View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1176_low_1 (Length: 933)

Name: NF1176_low_1
Description: NF1176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1176_low_1
NF1176_low_1
[»] chr5 (33 HSPs)
chr5 (30-867)||(37428336-37429172)
chr5 (38-624)||(37639719-37640304)
chr5 (38-624)||(37823742-37824327)
chr5 (38-624)||(37711477-37712056)
chr5 (38-624)||(37594177-37594756)
chr5 (161-624)||(37400729-37401185)
chr5 (38-624)||(37382063-37382648)
chr5 (38-624)||(37702521-37703100)
chr5 (640-867)||(37382975-37383202)
chr5 (161-624)||(37696568-37697030)
chr5 (161-582)||(37413107-37413527)
chr5 (161-624)||(37392743-37393199)
chr5 (640-867)||(37434994-37435221)
chr5 (659-867)||(37532384-37532592)
chr5 (659-863)||(37593492-37593696)
chr5 (659-863)||(37695883-37696087)
chr5 (38-624)||(37532938-37533532)
chr5 (654-863)||(37823192-37823401)
chr5 (654-863)||(37401661-37401870)
chr5 (654-863)||(37639034-37639243)
chr5 (640-844)||(37393526-37393730)
chr5 (654-809)||(37710846-37711001)
chr5 (161-623)||(37435549-37436016)
chr5 (640-809)||(37702025-37702194)
chr5 (551-624)||(37401247-37401320)
chr5 (551-624)||(37639584-37639657)
chr5 (551-624)||(37711342-37711415)
chr5 (38-135)||(37400540-37400637)
chr5 (640-725)||(37413814-37413899)
chr5 (551-624)||(37594042-37594115)
chr5 (551-624)||(37696433-37696506)
chr5 (38-83)||(37697174-37697219)
chr5 (38-132)||(37436045-37436139)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (38-624)||(16842604-16843183)
chr4 (640-867)||(16843645-16843872)
chr4 (640-867)||(16846313-16846539)
chr4 (640-867)||(24218380-24218607)
chr4 (439-624)||(24217869-24218053)
chr4 (480-624)||(16845838-16845982)
chr4 (551-624)||(16843245-16843318)
chr4 (38-83)||(24217468-24217513)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (680-855)||(14552668-14552843)
chr3 (38-342)||(14553238-14553542)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 802; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 802; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 37429172 - 37428336
Alignment:
Q  30 ctaacaacttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtga 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37429172 ctaacaacttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataaccaactcacagggtcaattggtga 37429073  T
Q  130 gttctctactagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttactta 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37429072 gttctctactagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttactta 37428973  T
Q  230 gctttgtcatcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttcttt 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37428972 gctttgtcatcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttcttt 37428873  T
Q  330 ctatcaactttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcg 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37428872 ctatcaactttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcg 37428773  T
Q  430 aataccaagtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatat 529  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37428772 aataccaagtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaatttccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatat 37428673  T
Q  530 ttggcacgttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttcatgcat 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37428672 ttggcacgttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccaattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttcatgcat 37428573  T
Q  630 caaatactttttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttc 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  37428572 caaatactttttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaaacatcca-ttcccaagttgagaattttc 37428474  T
Q  730 gacatctctaataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagt 829  Q
    ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37428473 gacatctataataaaatttttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagt 37428374  T
Q  830 acatgggtaaggccaattactataatgattctgtggtg 867  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37428373 acatgggtaaggccaattactataatgattctgtggtg 37428336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 38 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37640304 - 37639719
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  |||||| |||| ||| ||| | ||||||||||  |||||||||||||| |    
T  37640304 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcagtgacaacaatctcacagggttcattggtgagttctcaa 37640205  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    |   ||| ||| | | | | |  ||||  ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37640204 catattctttgcaatctttgtatctctttaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcttacttacttagatttgtc 37640105  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || ||| || | ||||| || || ||   ||| | || ||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  37640104 atcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaagttcccttgatctttcccataatagttttctttctatcaac 37640005  T
Q  338 tttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaa 437  Q
     |||| || | |  ||||||||||| ||| | |||| |  ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| ||| |||  |    
T  37640004 attgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgaatcattatatttatcttctgctaatattaaaagttttcccaaattcctagcacgagtacata 37639905  T
Q  438 gtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacg 537  Q
