View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11762_low_1 (Length: 842)

Name: NF11762_low_1
Description: NF11762
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11762_low_1
NF11762_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-827)||(52511929-52512744)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 784; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 784; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 827
Target Start/End: Original strand, 52511929 - 52512744
Alignment:
Q  12 atgaatagagttagtagaagaggacatgttcgtggggtggtggtgctgcataagatgaagatgaaaagaaaggttgtcatgatcatgagtagtaaatcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52511929 atgaatagagttagtagaagaggacatgttcgtggggtggtggtgttgcataggatgaagatgaaaagaaaggttgtcatgatcatgagtagtaaatcta 52512028  T
Q  112 ctatgatgatggtcttgtaaattagcactaaatgatgttgatgaattagttaatagatgtaatgactgcatgttcatatccaaggatgtggtagaagacg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52512029 ctatgatgatggtcttgtaaattagcactaaatgatgttgatgaattagttaatagatctaatgactgcatgttcatatccaaggatgtggtagcagacg 52512128  T
Q  212 aagacgagtaatgattcaagtttgatatatcgatgctcgggtgaatctggctactaatattattgttgcctctacttggagttggaatacttgtgtctcc 311  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512129 aagacgagtaatggttcaagtttgatatatcgatgctcgggtgaatctggctactaatattattgttgcctctacttggagttggaatacttgtgtctcc 52512228  T
Q  312 aaagttaggataattttcagcgttataaaattctcctcctgtaaaaagtgtcttgagcatgagagcattcatatccttgtgctcgtcaatattattattc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512229 aaagttaggataattttcagcgttataaaattctcctcctgtaaaaagtgtcttgagcatgagagcattcatatccttgtgctcgtcaatattattattc 52512328  T
Q  412 ttcatctctgttgaatttgttgtggaaggatcaagtattcgataacattccatgctggaattaggagcagtgtaattaagcatttcagtgaatttgggga 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512329 ttcatctctgttgaatttgttgtggaaggatcaagtattcgataacattccatgctggaattaggagcagtgtaattaagcatttcagtgaatttgggga 52512428  T
Q  512 aattagcaaatgagatctcttcctttatagtactattcttggaaaactctgaatctaagttgttgttatgattgaactgtttgctgtttaagcagctctc 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512429 aattagcaaatgagatctcttcctttatagtactattcttggaaaactctgaatctaagttgttgttatgattgaactgtttgctgtttaagcagctctc 52512528  T
Q  612 ttcggcagcaacatcacttgtccattgatgactatgatgataacctaaatcttgattcatgtaattgttcttgtgtgttaaagatgatattgatctggta 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  52512529 ttcggcagcaacatcacttgtccattgatgactatgatgataacctaaatcatgattcatataattgttcttgtgtgttaaagatgatcttgatctggta 52512628  T
Q  712 ttagcttcttggaggttatttgagttgatgttgcctgcattattcctatagatagatgtataaacaaggttagaaaaaagaaattaagagaaaataggac 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512629 ttagcttcttggaggttatttgagttgatgttgcctgcattattcctatagatagatgtataaacaaggttagaaaaaagaaattaagagaaaataggac 52512728  T
Q  812 accatgtagtatatat 827  Q
    ||||||||||||||||    
T  52512729 accatgtagtatatat 52512744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University