View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11750_low_2 (Length: 890)

Name: NF11750_low_2
Description: NF11750
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11750_low_2
NF11750_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (11-874)||(20178947-20179811)
chr4 (425-479)||(49652971-49653025)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 769; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 769; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 874
Target Start/End: Original strand, 20178947 - 20179811
Alignment:
Q  11 cagagaaacgaaccggaacggagttaatgactcgggttgttgtggatttgtatgaaaatgaaccggtggttcggtctaaaagaggaaggaaccaagcttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20178947 cagagaaacgaaccggaacggagttaatggctcgggttgttgtggatttgtatgaaaatgaaccggtggttcggtctaaaagaggaaggaaccaagcttt 20179046  T
Q  111 accgtgccggtttagagactcggtgattgaaccgttgaaacgcaaggatcggaaactgagattgtcgtctactactactaatgctaagaaacgaagttac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20179047 accgtgccggtttagagactcggtgattgaaccgttgaaacgcaaggatcggaaactgagattgtcgtctactactactaatgctaagaaacgaagttac 20179146  T
Q  211 aacgtgaaacggtaaaaagtttgtttt-ttacttttggtgaatgaataaagtttgctaattttagttagtattttcatttatgtttgtttgaggtgtttg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||| |||||||||||||    
T  20179147 aacgtgaaacggtaaaaagtttgtttttttacttttggtgaatgaataaagtttgctaattttagttagtgtttttgtttacgtttatttgaggtgtttg 20179246  T
Q  310 atcaagacgacgtgtcgtcggattcaagagatgtttattgattattacatacatttgaaacacggatacaaacaccgatatcagatatcagatacgacac 409  Q
    ||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20179247 atcaagacgacgtatcgtctgagttaagagatgtttattgattattacatacatttgaaacacggatacaaacaccgatatcagatatcagatacgacac 20179346  T
Q  410 tgacacgttaacgtaactaatagtttaagaaaatcgtataattcagtataattatgtgttaatgtcgtgttagatacgacacgtgtccgacgtcggaaca 509  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20179347 tgacacgttaacgtaattaatagtttaagaaaatcatataattcagtataattatgtgttgatgttgtatcagatacgacacgtgtccgacgttggaaca 20179446  T
Q  510 tgtctaatttaaaaagtctttatgcttcatagttaacttatagggagagaatatgttatgtataagattttggaattggaattagtgttaattaatcaaa 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20179447 tgtctaatttaaaaagtctttatgcttcatagttaacttatagggagagaatatgttatgtataagattttggatttggaattagtgttaattaatcaaa 20179546  T
Q  610 caattctatctaactctgataagatagataaatagtatagcttgtttactctctcattcttatctcttttgtcttggcaatgtttatggtagttattcaa 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20179547 caattctatctaactctgataagatagataaatagtatagcttgtttactctctcattcttatctcttttgtcttggcaatgtttatagtagttattcaa 20179646  T
Q  710 tgacgattgaagttgatttatttggcaaagtggaaagggacaatttgaaagaatatgatttggatgttgtctcaatattttaattgcctatcatgatagc 809  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20179647 tgacgatggaagttgatttatttggcaaagtggaaagggacaatttgaaagaatatgatttgaatgttgtctcaatattttaattgcctatcatgatagc 20179746  T
Q  810 attttatgataaagggaaattaatacaaaagtaggtttaatgaatgttgcatttcttttaaatag 874  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20179747 attttatgataaagggaaattaatacaaaagtaggtttaatgaatgctgcatttcttttaaatag 20179811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 425 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 49653025 - 49652971
Alignment:
Q  425 actaatagtttaagaaaatcgtataattcagtataattatgtgttaatgtcgtgt 479  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  49653025 actaataatttaagaaaatcagataattcagtataattatatgttggtgtcgtgt 49652971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University