View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11768_low_13 (Length: 538)

Name: NF11768_low_13
Description: NF11768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11768_low_13
NF11768_low_13
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (11-522)||(11209042-11209567)
chr6 (11-521)||(11275605-11276129)
chr6 (11-462)||(11170295-11170745)
chr6 (11-522)||(11160802-11161312)
chr6 (12-522)||(11196388-11196897)
chr6 (11-522)||(11155935-11156445)
chr6 (107-519)||(11241511-11241923)
chr6 (24-361)||(11199713-11200050)
chr6 (67-522)||(11132659-11133113)
chr6 (226-522)||(11199378-11199673)
chr6 (333-522)||(11315048-11315236)
chr6 (11-211)||(11314726-11314926)
chr6 (474-522)||(11170220-11170268)
chr6 (12-60)||(11241440-11241488)
[»] scaffold1207 (2 HSPs)
scaffold1207 (11-463)||(612-1063)
scaffold1207 (474-514)||(546-586)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (72-213)||(7542199-7542340)
chr2 (67-223)||(14703371-14703527)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (394-522)||(17259906-17260034)
chr7 (67-222)||(8581664-8581819)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (68-132)||(12528558-12528622)
chr8 (393-445)||(43744558-43744610)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (394-520)||(23596960-23597086)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 11209567 - 11209042
Alignment:
Q  11 ttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11209567 ttggacgtgtctgttctcacatttgaggatggtgatatcaatgttaaggctattgcaggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 11209468  T
Q  111 tgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11209467 tgaaccattttgtgaaagagttcttgaggaaggaaaaaatggacattagtggaaatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 11209368  T
Q  211 aaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11209367 aaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagattttttgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgacgat 11209268  T
Q  311 ctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgtt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11209267 ctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagaagata-gtgggatagtgaagagtaacattcatgatgttgtgcttgtt 11209169  T
Q  411 ggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttg---------------atgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcag 495  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||                ||||| | | ||||| ||||||||||||||||    
T  11209168 ggcgggtctaccaggattgtaaaagtgcaacaacttttgattgatttctttggaattaaaaaaggtagtgggacggagttatgtaaaagcatcaatgcag 11209069  T
Q  496 atgaggcggttgcatatggcgctgctg 522  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||    
T  11209068 atgaggcagttgcatatggcgctgctg 11209042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 11 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 11276129 - 11275605
Alignment:
Q  11 ttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 110  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11276129 ttggacgtgtctgttctcacttttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattggaggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 11276030  T
Q  111 tgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11276029 tgaaccattttgtgaaagagttcttgaggaagcataaaaatgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagactgcttgcgagagagtaaa 11275930  T
Q  211 aaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccat 310  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||| || ||   |||||||||||||||||||||  ||    
T  11275929 aaggatactttctgtcaatagtgagactaccattgagatagaatgtttaaaccaaggtacagatttctcctcgttgattagtcgtgcaaagttcgatgat 11275830  T
Q  311 ctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgtt 410  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11275829 ctcaacaagagtcttttttaccagtgcatggaaattgtagaaaagtgtatagcagata-gtgggataaacaagagtaacattcatgatgttgtgcttgtt 11275731  T
Q  411 ggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttg------atg---------ggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcag 495  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||      |||         ||| | | ||||||||||||||||||||||    
T  11275730 ggcgggtctaccaggattgtaaaagtgcaagaccttttggttgatttctttgaaattaatgagcatagcaggacgaagttatgcaaaagcatcaatgcag 11275631  T
Q  496 atgaggcggttgcatatggcgctgct 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  11275630 atgaggcggttgcatatggcgctgct 11275605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 11170745 - 11170295
Alignment:
Q  11 ttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170745 ttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 11170646  T
Q  111 tgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170645 tgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 11170546  T
Q  211 aaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccat 310  Q
    | | | ||||||   ||||| |  |||| |||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||| || |||  ||||||||||| ||  |||||| ||    
T  11170545 atgtacactttcatccaataataagactgacatcgagatagattgtttatataaaggtgaagatttctcctcagtgattagtcgtggaattttcgacaat 11170446  T
Q  311 ctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgtt 410  Q
    ||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11170445 ctcagtaagagtctttttgaccggtgcatggagagtgtagaaaagtgtatagaagata-gtgggatagtgaagagtaaaattcatgatgttgtgcttgtt 11170347  T
Q  411 ggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttg 462  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  11170346 ggcggctctaccaggattgtaaaagtgcaacaacgtttgattgatttctttg 11170295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 11161312 - 11160802
Alignment:
