View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11753_low_2 (Length: 800)

Name: NF11753_low_2
Description: NF11753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11753_low_2
NF11753_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (3-779)||(52375993-52376750)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 608; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 608; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 52376750 - 52375993
Alignment:
Q  3 cagatggttcatccaataaatcaccacaacaagcaccaacaaatgcaccatcaaacgaaccaagcaaaacacctgaatctgcacccacaaatgcacccac 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52376750 cagatggttcatccaataaatcaccacaacaagcaccaacaaatgcaccatcaaacgaaccaagcaaaacacctgaatctgcacccacaaatgcacccac 52376651  T
Q  103 agcagcatccaccaacgcgcctgcagaggcaccaaaaggcaatggcgagaatgtagccggtagttctaaagcacctggaagtgctccaattgtgtcgcca 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  52376650 agcagcatccaccaacgcgcctgcagaggcaccaaaaggcaatggcgcgaatgtagccggtagttctaaagcacctgaaagtgctccaattgtgtctcca 52376551  T
Q  203 gccggagcacctcaaggggatctaacagacgatgatgatgacgatgatcaaatggttgcaccttcaggtgcacctaaaggagcacctaaagggacctcta 302  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||    
T  52376550 accggagcacctcaaggggatctaacagatgatgatgatgacgatgatcaaatggttgcaccttcaggtgcacctaaagg------------gacctcta 52376463  T
Q  303 cagatgatgattgaagtatagaattgtaacatcatcacattcttaattcaatgttaattattaacataaacagttaagtttccattgaaattttaaacgg 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52376462 cagatgatgattgaagtatagaattgtaacatcatcacattcttaattcaatgttaattattaacataaacagttaagtttccgttgaaattttaaacgg 52376363  T
Q  403 ggttgagtatgtaataccgatcaattttccccgtaacaaaatgtgcgtatttgttgatcctaacatctgcctatgggaaaataagttatacacttgcttg 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52376362 ggttgagtatgtaataccgatcaattttccccgtaacaaaatgtgcgtatttgttgatcctaacatctgcctatgggaaaataagttatacacttgcttg 52376263  T
Q  503 tactaagtttattattactattggatcattaaagaaaaagcaagtggtcaaagctatggaactttgaatacaatattaattatatgacaaccttagattt 602  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52376262 cactaagtttattattactattggatcattaaagaaaaagcaagtggtcaaagctatggaactttgaatacaatattaattatatgacaaccttagattt 52376163  T
Q  603 gacttgtaccgtgatcgcacacaattagccatattaattgtcaatattgaacgatctagatttcaatcgaaaggccattgatatggctgattgtgaccac 702  Q
     |    ||  || |    | |  | | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52376162 ca---atattgtca----atattaattgtcatattaattgttaatattgaacgatctagatttcaatcgaaaggccattgatatggctgattgtgaccac 52376070  T
Q  703 atacaaactaataaatccttcatctnnnnnnngttgatggggcgttgtagctaactaaaatcctccaatggacagag 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52376069 atacaaactaataaatccttcatctaaaaaaagttgatggggcgttgtagctaactaaaatcctccaatggacagag 52375993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University