View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11745_low_59 (Length: 430)

Name: NF11745_low_59
Description: NF11745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11745_low_59
NF11745_low_59
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (161-412)||(34880536-34880783)
chr2 (12-129)||(13922182-13922300)
chr2 (12-123)||(11828960-11829072)
chr2 (127-164)||(34878933-34878970)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (12-132)||(49786387-49786508)
chr3 (12-135)||(8436880-8437004)
chr3 (12-126)||(47940826-47940941)
chr3 (12-126)||(8152977-8153094)
chr3 (12-130)||(29836754-29836872)
chr3 (27-120)||(48778972-48779066)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (12-129)||(20186825-20186943)
chr1 (12-126)||(30339636-30339751)
chr1 (12-133)||(51787265-51787387)
chr1 (12-120)||(9672956-9673062)
chr1 (27-126)||(43740406-43740506)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (12-127)||(496682-496798)
chr7 (12-126)||(11765707-11765822)
chr7 (12-128)||(48057683-48057800)
chr7 (12-126)||(42535198-42535313)
chr7 (12-126)||(2286458-2286573)
chr7 (12-128)||(25185917-25186034)
chr7 (12-119)||(23844642-23844750)
chr7 (12-122)||(7527248-7527359)
chr7 (12-126)||(31427244-31427361)
chr7 (12-131)||(40855135-40855256)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (12-125)||(38280257-38280371)
chr5 (12-128)||(25955944-25956061)
chr5 (12-126)||(1501353-1501468)
chr5 (12-127)||(42250115-42250231)
chr5 (19-126)||(7886355-7886463)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (12-128)||(52055132-52055249)
chr4 (12-127)||(1158239-1158355)
chr4 (19-106)||(49866670-49866758)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (12-131)||(4076928-4077048)
chr8 (12-121)||(3780343-3780453)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-130)||(33594503-33594622)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 161 - 412
Target Start/End: Original strand, 34880536 - 34880783
Alignment:
Q  161 tttccatggtagtgttggtagcctccatccatgtagtgttggttagcctccaaataaggaaagttttatttcaaaccatgcctacatgctccctctcaat 260  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34880536 tttccatggtagtgttggtagc-tccatccatgtagtgttggttagcctccaaataaggaaagttttatttcaaaccatgcctacatgctccctctcaat 34880634  T
Q  261 cacgactttttggctgtcggcaagaaaagnnnnnnnnncttaacatcaattgacggtgcctccatatcattatcgcaaaaactcaatactttcaatcttt 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||         |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34880635 cacgactttttggctgtcggcaag--aagaaaaaaaaacttaacatcaattgacagtgcctttatatcattatcgcaaaaactcaatactttcaatcttt 34880732  T
Q  361 catttcaactttcctttcaataaaaaatctttcatgtcaatttgtacgattg 412  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34880733 catttcaattttcctttcaa-aaaaaatctttcatgtcaatttgtacgattg 34880783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 13922300 - 13922182
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13922300 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 13922201  T
Q  111 acatgtatcaccactcttt 129  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13922200 acatgtatcaccactcttt 13922182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 11829072 - 11828960
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11829072 gagatggatgaaagaggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgt 11828973  T
Q  111 acatgtatcacca 123  Q
     ||||| ||||||    
T  11828972 gcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 164
Target Start/End: Original strand, 34878933 - 34878970
Alignment:
Q  127 tttttaaaaacactgtataaaaggtaaatggtattttc 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34878933 tttttaaaaacactgtataaaaggtaaagggtattttc 34878970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 106; Significance: 7e-53; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 49786508 - 49786387
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49786508 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 49786409  T
Q  111 acatgtatcaccactcttttta 132  Q
    |||||||||||| ||| |||||    
T  49786408 acatgtatcaccgctcatttta 49786387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 135
Target Start/End: Original strand, 8436880 - 8437004
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8436880 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtgt 8436979  T
Q  111 acatgtatcaccactctttttaaaa 135  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||    
T  8436980 acatatatcaccactcctttaaaaa 8437004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 47940941 - 47940826
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  47940941 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgt 47940842  T
Q  111 acatgtatcaccactc 126  Q
     |||||||||| ||||    
T  47940841 gcatgtatcactactc 47940826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 8153094 - 8152977
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  8153094 gagatggataaaagagaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtgt 8152995  T
Q  111 --acatgtatcaccactc 126  Q
      | ||||||||||||||    
T  8152994 gcatatgtatcaccactc 8152977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 130
Target Start/End: Original strand, 29836754 - 29836872
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||  ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29836754 gagacgaatgagagagaagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgt 29836852  T
Q  111 acatgtatcaccactctttt 130  Q
     |||||||||||||||||||    
T  29836853 gcatgtatcaccactctttt 29836872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 120
Target Start/End: Original strand, 48778972 - 48779066
Alignment:
Q  27 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatca 120  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  48778972 gaagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 12 - 129
Target Start/End: Original strand, 20186825 - 20186943
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20186825 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 20186924  T
Q  111 acatgtatcaccactcttt 129  Q
    |||||||||||||||||||    
T  20186925 acatgtatcaccactcttt 20186943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 30339751 - 30339636
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339751 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 30339652  T
Q  111 acatgtatcaccactc 126  Q
    ||||||||||||||||    
T  30339651 acatgtatcaccactc 30339636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 51787387 - 51787265
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  51787387 gagatgcatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 51787288  T
Q  111 acatgtatcaccactctttttaa 133  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  51787287 acatgtatcaccactcttattaa 51787265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 12 - 120
Target Start/End: Original strand, 9672956 - 9673062
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9672956 gagatggatgaaagagaagagagaca--gtgtttgtgga-tctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctataggtgt 9673052  T
Q  111 acatgtatca 120  Q
    ||||||||||    
T  9673053 acatgtatca 9673062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 126
Target Start/End: Original strand, 43740406 - 43740506
Alignment:
Q  27 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||||| ||| |||||||||||||||||| |||  | |||||| ||| |||| |||||||||    
T  43740406 gaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttcatggatcaccact 43740505  T
Q  126 c 126  Q
    |    
T  43740506 c 43740506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 496798 - 496682