Q  11 ttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||   ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  11161312 ttggacgtgtctattctcacatttgagattggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttaggggacaagactttgataatacaatgg 11161213  T
Q  111 tgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||    
T  11161212 tgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggaggttgaactctgcttgcgagaaagcaaa 11161113  T
Q  211 aaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccat 310  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||| | ||||||||||||  |||||||| |||| | |||||| |  ||| |||||||||| |||||||| ||  |     
T  11161112 aaggatactttcttccaatactacgaccaccattgagatagagagtttaaatcaaggaatagatttctactcatcgattagtcgcgcaaagtttgaggaa 11161013  T
Q  311 ctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgtt 410  Q
    |||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  11161012 ctcaacaagaatcacttcgacaagtgcatggagattgtagaaaagtgtataattgata-gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgtt 11160914  T
Q  411 ggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcat 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||| || ||||    
T  11160913 ggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggcagtggcat 11160814  T
Q  511 atggcgctgctg 522  Q
    ||||||||||||    
T  11160813 atggcgctgctg 11160802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 12 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 11196897 - 11196388
Alignment:
Q  12 tggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggt 111  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11196897 tggacgtgtccattctcacatttgagaacggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgggggacaagactttgataatacaatggt 11196798  T
Q  112 gaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||    
T  11196797 gaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggaggttgaagtctgcttgcgagaaagcaaaa 11196698  T
Q  212 aggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccatc 311  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||| | |||||||||||   |||||||| |||||| |||||| |  ||| |||||||||| |||||||| ||  | |    
T  11196697 aggatactttcttccaatactacgaccaccattgagatagggagtttaaatcaaggtatagatttctactcatcgattagtcgcgcaaagtttgaggaac 11196598  T
Q  312 tcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttg 411  Q
    ||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||   |||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  11196597 tcaacaagaatcacttcgacaagtgcatggagattgtggaaaagtgtataattgata-gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgttg 11196499  T
Q  412 gtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcata 511  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  11196498 gcggctctactaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcata 11196399  T
Q  512 tggcgctgctg 522  Q
    |||||||||||    
T  11196398 tggcgctgctg 11196388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 11 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 11156445 - 11155935
Alignment:
Q  11 ttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 110  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11156445 ttggacgtgtccattctcacatttgagaaaggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgggggacaagactttgataatacaatgg 11156346  T
Q  111 tgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 210  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  11156345 tgaaccattttgtgaatgagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggaggttgaagtctgcttgcgagaaagcaaa 11156246  T
Q  211 aaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccat 310  Q
    |||||||||||||  ||||| | | || | |||| |||||||  |||||||| |||||| |||||| |  ||| ||||||||||||||||||| ||  |     
T  11156245 aaggatactttcttccaatattacaaccaccattcagatagagagtttaaatcaaggtatagatttctactcatcgattagtcgtgcaaagtttgaggaa 11156146  T
Q  311 ctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgtt 410  Q
    |||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||   |||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  11156145 ctcaacaagaatcacttcgacaagtgcatggagattgtggaaaagtgtataattgata-gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgtt 11156047  T
Q  411 ggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcat 510  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  11156046 ggtggctctaccaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcat 11155947  T
Q  511 atggcgctgctg 522  Q
    ||||||||||||    
T  11155946 atggcgctgctg 11155935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 107 - 519
Target Start/End: Original strand, 11241511 - 11241923
Alignment:
Q  107 atggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  11241511 atggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtagagatccaagagcccttaggaggttgaagtctgcttgcgagaaag 11241610  T
Q  207 caaaaa-ggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcg 305  Q
    |||||| ||||||||| |  ||||||| |||| | ||||||||||||  |||||||| |||||| |||||| |  ||| |||||||||| |||||||| |    
T  11241611 caaaaaaggatactttattccaatactacgaccaccattgagatagagagtttaaatcaaggtatagatttctactcatcgattagtcgcgcaaagtttg 11241710  T
Q  306 accatctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgc 405  Q
    |  | |||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||   |||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |    
T  11241711 aggaactcaacaagaatcacttcgacaagtgcatggagattgtggaaaagtgtataattgata-gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtcc 11241809  T
Q  406 ttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggt 505  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  11241810 ttgttggtggctctattaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggctgt 11241909  T
Q  506 tgcatatggcgctg 519  Q
     |||||||||||||    
T  11241910 ggcatatggcgctg 11241923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 24 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 11200050 - 11199713
