View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11771_low_3 (Length: 630)

Name: NF11771_low_3
Description: NF11771
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11771_low_3
NF11771_low_3
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (414-616)||(12258549-12258751)
chr2 (85-256)||(12250630-12250796)
chr2 (418-616)||(7542224-7542422)
chr2 (418-616)||(12245378-12245576)
chr2 (414-616)||(14703406-14703608)
chr2 (414-616)||(16661960-16662162)
chr2 (415-532)||(11999476-11999593)
chr2 (418-611)||(12234692-12234885)
chr2 (416-602)||(43625424-43625610)
chr2 (414-560)||(16657485-16657631)
chr2 (474-575)||(17717979-17718080)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (414-608)||(35132454-35132648)
chr4 (414-608)||(30775258-30775452)
chr4 (414-563)||(9335859-9336008)
chr4 (90-166)||(11120636-11120715)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (414-616)||(15595032-15595234)
chr1 (415-616)||(34466762-34466963)
chr1 (414-560)||(4678526-4678672)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (418-611)||(27830847-27831040)
chr7 (424-540)||(8646951-8647067)
chr7 (427-550)||(3147328-3147451)
chr7 (418-609)||(8585678-8585869)
chr7 (415-560)||(1301514-1301659)
chr7 (415-560)||(8659417-8659562)
chr7 (415-593)||(6789533-6789711)
chr7 (418-560)||(8654504-8654646)
chr7 (416-576)||(8559371-8559531)
chr7 (418-537)||(8628609-8628728)
chr7 (414-539)||(17268014-17268139)
chr7 (418-541)||(8602047-8602170)
chr7 (414-560)||(10494342-10494488)
chr7 (414-540)||(17260315-17260441)
chr7 (416-575)||(29577642-29577801)
chr7 (416-575)||(29581811-29581970)
chr7 (414-563)||(8667470-8667619)
chr7 (414-541)||(13333424-13333551)
chr7 (416-566)||(8382846-8382996)
chr7 (416-610)||(8538040-8538234)
chr7 (416-575)||(8545672-8545831)
chr7 (418-581)||(8636315-8636478)
chr7 (416-452)||(8590800-8590836)
chr7 (416-551)||(8581763-8581898)
chr7 (419-452)||(7877706-7877739)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (418-578)||(12528540-12528700)
chr8 (494-616)||(43744814-43744936)
chr8 (416-470)||(43744993-43745047)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (431-541)||(28910655-28910765)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (463-616)||(28219916-28220069)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 414 - 616
Target Start/End: Original strand, 12258549 - 12258751
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12258549 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 12258648  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagat 613  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12258649 ggagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttcaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagat 12258748  T
Q  614 tga 616  Q
    |||    
T  12258749 tga 12258751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 85 - 256
Target Start/End: Original strand, 12250630 - 12250796
Alignment:
Q  85 cccacgccatgaatgattttgtggaaagtgtaaatggtttaacggaaagaaaaccaatagaaaagcaagtgtggatgaaatgaaatgctaacgaaagcaa 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  12250630 cccacgccatgaatgattttgtggaaagtgtaaatggtttaactgaaagaaaaccaatagaaaagcaagtgtggatgaaatg-aatgctaaggaatgcaa 12250728  T
Q  185 ggtaaatatttatagctaactaaattgaaaatacaatgttttctaaaacaaacttcagttttgcttggtgag 256  Q
    |||||||||||||||    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12250729 ggtaaatatttatag----ctaaattgagaatacaatattttctaaaacaaaattcagttttgcttggtgag 12250796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 418 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 7542422 - 7542224
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||   ||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||  |||    
T  7542422 tttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctttactaacgattaagggcaacaacttccaagttaaggccactgctggcaacactcaccttggtggag 7542323  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagattga 616  Q
    | ||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| |||||||| ||||    
T  7542322 aagactttgataatagaatggcgaactactttgtacaagagttcaagagaaagaacaaagtggacattagtgggaatccaaaagccttgaggaggttga 7542224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 418 - 616
Target Start/End: Original strand, 12245378 - 12245576
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||    
T  12245378 tttgatcttggtggtggcacttttgacgtttctatcctaactattaaggataacatcttccaagttaaggccactgctggaaacactcaccttggaggag 12245477  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagattga 616  Q
    |||| ||||||||||||||||| |  ||||||| | | ||||| ||||||||||||||| | ||||| |||| || | ||| ||| |||||||||||||    
T  12245478 aggattttgataatagaatggtaaactactttgcacaggagttcaagagaaagaacaaattggatattagtgcaagttcaaaagccttgaggagattga 12245576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 414 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 14703608 - 14703406
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||  |  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  14703608 tgtctttgatcttggtggtggtacttttgacgtgtctctcctaacaattaagggcaccgtcttccaaattaaggctactgctggaaacactcacctcggg 14703509  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagat 613  Q
