View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11768_high_10 (Length: 593)

Name: NF11768_high_10
Description: NF11768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11768_high_10
NF11768_high_10
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (162-576)||(4407721-4408136)
chr5 (5-148)||(34874943-34875087)
chr5 (5-148)||(7001269-7001412)
chr5 (27-148)||(8891986-8892107)
chr5 (5-148)||(4416204-4416350)
chr5 (5-140)||(4922732-4922870)
chr5 (5-140)||(20209223-20209362)
chr5 (72-148)||(6048727-6048804)
chr5 (13-54)||(40089926-40089967)
chr5 (101-148)||(27895395-27895442)
[»] scaffold0308 (1 HSPs)
scaffold0308 (5-148)||(11570-11714)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (5-140)||(20395096-20395232)
chr4 (5-148)||(12881189-12881335)
chr4 (5-148)||(1844761-1844908)
chr4 (5-148)||(18107060-18107206)
chr4 (5-148)||(31863756-31863902)
chr4 (5-148)||(30274316-30274463)
chr4 (5-148)||(449541-449687)
chr4 (5-148)||(34322823-34322969)
chr4 (5-144)||(42777733-42777874)
chr4 (5-148)||(42822934-42823080)
chr4 (5-148)||(52741342-52741487)
chr4 (5-148)||(34005384-34005530)
chr4 (5-148)||(53487457-53487603)
chr4 (5-148)||(10563813-10563958)
chr4 (5-140)||(53779543-53779681)
chr4 (26-148)||(19164476-19164601)
chr4 (5-113)||(55854319-55854430)
chr4 (5-85)||(29213484-29213566)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (5-148)||(47536760-47536904)
chr3 (5-148)||(32093418-32093562)
chr3 (5-148)||(8695395-8695541)
chr3 (5-148)||(9047282-9047428)
chr3 (5-148)||(11639456-11639602)
chr3 (5-148)||(33121821-33121967)
chr3 (5-148)||(25341838-25341984)
chr3 (5-148)||(19221619-19221763)
chr3 (5-140)||(26845368-26845507)
chr3 (19-148)||(36634928-36635060)
chr3 (5-64)||(50543798-50543857)
chr3 (95-148)||(32233676-32233729)
chr3 (86-148)||(1764622-1764684)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (5-148)||(29470702-29470846)
chr8 (5-148)||(17658323-17658466)
chr8 (5-137)||(23679666-23679799)
chr8 (5-148)||(45256332-45256475)
chr8 (64-148)||(31082172-31082257)
chr8 (5-140)||(26030989-26031128)
chr8 (14-148)||(10583929-10584065)
chr8 (31-148)||(8446700-8446820)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (5-140)||(11061360-11061496)
chr6 (5-148)||(17079695-17079841)
chr6 (5-145)||(9199756-9199898)
chr6 (65-148)||(6831497-6831581)
chr6 (5-51)||(33722643-33722689)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (5-148)||(49968817-49968963)
chr1 (5-148)||(10722529-10722673)
chr1 (5-148)||(41181703-41181846)
chr1 (5-145)||(9903769-9903912)
chr1 (5-148)||(25591978-25592124)
chr1 (5-148)||(10711617-10711754)
chr1 (5-148)||(17707486-17707632)
chr1 (5-148)||(40292589-40292734)
chr1 (5-148)||(30111428-30111574)
chr1 (5-140)||(41061648-41061787)
chr1 (5-78)||(47107184-47107259)
chr1 (5-64)||(47586900-47586958)
chr1 (95-148)||(47107261-47107314)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (5-146)||(18654336-18654481)
chr7 (5-148)||(34231189-34231335)
chr7 (5-148)||(29114053-29114199)
chr7 (43-148)||(24752908-24753016)
chr7 (5-148)||(7459175-7459320)
chr7 (64-148)||(20037565-20037650)
chr7 (15-148)||(28060067-28060204)
chr7 (64-148)||(20047696-20047781)
chr7 (5-144)||(4076768-4076911)
chr7 (5-54)||(46177842-46177891)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (5-148)||(3000252-3000398)
chr2 (5-148)||(7075602-7075748)
chr2 (28-148)||(9393027-9393150)
chr2 (13-140)||(24313935-24314066)
chr2 (5-134)||(30273503-30273636)
chr2 (19-86)||(1379636-1379704)
chr2 (13-148)||(18704305-18704444)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (5-148)||(181619-181765)
[»] scaffold0481 (1 HSPs)
scaffold0481 (64-148)||(1363-1448)
[»] scaffold0179 (1 HSPs)
scaffold0179 (13-64)||(7105-7156)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 162 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 4408136 - 4407721
Alignment:
Q  162 aagagaggtatatgaccaatgttttctgtacatgttctccaaaccacaaggacctttatggtattctttggtcttttttgatggagttaacattcttcgt 261  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4408136 aagagaggtatatggccaatgttttctgtacatgttctccaaaccacaaggacctttatggtattctttggtcttttttgatggagttaacattcttcgt 4408037  T
Q  262 atccaagttaa-ctttagtgaaattctttttgctttcatccatcttgtgtccagtgaatacctccattgagattctataaattgaaacgtaaaagcacgc 360  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4408036 atccaagttaaactttagtgaaattctttttgctttcatccatcttgtgtccagtgaatacctccattgagattctataaattgaaacgtaaaagcacgc 4407937  T
Q  361 ttcaaattgcttctaattatagaatctgaaaccattctaatataaaaggcagatttggtctcttttcctgatttctgcagcttcgatttttgacctccca 460  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4407936 ttcaaattgcttctaattataaaatctgaaaccattctaatataaaaggcagatttggtctcttttcgtgatttctgcagcttggatttttgacctccca 4407837  T
Q  461 aaaccccccaaactcgaatcttgttatgctgtgtcatatttcaagttatgtcgattccatcgcatttgacctattttagctccgtacctgcaatccaatc 560  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4407836 aaaccccccaagctcgaatcttgttatgctgtgtcatatttcaagttatgtcgattccatcgcatttgacctattttagctccgtacctgcaatccaatc 4407737  T
Q  561 caataaatcataattc 576  Q
    ||||||||||||||||    
T  4407736 caataaatcataattc 4407721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 34874943 - 34875087
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  34874943 tttggtttagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttggacatcgcgtaatagttttttgtttgtttgtatgactctgtgtttgtagagtagctct 34875042  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||    
T  34875043 tttggcacaccttgtgctacagaagctgcttttggtggttaatat 34875087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 7001269 - 7001412
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||    