     | |||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||| | ||| || ||     
T  37639904 atttgcaatggttagatctctccaataacaacattcatgggaaaa-ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaacacatggaaggacattcggtaca 37639806  T
Q  538 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  37639805 ttgatcttagtttcaacatgttgcaaggacatcttccaattccacctgatggcattgtatactttttactctcaaataacaacttca 37639719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 38 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37824327 - 37823742
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  ||||   ||||  || ||| | ||||||||||  ||||||||||| || |    
T  37824327 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgggcctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaa 37824228  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    |   ||| ||| | ||| |    ||||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||  | |||  ||||||    
T  37824227 catattctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacgaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcttaccgagttaattttgtc 37824128  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || ||| || | ||||| || || ||   ||| | || ||||| |||||| |||||||  |||||| ||||||||    
T  37824127 atcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaaattccctcgttctttcacacaatacttttcttgctatcaac 37824028  T
Q  338 tttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaa 437  Q
      ||| || | |  ||||||||||| ||| | ||||  | ||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||| |||| | | ||||||    
T  37824027 actgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttttttcattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaaattcctagcgcaactaccaa 37823928  T
Q  438 gtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacg 537  Q
     |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||  ||    
T  37823927 atctgcaatcattagatctctccaacaacaacattcatgggaaaa-ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaaggacatttggtccg 37823829  T
Q  538 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  37823828 ttgacctcagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttca 37823742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 38 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37712056 - 37711477
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |  ||||   ||||  || ||| | ||||||||||  |||||||||||||| |    
T  37712056 ttaaatggaacaattccacagtggtgttattctttgccttcattgttagagttgggcctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttctcaa 37711957  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    |   ||| ||| | | | |    ||||| ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  37711956 catattctttgcaatctttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcttacttacttatatttgtc 37711857  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || ||| || | ||||| || || ||   |||    |  |||| |||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  37711856 atcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgttctttcacacaatacttttctttctatcaac 37711757  T
Q  338 tttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaa 437  Q
     |||| || | |||||||||||||  ||| | ||||  | ||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||          
T  37711756 attgatagcagtattgactccatcatacccaaccttttttcattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaaattccaagcacgaaa----- 37711662  T
Q  438 gtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacg 537  Q
     |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||| | ||| || ||     
T  37711661 -tctgcaaacattagatctctccaacaacaacattcatgggaaaa-ttcccaaatggtttcatacgaagctcttaaactcatggaaggacattcggtaca 37711564  T
Q  538 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  37711563 ttgatcttagtttcaacatgttgcaaggagatcttccaattccaccatctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttca 37711477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 38 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37594756 - 37594177
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |   ||||| ||||   | ||| | || |||||||  ||||||||||| || |    
T  37594756 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagaattgtacctcagcaacaacaatcttacagggttcattggtgagttttcaa 37594657  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    |   ||| ||| | ||| | || ||||| |||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||| |||||||    
T  37594656 catattctttgcaatatttgtttctctctaataacagcctacatggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatctatcttacttaactttgtc 37594557  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
    ||||||||||||||| ||||| || || ||| || | ||||| || || ||   |||    |  ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  37594556 atcaaccaacttgagtggtgttgtcgattttcaccaattttcaaaattaaacaaactagaatatctccatctttcacacaatagttttctttctatcaac 37594457  T
Q  338 tttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaa 437  Q
    ||||| || | |  ||||||||||| ||| | ||||  ||  |||  |||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||      | || || ||    
T  37594456 tttgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagttttatcttattctaatattaatagttttcctaaattc------caaacacgaa 37594363  T
Q  438 gtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacg 537  Q
     ||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||  | |||| | ||     
T  37594362 atcttcaaagattagatctctccaataacaacattcatgggaaaa-ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaatgagatttcgtaca 37594264  T