     |||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||| |||||||| |||| | | || || ||||||||||||| ||| || ||||| |    
T  14703508 ggagaggacttcgataacagaatggtgaactactttgttcaagagttcaagagaaaaaacagattggacattagtggaaatccaaaagccttaaggagct 14703409  T
Q  614 tga 616  Q
    |||    
T  14703408 tga 14703406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 414 - 616
Target Start/End: Original strand, 16661960 - 16662162
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| | | |||||||| ||||||| || ||  |||||||||| ||||| ||     
T  16661960 tgtctttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgtctttgaagttaaagccacttctggaaacactcacctcggg 16662059  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagat 613  Q
     |||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||  |||| || || || ||||||||||| ||||| | | | ||||||||||| |||||||| |    
T  16662060 ggagaggactttgataacagaatgttgaactactttgtgaaagaatttaataggaagaacaaagtggatatcactaggaatccaagagccttgaggaggt 16662159  T
Q  614 tga 616  Q
    |||    
T  16662160 tga 16662162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 415 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 11999593 - 11999476
Alignment:
Q  415 gtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaa 514  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||     
T  11999593 gtctttgatcttggcggtggcacttttgatttgtctatactaacaattaaggacaatgtcttccaagttaaggccacagctggaaacactcacttcggag 11999494  T
Q  515 gagaggactttgataata 532  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  11999493 gagaggattttgataata 11999476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 418 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 12234885 - 12234692
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || | ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||  |||    
T  12234885 tttgatctcggcggtggcacttttgatgtgtctctcctaacaatcaaaggtaatgtcttccaagttaaagccacagccggaaacactcacctcgggggag 12234786  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggag 611  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  ||| |||   ||||||| || |||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12234785 aggactttgataacagaatggtaaactaccttgctcaagagttcaatagaaagaaaaaagtggacatgagtggaaatccaaaagccttgaggag 12234692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 416 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 43625610 - 43625424
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaag 515  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||| |  ||||| || || ||||||||||| ||||||||| |    
T  43625610 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatacttacaattaaggacaaggtcttccgtgttaaagccactgctggaaacactcaccttggagg 43625511  T
Q  516 agaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagc 602  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| ||  |||  |||||||| || ||||| | ||||||  |||||||    
T  43625510 agaggactttgatgatagaatggtgaactactttgcagaagaatttgagaagaagaacaatgtggatattattggaaactcaagagc 43625424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 414 - 560
Target Start/End: Original strand, 16657485 - 16657631
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | || || ||||||| | |||| ||| | || || || || || |||||||| ||||||||     
T  16657485 tgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgtttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttggg 16657584  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagtt 560  Q
     |||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||| |||||    
T  16657585 ggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgtagaggagtt 16657631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 474 - 575
Target Start/End: Original strand, 17717979 - 17718080
Alignment:
Q  474 ctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaac 573  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||| || | || |||||| | ||||| ||| |||| ||||||||||   |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  17717979 ctttcaggttaaagctacagccggagacgcccatcttggaggtgaggattttaataacagaatggtgaaccactttgttcaagagttcaagagaaagaac 17718078  T
Q  574 aa 575  Q
    ||    
T  17718079 aa 17718080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 9e-44; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 414 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 35132648 - 35132454
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| || || ||     
T  35132648 tgtcttcgatcttggtggtggcacttttgatgtttcaatacttactattaaggataatgtcttccaagttaaggccactgccggaaacactcatctcggt 35132549  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgag 608  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||| ||| |||||    
T  35132548 ggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtacaagagttcaagagaaagaacaaagtagacattagtgggaattcaaaagccttgag 35132454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 414 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 30775452 - 30775258
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||  ||| |||| ||| ||||||| || || ||||||||||| ||| | ||     
T  30775452 tgtctttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctcttctcaccattagagatgatgtgtttgaagttaaagcaactgctggaaacactcacatcggg 30775353  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgag 608  Q