T  7001269 tttggttcagataggtggttctcaagttccttccaatgcttgggcatcgcgtgatgg-tttttgtttgtttgtatgactttgtgtttgtagagtagctct 7001367  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  7001368 tttggtacgccttatgctataggagctgcttttggtggttaatat 7001412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 27 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 8892107 - 8891986
Alignment:
Q  27 caagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaag 125  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  8892107 caagtcccttccaatgtttgggcatcacgtgatggttttt-gtttgtttgtatgactatgtgtttgtagagtagctcttttggcacgccttgtgctatag 8892009  T
Q  126 gagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  8892008 gagctgcttttggtggttaatat 8891986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 4416204 - 4416350
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||  ||||||  |||||||    
T  4416204 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctaagtttgtagagtagct 4416303  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||    
T  4416304 cttttgacacaccttgtgctagaagagttgcttttggtgatttatat 4416350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 4922870 - 4922732
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||  | ||| |||||||| ||||||| | ||||| |||||  |    
T  4922870 tttggtacagataggtggtgctcaagtcctttccaatgcttgggcatcgcttaatggtttgtattggttgtttgtttgactctgtttttgtaaagtaatt 4922771  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    ||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  4922770 cttttagcacaccttatgctagaggagttgcttttggtg 4922732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Original strand, 20209223 - 20209362
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttt--tgtttgtttgtat-gactct-tgtttgtgaagtagc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| |  || |||||||| | |||||| | ||||| |||||      
T  20209223 tttggtacagataggtggtgctcaagtcctttccaatgcttgggcatcgcttaatggtttgtattggttgtttgttttgactctgtttttgtaaagtaat 20209322  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  20209323 tcttttagcacaccttgtgctagaggagttgcttttggtg 20209362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 6048804 - 6048727
Alignment:
Q  72 gtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  6048804 gtttgtatgactctgtgtttgtagagtagttcttttggcacaccttatgctagaggagttgcttttggtggttaatat 6048727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 13 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 40089967 - 40089926
Alignment:
Q  13 agataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgc 54  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40089967 agataggtggtgttcaagtccctttcaatgcttgggcatcgc 40089926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 27895442 - 27895395
Alignment:
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  27895442 tcttttggcacaccttgtgccaaaagagttgcttttggtggttaatat 27895395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0308 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0308
Description:

Target: scaffold0308; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 11714 - 11570
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||||||    
T  11714 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgtttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatggctctgtgtttgtagagtagctct 11615  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  11614 tttggcacgccttgtgctataggagctgcttttggtggttaatat 11570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 20395232 - 20395096
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  20395232 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttggacatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactctgtgtttgtagagtagctct 20395133  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  20395132 tttgacacaccttgtactacaggagctgcttttggtg 20395096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 12881189 - 12881335
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttt--tgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  12881189 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtaatggttttttatgtttgtttgtatgactctgtgtttgtagagtagct 12881288  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  12881289 cttttggtacaccttgtgctagaggagttgcttttggtggttaatat 12881335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 1844761 - 1844908
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttt---tgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  1844761 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgtttgaacatcgcgtaatggtttttttatgtttgtttgtatgactctgtgtttgtagagtagc 1844860  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||    
T  1844861 tcttttggcacaccttgtgctagaggagttgtttttgatggttaatat 1844908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 18107060 - 18107206
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||   |||||  ||||| |    
T  18107060 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctaaatttgtagagtagtt 18107159  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||    
T  18107160 cttttggcacaccttgtgccagaagagttgcttttggtgattaatat 18107206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 31863902 - 31863756
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||||| ||||| | ||||| |||||| |    
T  31863902 tttggttcagatagttggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcgcgtaatggtttgttttggttggttgtataactctgtatttgtaaagtagtt 31863803  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  31863802 cttgtggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtggttaatat 31863756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 30274316 - 30274463