Q  538 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    ||||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  37594263 ttgacttgagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttca 37594177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 161 - 624
Target Start/End: Original strand, 37400729 - 37401185
Alignment:
Q  161 ctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtcatcaaccaacttgagaggtgtag 260  Q
    ||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  37400729 ctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttacttacttagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttg 37400828  T
Q  261 tagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaactttgacagtaatattgactccat 360  Q
    | || ||| || | ||||| || || ||   |||    || ||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||| || | |  |||||||||    
T  37400829 tggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatctttcccataatagttttctttctatcaacattgatagcagtgctgactccat 37400928  T
Q  361 ctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaagtctgcaagaattagatctctcc 460  Q
    || ||| | ||||  |  |||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||       |||| ||  |||| ||||||||    
T  37400929 cttacccaacctttttttattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaaattcccagcacgaaa------tctgaaaagattatatctctcc 37401022  T
Q  461 aaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacgttgatctcagtttcaacaagttg 560  Q
    || |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||  | || | || |||||||||||||||||     
T  37401023 aataacaacattcgtgggaaaa-ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaaggacattcagtacttagacctcagtttcaacaagtta 37401121  T
Q  561 caaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  37401122 caaggagatcttccaattccaccttctggcattgaatacttttcactctcaaataacaacttca 37401185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 38 - 624
Target Start/End: Original strand, 37382063 - 37382648
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||  |   ||| |||| ||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||||| |    
T  37382063 ttaaatggagcaattccaccctggtgttattccttgacttcattggtagaattggatcttaatgacaaccaactaacaggttcgattggtgaattctcga 37382162  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    ||  ||| ||||  |||||||| ||||| ||||||||  || | |||  ||||||||||||||||| | || | |||||||||  | ||||||  |||||    
T  37382163 cttattccttgatatatctatttctctctaataacaacataaaaggtgattttccaaattcaatatataaattacaaaatctttttgacttaggattgtc 37382262  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||| || | ||||| || | |||    ||   |||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||     
T  37382263 atcaaccaacttgagtggtgttgtggactttcaccaattttcaaattgtaagaagctatttttccttgatctttcccacaatagtttgctttctatcaat 37382362  T
Q  338 tttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaa 437  Q
     |||| || |   |||||||||||| ||| | ||||     |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||  | ||    
T  37382363 attgaaagcagagttgactccatcttacccaaccttgggatattatatttatcttctagtaatattagtagttttcctaaattcttagcacaaaatcaaa 37382462  T
Q  438 gtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacg 537  Q
     ||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||  |||| | |||||||||| | | ||||||| || |||||| | | |||   || |    
T  37382463 atctggtagaattagatctctctaaaaacaaaattcaagggaaag-ttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggacattcaacatg 37382561  T
Q  538 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  37382562 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccaatcccacgttatggcatttactactttttactctcgaacaacaacttca 37382648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 38 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37703100 - 37702521
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||   |||   || ||| | ||||||||||  |||||||||||||| |    
T  37703100 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagggttggtcctcggcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttctcaa 37703001  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    |   ||| ||| | | | |    ||||| | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||| ||||||    
T  37703000 catattctttgcaatctttggatctctctagtaacaacctacatggtcattttccaaattcaatatatgaactccaaaatcttaccaacttagatttgtc 37702901  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
     ||||| |||||||| ||||| || || ||| || | ||||| || || |||  ||| | || ||||  |||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  37702900 gtcaacaaacttgagtggtgtcgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactaaattccctcattctttcacacaatagttttatttctatcaac 37702801  T
Q  338 tttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaa 437  Q
     |||| || | |  ||||||||||| ||| | ||||  ||  ||| |||| || ||| | ||||||||||||||||| ||||||  |||      || ||    
T  37702800 attgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagatttctcgtctgctaatattaatagttttcctaaattccaagc------acaaa 37702707  T
Q  438 gtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacg 537  Q
     |||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||| | |||   |||     
T  37702706 atctgcaaacattagatctctccaataactacattcatgggaaaa-ttcccaaatggtttcataagaaactcttaaactcatggaaggacattatacaca 37702608  T
Q  538 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    || | || |||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  37702607 ttaacctgagtttcaaaatgttgcaaggacatcttccaattccacctcatggcattgtacactttttactctcaaacaacaacttca 37702521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 640 - 867