     |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| || || ||||  |||||||| || || || |  || |||||||||||||||||    
T  30775352 ggagaggactttgataacagaatgttgaattactttgtagaggaatttaagacgaagaacaacgtggacattaccgggaatccaagagctttgag 30775258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 414 - 563
Target Start/End: Original strand, 9335859 - 9336008
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || || ||||||| | || | ||| |||| || || || || ||||||||||||||||||    
T  9335859 tgtctttgatctgggtggcggtacttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatctatttgaagtaaaagccaccgcaggaaacacgcaccttgga 9335958  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaa 563  Q
     | |||||||||||||| |||||||| |  || ||||| |||||||||||    
T  9335959 ggcgaggactttgataacagaatggttaactattttgtggaagagttaaa 9336008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 166
Target Start/End: Original strand, 11120636 - 11120715
Alignment:
Q  90 gccatgaatgattttgtggaaagtgtaaatggtttaacgga---aagaaaaccaatagaaaagcaagtgtggatgaaatg 166  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||  ||   ||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||    
T  11120636 gccatgaatgattttgtagaaactgtatatggtttaaatgaaagaagaaaagctatagaaaaataagtgtggatgaaatg 11120715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 414 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 15595234 - 15595032
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||    
T  15595234 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctatcctaacaattaaggacaaggtcttccaagttaaggccacaggcggaaacactcaccttgga 15595135  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagat 613  Q
     |||||||||||||||| |||||||| |  |||||||   | || || ||||  ||||||||||| ||||| | ||| || ||||| || ||||||||||    
T  15595134 ggagaggactttgataacagaatggtcaactactttgcgcaggaattcaagacgaagaacaaagtggatattactgggaacccaagggccttgaggagat 15595035  T
Q  614 tga 616  Q
    |||    
T  15595034 tga 15595032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 415 - 616
Target Start/End: Original strand, 34466762 - 34466963
Alignment:
Q  415 gtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaa 514  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||| ||||| |||     
T  34466762 gtctttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctctccttacaattaaggataatgtctttgaagttaaggccacttctggtaacactcacctcggac 34466861  T
Q  515 gagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagatt 614  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||   |||||| | | ||||| ||||| ||| | ||    ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||    
T  34466862 gagaggactttgataatagaatggcgaaccactttgcaaaggagttcaagaggaagcataataaggatattagtggaaaccctagagctttgaggaggtt 34466961  T
Q  615 ga 616  Q
    ||    
T  34466962 ga 34466963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 414 - 560
Target Start/End: Original strand, 4678526 - 4678672
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | || |  || |||| |  ||||||| |||| || || || ||||||||||| ||||| ||     
T  4678526 tgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacactcacctaggt 4678625  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagtt 560  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  4678626 ggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagtt 4678672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 418 - 611
Target Start/End: Original strand, 27830847 - 27831040
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||  |||    
T  27830847 tttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctcttgttacaattaaggataaggtcttccaagttaaggcaactgctggaaacactcaccttggtggag 27830946  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggag 611  Q
    |||||||||||||||| |||||||  || ||||| || | ||| ||||  ||||| | ||| || || ||||| || |||||||| ||||||||    
T  27830947 aggactttgataataggatggtgaactattttgtggaggtgttcaagaagaagaaaagagtggacattagtgggaacccaagagccttgaggag 27831040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 424 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 8647067 - 8646951
Alignment:
Q  424 cttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagagaggact 523  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  8647067 cttggtggtggaacttttgatgtgtctctccttacaattaaggataaggtctttcatgttaaagccaccgctggaaacactcacctcggaggagaggact 8646968  T
Q  524 ttgataatagaatggtg 540  Q
    |||||| ||||||||||    
T  8646967 ttgatagtagaatggtg 8646951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 427 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 3147451 - 3147328
Alignment:
Q  427 ggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagagaggactttg 526  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  3147451 ggtggtgggacttttgatgtgtctcttcttacaattaaggataaggtctttcaagttaaggccatcgcaggaaacacccaccttgggggagaggactttg 3147352  T
Q  527 ataatagaatggtgagttactttg 550  Q
    ||||||| |||||||  |||||||    
T  3147351 ataataggatggtgaactactttg 3147328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 418 - 609
Target Start/End: Original strand, 8585678 - 8585869
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| | | |||||||| ||||||| || || |||||||| || ||||||||  |||    
