View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11778_high_3 (Length: 957)

Name: NF11778_high_3
Description: NF11778
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11778_high_3
NF11778_high_3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (13-943)||(13944114-13945044)
chr2 (13-943)||(14085303-14086233)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 870; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 870; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 943
Target Start/End: Original strand, 13944114 - 13945044
Alignment:
Q  13 acatcagctataaatttgaaaaaggaagacacacaatgcacacaagaaaaagtgaataatgacaacgagcactgatatatctcataacactcccaaaatt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13944114 acatcagctataaatttgaaaaaggaagacacacaatgcacaaaagaaaaagtgaataatgacaacgagcactgatatatctcataacactcccaaaatt 13944213  T
Q  113 atagtgccttcatctctagcaggctgataacagataactccttacttgcttatgaagctttccattttcttaaaaataatactaataaaagaaaaggagt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13944214 atagtgccttcatctctagcaggctgataacagataactccttacttgcttatgaagctttccattttcttaaaaataatactaataaaagaaaaggagt 13944313  T
Q  213 tgttggcattaagctaaacatggaaaaggcttattataggatagaatggggttttcttgagcaaactcttgttattatgggtttcctgtcgaagatgatt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13944314 tgttggcattaagctaaacatggaaaaggcttattataggatagaatggggttttcttgagcaaaatcttgttactatgggtttcctgtcgaagatgatt 13944413  T
Q  313 agaaccattattttatgtattagttctctgaacttctctattttaattaatggtcatccctctcaatacttcactcccaccaggggaataaggcaggggg 412  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13944414 agaaccattattttatgtgttagttctctgaacttctctattttaattaatggtcatccctctcaatacttcactcccaccaggggaataaggcaggggg 13944513  T
Q  413 attctctccctatctctttattatttgtgcagatgttttatcacatatgcttaatcaaagtcaacgaaaggaaagtattcatggcataactatagctact 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13944514 attctctccctatctctttattatttgtgcagatgttttatcacatatgcttaatcaaagtcaacgaaaggaaagtattcatggcataactatagctact 13944613  T
Q  513 caagcacctccaatctctcatctatttttctgacttatccatgtttatttttcgaagatgacagtatactgttttgcagaaccaaactagaagaagctaa 612  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13944614 caagcacctctaatctctcatctatttttctgacttatccatgtttatttttcaatgatgacagtatactgttttgcagaaccaaactagaagaagctaa 13944713  T
Q  613 atatcttatggaaacctttacagaagaccaaagaatctctagccagaaaatcaacatggataagtcagaaatggtatttagcaagggacttattacttgg 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  13944714 atatcttatggaaacctttacagaagaccaaagaatctctagccagaaaatcaacatggataagtcagaaatggcatttagcaagggacttattactcgg 13944813  T
Q  713 gttaaagcagaattctacagtcaaatgcatataaaaattgtcaatcagataactaagtacttagggatgctaactcaattgggaagatctaaagttcaag 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13944814 gttaaagcagaattctacagtcaaatgcatataaaaattgtcaatcagataactaagtacttagggatgctaactcaattgggaagatctaaagttcaag 13944913  T
Q  813 attttaannnnnnnatggaaagaatttggagtaatttgaaaggttggaaagagaagaacctttcttttgctcggaggggaggggagttctcattagaatt 912  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13944914 attttaatttttttatggaaagaatttggagtaatttgaaaggtttgaaagagaagaacctttcttttgctcggaggggaggggagttctcattagaatt 13945013  T
Q  913 gtgactcaagctattcccacctacatcatga 943  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13945014 gtgactcaagctattcccacctacatcatga 13945044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 870; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 943
Target Start/End: Original strand, 14085303 - 14086233
Alignment:
Q  13 acatcagctataaatttgaaaaaggaagacacacaatgcacacaagaaaaagtgaataatgacaacgagcactgatatatctcataacactcccaaaatt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14085303 acatcagctataaatttgaaaaaggaagacacacaatgcacaaaagaaaaagtgaataatgacaacgagcactgatatatctcataacactcccaaaatt 14085402  T
Q  113 atagtgccttcatctctagcaggctgataacagataactccttacttgcttatgaagctttccattttcttaaaaataatactaataaaagaaaaggagt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14085403 atagtgccttcatctctagcaggctgataacagataactccttacttgcttatgaagctttccattttcttaaaaataatactaataaaagaaaaggagt 14085502  T
Q  213 tgttggcattaagctaaacatggaaaaggcttattataggatagaatggggttttcttgagcaaactcttgttattatgggtttcctgtcgaagatgatt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14085503 tgttggcattaagctaaacatggaaaaggcttattataggatagaatggggttttcttgagcaaaatcttgttactatgggtttcctgtcgaagatgatt 14085602  T
Q  313 agaaccattattttatgtattagttctctgaacttctctattttaattaatggtcatccctctcaatacttcactcccaccaggggaataaggcaggggg 412  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14085603 agaaccattattttatgtgttagttctctgaacttctctattttaattaatggtcatccctctcaatacttcactcccaccaggggaataaggcaggggg 14085702  T
Q  413 attctctccctatctctttattatttgtgcagatgttttatcacatatgcttaatcaaagtcaacgaaaggaaagtattcatggcataactatagctact 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14085703 attctctccctatctctttattatttgtgcagatgttttatcacatatgcttaatcaaagtcaacgaaaggaaagtattcatggcataactatagctact 14085802  T
Q  513 caagcacctccaatctctcatctatttttctgacttatccatgtttatttttcgaagatgacagtatactgttttgcagaaccaaactagaagaagctaa 612  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14085803 caagcacctctaatctctcatctatttttctgacttatccatgtttatttttcaatgatgacagtatactgttttgcagaaccaaactagaagaagctaa 14085902  T
Q  613 atatcttatggaaacctttacagaagaccaaagaatctctagccagaaaatcaacatggataagtcagaaatggtatttagcaagggacttattacttgg 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  14085903 atatcttatggaaacctttacagaagaccaaagaatctctagccagaaaatcaacatggataagtcagaaatggcatttagcaagggacttattactcgg 14086002  T
Q  713 gttaaagcagaattctacagtcaaatgcatataaaaattgtcaatcagataactaagtacttagggatgctaactcaattgggaagatctaaagttcaag 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14086003 gttaaagcagaattctacagtcaaatgcatataaaaattgtcaatcagataactaagtacttagggatgctaactcaattgggaagatctaaagttcaag 14086102  T
Q  813 attttaannnnnnnatggaaagaatttggagtaatttgaaaggttggaaagagaagaacctttcttttgctcggaggggaggggagttctcattagaatt 912  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14086103 attttaatttttttatggaaagaatttggagtaatttgaaaggtttgaaagagaagaacctttcttttgctcggaggggaggggagttctcattagaatt 14086202  T
Q  913 gtgactcaagctattcccacctacatcatga 943  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14086203 gtgactcaagctattcccacctacatcatga 14086233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University