View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11747_high_1 (Length: 1070)

Name: NF11747_high_1
Description: NF11747
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11747_high_1
NF11747_high_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-1056)||(48319535-48320591)
chr7 (612-664)||(47380616-47380668)
chr7 (89-124)||(47380715-47380750)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1014; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1014; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1056
Target Start/End: Complemental strand, 48320591 - 48319535
Alignment:
Q  1 atgcaacaaaagtaaactcaaacttgttttaactcagaaggaaaacagagaaagataaatcagagagatgcaacaagtacacttacagttttgaagaata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48320591 atgcaacaaaagtaaactcaaacttgttttaactcagaaggaaaacagagaaagataaatcagagagatgcaacaagtacacttacagttttgaagaata 48320492  T
Q  101 cttgttcccttgtctgggttgatgactccaagtaatgtcttccatacacctggaggtttggcgccttgtgttactctaaatgcctaagaacaggagaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48320491 cttgttcccttgtctgggttgatgactccaagtaatgtcttccatacacctggaggtttggcgccttgtgttactctaaatgcctaagaacaggagaaaa 48320392  T
Q  201 catgtgagataaaatcagtaatttaactggaaaaaccacataacataatttccttagagaagtaaatataaagaaatcagagcattgtatgtaatagtat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48320391 catgtgagataaaatcagtaatttaactggaaaaaccacataacataatttccttagagaagtaaatataaagaaatcagagcattgtatgtattagtat 48320292  T
Q  301 aggaagatcttccatca-tttgcttttattagcgcgtttgtgtgtgtctgcctatataaagaggcattctcttatctatacatttgtactttttcttcat 399  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48320291 aggaagatcttccatcattttgcttttattagcgcgtttgtgtgtgtctgcctatataaagaggcattctcttatctatacatttgtactttttcttcat 48320192  T
Q  400 attttcaggtaataggacatattctatttccttaattttaggatagcaattaatagaatctatgtacgtaagtctacaaattgcaaaaatatcgttgtag 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48320191 attttcaggtaataggacatattctatttccttaattttaggatagcaattaatagaatctatgtacgtaagtctacaaattgcaaaaatatcgttgtag 48320092  T
Q  500 tttgtacactgtcaatcatatcttcttatatgatatccagtcaattttctctcttcacttcatggaaaattatgcaatgcatcaaaattttagcatagan 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48320091 tttgtacactgtcaatcatatcttcttatatgatatccagtcaattttctctcttcacttcatggaaaattatgcaatgcatcaaaattttagcatagat 48319992  T
Q  600 nnnnnnnnacctgcatgcgagtccttgcaagttctacaggataacaggaaatgcaagccaatgagcgtgcaagtgatcctgctactaatggaacataagg 699  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48319991 ttttttttacctgcatgcgagtccttgcaagttctacaggataacaggaaatgcaagccaatgagcgtgcaagtgatcctgctactaatggaacataagg 48319892  T
Q  700 cgttaaatctggagaattttgagttgtatactcctccataaagttgcggaagatatcataacaaggcatataaattccaacctatttgacaggaaacaca 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48319891 cgttaaatctggagaattttgagttgtatactcctccataaagttgcggaagatatcataacaaggcatataaattccaacctatttgacaggaaacaca 48319792  T
Q  800 cccagaccatcagtatactgtgtataactaaatgtgtgatgaacatgcaaaattggagaaccaaaattaacagtataatcattcctctaaagtaacacac 899  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48319791 cccagaccatcagtatactgtgtataactaaatgtgtgatgaacatgcaaaattggagaaccaaaattaacagtataatcattcctctaaagcaacacac 48319692  T
Q  900 atgaaaaaattcaagacaggaaagatagcttacacttggcatggccaatgccaaactagcatttgtgcctctccacaatctggtaaatccttcctgcata 999  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48319691 atgaaaaaattcaagacaggaaagatagcttacacttggcatggccaatgccaaactagcatttgtgcctctccacaatctggtaaatccttcctgcata 48319592  T
Q  1000 aattcactcctgtgaaccctcttatagtaagtaattattatgttgacgtgaaaaaag 1056  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48319591 aattcactcctgtgaaccctcttatagtaagtaattattatgttgacgtgaaaaaag 48319535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 612 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 47380668 - 47380616
Alignment:
Q  612 gcatgcgagtccttgcaagttctacaggataacaggaaatgcaagccaatgag 664  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  47380668 gcatgcgagtccttgcaagttttacgtgataacaagaaatgcaagccaatgag 47380616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 47380750 - 47380715
Alignment:
Q  89 ttttgaagaatacttgttcccttgtctgggttgatg 124  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47380750 ttttgaagaatgcttgttcccttgtctgggttgatg 47380715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University