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct--tgtttgtgaagtagc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||    |||||  ||||||    
T  30274316 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctaagttttgtagagtagc 30274415  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  30274416 tcttttggcacatcttatgctagaagagttgcttttggtgattaatat 30274463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 449687 - 449541
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||  ||||||  |||||||    
T  449687 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctaagtttgtagagtagct 449588  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||| ||| ||||  | ||| ||||||| |||||||||||    
T  449587 cttttggcacatcttatgctggaagagttgcttttcgtgattaatat 449541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 34322823 - 34322969
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| |||||| |||||||||  ||||||  |||||||    
T  34322823 tttggttcagatatgtggtattcaagtcccttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttatatgactctaagtttgtagagtagct 34322922  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||| ||||    
T  34322923 cttttggcacaccttgtgctagaagagttgtttttggtgatttatat 34322969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 42777874 - 42777733
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt-tttgtttgtttgtatgactcttg-tttgtgaagtagctc 102  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| |||| | |||||||||||||||  |||||  ||||| ||    
T  42777874 tttggttctgagatgtggtgctcaagtcccttacaatgtttgggcatcacgtaatggtttgtttggtggtttgtatgactctttatttgtagagtagttc 42777775  T
Q  103 ttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgatta 144  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  42777774 ttttggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtgatta 42777733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 42823080 - 42822934
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactctt-gtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| || ||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||  |||| | ||||||||||||||  ||||||  |||||||    
T  42823080 tttggttcagatatgtagtgttcaaatcccttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttgatggtttgtatgactctaagtttgtagagtagct 42822981  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| ||||    
T  42822980 cttttggcacactttgtgctagaagagttgcttttggtgatttatat 42822934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 52741342 - 52741487
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt-tttgtttgtttgtatgactcttg-tttgtgaagtagctc 102  Q
    |||||||| || | |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| | | ||||||| |||| |||||||||||||||||  ||| |  ||||| ||    
T  52741342 tttggttctgagatgtggtgctcaagtctcttacaatgtttgggcatcacttaatggtttgtttggttgtttgtatgactctttatttatagagtagttc 52741441  T
Q  103 ttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  52741442 ttttggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtgattaatat 52741487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 34005530 - 34005384
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||  ||||| ||| |||||| ||||| | ||||| |||||| |    
T  34005530 tttggttcagataagtggtgttcaagtcccttacaatgcttgagcatcgcgtaatggtttgttttggttggttgtataactctgtatttgtaaagtagtt 34005431  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||| ||||||||||| | ||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  34005430 cttatggcacaccttatactagaagagttgcttttggtggttaatat 34005384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 53487457 - 53487603
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||  |    
T  53487457 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatatttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctatgtttgtagagtaatt 53487556  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| |||||| ||||    
T  53487557 cttttggcacatcttgtgctagaagagttgctttttgtgatttatat 53487603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 10563813 - 10563958
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactcttgt-ttgtgaagtagct 101  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || | |||||||  |||| ||||||||||||||||  | |||| |||||  |    
T  10563813 tttggtacagatagttggtgctcaagtcccttccaatacttgggcattgcttaatggtttgttttggttgtttgtatgactctgttcttgt-aagtaatt 10563911  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||| ||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  10563912 cttctggcacaccttatgctaggggagttgcttttggtgtttaatat 10563958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 53779681 - 53779543
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || | ||||||  ||||| |||||||||||||| | |  |||| |||||  |    
T  53779681 tttggtacagataggtggtgctaaagtcccatccaatgcttgggcattgcttaatggtttgttttggttgtttgtatgactatgttcttgtaaagtaatt 53779582  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||    
T  53779581 cttttggcacaccttgtgctaggagagttgcttttggtg 53779543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 19164601 - 19164476
Alignment:
Q  26 tcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgcta 122  Q
    ||||||||||| | ||| ||||| |||| || |||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19164601 tcaagtcccttacgatgtttgggtatcgtgtaatggtttgctttggttgtttgtatgactctatgtttgtagagtagttcttttggcacaccttgtgcta 19164502  T
Q  123 aaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
     | ||| ||||||||||| |||||||    
T  19164501 gaagagttgcttttggtggttaatat 19164476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 55854430 - 55854319
