View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11761_low_2 (Length: 919)

Name: NF11761_low_2
Description: NF11761
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11761_low_2
NF11761_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-898)||(43408337-43409219)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 898
Target Start/End: Original strand, 43408337 - 43409219
Alignment:
Q  18 accttcagcaggagtcatcatctgcacctgtttctgtgaatccaaacatgaacgttcatgttcgtttctttagaagccatgactatccgcgtcatcagca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408337 accttcagcaggagtcatcatctgcacctgtttctgtgaatccaaacatgaacgttcatgttcgtttctttagaagccatgactatccgcgtcatcagca 43408436  T
Q  118 gcaacagcaatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggacatgccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408437 gcaacagcaatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggacatgccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctc 43408536  T
Q  218 atcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtatatatgtttgttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacata 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408537 atcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtat----gtttgttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacata 43408632  T
Q  318 catgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtagtcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggtaa---gcaa 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  43408633 catgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtagtcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggtaattagcaa 43408732  T
Q  415 acaatca---tcagatcatagtactggatttgattaaatcaacaaaaactaaataaaattgtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttg 511  Q
    |||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408733 acaatcatcatcagatcatagtactggatttgattagatcaacaaaaactatataaaattgtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttg 43408832  T
Q  512 aagagctatatgaagcagccgtgaacgagataatggaagtgttggcttcagtgtgcaagacgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttgcct 611  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408833 aagagctatatgaagcagcggtgaacgagataatggaagtgttggcgtcagtgtgcaagacgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttgcct 43408932  T
Q  612 acaacaacaacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgtggtgtttcaactatgagttgctgcatatcaacggttgattcagcttgttat 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408933 acaacaacaacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgtggtgtttcaactatgagttgctgcatatcaacggttgattcagcttgttat 43409032  T
Q  712 gttggtgacatggatgtattgggattccaagaagcgtgcagtgagtatcacctttttaatggacaaggaatagtaggaacagccttcacaacaaccaaac 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409033 gttggtgacatggatgtattgggattccaagaagcgtgcagtgagtatcacctttttaatggacaaggaatagtaggaacagccttcacaacaaccaaac 43409132  T
Q  812 cttgttttgctattgatattactgccttcagcaaatctgaatatccacttgctcaccatgccaacatgtttggcttacacgctgctg 898  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409133 cttgttttgctattgatattactgccttcagcaaatctgaatatccacttgctcaccatgccaacatgtttggcttacacgctgctg 43409219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University