429)
chr8 (562-620)||(15851606-15851664)
chr8 (562-620)||(15858506-15858564)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (562-600)||(11019525-11019563)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 588; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 588; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 675
Target Start/End: Original strand, 30395298 - 30395953
Alignment:
Q  20 taactgtctctcggtcaacaagagttgcaaaaaagagaaattcgcctcaagaaaaacttgtttaggcttgtgctactttaagcctcatagtccctgtttg 119  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30395298 taactgcctcttggtcaacaagagttgcaaaaaagagaaattcgcctcaagacaaacttgtttaggcttgtgctactttaagcctcatagtccctgtttg 30395397  T
Q  120 tctaggcttgtgcacttcttattgagtctttgggtcttctagtatacaattccggtctcaaatataaacaaaaatatatattcgtactttttcgtcttga 219  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30395398 tctaggcttgtgcgcttcttattgagtctttgggtcttctagtatacaattccggtctcaaatataaacaaaaatatatattcgtacttttccgtcttga 30395497  T
Q  220 atatatgcaaatactttttggtgttaattatagtcattgtactagtttgttcttcaacaattgtaatacttactagtaacataaatctttttgtaatagg 319  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  30395498 aaatatgcaaatactttttggtgttaattatagtcattgtactagtttgttcttcaacaattgtaatacttgctagtaacataaatctttttgtaacagg 30395597  T
Q  320 tcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacc 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30395598 tcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgtgaaagatatgaaacttggaaacctgacattacc 30395697  T
Q  420 tgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcagga 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30395698 tgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcatcatgactgcaaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttccgga 30395797  T
Q  520 ggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaaga 619  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30395798 ggaatttctaaagcaacaaatggtagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaaga 30395897  T
Q  620 tggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgct 675  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30395898 tggcattgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgct 30395953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 295 - 675
Target Start/End: Original strand, 30384821 - 30385201
Alignment:
Q  295 gtaacataaatctttttgtaataggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagata 394  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||     
T  30384821 gtaacattaatctttttgtgataggtcaccatgattttgtatgaggttcttaggttataccctcccgtaattggccttgctcgaaatgttgagaaagatg 30384920  T
Q  395 tgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaat 494  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30384921 tgaaacttggaaatctaacactacctgctggagtggagattttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggtgatgatgctaaaat 30385020  T
Q  495 gttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaa 594  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  30385021 gttcaatcctgaaagattttttggaggaatttccaaagcaacaaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtcctcgaatttgcattggacaa 30385120  T
Q  595 aacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgct 675  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||    
T  30385121 aacttttctctaatggaagcaaaaatggcaatgacattgattttgcaacatttctcatttgaactttcaccgacctatgct 30385201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 317 - 662
Target Start/End: Original strand, 30476368 - 30476713
Alignment:
Q  317 aggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgg-gacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacat 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| | ||||| || ||| |  | | |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  30476368 aggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattatacccacccgcaatcgcgactt-ctcgaagtactcacaaagatgtcaaacttggaaacctaacat 30476466  T
Q  416 tacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttc 515  Q
    |||| || |||||| |  ||  |||||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  30476467 taccagccggagtgcaaattaccttaccgatagttttggttcaccatgactccgaactatggggtgaagatgctaaggtgttcaatcctgagagattttc 30476566  T
Q  516 aggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagca 615  Q
     ||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||    
T  30476567 tggaggaatttccaaagcaacaaatgggagattttcattttttccatttggagggggtccaagaatttgcattggacaaaatttttccatgttggaagca 30476666  T
Q  616 aagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttc 662  Q
    ||||||||| || ||||||||||  || | || ||||||||||||||    
