View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11768_high_5 (Length: 662)

Name: NF11768_high_5
Description: NF11768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11768_high_5
NF11768_high_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-651)||(38743166-38743792)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 651
Target Start/End: Original strand, 38743166 - 38743792
Alignment:
Q  19 gtttggttggtgggtgtgagagccacacaacattgttttggattctcttaatagttggattggatgagacatttatgaggattgttggttct--gtgtaa 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  38743166 gtttggttgatgggtgtgagagccacacaacattgttttggattctcttaatagttggattggatgagacatttatgaggattgttggttctttgtgtaa 38743265  T
Q  117 gaccgaccatgcatcagtagtaccttttaaaatttatactttagcacaaatttgttggaaaactttattgggattcctgctccactagctcttttggtat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38743266 gaccgaccatgcatcagtagtaccttttaaaatttatactttagcacaaatttgttggaaaactgtattgggattcctgctccactagctcttttggtat 38743365  T
Q  217 aactctctggaagtttatagtgtgtggcaaacactcaaatatgatatcaacgtacaataatggcgattggaaaatatgattctctcaaatctatcaagtg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38743366 aactctctggaagtttatagtgtgtggcaaacacacaaatatgatatcaacgtacaataatggcgattggaaaatatgattctctcaaatctatcaagtg 38743465  T
Q  317 taattgaatgaacaaaattgtttttatggggagatggatataatgtattgaagatagatctctatatgacaatgcaaacgtttgagtttatagtagttta 416  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38743466 taattgaatgaacaatattgtttttatggggagatggatataatgtattgaagatagatctctatatgacaatgcaaacgtttgagtttatagtagttta 38743565  T
Q  417 taacttaagttaaaaccctacaaattcaattttattaggtttttctactatgagctatcagatagcttatccactatcggctataaccttagtcttttgt 516  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38743566 tagcttaagttaaaaccctacaaattcaattttattaggtttttcta-------ctatcagatagcttatccactatcgactataaccttagtcttttgt 38743658  T
Q  517 ggctttagtatttgtaccttactgctgcattgtattcttatgatttttgtattatattggaacactagtctcnnnnnnnctttaattgggtaggtctggt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       ||| |||||||||||||||||    
T  38743659 ggctttagtatttgtaccttactactacattgtattcttatgatttttgtattatattggaacactag-ctctttttttcttgaattgggtaggtctggt 38743757  T
Q  617 gatagttgcttgagattttgtagtctgtgctcctc 651  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  38743758 gatagttgcttgagattttggagtgtgtgctcctc 38743792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University