Target Start/End: Original strand, 37382975 - 37383202
Alignment:
Q  640 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 739  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  37382975 ttacaggtgctcagtttaagatcaaataaacttcatggcgcaatcacatgctctagcaccaaacatccatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 37383074  T
Q  740 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 839  Q
    | |||||||||| ||| |||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| |||||||||||    
T  37383075 acaacaattttattgggcccttgccaacatcgtgcatcaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtaa 37383174  T
Q  840 ggccaattactataatgattctgtggtg 867  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  37383175 gtccaattactataatgattctgtggtg 37383202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 161 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37697030 - 37696568
Alignment:
Q  161 ctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtcatcaaccaacttgagaggtgtag 260  Q
    ||||| ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||  | |||  ||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  37697030 ctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaaccttaccgagttatatttgtcatcaaccaacttgagtggtgttg 37696931  T
Q  261 tagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaactttgacagtaatattgactccat 360  Q
    | || ||| || | ||||| || || |||  |||       |||| |||||| |||||||  |||||| ||||||||  ||| || | |  |||||||||    
T  37696930 tggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactatggcatctcgttctttcacacaatacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccat 37696831  T
Q  361 ctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaagtctgcaagaattagatctctcc 460  Q
    || ||| | ||||  ||  ||| | ||||||  | | ||||||||||||||||| |||||| |||| | | |||||| |||||||   ||||||||||||    
T  37696830 cttacccaaccttgttgacttagaattatctaatgctaatattaatagttttcctaaattcctagcgcaactaccaaatctgcaatcgttagatctctcc 37696731  T
Q  461 aaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacgttgatctcagtttcaacaagttg 560  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||  | || | || |||||||||||||||||     
T  37696730 aacaacaacattcatgggaaaa-ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaaggacattcaggacttagacctcagtttcaacaagtta 37696632  T
Q  561 caaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  37696631 caaggagatcttccaattccaccttctagcattggatacttttcactctcaaacaacaacttca 37696568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 161 - 582
Target Start/End: Original strand, 37413107 - 37413527
Alignment:
Q  161 ctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtcatcaaccaacttgagaggtgtag 260  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  || |  |    
T  37413107 ctctctaataacaagttacatggtcattttccaaattcaatatttaaattccaaaatcttacttacttaggtttgtcatcaacaaacttgaacggcgatg 37413206  T
Q  261 tagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaactttgacagtaatattgactccat 360  Q
    | |||||| |  | ||||| || ||| ||  ||| |||||||| |||||||| | ||| |  ||||||||| ||||| |||  || | | ||||||||||    
T  37413207 tggactttcatcaattttcaaattttgaaaaactaactttccttgatctttcccgcaacaattttctttctgtcaacattggtagcagtgttgactccat 37413306  T
Q  361 ctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaagtctgcaagaattagatctctcc 460  Q
    |||||| | |||| |  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||| || | | | | || ||||||||| |||||||| ||     
T  37413307 ctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaatttcttcgcacaacttcaaaatctgcaagagttagatctatct 37413406  T
Q  461 aaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacgttgatctcagtttcaacaagttg 560  Q
    || ||||  |||||  |||||| |||| | |||||||||| | | ||||||| || |||||| | | ||| | ||  | |||||||||||||||||||||    
T  37413407 aataacataattca-aggaaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggagggaaattcgacatatcgatctcagtttcaacaagttg 37413505  T
Q  561 caaggagatcttccgattccac 582  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  37413506 caaggagatcttccaattccac 37413527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 161 - 624
Target Start/End: Original strand, 37392743 - 37393199
Alignment:
Q  161 ctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtcatcaaccaacttgagaggtgtag 260  Q
    ||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| |||||| ||||| ||||| || ||||| |    
T  37392743 ctctcaaataacaacctacatggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccaacttagatttgtcttcaacaaacttaagtggtgttg 37392842  T
Q  261 tagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaactttgacagtaatattgactccat 360  Q
    | || ||| || | ||||| || || ||   |||    |  ||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||| || | | ||||| ||||    
T  37392843 tggattttcaccaattttcaaaattaaacagactatggtatctctatctttcacacaatggttttctttctatcaacattgatagcagtgttgacaccat 37392942  T
Q  361 ctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaagtctgcaagaattagatctctcc 460  Q
    || ||||| ||||  | ||||| ||||||| | | | ||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||       |||| ||   ||||||||||||    
T  37392943 cttacctaaccttttttcattagatttatcatatgccaatattaatagttttcctaaattccaagcacgaaa------tctggaaagcttagatctctcc 37393036  T
Q  461 aaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacgttgatctcagtttcaacaagttg 560  Q
    || | ||||||||||| || || |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||   ||| |||| || ||||||||||||||     