T  30476667 aagatggcaatggcaatgattttaaaaaaattctcatttgaactttc 30476713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 323 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 23783613 - 23783274
Alignment:
Q  323 ccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgc 422  Q
    |||||||||||||||||||| | || || |||||||| ||||  ||  ||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||  |||    
T  23783613 ccatgattttgtatgaggttttgaggttgtaccctcctgtaaccggcgttgctcgaaaagttgagaatgatataaaacttggagacttgacattatatgc 23783514  T
Q  423 tggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggagga 522  Q
    |||| ||||||||| | | |||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||    
T  23783513 tggaatggaggtttacatgccaattgttttgattcaccatgattgtgaactatggggtgatgatgctaagattttcaatcctgagagattttctggtgga 23783414  T
Q  523 atttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatgg 622  Q
    ||||||||||| || || || ||| |||||| |||||| ||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  23783413 atttccaaagcaacaaacggtagattttcatattttccgtttggagcgggtcctagaatctgcattggacaaaacttttccctgttggaagcaaagatgg 23783314  T
Q  623 cactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttc 662  Q
    || || || |||||||  |  |||||||||||||||||||    
T  23783313 caatggcattgattttaaagaatttttcatttgaactttc 23783274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 317 - 662
Target Start/End: Original strand, 30469227 - 30469572
Alignment:
Q  317 aggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacatt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||| |||  ||| | |||||| | ||||||||||||||  ||||    
T  30469227 aggtcaccatgattttgtatgaggttcttaggttatacccaccagtaatcgcacttgctcgaagagttcacaaagatgttaaacttggaaacctagcatt 30469326  T
Q  417 acctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttca 516  Q
     || || |||||| ||||||||||| | ||  || || |||||||||||   ||||||||||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||     
T  30469327 gccagccggagtgcaggttttcttatcgataattatggttcaccatgacatagaactatggggtgaagatgctaaggtgttcaatcccgagagattttct 30469426  T
Q  517 ggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaa 616  Q
    | |||  |||  ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||    
T  30469427 gaaggtgttttaaaagcaaccaatggaagaaattcattttttccatttgcagggggtcctagaatttgcattggacagaacttttccatgttggaagcaa 30469526  T
Q  617 agatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttc 662  Q
    |||||||| |  |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  30469527 agatggcaatagcaatgattttacaacgtttctcatttgaactttc 30469572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 317 - 662
Target Start/End: Original strand, 30431161 - 30431506
Alignment:
Q  317 aggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacatt 416  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| |  ||| || ||| || | | |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  30431161 aggtcactatgattttgtacgaggttcttaggttatacccaccagaaatcgcgcttactcgaagtgatcacaaagatatgacacttggaaacctaacatt 30431260  T
Q  417 acctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttca 516  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| | ||  ||||| |||||||||||   ||||||||||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  30431261 acctgcaggagtgcaggttttcttatcgataattttggttcaccatgacatagaactatggggtgaagatgctaaggtgttcaatcccgagagattttca 30431360  T
Q  517 ggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaa 616  Q
    | |||  |||  ||||| || |||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  30431361 gaaggtgttttaaaagcaacaaatggaagaaattcatttattccatttgaagggggtcctagaatttgaattggacaaaacttttccatgttggaagcaa 30431460  T
Q  617 agatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttc 662  Q
    |||||||| |  |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  30431461 agatggcaatagcaatgattttacaacgtttctcatttgaactttc 30431506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 317 - 662
Target Start/End: Original strand, 30437416 - 30437761
Alignment:
Q  317 aggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacatt 416  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||| ||| |||| | |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  30437416 aggtcacgatgattttgtacgaggttcttaggttatacccaccagtaatcgaacttgctcgaagtgttcacaaagatgtgaaacttggaaacctaacatt 30437515  T
Q  417 acctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttca 516  Q
    |||||| |||||| |  ||  |||||| ||  ||||  |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||     
T  30437516 acctgccggagtgcaaattaccttaccgatagttttagttcaccatgactccgaactatggggtgacgatgctaaggtgttcaatcctgagagattttct 30437615  T
Q  517 ggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaa 616  Q
