View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1174_low_3 (Length: 435)

Name: NF1174_low_3
Description: NF1174
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1174_low_3
NF1174_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-435)||(26072398-26072814)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (16-435)||(1670888-1671304)
chr3 (16-435)||(44271186-44271591)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 26072814 - 26072398
Alignment:
Q  16 atggcattaactatgaaagctaaatttgaaaagtattggagtgatgagaatatcaataatctgttgtttgtagctgtttatcttgatcctaggtacaaga 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26072814 atggcattgactatgaaagctaaatttgaaaagtattggagtgatgagaatatcaattatctgttgtttgtagctgtttatcttgatcctaggtacaaga 26072715  T
Q  116 tggagtatcttgatttgtgttttggttggatgtatggggtggaaaaggctaaaatgatcattgctaaactgcatgaactcataggcaaattgtttgatta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26072714 tggagtatcttgatttgtgttttggttggatgtatggggtggaaaaggctaaaatgataattgctaaactgcatgaactcataggcaaattgtttgatta 26072615  T
Q  216 ttacaagtcactgcggcctattggttttgtttctagtgattcctcctctagctccattaatacaatacaaagtgatgttgttattactttgggtgttgga 315  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||   ||||||| |||||||||    
T  26072614 ttacaagtcagtgcagcctattggttttgtttctagtgattcctcctctagctccactaatacaatgcaaagtgatgttg---ttactttcggtgttgga 26072518  T
Q  316 ggtaatgtggatatggatgctttacaccgaagaagggttaaaagaaggcaaagtgaacataaatcaagtgagttggttagatacttagaagatgaggttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26072517 ggtaatgtggatatggatgctttgcaccgaagaagggttaaaagaaggcaaagtgaacataactcaagtgagttggtaagatacttagaagatgaggttg 26072418  T
Q  416 aagatgattatgaaggattt 435  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  26072417 aagatgattatgaatgattt 26072398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 435
Target Start/End: Original strand, 1670888 - 1671304
Alignment:
Q  16 atggcattaactatgaaagctaaatttgaaaagtattggagtgatgagaatatcaataatctgttgtttgtagctgtttatcttgatcctaggtacaaga 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1670888 atggcattgactatgaaagctaaatttgaaaagtattggagtgatgagaatatcaattatctgttgtttgtagctgtttatcttgatcctaggtacaaga 1670987  T
Q  116 tggagtatcttgatttgtgttttggttggatgtatggggtggaaaaggctaaaatgatcattgctaaactgcatgaactcataggcaaattgtttgatta 215  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1670988 tggagtatcttgatttttgttttggttggatgtatggggtggaaaaggctaaaatgataattgctaaactgcatgaactcataggcaaattgtttgatta 1671087  T
Q  216 ttacaagtcactgcggcctattggttttgtttctagtgattcctcctctagctccattaatacaatacaaagtgatgttgttattactttgggtgttgga 315  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||   ||||||| |||||||||    
T  1671088 ttacaagtcagtgcagcctattggttttgtttctagtgattcctcctctagctccactaatacaatgcaaagtgatgttg---ttactttcggtgttgga 1671184  T
Q  316 ggtaatgtggatatggatgctttacaccgaagaagggttaaaagaaggcaaagtgaacataaatcaagtgagttggttagatacttagaagatgaggttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1671185 ggtaatgtggatatggatgctttgcaccgaagaagggttaaaagaaggcaaagtgaacataactcaagtgagttggtaagatacttagaagatgaggttg 1671284  T
Q  416 aagatgattatgaaggattt 435  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  1671285 aagatgattatgaaggattt 1671304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 44271591 - 44271186
Alignment:
Q  16 atggcattaactatgaaagctaaatttgaaaagtattggagtgatgagaatatcaataatctgttgtttgtagctgtttatcttgatcctaggtacaaga 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44271591 atggcattgactatgaaagctaaatttgaaaagtattggagtgatgagaatatcaattatctgttgtttgtagctgtttatattgatcctaggtacaaga 44271492  T
Q  116 tggagtatcttgatttgtgttttggttggatgtatggggtggaaaaggctaaaatgatcattgctaaactgcatgaactcataggcaaattgtttgatta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| ||||    |||| ||||  || | |||||  |||||||   |||||||||||||    
T  44271491 tggagtatcttgatttgtgttttggttggatgtatggaaagnaaa-ggctgcc-tgataattga-aacccgcatgc-ctcatagc--aattgtttgatta 44271398  T
Q  216 ttacaagtcactgcggcctattggttttgtttctagtgattcctcctctagctccattaatacaatacaaagtgatgttgttattactttgggtgttgga 315  Q
    || |||||||  |   ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   |||| |||||||||    
T  44271397 tt-caagtca--ggcacctattg-ttttgtttctagtg-ttcctactctagctccactaatacaatgcaaagtgatgttgtta---ctttcggtgttgga 44271306  T
Q  316 ggtaatgtggatatggatgctttacaccgaagaagggttaaaagaaggcaaagtgaacataaatcaagtgagttggttagatacttagaagatgaggttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44271305 ggtaatgtggatatggatgctttgcaccgaagaagggttaaaagaaggcaaagtgaacataactcaagttagttggtaagatacttagaagatgaggttg 44271206  T
Q  416 aagatgattatgaaggattt 435  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  44271205 aagatgattatgaaggattt 44271186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University