T  37393037 aatagcaacattcatgcgagaa-ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaactcatggaaggacattatacacattgacctgagtttcaacaagtta 37393135  T
Q  561 caaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  37393136 caaggtgatcttccaattccacctgatggcattgaagactttttactctcaaacaacaacttca 37393199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 640 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 37435221 - 37434994
Alignment:
Q  640 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 739  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||  ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||       
T  37435221 ttacaggtactcagtttaagatcaaataaacttaatggttcaatcacctgttctaacaccaaccatcctttttctaagttaagaatttttgacatcttcg 37435122  T
Q  740 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 839  Q
     |||||||||||||||  ||||||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  37435121 gtaacaattttagtggatccttgccaacatcatgtatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccagattggtttgcaatacatgggtaa 37435022  T
Q  840 ggccaattactataatgattctgtggtg 867  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||    
T  37435021 gaacaattactataatgattctgtggtg 37434994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 659 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 37532592 - 37532384
Alignment:
Q  659 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 758  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||| ||    
T  37532592 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctaacaacaattttagtgggcc 37532493  T
Q  759 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 858  Q
    |||||| | | ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||  ||   ||||||||||||||    
T  37532492 cttgccaatatcatgcatcaagaactttaaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgcgggttattactataatgat 37532393  T
Q  859 tctgtggtg 867  Q
    |||||||||    
T  37532392 tctgtggtg 37532384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 659 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 37593696 - 37593492
Alignment:
Q  659 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 758  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  |||||||||||||| ||    
T  37593696 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcc 37593597  T
Q  759 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 858  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||  ||   ||||||||||||||    
T  37593596 cttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgtgggttattactataatgat 37593497  T
Q  859 tctgt 863  Q
    |||||    
T  37593496 tctgt 37593492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 659 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 37696087 - 37695883
Alignment:
Q  659 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 758  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  |||||||||||||| ||    
T  37696087 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcc 37695988  T
Q  759 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 858  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| | |   ||||||||||||||    
T  37695987 cttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgacggttattactataatgat 37695888  T
Q  859 tctgt 863  Q
    |||||    
T  37695887 tctgt 37695883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 38 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37533532 - 37532938
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  |||  | ||||   | ||| | ||||||||||  ||||||||||| || |    
T  37533532 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttacacctcagcaacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaa 37533433  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    |   ||| ||| | ||| |    ||||| ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||  ||||||    
T  37533432 catattctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcttaccgacttatatttgtc 37533333  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
    ||| || ||||| || ||||| || || ||| || | ||||| || || ||   |||   || ||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  37533332 atccacaaacttaagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaggttcccttgatctttcccataatagttttctttctatcaac 37533233  T
Q  338 tttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaa 437  Q
     || | || ||| |||||||||||| ||| | ||||  ||  ||| | ||||||  | | ||||||||||||||||| |||||| |||| | | ||||||    
T  37533232 attaatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttagaattatctaatgctaatattaatagttttcctaaattcctagcgcaactaccaa 37533133  T
Q  438 gtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctctt---------aaactcatggaagtata 528  Q
     |||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||| |         ||||||||||||    |    
T  37533132 atctgcaatcgttagatctctccaacaacaacattcatggg-aaaattcccaaatggtttcataagaagctcatggaatgggaaaactcatggaatggga 37533034  T
Q  529 tttggcacgttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    ||| | || ||||  | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||    
T  37533033 tttcgtacattgacttgagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatacttttcactctcaaataacaacttca 37532938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 654 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 37823401 - 37823192
Alignment:
Q  654 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 753  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  37823401 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37823302  T