    | |||  |||  ||||| || |||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |  |||||||||    
T  30437616 gaaggtgttttgaaagcaacaaatggaagaaattcatttgttccatttggagggggtcctagaatttgcattggacagaacttttctatgttggaagcaa 30437715  T
Q  617 agatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttc 662  Q
    |||||||  |  |||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||    
T  30437716 agatggcgatagcaatgattttacaacgtttctcattcgaactttc 30437761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 299 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 8379281 - 8378905
Alignment:
Q  299 cataaatctttttgtaataggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaa 398  Q
    ||||||||||||||| | || || | |||||||||||||||||||| || || || || |||| | | ||  || || || ||||||  ||||| || ||    
T  8379281 cataaatctttttgtgacagctccctatgattttgtatgaggttctaaggttgtatccaccagcatttggtgttactcgatatgttggcaaagacataaa 8379182  T
Q  399 acttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttc 498  Q
      |||||||| ||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||   ||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  8379181 gtttggaaacatggaagtacctgctggagtggaagttttcttaccaattattttgcttcaacataacaatgaactatggggtgatgatgcaaagatgttc 8379082  T
Q  499 aatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaact 598  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||| || ||||| ||| ||  || ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  8379081 aatcctgagagatttgctgaaggaatttccaaagcaacaaatggtagatttatatattttccatttggagggggtcctagagtttgcatgggacaaaact 8378982  T
Q  599 tttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgct 675  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |  |||||||||||  |||||||||||    
T  8378981 tttccctattggaagcaaagatggcagtgtcaatgattttacaaaatttctattttgaactttctccaacctatgct 8378905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 324 - 662
Target Start/End: Original strand, 23768470 - 23768808
Alignment:
Q  324 catgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgct 423  Q
    ||||||||||||||||||| | || || ||||||||  |||  ||  || || |||| |||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||  ||||    
T  23768470 catgattttgtatgaggttttgaggttgtaccctcctataaccggcgtttctcgaaaagttgagaatgatataaaacttggagacttgacattatatgct 23768569  T
Q  424 ggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaa 523  Q
    ||| |||| |||| ||| || ||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||    
T  23768570 ggaatggatgtttacttgccgattgttttgattcaccatgattgtgaactatggggtgatgatgctaagattttcaatcctgagagattttctggtggaa 23768669  T
Q  524 tttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggc 623  Q
    |||||||||| || || || ||| |||||| |||||| ||||||   ||||| ||||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  23768670 tttccaaagcaacaaacggtagattttcatattttccgtttggagcaggtcctagaatctgcattggacagaccttttctctattggaagcaaagatggc 23768769  T
Q  624 actgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttc 662  Q
    | || || ||||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  23768770 aatggcattgattttacagaatttttcatttgaactttc 23768808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 317 - 643
Target Start/End: Original strand, 30425128 - 30425454
Alignment:
Q  317 aggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacatt 416  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| |  |||||| ||| |||| | |||||| ||| ||||||||||||  ||||    
T  30425128 aggtcactatgattttgtacgaggttcttaggttatacccaccagcaatcgcgcttgctcgaagtgttcacaaagatgtgatacttggaaacctagcatt 30425227  T
Q  417 acctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttca 516  Q
     || || |||||| ||||||||||| | ||  ||||| |||||||||||   ||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  30425228 gccagccggagtgcaggttttcttatcgataattttggttcaccatgacatagaactatggggtgatgatgctaaggtgttcaatcccgagagattttca 30425327  T
Q  517 ggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaa 616  Q
    | |||  |||  ||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||    
T  30425328 gaaggtgttttaaaagcaacaaatggaagaaattcattttttccatttggagggggtcctagaatttgcattggacaaaacttttctatgttggaagcaa 30425427  T
Q  617 agatggcactgtcaatgattttgcaac 643  Q
    |||||||| |  |||||||||| ||||    
T  30425428 agatggcaatagcaatgattttacaac 30425454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 303 - 675
Target Start/End: Original strand, 30484532 - 30484904
Alignment:
Q  303 aatctttttgtaataggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaactt 402  Q
    ||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||  |  ||| || ||    || | |||||  | ||| ||    
T  30484532 aatctttttgtgacagatgaccatgattttgtatgaggttctaaggttatacccaccaataaccgtgcttcctcgagccattcacaaagacgtaaaagtt 30484631  T