Alignment:
Q  24 ttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11200050 ttctcacatttgagaatggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgggggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgt 11199951  T
Q  124 gaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaaaaggatactttct 223  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11199950 gaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggaggtagaagtctgcttgcgagaaagcaaaaaggatactttct 11199851  T
Q  224 gtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccatctcaacaagagtc 323  Q
      ||||||| |||| | ||||||||||||  |||||||| |||||  |||||| |  ||| |||||||||| |||||||| ||  | |||||||||| |     
T  11199850 tccaatactacgaccaccattgagatagagagtttaaatcaaggtttagatttctactcatcgattagtcgcgcaaagtttgaggaactcaacaagaatg 11199751  T
Q  324 tttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtata 361  Q
      || ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11199750 acttcgacaagtgcatggagattgtagaaaagtgtata 11199713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 67 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 11133113 - 11132659
Alignment:
Q  67 tggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagat 166  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  11133113 tggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttcttgaggaagcataaaattgacattagtggagat 11133014  T
Q  167 ccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaaaaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaag 266  Q
    | || |||||||||  || ||||| |||| || |||| |||||| |||||||||||    ||||||| ||| |  ||||||||||| |||||  || |||    
T  11133013 cgaaaagcccttagacggttgaagtctgcatgtgagaaagcaaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgtttgcatcaag 11132914  T
Q  267 gtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccatctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcaga 366  Q
    | | |||||| |  ||| |||||||||| |||||||| ||  |  ||||||| | ||  ||  || |||| ||||||||||  ||||||||| ||  |||    
T  11132913 ggatagatttcttctcaccgattagtcgagcaaagtttgaagaagtcaacaataatcacttcaacaagtgtatggagattgcggaaaagtgtctaataga 11132814  T
Q  367 tatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgg 466  Q
    || | ||| | | ||||||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  11132813 ta-gcgggttggacaagagtagtattcatgatgttgtccttgttggcgggtctacgaggattgtaaaagtacaacaaatattgagtgatttctttgaagg 11132715  T
Q  467 gaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctg 522  Q
     ||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| ||| |||||||    
T  11132714 aaaggagttatgcaaaagcataaatgcagatgaagctattgcatgtggtgctgctg 11132659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 226 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 11199673 - 11199378
Alignment:
Q  226 caatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccatctcaacaagagtctt 325  Q
    ||||||| |||| | ||||||||||||  |||||||| |||||| |||||| |  ||| |||||||||| |||||||| ||  | |||||||||| ||      
T  11199673 caatactacgaccaccattgagatagagagtttaaatcaaggtatagatttctactcatcgattagtcgcgcaaagtttgaggaactcaacaagaatcac 11199574  T
Q  326 tttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactagg 425  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11199573 ttcgacaagtgcatggagattgtagaaaagtgtataattgata-gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctactagg 11199475  T
Q  426 attgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctg 522  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11199474 attgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcatatggcgctgctg 11199378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 333 - 522
Target Start/End: Original strand, 11315048 - 11315236
Alignment:
Q  333 agtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaa 432  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11315048 agtgcatgaagattgtagaaaagtgtctagaggata-gtgggatggtcaagagtgacattcatgatgttgtgcttgttggcggctctactaggattgtaa 11315146  T
Q  433 aagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctg 522  Q
    |  |||| | || ||| |||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11315147 agctgcatcgacgtttaagtggtttctttggtgagaagaaattatgcaaaagcatcaatgctgataaggcggttgcatatggcgctgctg 11315236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 11 - 211
Target Start/End: Original strand, 11314726 - 11314926
Alignment:
Q  11 ttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 110  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  ||||| |||| |||| ||   |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  11314726 ttggatgtgtctattctcacacttgagaatggtgccatcaaagttagggccgttggcggagacactcaccttgggggacaagacttcaataatacaatgg 11314825  T
Q  111 tgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 210  Q
    ||||  |||||||| ||| ||||  ||  | | ||||| | |||||||||||||||  || | ||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||    
T  11314826 tgaaatattttgtggaagtgttccggaagaggtataaaatagacattagtggagatttaacatcccttaggaggttgaagtcagcttgcgagaaagcaaa 11314925  T
Q  211 a 211  Q
    |    
T  11314926 a 11314926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 474 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 11170268 - 11170220
Alignment:
Q  474 ttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctg 522  Q
    ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170268 ttatgtaaaaacatcaatgtagatgaggcggttgcatatggcgctgctg 11170220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 60
Target Start/End: Original strand, 11241440 - 11241488
Alignment:
Q  12 tggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggc 60  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11241440 tggacgtgtccattctcacatttgagaatggtgctatcaatgttaaggc 11241488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 2)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 11 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 1063 - 612