Q  754 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 853  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
T  37823301 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgagtgacgaccaaattggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37823202  T
Q  854 atgattctgt 863  Q
    ||||||||||    
T  37823201 atgattctgt 37823192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 654 - 863
Target Start/End: Original strand, 37401661 - 37401870
Alignment:
Q  654 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 753  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  37401661 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37401760  T
Q  754 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 853  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
T  37401761 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37401860  T
Q  854 atgattctgt 863  Q
    ||||||||||    
T  37401861 atgattctgt 37401870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 654 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 37639243 - 37639034
Alignment:
Q  654 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 753  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  37639243 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37639144  T
Q  754 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 853  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
T  37639143 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37639044  T
Q  854 atgattctgt 863  Q
    ||||||||||    
T  37639043 atgattctgt 37639034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 640 - 844
Target Start/End: Original strand, 37393526 - 37393730
Alignment:
Q  640 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 739  Q
    |||||||| || | |||| |||||||| | || |||||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||  ||||||    
T  37393526 ttacaggtgctaagtttacgatcaaatcatcttcatgggtcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttatgatgtctcta 37393625  T
Q  740 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 839  Q
     ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37393626 gtaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcttcaagaactttcaaggaatgatggatgtgaataacagccaaattggtttgcaatacatgggtaa 37393725  T
Q  840 ggcca 844  Q
     ||||    
T  37393726 agcca 37393730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 654 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 37711001 - 37710846
Alignment:
Q  654 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 753  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  37711001 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37710902  T
Q  754 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatga 809  Q
    || ||||||||  || ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  37710901 gggcccttgccagcatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaaggtgaatga 37710846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 37436016 - 37435549
Alignment:
Q  161 ctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtcatcaaccaacttgagaggtgtag 260  Q
    ||||| ||||||||  || | |||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  37436016 ctctcaaataacaacctagaaggtcatttttcaaattcaatatttcaactccaaaatcttactgaattagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttg 37435917  T
Q  261 tagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaactttgacagtaatattgactccat 360  Q
    | || ||| || | ||||| ||  |||||   || | | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  | | || | |  |||||||||    
T  37435916 tggattttcaccaattttcaaaacttaaaaatctaattctcctcaatctttcgcacaatagttttctttctatcaacactaatagcagtgctgactccat 37435817  T
Q  361 ctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaagtctgcaagaattagatctctcc 460  Q
    || ||| | |||| |    ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||   || | || ||      | |||  |||||||||||||    
T  37435816 cttacccaaccttgagatgttagatttatcttctgctaatattaatagttttcctaaattccacgcacaaaaac------ttcaaacattagatctctcc 37435723  T
Q  461 aaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacg------------ttgatctcagt 548  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||||| ||| |||  |||||   || |            |||| ||||||    
T  37435722 aataacaacattcatgggaaaa-ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaacacattgaatgatattgcccatgaaattagttacattgacctcagt 37435624  T
Q  549 ttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttc 623  Q
    |||||||| |||||||||||  |||| |||||| |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  37435623 ttcaacaaattgcaaggagacattccaattccatccgatggcattgaatactttttgctctcaaacaacaacttc 37435549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 640 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 37702194 - 37702025
Alignment:
Q  640 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 739  Q
    |||||||| || | |||| |||||||| | || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||   |||||    
T  37702194 ttacaggtgctgagtttacgatcaaatcatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgcctcta 37702095  T
Q  740 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatga 809  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  37702094 acaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgattaatgtaaatga 37702025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 551 - 624
Target Start/End: Original strand, 37401247 - 37401320
Alignment:
