View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11778_low_1 (Length: 1042)

Name: NF11778_low_1
Description: NF11778
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11778_low_1
NF11778_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-1009)||(43462447-43463454)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 903; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 903; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1009
Target Start/End: Complemental strand, 43463454 - 43462447
Alignment:
Q  1 accttttggatcatttataaatctttctctaattgcttcatttcttcnnnnnnnctctactaatgctgctactaaggtggctaaacatgatattgctatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43463454 accttttggatcatttataaatccttctctaattgcttcatttcttctttttttctctactaatgctgctactaaggtggctaaacatgatattcctatt 43463355  T
Q  101 ccaattcccattctttgctttaaagtgagtccttttccnnnnnnngtgtactttgataacaaaggaactataatgcggtcataaatagctacccatatgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43463354 ccaattcccattctttgctttaaagtgagtccttttcctttttttgtgtactttgataacaaagaaactataatgcggtcataaatagctacccatatgg 43463255  T
Q  201 ttaaggtgagaattccaaatgcactaaaacttgttggtggaatctcaaaattgtgaacttttctgttcatagtggttgcttggaccacagaaaacgattg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43463254 ttaaggtgagaattccaaatgcactaaaacttgttggtggaatctcaaaattgtgaaccattctgttcatagtggttgcttggaccacagaaaacgattg 43463155  T
Q  301 ttggcttattgtaactgcaattgtgatgccagtcgaccatagcggaagaactttgattactgctttcaactcctctacttgtcttactgtacataaactc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43463154 ttggcttattgtaactgcaattgtgatgccagttgaccatagcggaagaactttgattactgctttcaactcctctacttgtcttactgtacataaactc 43463055  T
Q  401 catgggtcaattggcatcccattagagtctaaatctttttctctgttcttcataatgcaagccttgttcaagaacctatacaaagaatcaaatttatgtt 500  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43463054 catggatcaattggcatcccattagagtctaaatctttttctctgttcttcataatgcaagccttgttcaagaacctatacaaagaatcaaatttatgtt 43462955  T
Q  501 aattgataaatgtccttatccgtatagtttaattgatagagacattgtattatacatgcggagctgagttcgaaccctgaattctccacttattcgaaat 600  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43462954 aattgataaatgtccttgtccgtatagtttaattgatagagacattgtattatacatgcggagctgagttcgaaccctgaattctccacttattcgaaat 43462855  T
Q  601 tctggtcaccaaaaaatattgataaaaatgaagagttttcaacatacattaattgaataagacaaagtattaccttgctttgtccgtgggctgaacaaga 700  Q
    | |||||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43462854 tttggtcaccaaactat-ttaataaaaatgaagagttttcaacatacattaattgaataagacaaagtattaccttgctttgtccgtgggctgaacaaga 43462756  T
Q  701 ttagagccactttggaaataccacaaaccagagttgtttggaggcaaagttaagtgtctgtttttccatgatgcaacaatgacttgagcaaatccagcaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43462755 ttagagccactttggaaataccacaaaccagagttgtttggaggcaaagttaagtgtctgtttttccatgatgcaacaatgacttgagcaaatccagcaa 43462656  T
Q  801 gtaaactcttgtttggtttcactttaacatacataaaagatcccaagaaaaacatgacagaagaaaacaacataagacccactggtataccaaaaccaat 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43462655 gtaaactcttgtttggtttcactttaacatacataaaagatcccaagaaaaacacgacagaagaaaacaacataagacccactggtataccaaaaccaat 43462556  T
Q  901 aacccaacctgctttaacttgaatatatactatgaataccatcgaaaccataactgaaacaccaactgaaacatagtaccaattgaagaaactcttcatg 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43462555 aacccaacctgctttaacttgaatatatactatgaataccatcgaaaccataactgaaacaccaactgaaacatagtaccaattgaagaaactcttcata 43462456  T
Q  1001 attctctca 1009  Q
    |||||||||    
T  43462455 attctctca 43462447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University