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| | |||||  ||||| |    
T  55854430 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatgcttgagcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctatatttgtagagtagtt 55854331  T
Q  102 cttttggcacac 113  Q
    ||||||||||||    
T  55854330 cttttggcacac 55854319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 85
Target Start/End: Original strand, 29213484 - 29213566
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct 85  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  29213484 tttggtacagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgagcattgcttaatggtttgttttggttgtttgtatgactct 29213566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 47536904 - 47536760
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  47536904 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtaatgcttttttgtttgtttgtatgactctgtgtttgtagagtagctct 47536805  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  47536804 tttggcacatcttgtgctacaggagctgtttttggtggttaatat 47536760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 32093418 - 32093562
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||  |||||||||    
T  32093418 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgtttgggcatcacgtgatgattttttgtttgcttttatgactctgtgtttgtagagtagctct 32093517  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  32093518 tttggcacgccttgtactataggagctgcttttggtggttaatat 32093562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 8695395 - 8695541
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||||| ||||| | ||||| |||||| |    
T  8695395 tttggttcagataggtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcgcgtaatggtttgttttggttggttgtataactctgtatttgtaaagtagtt 8695494  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  8695495 cttgtggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtggttaatat 8695541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 9047282 - 9047428
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||||| ||||| | ||||| |||||| |    
T  9047282 tttggttcagataggtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcgcgtaatggtttgttttggttggttgtataactctgtatttgtaaagtagtt 9047381  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  9047382 cttgtggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtggttaatat 9047428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 11639602 - 11639456
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||||||||||| | ||||| |||||| |    
T  11639602 tttggttcagataggtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcgcgtaatggtttgttttggttggttgtatgactctgtatttgtaaagtagtt 11639503  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||| || |||||||| |||||||    
T  11639502 cttttggcacaccttgtgcaagaagagttgattttggtggttaatat 11639456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 33121821 - 33121967
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| | |||||  |||||||    
T  33121821 tttggttcagatatgtggtgtttaagtcccttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctatatttgtagagtagct 33121920  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||| |||||||| ||| | | ||| |||||||||||||||||||    
T  33121921 cttttgacacaccttatgccagaagagttgcttttggtgattaatat 33121967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 25341838 - 25341984
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||| ||  ||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  25341838 tttggtacagatatgtggtgctcaagtccctttcaatgcttggacatcgcttaatgatttgttttggttatttgtatgactctatgtttgtaaagtagtt 25341937  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||  | ||||||||||| |||||||    
T  25341938 cttttggcacaccttatgctagagtggttgcttttggtggttaatat 25341984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 19221763 - 19221619
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactc--ttgtttgtgaagtagc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||  || || |||||||||||||||  |  ||||| ||||||     
T  19221763 tttggtacagataggtggtgctcaagttccttccaatgtttgggcatcgcttaatggtttgttatggttgtttgtatgactcggtgttttgtaaagtag- 19221665  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
      |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  19221664 --ttttggcacaccttgtgctagaggagttgcttttggttgttaatat 19221619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 26845507 - 26845368
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttt--tgtttgtttgtat-gactct-tgtttgtgaagtagc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||| |  || |||||||| | |||||| | ||||| |||||      
T  26845507 tttggtacagataggtggtgctcaagtcctttccaatgcttggacatcgcttaatggtttgtattggttgtttgttttgactctgtttttgtaaagtaat 26845408  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26845407 tcttttagcacaccttgtgctagaggagttgcttttggtg 26845368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 36635060 - 36634928
Alignment:
Q  19 gtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacacct 115  Q
    |||||| |||||||||||  |||| ||| ||||| ||| |||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| |||| ||||||||||    
T  36635060 gtggtgttcaagtcccttataatgtttgagcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctatgtttgtagagtagttcttctggcacacct 36634961  T
Q  116 tgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    | | ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  36634960 tatactaaaagagttgcttttggtgattaatat 36634928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 50543857 - 50543798
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt 64  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  50543857 tttggtacagataggtggtgttcaagtcccttccaatgtttgggcatcgcctaatggttt 50543798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 148
