View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11780_high_7 (Length: 717)

Name: NF11780_high_7
Description: NF11780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11780_high_7
NF11780_high_7
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-704)||(30007794-30008478)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 704
Target Start/End: Original strand, 30007794 - 30008478
Alignment:
Q  20 tttgtttcgataggtaatatggctttggatggttttgctggtgaaatttggttcccagtttcatatgacatacggtacaattgttatatttctgtgagga 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30007794 tttgtttcgataggcaatatggctttggatggttttgctggtgaaatttggttcccagtttcatatgacatacggtacaattgttatatttctgtgagga 30007893  T
Q  120 atgtgggtgtcatatagacgtggatcatgcattaaatgatggaatatcctatgtttcggtgctggcaaactgtatctatgctctagtgttaactagaaat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30007894 atgtgggtgtcatatagacgtggatcatgcattaaatgatggaatatcctatgtttcggtgctggcaaactgtatctatgctctagtgttaactagaaat 30007993  T
Q  220 ggttagtatgatggtaactagcgcaagcaacattgcattcttcaagtccagaatcataaagatttctttggttcatactgttttaagttttgattttaat 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30007994 ggttagtatgatggtaactagcgcaagcaacattgcattcctcaagtccagaatcataaagatttctttggttcatactgttttaagttttgattttaat 30008093  T
Q  320 tcctcagctaaattcagtttttaatcagccacatagaaaattttgtgcgataagtagtaattttttagactgcccgatggatgagcacctgtgcttaatc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30008094 tcctcagctaaattcagtttttaatcagccacatagaaaattttgtgcgataagtagtaattttttagactgcccgatggatgagcacctgtgcttaatc 30008193  T
Q  420 ttgtgaatcacccccttcatcacgttggcatttttgctttataagtcttttgttttgttgcagttggaaaagaagagcaaacattgccatatttactatt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30008194 ttgtgaatcacccccttcatcacgttggcatttttgctttataagtcttttgttttgttgcagttggaaaagaagagcaaacattgccatatttactatt 30008293  T
Q  520 tttgcaaggtggtcctgggtttgagtgccgaccgccaactgaatctagtggatggattcaaaaagtttgcgaacagttccgtctcatcttaatggaccag 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30008294 tttgcaaggtggtcctgggtttgagtgccgaccgccaactgaatctagtggatggattcaaaaagtttgcgaacagttccgtctcatcttaatggaccag 30008393  T
Q  620 gcatgtttttatggacacttgtattgtgcctttatccttttggttttgtgataactttatgaatgatctgttccattactgatgt 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30008394 gcatgtttttatggacacttgtattgtgcctttatctttttcgttgtgtgataactttatgaatgatctgttccattacttatgt 30008478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University