Alignment:
Q  11 ttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatgg 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  1063 ttggacgtgtctgttctcaaatttgagaatggtgatatcaatgttaaggctattgtaggagacactcacctcagggggcaagactttgataacgcaatgg 964  T
Q  111 tgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaa 210  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  963 tgaaccattttgtgaaagtgttcttaaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagccgttaggaggctgaagactgcttgtgagagatcaaa 864  T
Q  211 aaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggtaaagatttttcgtcaacgattagtcgtgcaaagttcgaccat 310  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||  |||||| | |||| || ||  ||||||||||||||||||| ||  ||    
T  863 aaggatactttctgtcaatacttagactaccattgagatagagtgtttaaaccaaggtacaaatttctcctcgtcgattagtcgtgcaaagtttgatgat 764  T
Q  311 ctcaacaagagtctttttgaccagtgcatggagattgtagaaaagtgtatagcagatatgtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgtt 410  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  763 ctcaacaagagtctttttaaccagtgcatggagagtgtagaaaactgtatagcagata-gtgggataaacaagagtaactttcatgatgttgtccttgtt 665  T
Q  411 ggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttga 463  Q
    || |||||||| |||||||||||||| |||   ||||||  ||||||||||||    
T  664 ggcggctctacaaggattgtaaaagttcaaggccttttggttgatttctttga 612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 474 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 586 - 546
Alignment:
Q  474 ttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatgg 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  586 ttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatgg 546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 7542340 - 7542199
Alignment:
Q  72 acactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagatccaag 171  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||||  ||||| |||| | |||||  ||||||||  ||||||| | ||| | |||||||||||  ||||||     
T  7542340 acactcaccttggtggagaagactttgataatagaatggcgaactactttgtacaagagttcaagagaaagaacaaagtggacattagtgggaatccaaa 7542241  T
Q  172 agcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaaaag 213  Q
    |||| | |||||| |||  |||||||| ||||| ||||||||    
T  7542240 agccttgaggaggttgagaactgcttgtgagagggcaaaaag 7542199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 14703527 - 14703371
Alignment:
Q  67 tggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagat 166  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||   |||||||||| | |||||  ||||||||  ||||||  | | | | |||||||||||| ||    
T  14703527 tggaaacactcacctcgggggagaggacttcgataacagaatggtgaactactttgttcaagagttcaagagaaaaaacagattggacattagtggaaat 14703428  T
Q  167 ccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaaaaggatactttct 223  Q
    |||| |||| | |||||  |||  || ||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  14703427 ccaaaagccttaaggagcttgagaaccgcttgcgagagggcaaaaagaacactttct 14703371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 394 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 17260034 - 17259906
Alignment:
Q  394 atgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgc 493  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||   |||||||| ||||| |||   ||||||||  | || ||| |||||||||| ||||||||  |    
T  17260034 atgatgttgtccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcaggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatcaaccc 17259935  T
Q  494 agatgaggcggttgcatatggcgctgctg 522  Q
     |||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  17259934 tgatgaggctgttgcttatggtgctgctg 17259906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 67 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8581819 - 8581664
Alignment:
Q  67 tggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaacttgacattagtggagat 166  Q
    ||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||   ||||||||| || ||||||   ||||||  |||||| ||||||   || |||| |||| ||    
T  8581819 tggagacactcacctgggaggggaagattttgataacagaatggtgaatcactttgtgtcggagttcaagagaaaacataaagaggagattattggaaat 8581720  T
Q  167 ccaagagcccttaggaggctgaagactgcttgcgagagagcaaaaaggatactttc 222  Q
    |||| |||| |||| ||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  8581719 ccaaaagccattagaaggttgaggactgcttgtgagagagcgaaaaggacactttc 8581664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 12528622 - 12528558
Alignment:
Q  68 ggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagtt 132  Q
    |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||    
T  12528622 ggagacactcaccttggaggagaggactttgataatcgaatggtgaatcactttgtgaaagagtt 12528558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 393 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 43744610 - 43744558
Alignment:
Q  393 catgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaact 445  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||  |||||| ||||||||    
T  43744610 catgatgttgttcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtacaacaact 43744558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 394 - 520
Target Start/End: Original strand, 23596960 - 23597086
Alignment:
Q  394 atgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgc 493  Q
    |||||||||| |||||||| || || |||||||||   || || ||||||||||||   ||||||||  |||||||| || | || || ||||||||  |    
T  23596960 atgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatgggaaggaactttgtaagagcatcaaccc 23597059  T
Q  494 agatgaggcggttgcatatggcgctgc 520  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||    
T  23597060 tgatgaggctgttgcttatggcgctgc 23597086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University