Target Start/End: Original strand, 32233676 - 32233729
Alignment:
Q  95 agtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  32233676 agtagttcttttggcacaccttgtgctagaggagttgcttttggtggttaatat 32233729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 1764684 - 1764622
Alignment:
Q  86 tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||| || || | ||| |||||||||||||||||||    
T  1764684 tgtttgttgagtagttcttttggcacaccttatgttagaagagttgcttttggtgattaatat 1764622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 9e-50; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 29470702 - 29470846
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  29470702 tttggttcagataggtggtgttcaagtctcttccaatgcttggacatcgcgtgatggttttttgttcgtttgtatgactctgtgtttgtagagtagctct 29470801  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  29470802 tttggcacaccttatgctacaggagctgcttttggtggttaatat 29470846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 17658466 - 17658323
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  | ||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  17658466 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatag-tttttgttcatatgtatgactttgtgtttgtaaagtagctct 17658368  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  17658367 tttggcacaccttgtgctacaggagctgcttttggtggttaatat 17658323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 5 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 23679799 - 23679666
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||| |    
T  23679799 tttggttcagataggtggtactcaagtcccttccaatgtttgggtatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactctgtatttgtagagtagctat 23679700  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttg 137  Q
    ||||||||||||| | ||| || |||||||||||    
T  23679699 tttggcacaccttatactacagaagctgcttttg 23679666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 45256332 - 45256475
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactcttgtttgtgaagtagctc 102  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| | |||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  45256332 tttggtacagatatgtggtgctcaagtcctttc-aatgtttgggcatcgcttaatggtttgttttggttgtttgtatgactct-gtttgtgaagtagttc 45256429  T
Q  103 ttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  45256430 ttttggcacaccttgtgctagaggagttgtttttggtggttaatat 45256475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 148
Target Start/End: Original strand, 31082172 - 31082257
Alignment:
Q  64 ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |  || || |||||||| |||||||    
T  31082172 ttttgtttgtttgtatgactctgtgtttgtagagtagctcttttggcacaccttgtgctacataagttgtttttggtggttaatat 31082257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 26031128 - 26030989
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttg-tatgactct-tgtttgtgaagtagc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||  | ||| ||||||| | ||||||| | || || ||| |      
T  26031128 tttggtacagataggtggtgctcaagtcctttccaatgcttgggtatcgcttaatggtttgtattggttgtttgttttgactctgttttggtaaagcaat 26031029  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26031028 tcttttagcacaccttgtgctagaggagttgcttttggtg 26030989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 14 - 148
Target Start/End: Original strand, 10583929 - 10584065
Alignment:
Q  14 gataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgt--ttgtttgtatgactcttg-tttgtgaagtagctcttttggca 110  Q
    |||| |||||| |||||||| || ||||| ||||||||| ||| ||| ||| || |  |||||||||||||| |   |||||  ||||||||||||||||    
T  10583929 gatatgtggtgttcaagtcc-ttacaatgtttgggcatcacgtaatgatttgttttagttgtttgtatgactttaaatttgtagagtagctcttttggca 10584027  T
Q  111 caccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  10584028 caccttgtgctagaagagttgcttttggtgattaatat 10584065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 148
Target Start/End: Original strand, 8446700 - 8446820
Alignment:
Q  31 tcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactcttg-tttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaagga 127  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||||||||   |||||  ||||||||||| |||||||||||||| | | ||    
T  8446700 tcccttacaatgtttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctaaatttgtagagtagctctttcggcacaccttgtgccagaaga 8446799  T
Q  128 gctgcttttggtgattaatat 148  Q
    | |||||||| ||||||||||    
T  8446800 gttgcttttgatgattaatat 8446820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 5e-45; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Original strand, 11061360 - 11061496
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  11061360 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgttagttttttgttcgtatgtatgactctgtgtttgtagagtagctct 11061459  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  11061460 tttggcacaccttgtgctacttgagctgcttttggtg 11061496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 17079695 - 17079841
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||| |    
T  17079695 tttggttcagataagtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcgcgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctgtatttgtaaagtagtt 17079794  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| |||||||    
T  17079795 cttttggcacaccttgtgctagaagagtttcttttggtggttaatat 17079841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 145
Target Start/End: Original strand, 9199756 - 9199898
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt-tttgtttgtttgtatgactcttg-tttgtgaagtagctc 102  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||| |||| ||||||||| || ||||  |||||  ||||| ||    