Q  551 caacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  37401247 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttca 37401320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 551 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37639657 - 37639584
Alignment:
Q  551 caacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  37639657 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattaaatacttttcactctcaaataacaacttca 37639584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 551 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37711415 - 37711342
Alignment:
Q  551 caacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  37711415 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttca 37711342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 38 - 135
Target Start/End: Original strand, 37400540 - 37400637
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctc 135  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  |||||| ||||   | ||| | ||||||||||  ||||||||||||||    
T  37400540 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcagcaacaacaatctcacagggttcattggtgagttctc 37400637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 640 - 725
Target Start/End: Original strand, 37413814 - 37413899
Alignment:
Q  640 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaat 725  Q
    |||||||| || | |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  || |||||| |||||||||||||||||||    
T  37413814 ttacaggtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcacaaagcatacatttcccaagttgagaat 37413899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 551 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37594115 - 37594042
Alignment:
Q  551 caacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  37594115 caacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaatttca 37594042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 551 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37696506 - 37696433
Alignment:
Q  551 caacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  37696506 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaatttca 37696433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 37697219 - 37697174
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgt 83  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  37697219 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgt 37697174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 38 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 37436139 - 37436045
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagtt 132  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||| |  |||||| ||| || | ||| | ||||||||||  |||||||||||    
T  37436139 ttaaatggaacaattccacagtggtgttattatttgccttcattgttagagttgtacctccattacaaccatctcacagggttcattggtgagtt 37436045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 38 - 624
Target Start/End: Original strand, 16842604 - 16843183
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |  |||||  ||     | ||| | ||||||||||  |||||||||||||| |    
T  16842604 ttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctcaa 16842703  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    |   ||| ||||| | | | |  ||||| ||||||||  |||| || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||   | ||| ||| ||    
T  16842704 catattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgccctagatttatc 16842803  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || ||| || | ||||| || || ||   |||    |  ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  16842804 atcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactagggtatctcgatctttcacacaatacttttctttctatcaac 16842903  T
Q  338 tttgacagtaatattgactccatctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaa 437  Q
      ||| || | |  ||||||||||| ||| | ||||  | ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||      | || || ||    
T  16842904 actgatagcattgctgactccatcttacccaaccttttttcattagatttatcttatgctaatattaatagttttcctaaattc------caaacacgaa 16842997  T
Q  438 gtctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacg 537  Q
     ||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||  | |||||| ||     
T  16842998 atcttcaaagattagatctctccaataacaacattcatggtaaaa-ttcccaaatggtttcataagaagctcttaaacacatggaatgacatttggtaca 16843096  T
Q  538 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||| |||||| |||||||| || |||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  16843097 ttgatcttagtttcaacaaattgcaaggagacattccaattccatcttatggccttcaatacttttcgctctcaaacaacaacttca 16843183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 640 - 867
Target Start/End: Original strand, 16843645 - 16843872
Alignment:
Q  640 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 739  Q
    |||||||| ||| ||||| |||| ||||| || |||||   ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||    
T  16843645 ttacaggtactcgttttacgatctaataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctcta 16843744  T
Q  740 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 839  Q
    | ||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| |     
T  16843745 acaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcac 16843844  T
Q  840 ggccaattactataatgattctgtggtg 867  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||    
T  16843845 ggacaattactacaacgattctgtggtg 16843872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 640 - 867
Target Start/End: Original strand, 16846313 - 16846539
Alignment:
Q  640 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 739  Q