T  8585678 tttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgtctttgaagttaaagcaaccgctggaaatactcaccttgggggag 8585777  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgagg 609  Q
     |||||||||||| |||||| |||  |||||||| || || || |||||||||||||| || ||||| | |   || |||||||||||||||    
T  8585778 gggactttgataacagaatgttgaactactttgttgaggaatttaagagaaagaacaatgtggatattactaagaacccaagagctttgagg 8585869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 415 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 1301659 - 1301514
Alignment:
Q  415 gtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaa 514  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||   |||||||| |||| || || || | |||||| || |||||||||     
T  1301659 gtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctatccttaccatcaagggcgatgtctttgaagtaaaagccactggtggaaatactcaccttggag 1301560  T
Q  515 gagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagtt 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1301559 gagaggactttgataatagaatggtgagctactttgtagaggagtt 1301514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 415 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 8659562 - 8659417
Alignment:
Q  415 gtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaa 514  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || || || |||| | |||||||| |||| || || ||  |||||||||| |||||||||     
T  8659562 gtctttgatcttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttacaatgaagggtgatgtctttgaagtaaaagccacttctggaaacactcaccttggag 8659463  T
Q  515 gagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagtt 560  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  8659462 gagaggactttgatagcagaatggtgaactactttgtagaggagtt 8659417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 415 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 6789711 - 6789533
Alignment:
Q  415 gtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaa 514  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||     
T  6789711 gtcttcgaccttggtggtggcactttcgatgtgtctatcttaacaatcaaagataaggtcttccaagttaaggccaccggtggaaacactcacctcggag 6789612  T
Q  515 gagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaa 593  Q
    ||||||||||||||||  || |||| |  ||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||    
T  6789611 gagaggactttgataaccgattggtaaactactttgcagaggagtttaagaggaagaacaaagtggatattactggaaa 6789533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 418 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 8654646 - 8654504
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||| | |||||||| | || || || || ||||||||||||||||| ||  |||    
T  8654646 tttgatcttggtggtggtacttttgatgtgtctatactcacaattaagggtgatgtctttgacgtaaaagccactgctggaaacacgcacctagggggag 8654547  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagtt 560  Q
    | ||||||||||| |||||||||   ||||||||||| |||||    
T  8654546 aagactttgataacagaatggtgtactactttgtagaggagtt 8654504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 416 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 8559531 - 8559371
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaag 515  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||| ||||| ||||| |||| ||||| ||  | ||| |||| ||||| ||| |    
T  8559531 tctttgatctcggtggtggaacttttgatgtttctcttctcacaattaagaataatctctttgaagtcaaggccacttccggagacacacacctcggagg 8559432  T
Q  516 agaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaa 576  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||   |||||||| |||||||  |||| |||||||||    
T  8559431 agaggactttgataacagaatggtgaaacactttgtaaaagagtttgagaggaagaacaaa 8559371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 418 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 8628728 - 8628609
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| | | |||||||| ||||||| || || |||||||| || ||||||||  |||    
T  8628728 tttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgtctttgaagttaaagccactgctggaaatactcaccttggtggag 8628629  T
Q  518 aggactttgataatagaatg 537  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  8628628 aggactttgataacagaatg 8628609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 414 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 17268139 - 17268014
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||  |||||||||| || | |||| |||| || |||||     
T  17268139 tgtctttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctctcgttacaattaaggataaggtcttcgaagttaaggccaccggtggagacactcatcttggg 17268040  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggt 539  Q
     | |||||||||||||||||||||||    
T  17268039 ggtgaggactttgataatagaatggt 17268014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 418 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 8602170 - 8602047
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||| ||||| ||||| |||| ||||| ||  | ||| |||| ||||||||| |||    
T  8602170 tttgatcttggtggtggaacttttgatgtttctcttctcacaattaagaataatctctttgaagtcaaggccacttccggagacacacaccttggaggag 8602071  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtga 541  Q
    |||||||||||||  |||||||||    
T  8602070 aggactttgataaccgaatggtga 8602047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 414 - 560