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  496798 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 496699  T
Q  111 acatgtatcaccactct 127  Q
    |||||||||||||||||    
T  496698 acatgtatcaccactct 496682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 11765822 - 11765707
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11765822 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 11765723  T
Q  111 acatgtatcaccactc 126  Q
    ||||||||||||||||    
T  11765722 acatgtatcaccactc 11765707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 128
Target Start/End: Original strand, 48057683 - 48057800
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  48057683 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtgt 48057782  T
Q  111 acatgtatcaccactctt 128  Q
    ||||||||||||||||||    
T  48057783 acatgtatcaccactctt 48057800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Original strand, 42535198 - 42535313
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  42535198 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgt 42535297  T
Q  111 acatgtatcaccactc 126  Q
    |||| ||||| |||||    
T  42535298 acatatatcatcactc 42535313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 2286573 - 2286458
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  2286573 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgt 2286474  T
Q  111 acatgtatcaccactc 126  Q
     |||||||||| ||||    
T  2286473 gcatgtatcactactc 2286458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 128
Target Start/End: Original strand, 25185917 - 25186034
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  25185917 gagatggatgaaaaggaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgt 25186016  T
Q  111 acatgtatcaccactctt 128  Q
     |||| ||||||||||||    
T  25186017 gcatgcatcaccactctt 25186034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 12 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 23844750 - 23844642
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||| |||    
T  23844750 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatgt 23844651  T
Q  111 acatgtatc 119  Q
     ||||||||    
T  23844650 gcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 122
Target Start/End: Original strand, 7527248 - 7527359
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| |||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  | |    
T  7527248 gagatggatgaaaaaaaaaagagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaatat 7527347  T
Q  111 acatgtatcacc 122  Q
     |||||||||||    
T  7527348 gcatgtatcacc 7527359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Original strand, 31427244 - 31427361
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgc--cacctatgggt 108  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||   ||| |||||||| |||||| |||||||||| | |||||||  ||||||||| |    
T  31427244 gagatggatgagagggaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatggat 31427343  T
Q  109 gtacatgtatcaccactc 126  Q
    || |||||||||||||||    
T  31427344 gtgcatgtatcaccactc 31427361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 131
Target Start/End: Original strand, 40855135 - 40855256
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctag-gacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 109  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||   |||  ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| |     
T  40855135 gagatgaatgaaagggaaaagagacaaagtgtttgtgaggtctagacccacaggtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtatataccacatatggata 40855234  T
Q  110 tacatgtatcaccactcttttt 131  Q
    | |||| |||| ||||||||||    
T  40855235 tgcatgcatcatcactcttttt 40855256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 12 - 125
Target Start/End: Original strand, 38280257 - 38280371
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  38280257 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatgt 38280356  T
Q  111 acatgtatcaccact 125  Q
    |||||||||||||||    
T  38280357 acatgtatcaccact 38280371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 12 - 128
Target Start/End: Original strand, 25955944 - 25956061
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  25955944 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtgt 25956043  T
Q  111 acatgtatcaccactctt 128  Q
     |||||||||||||||||    
T  25956044 gcatgtatcaccactctt 25956061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Original strand, 1501353 - 1501468
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |    
T  1501353 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatct 1501452  T
Q  111 acatgtatcaccactc 126  Q
     |||||||||||||||    
T  1501453 gcatgtatcaccactc 1501468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 42250231 - 42250115
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||    
T  42250231 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtgt 42250132  T
Q  111 acatgtatcaccactct 127  Q
     ||||||||||||||||    
T  42250131 gcatgtatcaccactct 42250115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 7886463 - 7886355
Alignment:
Q  19 atgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgta 117  Q
    ||||||| ||||||||||||| | | |||||| | |||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  || | |||| |    
T  7886463 atgaaagggaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaa 7886364  T
Q  118 tcaccactc 126  Q
    |||||||||    
T  7886363 tcaccactc 7886355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 128
Target Start/End: Original strand, 52055132 - 52055249
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  52055132 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 52055231  T
Q  111 acatgtatcaccactctt 128  Q
     |||||||||||||||||    
T  52055232 gcatgtatcaccactctt 52055249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 1158239 - 1158355
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||  |||| | |||    
T  1158239 gagatgaatgaaagggaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatgt 1158338  T
Q  111 acatgtatcaccactct 127  Q
     ||||||||| ||||||    
T  1158339 gcatgtatcatcactct 1158355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 49866758 - 49866670
Alignment:
Q  19 atgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  49866758 atgaaagagaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatgg 49866670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 131
Target Start/End: Original strand, 4076928 - 4077048
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4076928 gagatggatgaaaaggaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtat 4077027  T
Q  111 acatgtatcaccactcttttt 131  Q
     ||||||||| ||||| ||||    
T  4077028 gcatgtatcatcactcgtttt 4077048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 121
Target Start/End: Original strand, 3780343 - 3780453
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||  || |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  3780343 gagatggatgaaagggaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatgt 3780442  T
Q  111 acatgtatcac 121  Q
    |||||||||||    
T  3780443 acatgtatcac 3780453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 130
Target Start/End: Original strand, 33594503 - 33594622
Alignment:
Q  12 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacat-tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  33594503 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatgt 33594602  T
Q  111 acatgtatcaccactctttt 130  Q
     |||||||||| ||||||||    
T  33594603 gcatgtatcactactctttt 33594622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University