    ||||| || |||| |||||| |||||||||||  ||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||       
T  16846313 ttacatgtactcagtttaaggtcaaataaactttatggttcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttccaaa-ttgagaattttggacatcttcg 16846411  T
Q  740 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 839  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||   ||| |||||||||||||||||| ||    
T  16846412 ataacaaattcagtggaccgttgccaacatcatgtatcaagaattttcaaggaatgatgaacgcgaatgataataaaactggtttgcagtacatgggaaa 16846511  T
Q  840 ggccaattactataatgattctgtggtg 867  Q
    || |||||||||||||||||||||||||    
T  16846512 ggtcaattactataatgattctgtggtg 16846539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 640 - 867
Target Start/End: Original strand, 24218380 - 24218607
Alignment:
Q  640 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 739  Q
    |||||||| |||| |||| |||||||| | || ||||||  ||||||||||||||  ||||| ||  ||||||| ||| ||||||||| |||  |||||     
T  24218380 ttacaggtactcagtttacgatcaaatcatcttcatggtggaatcacttgttctagcaccaaacaatcatttccgaagatgagaatttacgatgtctctg 24218479  T
Q  740 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 839  Q
     ||| |||||  |||| ||| |||| ||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |   ||  ||||||||| |||||||||||    
T  24218480 gtaataatttccgtggccccgtgccaacatcttgcctcaagaattttcaaggaatgattaatgtgaatgtcaataaatctggtttgcaatacatgggtaa 24218579  T
Q  840 ggccaattactataatgattctgtggtg 867  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24218580 ggccaattattataatgattctgtggtg 24218607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 439 - 624
Target Start/End: Original strand, 24217869 - 24218053
Alignment:
Q  439 tctgcaagaattagatctctccaaaaacaacattcatgggaaaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacgt 538  Q
    |||||||| |||||||||||| || ||||| ||||| || |||| |||| | |||||||||| | | ||||||| || |||||||| | ||| |     |    
T  24217869 tctgcaaggattagatctctctaataacaaaattcaagg-aaaagttcctaaatggtttcatgagaagctcttacacacatggaaggaaattcgaattat 24217967  T
Q  539 tgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  24217968 taatctcagtttcaacaagttgcaaggagaccttccgattccaccctatggaattcaatacttttcactctcaaacaacaacttca 24218053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 480 - 624
Target Start/End: Original strand, 16845838 - 16845982
Alignment:
Q  480 aaaattcccatatggtttcataaaatgctcttaaactcatggaagtatatttggcacgttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccgattc 579  Q
    |||||||| | |||||||||||| | |||||||||||| |||||| | ||| | ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||    
T  16845838 aaaattccaaaatggtttcataagaagctcttaaactcgtggaaggacattcgacacattgacctcagtttcaacaaattgcaaggagacattccaattc 16845937  T
Q  580 caccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    ||  |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  16845938 catattatggcattaaatactttttgctctcaaacaacaacttca 16845982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 551 - 624
Target Start/End: Original strand, 16843245 - 16843318
Alignment:
Q  551 caacaagttgcaaggagatcttccgattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 624  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||    
T  16843245 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattgtatacttttcactctcaaataacaacttca 16843318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 83
Target Start/End: Original strand, 24217468 - 24217513
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgt 83  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  24217468 ttaaatggaacaattccgcaatggtgttattccttgccttcgttgt 24217513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 88; Significance: 8e-42; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 680 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 14552843 - 14552668
Alignment:
Q  680 caatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcag 779  Q
    ||||||| |||||||  | ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||     
T  14552843 caatcacctgttctagcatcaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatcaa 14552744  T
Q  780 gaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataat 855  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||    
T  14552743 gaactttcaaggaatgatgaacgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacatgggtaaagccagctactataat 14552668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 38 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 14553542 - 14553238
Alignment:
Q  38 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataactaactcacagggtcaattggtgagttctcta 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  ||| |  ||||  || ||| | ||||||||||  ||||||||||| || |    
T  14553542 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaa 14553443  T
Q  138 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 237  Q
    ||  ||| ||| | | | |    ||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  ||||||    
T  14553442 cttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtc 14553343  T
Q  238 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 337  Q
    ||| || |||||||| ||||| || || ||| || | ||||| || || |||  ||| | || |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  14553342 atccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactaaattccctcgatctttcacacaatagttttatttctatcaac 14553243  T
Q  338 tttga 342  Q
     ||||    
T  14553242 attga 14553238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University