Target Start/End: Original strand, 10494342 - 10494488
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || || ||||||| | |||||||| |||| || || || || || ||||| ||||||||     
T  10494342 tgtctttgatctgggtggtggtacttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatgtctttgaagtaaaagccactgcaggtaacactcaccttggg 10494441  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagtt 560  Q
     |||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| || |||||    
T  10494442 ggagaggacttcgataacagaatggtgaattattttgttgaggagtt 10494488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 414 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 17260441 - 17260315
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||  |||||||||| || | |||| |||| || |||||     
T  17260441 tgtctttgaccttggtggggggacttttgatgtgtctctcgttacaattaaggataaggtcttcgaagttaaggccaccggtggagacactcatcttggg 17260342  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtg 540  Q
     | ||||||||||||||||||||||||    
T  17260341 ggtgaggactttgataatagaatggtg 17260315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 416 - 575
Target Start/End: Original strand, 29577642 - 29577801
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaag 515  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||| ||   ||| |||| ||||| || |||||  | || ||||| ||| |    
T  29577642 tctttgatcttggtggtggcacctttgatgtgtctcttctcacacttaaggatgatagttttgaagtaaaggccactgctggtgatactcacctaggagg 29577741  T
Q  516 agaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaa 575  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||  |||||||  | ||||| ||||| ||||||||    
T  29577742 agaggacttcgataataaaatggtgagccactttgtgaatgagttgaagaggaagaacaa 29577801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 416 - 575
Target Start/End: Original strand, 29581811 - 29581970
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  | |||||| ||   ||| |||| ||||| || |||||  | || ||||| ||| |    
T  29581811 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctcttctcacactcaaggatgataagtttgaagtgaaggccactgctggcgatactcacctaggagg 29581910  T
Q  516 agaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaa 575  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||   | ||||| ||||| ||||||||    
T  29581911 agaggactttgataaccgaatggtgaattactttgcgaatgagttgaagaggaagaacaa 29581970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 414 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 8667619 - 8667470
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || || ||||||| | |||||||| |||| || || || || |||||||| ||||||||     
T  8667619 tgtctttgatctgggtggcgggacttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatgtctttgaagtgaaagccactgcaggaaacactcaccttggg 8667520  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaa 563  Q
     | |||||||| ||||| ||||||||||  || ||||| || ||||||||    
T  8667519 ggcgaggacttcgataacagaatggtgaactattttgttgaggagttaaa 8667470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 414 - 541
Target Start/End: Original strand, 13333424 - 13333551
Alignment:
Q  414 tgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttgga 513  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || || |||| || | |||||||| |||| || || || || |||||||| ||||||||     
T  13333424 tgtctttgatctgggtggtggtacttttgatgtgtctatccttacaattatgggtgatgtctttgaagtaaaagccaccgcaggaaacactcaccttggg 13333523  T
Q  514 agagaggactttgataatagaatggtga 541  Q
     |||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  13333524 ggagaagacttcgataacagaatggtga 13333551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 416 - 566
Target Start/End: Original strand, 8382846 - 8382996
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaag 515  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||||   || ||||| || || ||| |||| || || ||| |    
T  8382846 tctttgatcttggtggtggaacttttgatgtgtctctcctcacaattaagaataatgtctttgttgtgaaggccactgccggagacactcatctaggagg 8382945  T
Q  516 agaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagag 566  Q
     || ||||| ||||| ||||| ||||  |||||||| || ||||| |||||    
T  8382946 tgaagacttagataacagaatcgtgaagtactttgttgacgagttcaagag 8382996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 416 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 8538234 - 8538040
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaag 515  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||  | ||| |||||| ||||  ||| ||||| || || ||| | || ||||||||| |    
T  8538234 tctttgatcttggtggtggaacttttgatgtatctctccttacattgaagaataatgcctttacagtcaaggccactgccggagatactcaccttggagg 8538135  T
Q  516 agaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgagga 610  Q
    |||||||||||||||| |  |||||| | | |||||  | || || ||||| || |||||||| || || ||||||||| ||| |||| ||||||    
T  8538134 agaggactttgataatcggttggtgaatcattttgtgaatgaattgaagaggaaaaacaaagttgacattagtggaaattcaaaagctctgagga 8538040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 416 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 8545831 - 8545672
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaag 515  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | || || |||||  |||| |||||| | || ||||| || |||||| ||||  |||| ||  |    