T  9199756 tttggttctgagatgtggtgctcaagtcccttacaatgtttgggcatcacgtaattgtttgtttggttgtttgtacgattctttatttgtagagtagttc 9199855  T
Q  103 ttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaa 145  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  9199856 ttttgacacaccttgtgctagaagagttgcttttggtgattaa 9199898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 148
Target Start/End: Original strand, 6831497 - 6831581
Alignment:
Q  65 tttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  6831497 tttggttgtttgtatgactctatggttgtaaagtagttcttttggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtgattaatat 6831581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 5 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 33722689 - 33722643
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcat 51  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  33722689 tttggtacagataagtggtgctcaagtctctttcaatgcttgggcat 33722643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 49968963 - 49968817
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  49968963 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtaatggtttcttatggttgtttgtatgactctgtgtttgtaaagtagct 49968864  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||    
T  49968863 cttttagcacaccttgtgctagagaagttgcttttggtggttaatat 49968817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 10722673 - 10722529
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactcttgtttgtgaagtagctc 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||| ||    
T  10722673 tttggttcagataggtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcgcgtaatggtttgttttggttgtttgtatgact-gtatttgtaaagtagttc 10722575  T
Q  103 ttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  10722574 ttttggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtggttaatat 10722529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 41181846 - 41181703
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||    
T  41181846 tttggttcagatagatggtgctcaagccccttccaatatttgggcatcacgtgatggt-ttttgtttgtttgtatgactatgtgtttgtatagtagctct 41181748  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  41181747 tttgacacgcattgtgctataggagctgcttttggtggttaatat 41181703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 145
Target Start/End: Original strand, 9903769 - 9903912
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| |    
T  9903769 tttggttcagataagtggtgctcaagtcccttacaatacttgggcatcgcgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctgtgtttgtagagtagtt 9903868  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaa 145  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | ||| ||||||||||| ||||    
T  9903869 cttttagcacaccttgtactagaagagttgcttttggtggttaa 9903912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 25591978 - 25592124
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||||| ||||| | ||||| |||||| |    
T  25591978 tttggttcagataggtggtgttcaagtcccttacaatgtttgggcatcgcgtgatagtttgttttggttggttgtataactctgtatttgtaaagtagtt 25592077  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  25592078 cttgtggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtggttaatat 25592124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 10711617 - 10711754
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctct 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||       |||||||||||||| | ||||| |||||| |||    
T  10711617 tttggttcagataggtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggtatcgcgtaatggttt-------gtttgtatgactctgtatttgtaaagtagttct 10711709  T
Q  104 tttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  10711710 tttggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtggttaatat 10711754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 17707632 - 17707486
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactctt-gtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||||||||  ||||||  |||||||    
T  17707632 tttggttcagatatgtgttgttcaagtctcttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctaagtttgtagagtagct 17707533  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||    
T  17707532 cttttagcacaccttgtgctagaagagttgcttgtggtgattaatat 17707486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 40292589 - 40292734
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt-tttgtttgtttgtatgactcttg-tttgtgaagtagctc 102  Q
    |||||||| || | ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||  |||||  ||||| ||    
T  40292589 tttggttctgagatgtggtgctcaagttccttacaatgtttgggcatcacgtaatggtttgtttggttgtttgtttgactctttatttgtagagtagttc 40292688  T
Q  103 ttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  40292689 ttttggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtgattaatat 40292734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 30111428 - 30111574
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||| |||||| ||||| ||||| |||| || |||||||  |||  |||||||||||||||| || |||| |||||| |    
T  30111428 tttggtttagatatgtggtgttcaaatcccttacaatgtttgggtatcgtgtaatggtttgctttagttgtttgtatgactctatggttgtaaagtagtt 30111527  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||||||||||    
T  30111528 cttttggcacaccttgtgctagaagagttgtttttgatgattaatat 30111574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 140
Target Start/End: Original strand, 41061648 - 41061787
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttg-tatgactct-tgtttgtgaagtagc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||  | ||| ||||||| | ||||| | | |||||  ||||      
