View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11768_low_1 (Length: 870)

Name: NF11768_low_1
Description: NF11768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11768_low_1
NF11768_low_1
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (206-853)||(28916126-28916773)
chr3 (206-853)||(28925365-28925999)
chr3 (206-784)||(28891826-28892407)
chr3 (206-812)||(28901753-28902361)
chr3 (209-779)||(28935030-28935601)
chr3 (18-143)||(28916836-28916958)
chr3 (49-139)||(28902437-28902527)
chr3 (22-139)||(28926072-28926189)
chr3 (41-107)||(28892515-28892581)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (28-98)||(34009511-34009581)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 206 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 28916773 - 28916126
Alignment:
Q  206 gattttgttggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaaaatattggtgaagacacgaccaaagctttttccgaaattgatgttgcttcgatca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28916773 gattttgttggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaaaatattggtgaagacacgaccaaagctttttccgaaattgatgttgcttcgatca 28916674  T
Q  306 tccataagtactgccnnnnnnnccagctttttgaccccaacaaaaagaagatggtaatctgtgatgcaaatttaataactttgttgaggcagaaaacaat 405  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28916673 tccataagtactgccaaaaaaaccagctttttgaccccaagaaaaagaagatggtaatctgcgatgcaaatttaataactttgttgaggcagagaacaat 28916574  T
Q  406 taataagaacagcatacaaaagcttcttgcatcgcattttgcagataattttgaagaaactgatagtaatatcagtagttcggaagaaagggatgataat 505  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28916573 taataagaacaacatacaaaagcttcttgcatcgcattttgcagataattttgaagaaactgatagtaatatcagtagttcagaagaaagggatgataat 28916474  T
Q  506 gaggcattcaaatttcaaaagcacagaaatttgaattcaactataaaatcttgtcagaatgtacgttccaaagagctgccaagtggatttgcaggaataa 605  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28916473 gaggcattcaaatttcgaaagcacagaaatttgaattcaactataaaatcttgtcagaatgtacgttccaaagagctgccaagtggatttgcaggaataa 28916374  T
Q  606 ttagttcaaacataaaacttgtctacttgaagaggagcttaattgaggagcttttgaagcaaccagatacctttgctggcaaagtgttgggaagttatgt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28916373 ttagttcaaacataaaacttgtctacttgaagaggagcttaattgaggagcttttgaagcaaccagatacctttgctggcaaagtgttgggaagttatgt 28916274  T
Q  706 tagaaccaaatccgacccaaatgactatttacagaagaattctcatctgctgttagaagtaacaggtaatcttggtcttcgcttaaaacttactggtctg 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28916273 tagaaccaaatccgacccaaatgactatttacagaagaattctcatctgcttttagaagtaacaggtaatcttggtcttcgcttaaaacttactggtctg 28916174  T
Q  806 aaaaaatctagcatacaactttttattaaaagtacagtagttagtttt 853  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28916173 aaaaaatctagcatacaactttttattaaaagtacagtagttagtttt 28916126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 206 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 28925999 - 28925365
Alignment:
Q  206 gattttgttggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaaaatattggtgaagacacgaccaaagctttttccgaaattgatgttgcttcgatca 305  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  28925999 gattttgtaggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaaaatattggtagagacacgaccaaagctttttccgaaattgaagttgcttcgatcg 28925900  T
Q  306 tccataagtactgccnnnnnnnccagctttttgaccccaacaaaaagaagatggtaatctgtgatgcaaatttaataactttgttgaggcag---aaaac 402  Q
    || || | |||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |   |||||    
T  28925899 tcaatgattactgccacaaacaccagctttttgaccccaagaaaaagaagat---aatctgtgatgcaaatttaaaaactttgctgaggcggcggaaaac 28925803  T
Q  403 aattaataagaacagcatacaaaagcttcttgcatcgcattttgcagataattttgaagaaactgatagtaatatcagtagttcggaagaaagggatgat 502  Q
    | |||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||         |||| ||||||||||||||     
T  28925802 agttaaaaagaacaacatacagaagcttcttgcatctcattttgtagataattttgaagaaactgatagta---------gttcagaagaaagggatgac 28925712  T
Q  503 aatgaggcattcaaatttcaaaagcacagaaatttgaattcaactataaaatcttgtcagaatgtacgttccaaagagctgccaagtggatttgcaggaa 602  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  28925711 aatgaggcattcaaatttcgaaagcacagaaatttgaattcaactataaaatcttgtcagaatgtacgttcgaaagagctgccaagtggatttgcagcta 28925612  T
Q  603 taattagttcaaacataaaacttgtctacttgaagaggagcttaattgaggagcttttgaagcaaccagatacctttgctggcaaagtgttgggaagtta 702  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||||||||||||||||||    
T  28925611 tagttagttcaaacataaaacttgtctacctgaagaggagcttaattgaggagcttttgaagcaaccagaaacc---gatggcaaagtgttgggaagtta 28925515  T