T  8545831 tctttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctattcttacaattaaaaataaggtctttgatgtcaaggccactgctggagacacttacctaggcgg 8545732  T
Q  516 agaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaa 575  Q
     || ||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||| ||||| ||||||||    
T  8545731 tgaagactttgataacagaatggtgaattactttgtgaaggagttcaagaggaagaacaa 8545672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 418 - 581
Target Start/End: Original strand, 8636315 - 8636478
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    ||||||||||||||||| || || || |||||| |||| |  ||||| | | | |||||| ||||||| || || || ||| |||| ||||||||| |||    
T  8636315 tttgatcttggtggtggtacattcgacgtgtctatactcaaaattaaaggtgaagtctttgaagttaaagccactgccggagacacacaccttggaggag 8636414  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtaga 581  Q
    ||||||||||||| |||||||||   || |||||||| ||  | ||||| |||||||| |||||    
T  8636415 aggactttgataacagaatggtggaatattttgtagaggaaatcaagaggaagaacaaggtaga 8636478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 416 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 8590836 - 8590800
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctct 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8590836 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctct 8590800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 416 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 8581898 - 8581763
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaag 515  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||  ||||| |||| | || | |||| ||||| || |||||| |||| ||||| ||| |    
T  8581898 tctttgaccttggaggtggaacttttgatgtgtctattctcacagttaagaataacgactatgaagtcaaggccactgctggagacactcacctgggagg 8581799  T
Q  516 agaggactttgataatagaatggtgagttactttgt 551  Q
     || || |||||||| |||||||||| | |||||||    
T  8581798 ggaagattttgataacagaatggtgaatcactttgt 8581763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 452
Target Start/End: Original strand, 7877706 - 7877739
Alignment:
Q  419 ttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctct 452  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7877706 ttgatcttggtggtggcactttcgatgtgtctct 7877739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 7e-26; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 418 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 12528700 - 12528540
Alignment:
Q  418 tttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagag 517  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  | ||| ||||||||||  |||| ||||| || || ||| |||| ||||||||| |||    
T  12528700 tttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctcttcttacagtaaagaataatgtcttcgaagtcaaggccactgccggagacactcaccttggaggag 12528601  T
Q  518 aggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagt 578  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | |||||||  ||||||| ||||| |||||||||||    
T  12528600 aggactttgataatcgaatggtgaatcactttgtgaaagagtttaagaggaagaacaaagt 12528540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 494 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 43744936 - 43744814
Alignment:
Q  494 ctggaaacacgcaccttggaagagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaaagagaaagaacaaagtagatataagtggaaa 593  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| ||||| ||||  |||||||| || || || | ||||||    
T  43744936 ctggaaacactcacctcggaggagaggattttgataataggatggtgaactacttcgcagaggagtttaagaagaagaacaaggtggacattactggaaa 43744837  T
Q  594 tccaagagctttgaggagattga 616  Q
     |||||||| || ||||| ||||    
T  43744836 cccaagagcattaaggaggttga 43744814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 416 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 43745047 - 43744993
Alignment:
Q  416 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataa 470  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  43745047 tctttgacctgggtggtgggacttttgatgtgtctctccttacaattaaggataa 43744993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 431 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 28910765 - 28910655
Alignment:
Q  431 gtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagagaggactttgataa 530  Q
    |||| ||||||||||| ||||| || || ||| ||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||    |||||| |||||||    
T  28910765 gtgggacttttgatgtttctctccttacaattcaggataaggtcttccaagttaaggccaccgctggaaacactcacctcggggtcgaggacattgataa 28910666  T
Q  531 tagaatggtga 541  Q
    ||| |||||||    
T  28910665 taggatggtga 28910655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 28220069 - 28219916
Alignment:
Q  463 aaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaaacacgcaccttggaagagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttaa 562  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||| |||||||  ||||| | ||| ||||| |    
T  28220069 aaggataaggtcttccaagtgaaggccaccgctggaaacactcacctcgggggagaggactttgatagtaggatggtgaactacttcgcagaggagttta 28219970  T
Q  563 agagaaagaacaaagtagatataagtggaaatccaagagctttgaggagattga 616  Q
    |||  |||||||| || || || | ||||||  ||||||| || ||||| ||||    
T  28219969 agaagaagaacaaggtggacattactggaaactcaagagccttaaggaggttga 28219916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University