T  41061648 tttggtacagataggtggtgctcaagtcctttccaatgcttgggcatcgcttaatggtttgtattggttgtttgttttgactatgtttttgtagagtaat 41061747  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  41061748 tcttttagcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtg 41061787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 78
Target Start/End: Original strand, 47107184 - 47107259
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgta 78  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||  ||||| |||||||||    
T  47107184 tttggtacagatatgtggtgctcacgtccctttcaatgcttgggcatcgcttaatggtttgttttgattgtttgta 47107259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 47586958 - 47586900
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt 64  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  47586958 tttggtacagataggtggtgttcaa-tcccttccaatgcttgggcatcgcttaatggttt 47586900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 148
Target Start/End: Original strand, 47107261 - 47107314
Alignment:
Q  95 agtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  47107261 agtagttcttttggcacaccttgtactagaggagttgcttttggtagttaatat 47107314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 146
Target Start/End: Original strand, 18654336 - 18654481
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt---tttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagc 100  Q
    |||||| || ||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||||| | |||||||   |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||     
T  18654336 tttggtacatatatgtggtgctcaagtccctttcaatgtttaggcatcgcttaatggtttggttttggttgtttgtatgactctgtgtttgtaaagtagt 18654435  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaat 146  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  18654436 tcttttggcacaccttgtgctagaggagttgcttttggtggttaat 18654481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 34231335 - 34231189
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactcttg-tttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||  |||| ||||||||||||||||   |||||  |||||||    
T  34231335 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcacataatggtttgttttggttgtttgtatgactctaaatttgtagagtagct 34231236  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||    
T  34231235 cttttggcacaccttgtgccagaagagttgcttttggtgattaatat 34231189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 29114053 - 29114199
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||  || || ||||||||||||||||   ||| |  |||||||    
T  29114053 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcacgtaatgatttgttatggttgtttgtatgactctaaatttttagagtagct 29114152  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||    
T  29114153 cttttggcacaccttgtgctagaatagttgcttttggtgattaatat 29114199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 24753016 - 24752908
Alignment:
Q  43 cttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggt 139  Q
    |||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24753016 cttgggcatcgcgtaatggtttgttttgattgtttgtatgactctgtatttgtaaagtagttcttttggcacaccttgtgctacaagagctgcttttggt 24752917  T
Q  140 gattaatat 148  Q
    | |||||||    
T  24752916 ggttaatat 24752908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 7459175 - 7459320
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactcttgt-ttgtgaagtagct 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || | |||||||  |||| ||||||||||| ||||  | |||| |||||  |    
T  7459175 tttggtacagataggtggtgctcaattcccttccattgcttgggcattgcttaatggtttgttttggttgtttgtatggctctgttcttgt-aagtaatt 7459273  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  7459274 cttttggcacaccttgtgctaggggagttgcttttggtgtttaatat 7459320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 64 - 148
Target Start/End: Original strand, 20037565 - 20037650
Alignment:
Q  64 ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  20037565 ttttggttgtttgtatgactctatgtttgtaaagtagttcttttggcacaccttatgctagaggagttgcttttggtggttaatat 20037650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 15 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 28060204 - 28060067
Alignment:
Q  15 ataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt---ttttgtttgtttgtatgactc-ttgtttgtgaagtagctcttttggca 110  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||   || || ||| ||||||||||| |||||| | ||||| ||| |||| ||    
T  28060204 ataggtggtgttcaagtccctttcaatgcttgggcatcgcttaatagttggtttctgattgcttgtatgactcattgtttttaaagtaactcatttgaca 28060105  T
Q  111 caccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  28060104 caccttatgctagaggagttgcttttggtgtttaatat 28060067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 148
Target Start/End: Original strand, 20047696 - 20047781
Alignment:
Q  64 ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  20047696 ttttggttgtttgtatgactctatgtttgtaaaatagttcttttggcacaccttgtactagaggagttgcttttggtggttaatat 20047781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 4076911 - 4076768
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactc-ttgtttgtgaagtagct 101  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | | ||||||  |||||  || |||| |||||| |||||| | |||||  |    
T  4076911 tttggtacagataagtggtgttcaagtccctttcaatgtttgggcatcacttaatggtttgttttggatgcttgtctgactctttgtttttaaagtaatt 4076812  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggag-ctgcttttggtgatta 144  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  4076811 cttttggcacaccttgtgctagaggagtttgcttttggtgatta 4076768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 46177891 - 46177842