Q  703 tgttagaaccaaatccgacccaaatgactatttacagaagaattctcatctgctgttagaagtaacaggtaatcttggtcttcgcttaaaacttactggt 802  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||| | ||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  28925514 tgttagaatcaaatccgacccaaatgactatttacaaaagaattctcatctgctcgtacaagtcaaaggtactcttggtctttgctt-aaagttactggt 28925416  T
Q  803 ctgaaaaaatctagcatacaactttttattaaaagtacagtagttagtttt 853  Q
    ||||||||||  | ||||||| |||||||||| ||   |||||||||||||    
T  28925415 ctgaaaaaataaaccatacaattttttattaacagctaagtagttagtttt 28925365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 206 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 28892407 - 28891826
Alignment:
Q  206 gattttgttggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaaaatattggtgaagacacgaccaaagctttttccgaaattgatgttgcttcgatca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28892407 gattttgttggatggggttcaagaagtctcgtagattttcttaaaaatattggtgaagacacgaccaaagctttttccgaaattgatgttgcttcaatca 28892308  T
Q  306 tccataagtactgccnnnnnnnccagctttttgaccccaacaaaaagaagatggtaatctgtgatgcaaatttaataactttgttgaggcagaaaacaat 405  Q
    ||  |||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||| |||| || |    
T  28892307 tcagtaagtactgccacaaaaaccagctttttgaccccaagaaaaagaagaaggtaatctgtgatgcaaatttagaaactttactgaggcggaaatcagt 28892208  T
Q  406 taataagaacagcatacaaaagcttcttgcatcgcattttgcagataattttgaagaaactgatagtaatatcagtagttcggaagaaagggatgat--- 502  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||       
T  28892207 taataagaacaacatacaaaagcttcttgcatcgcattttgtagataattttgaagaaactgatggtattatcagtagttcagaagaaagggataatggt 28892108  T
Q  503 aatgaggcattcaaatttcaaaagcacagaaatttgaattcaactataaaatcttgtcagaatgtacgttccaaagagctgccaagtggatttgcaggaa 602  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  ||  |||||| |||||||||||||||||  |    
T  28892107 aatgaggcattcaaatttccaaagcagagaaatttgaattcaactacaaaaccttgtcagaatctactctctcaagagcagccaagtggatttgcagcta 28892008  T
Q  603 taattagttcaaacataaaacttgtctacttgaagaggagcttaattgaggagcttttgaagcaaccagatacctttgctggcaaagtgttgggaagtta 702  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||| || |||||||||||||||||     
T  28892007 taattaattcaaacataaaacttgtctacttaaggaggaccttgattgatgagcttttaaagaagccagaaacctttgatgtcaaagtgttgggaagttt 28891908  T
Q  703 tgttagaaccaaatccgacccaaatgactatttacagaagaattctcatctgctgttagaagtaacaggtaatcttggtctt 784  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || |||||| |||||||||| |||||    
T  28891907 tgttagaatcaaatccgaccgaaatgattatttacagaaaaattctcatctgctcgtacaagtaataggtaatctttgtctt 28891826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 206 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 28902361 - 28901753
Alignment:
Q  206 gattttgttggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaaaatattggtgaagacacgaccaaagctttttccgaaattgatgttgcttcgatca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||  |||| || || ||| |||||||||||| |||||    
T  28902361 gattttgttggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaaagtattggtagagacacgactgaagcgttgtctgaacttgatgttgcttggatca 28902262  T
Q  306 tccataagtactgccnnnnnnnccagctttttgaccccaacaaaaagaagatggtaatctgtgatgcaaatttaataactttgttgaggcagaaaacaat 405  Q
    ||    |||||||||       |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| || |||  | |||| || | || |    
T  28902261 tcatccagtactgccacacaaaccagctttttgaccccaagaaaaagaagatcgtaatttgtgatgcaaagttaagaaatttactaaggcggagatcagt 28902162  T
Q  406 taataagaacagcatacaaaagcttcttgcatcgcattttgcagataattttgaagaaactgatagtaatatcagtagttcggaagaaagggatgat--- 502  Q
     ||||| |||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||| ||       
T  28902161 gaataaaaacaacattcaaaaccttcttgaatcgcattttgcagataattttgaggaaactgatggtattatcactagttcagaagaaagggataatggt 28902062  T
Q  503 aatgaggcattcaaatttcaaaagcacagaaatttgaattcaactataaaatcttgtcagaatgtacgttccaaagagctgccaagtggatttgcaggaa 602  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  ||  |||||| |||||||| ||||||||  |    
T  28902061 aatggagcattcaaatttccaaagcagggaaatttgaattcaactacaaaaccttgtcagaatatactctctgaagagcagccaagtgtatttgcagcta 28901962  T
Q  603 taattagttcaaacataaaacttgtctacttgaagaggagcttaattgaggagcttttgaagcaaccagatacctttgctggcaaagtgttgggaagtta 702  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28901961 taattaattcaaacatgaaacttgtctacttgaagagaagcttaattgaggagcttttgaagcaaccagaaacctttgatggcaaagtgttgggaagtta 28901862  T
Q  703 tgttagaaccaaatccgacccaaatgactatttacagaagaattctcatctgctgttagaagtaacaggtaatcttggtcttcgcttaaaacttactggt 802  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  28901861 tgttagaaccaaatccgacccaaatgactatttacagaagaattctcatctgctcttacaagtcataggtaatcttggttttcgctt-aaagttactggt 28901763  T