Q  403 ggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatc 502  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||  || ||  |||||||||  ||| |||||||||  ||   ||||||||||| || ||||||||  |||||||||    
T  30484632 ggaaacctaacattacctgccggagtccagattaccttaccaatagtttggattcaccacaaccatgaactatggggtgaagatgctaaggtgttcaatc 30484731  T
Q  503 ctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttc 602  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||| ||||| || ||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  30484732 ctgagagatttgcagaaggagtttcaaaagcaacaaatggtagaaattcattttttccatttggagggggtcctagaatttgtattggacaaaacttttc 30484831  T
Q  603 cctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgct 675  Q
    | |  ||||||||||||||||| |  || |||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  30484832 catgttggaagcaaagatggcaataacattgattttgcagcatttctcatttgaactttctccaacctatgct 30484904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 165; Significance: 7e-88; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 307 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 41627122 - 41626754
Alignment:
Q  307 tttttgtaataggtcaccatgattttgtatgaggttcttagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaa 406  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||| |  ||| |  |||| ||||| ||| || ||||||||||||    
T  41627122 tttttgtcataggttaccatgattttgtatgaggttatgagattatatcctcccataattgagctttcgcgaaacgttgaaaaaaatgtgaaacttggaa 41627023  T
Q  407 acctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctga 506  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||| | ||| | |||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41627022 acctaacattatctgctggagtggaggttttcatgccaattatattgttgcaccatgattgtgaattatggggtgatgatgctaaaatgttcaatcctga 41626923  T
Q  507 gagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttcccta 606  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| |||    
T  41626922 aagattttctggaggaatttccaaagcaacgaacggtagagtttcattttttccatttggatggggtcctaggatctgcattgggcaaaacttttctcta 41626823  T
Q  607 atggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgct 675  Q
     ||||||||||||||||| || || ||||||| || ||||| |||||| |||||||  || ||||||||    
T  41626822 ttggaagcaaagatggcaatgacattgattttacagcatttctcatttcaactttctccagcctatgct 41626754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 472 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15865722 - 15865574
Alignment:
Q  472 ctatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggg 571  Q
    |||||||| |||||||| ||   |||||| ||||| || ||| | | ||||||| | || ||||| || |||| |||||| | ||| || ||||||||||    
T  15865722 ctatggggtgatgatgcaaaggagttcaaacctgaaaggtttgctgaaggaattgcaaaggctacaaaaggaaaagtttcttatttcccttttggatggg 15865623  T
Q  572 gtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagat 620  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||||| || || | |||||||||||    
T  15865622 gtcctagaatttgtcttggacaaaactttgccttactagaagcaaagat 15865574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 562 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 15844429 - 15844329
Alignment:
Q  562 tttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaacttt 661  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| || || | ||||||||||| ||| | ||| || |  ||||  |||| |||||||||||||    
T  15844429 tttggatggggtcctagaatttgtcttggacaaaactttaccttattagaagcaaagatagcaatatcattgttgctgcagaatttctcatttgaacttt 15844330  T
Q  662 c 662  Q
    |    
T  15844329 c 15844329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 562 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15851664 - 15851606
Alignment:
Q  562 tttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagat 620  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| || || | |||||||||||    
T  15851664 tttggatggggtcctagaatttgtcttggacaaaactttgccttattagaagcaaagat 15851606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 562 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15858564 - 15858506
Alignment:
Q  562 tttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagat 620  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| || || | |||||||||||    
T  15858564 tttggatggggtcctagaatttgtcttggacaaaactttgccttattagaagcaaagat 15858506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 562 - 600
Target Start/End: Original strand, 11019525 - 11019563
Alignment:
Q  562 tttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttt 600  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  11019525 tttggatggggtccaagactttgtattggacaaaacttt 11019563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University