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgc 54  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  46177891 tttggtacagataggtggtgctcaagtcctttccaatgtttgggcatcgc 46177842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Original strand, 3000252 - 3000398
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||   |||||  ||||| |    
T  3000252 tttggttcagatatgtggtgttcaagtcccttacaatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctaaatttgtagagtagtt 3000351  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||    
T  3000352 cttttggcacaccttgtgccagaagagttgcttttggtgattaatat 3000398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 7075748 - 7075602
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactcttgttt-gtgaagtagct 101  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| ||||||  |||||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||||||||  ||| ||  |||||||    
T  7075748 tttggttcagatatgtggtgttcaaatcccttataatgcttgggcatcacgtaatggtttgttttggttgtttgtatgactctaattttgttgagtagct 7075649  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  7075648 cttttggcacaccttgtgctagaagagttgcttttgatgattaatat 7075602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 28 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 9393150 - 9393027
Alignment:
Q  28 aagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt--tttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaa 124  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| || | |||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |    
T  9393150 aagtctctttcaatgtttgggcattgcttaatggtttgttttggttgtttgtatgactctatgtttgtaaagtatttcttttggcacaccttgtgctaga 9393051  T
Q  125 ggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||| ||||||||||| |||||||    
T  9393050 ggagttgcttttggtggttaatat 9393027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 140
Target Start/End: Original strand, 24313935 - 24314066
Alignment:
Q  13 agataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttttt--tgtttgtttgtat-gactct-tgtttgtgaagtagctcttttgg 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| |  || |||||||| | |||||| | ||||| |||||  || ||| |    
T  24313935 agataggtggtgctcaagtcctttccaatgcttgggcatcgcttaatggtttgtattggttgtttgttttgactctgtttttgtaaagtaattcgtttag 24314034  T
Q  109 cacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtg 140  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  24314035 cacaccttgtgctagaggagttgcttttggtg 24314066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 30273636 - 30273503
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttg-tatgactct-tgtttgtgaagtagc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  | ||||||  | ||| ||||||| | ||||||| | ||||| |||||      
T  30273636 tttggtacagataggtggtgctcaagtcctttccaatgtttaggcatcgtttaatggtttgtattggttgtttgttttgactctgtttttgtaaagtaat 30273537  T
Q  101 tcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgctt 134  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  30273536 tcttttagcacaccttgtgctagaggagttgctt 30273503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 1379704 - 1379636
Alignment:
Q  19 gtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt-tttgtttgtttgtatgactctt 86  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  1379704 gtggtgctcaagtcccttacaatgtttgggcatcacgtaatggtttgtttggttgtttgtttgactctt 1379636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 13 - 148
Target Start/End: Original strand, 18704305 - 18704444
Alignment:
Q  13 agataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggt---tttttgtttgtttgtatgactc-ttgtttgtgaagtagctcttttgg 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||||||| | |||||   |||||| ||| |||| |||||| |||| | || ||||  ||||||||    
T  18704305 agataggtggtgttcaagtccctttcaatatttaggcatcgcttaatggtttgtttttggttgcttgtctgactctttgtatttgcagtaattcttttgg 18704404  T
Q  109 cacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    |||| ||||||||| | ||| |||||||| || |||||||    
T  18704405 cacatcttgtgctagacgagttgcttttgatggttaatat 18704444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 181765 - 181619
Alignment:
Q  5 tttggttcagataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggtt--ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagct 101  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||||| ||| | | ||||| |||||| |    
T  181765 tttggttcaaataggtggtgttcaagtcccttacaatgtttgggcatcgcgtaatggtttgttttggttggttgtataactttgtatttgtaaagtagtt 181666  T
Q  102 cttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  181665 cttgtggcacaccttgtgctagaagagttgcttttggtggttaatat 181619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0481 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0481
Description:

Target: scaffold0481; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 64 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 1448 - 1363
Alignment:
Q  64 ttttgtttgtttgtatgactct-tgtttgtgaagtagctcttttggcacaccttgtgctaaaggagctgcttttggtgattaatat 148  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |  ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||    
T  1448 ttttggttgtttgtatgactctatgtttatagagtagttctttcggcacaccttgtgctaaaagagttgtttttagtgattaatat 1363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0179 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0179
Description:

Target: scaffold0179; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 7156 - 7105
Alignment:
Q  13 agataggtggtgctcaagtcccttccaatgcttgggcatcgcgtgatggttt 64  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  7156 agataggtggtactcaagtcctttccaatgtttgggcatcgcttaatggttt 7105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University