Q  803 ctgaaaaaat 812  Q
    ||||||||||    
T  28901762 ctgaaaaaat 28901753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 209 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 28935601 - 28935030
Alignment:
Q  209 tttgttggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaaaatattggtgaagacacgaccaaagctttttccgaaattgatgttgcttcgatcatcc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| | ||||| ||| | |||  ||||||||||||||| |||     
T  28935601 tttgttggatggggttcaagaagtctcatagattttcttaaagatattggtagagacacggcaaaagcatttacggaacatgatgttgcttcgataatc- 28935503  T
Q  309 ata-agtactgccnnnnnnnccagctttttgaccccaacaaaaagaagatggtaatctgtgatgcaaatttaataactttgttgaggcagaaaacaatta 407  Q
    ||| | || |||        | | ||||||||| |  | ||||||| || ||||||||||||||| || ||||    |||  |  ||  |||| |  | |    
T  28935502 atagattattgcaataaaaacaacctttttgactcttagaaaaagaggaaggtaatctgtgatgctaagttaagggttttactacggaggaaatctgtga 28935403  T
Q  408 ataagaacagcatacaaaagcttcttgcatcgcattttgcagataattttgaagaaactgatagtaatatcagtagttcggaagaaagggatgataatga 507  Q
    | || |||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||| |||| | ||| |||  ||  ||| || |||| ||||||| |||||||||  |    
T  28935402 acaaaaacagcatacaaaaccttctggcaccacattttgcagagaatgttgagggaacggatgatatgatctgtggttcagaagaaatggatgataacaa 28935303  T
Q  508 ggcattcaaatttcaaaagcacagaaatttgaattcaactataaaatcttgtcagaatgtacgttccaaagagctgccaagtggatttgcaggaataatt 607  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||| || ||  ||| |||||||||||||| || |  |||  || | || |||||||| | |||||  ||||||    
T  28935302 ggcattcaaatttccaaagcagagaaatttaaactcggctacaaaatcttgtcagagtgcagtttctgaaaaacttccaagtggctatgcagctataatt 28935203  T
Q  608 agttcaaacataaaacttgtctacttgaagaggagcttaattgaggagcttttgaagcaaccagatacctttgctggcaaagtgttgggaagttatgtta 707  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||| |||||    
T  28935202 agttcaaacctaaagcttgtctacttaaagagaaccttaatcgaggagcttcggaagcaaccagaaacctttgatgacaaagtgttgggatgttttgtta 28935103  T
Q  708 gaaccaaatccga-cccaaatgactatttacagaagaattctcatctgctgttagaagtaacaggtaatcttg 779  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  || |||||| |||||||||||    
T  28935102 gaaccaaaaccgaccccaaatgactatttacagaagaattcccatcttctcgtacaagtaataggtaatcttg 28935030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 28916958 - 28916836
Alignment:
Q  18 acatcaagcttgacttggaaccgtatgaaagaggtgagggggaagatgataccggtgaatctgatgcaagtgactttataggttctgattctgacgactt 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28916958 acatcaagcgtgacttggaaccgtatgaaagaggtgagggggaagat---accggtgaatctgatgcaagtgactttataggttctgattctgacgactt 28916862  T
Q  118 ggttggcacgtcaagagttaaaccag 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  28916861 ggttggcacgtcaagagttaaaccag 28916836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 49 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 28902527 - 28902437
Alignment:
Q  49 aggtgagggggaagatgataccggtgaatctgatgcaagtgactttataggttctgattctgacgacttggttggcacgtcaagagttaaa 139  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28902527 aggtgagggggaagacgatactggtgaatctgatgcgagtgactttataggttctgattgtgatgacttggttggcacgtcaagagttaaa 28902437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 22 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 28926189 - 28926072
Alignment:
Q  22 caagcttgacttggaaccgtatgaaagaggtgagggggaagatgataccggtgaatctgatgcaagtgactttataggttctgattctgacgacttggtt 121  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||  |||||||||| ||||||| ||||||||| | |    
T  28926189 caagcgtgacttggatccgtatgaaataggtgagggggaagatgatactggtgattctgatgtgagcaactttataggatctgattgtgacgacttcgat 28926090  T
Q  122 ggcacgtcaagagttaaa 139  Q
    |  |||||||||||||||    
T  28926089 gaaacgtcaagagttaaa 28926072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 28892581 - 28892515
Alignment:
Q  41 tatgaaagaggtgagggggaagatgataccggtgaatctgatgcaagtgactttataggttctgatt 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||| |||| ||||||||    
T  28892581 tatgaaataggtgagggggaagatgataccggtgagtctgatgtcagtaacttcatagattctgatt 28892515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 28 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 34009581 - 34009511
Alignment:
Q  28 tgacttggaaccgtatgaaagaggtgagggggaagatgataccggtgaatctgatgcaagtgactttatag 98  Q
    ||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  34009581 tgacttggatccatatgaagtaggtgagggggaagatgatactggtgaatctgatgtgagtgactttatag 34009511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University