View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11780_low_15 (Length: 559)

Name: NF11780_low_15
Description: NF11780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11780_low_15
NF11780_low_15
[»] chr2 (29 HSPs)
chr2 (255-549)||(30182212-30182506)
chr2 (17-253)||(30181923-30182159)
chr2 (17-253)||(30281683-30281919)
chr2 (255-530)||(30281355-30281630)
chr2 (274-549)||(30024744-30025019)
chr2 (274-549)||(30117103-30117378)
chr2 (274-549)||(30131860-30132135)
chr2 (274-549)||(30035678-30035953)
chr2 (274-549)||(30229816-30230091)
chr2 (274-549)||(30237109-30237384)
chr2 (268-548)||(30069865-30070145)
chr2 (274-549)||(30253765-30254037)
chr2 (279-528)||(30792403-30792652)
chr2 (45-259)||(30792723-30792937)
chr2 (17-214)||(30254148-30254345)
chr2 (284-547)||(30176640-30176903)
chr2 (23-226)||(30070238-30070441)
chr2 (26-192)||(30236810-30236976)
chr2 (284-457)||(30031816-30031989)
chr2 (33-190)||(30035386-30035543)
chr2 (284-457)||(30225954-30226127)
chr2 (33-190)||(30229524-30229681)
chr2 (131-230)||(30177005-30177104)
chr2 (320-528)||(30092441-30092649)
chr2 (320-528)||(30114294-30114502)
chr2 (320-528)||(30129046-30129254)
chr2 (33-192)||(30025152-30025311)
chr2 (33-192)||(30116811-30116970)
chr2 (33-192)||(30131568-30131727)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 29)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 255 - 549
Target Start/End: Original strand, 30182212 - 30182506
Alignment:
Q  255 ttttgtaacataatgagttctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactac 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||||    
T  30182212 ttttgtaacataatgagttctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtctggtgcattcgcttccatttgcaaatatatatgtgaaggaactac 30182311  T
Q  355 atgtcaccttaaggtttttgagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttac 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||  |||| |||||||    
T  30182312 atgtcaccttaaggtttttgagattgatgaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagacacatcgtgaaaacatcgcaagcaaagagctgttac 30182411  T
Q  455 tgtgtagataagctcatcattaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctatg 549  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  30182412 tgtgttgataagctcatcattaaggtgaccattgcatgccatggtgacatccttgctgttcagaataagctcccctttgttttggacaatctatg 30182506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 253
Target Start/End: Original strand, 30181923 - 30182159
Alignment:
Q  17 aaaaattagctcagaggcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaactt 116  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30181923 aaaaattaggtcagaagtatcattctcatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaactt 30182022  T
Q  117 ctagctgttgatggtttcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaacagaactgacgatggaaatatattct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30182023 ctagctgttgatggtttcataatactttccaatccagcacaatggcccacctccaacttctgtaaattctcaaacataactgacgatggaaatatattct 30182122  T
Q  217 caagtctagagcatgaatttactaccaatctttcaat 253  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30182123 ttagtctagagcatgaatttactaccaatctttcaat 30182159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 17 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 30281919 - 30281683
Alignment:
Q  17 aaaaattagctcagaggcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaactt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30281919 aaaaattagctcagaagcatcattctcatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaactt 30281820  T
Q  117 ctagctgttgatggtttcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaacagaactgacgatggaaatatattct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  30281819 ctagctgttgatggtttcataatactttccaatccagcacaatggcccaccaccaatttctgtaaattctcaaatagaaatgacgacggaaatatattct 30281720  T
Q  217 caagtctagagcatgaatttactaccaatctttcaat 253  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30281719 ttagtctagagcatgaatttactaccaatctttcaat 30281683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 255 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 30281630 - 30281355
Alignment:
Q  255 ttttgtaacataatgagttctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactac 354  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30281630 ttttgtaacttaatgagttctaaactttccaacttcataattgtttcagaatgtccagtccattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaaggaactac 30281531  T
Q  355 atgtcaccttaaggtttttgagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttac 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||    
T  30281530 atgtcaccttaaggtttttgagattgataaatctttgaaggaaaccagttgaaaatttgacagattcatcatgaaaacatcgcaagcgaagagctttcac 30281431  T
Q  455 tgtgtagataagctcatcattaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccct 530  Q
    | |||||||| || |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  30281430 tttgtagataggcccatcattaagttcaccgctgcataacatggtgacatccttgcaattcagaataagctcccct 30281355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 274 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 30025019 - 30024744
Alignment:
Q  274 ctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggttttt 373  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |    
T  30025019 ctaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcatttgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttat 30024920  T
Q  374 gagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatca 473  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  30024919 gagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcatca 30024820  T
Q  474 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctatg 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||    
T  30024819 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatcctttctgttcagaataagctcccttgtgttggggacaaactatg 30024744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 274 - 549
Target Start/End: Original strand, 30117103 - 30117378
Alignment:
Q  274 ctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggttttt 373  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |    
T  30117103 ctaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcatttgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttat 30117202  T
Q  374 gagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatca 473  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  30117203 gagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcatca 30117302  T
Q  474 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctatg 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||    
T  30117303 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatcctttctgttcagaataagctcccttgtgttggggacaaactatg 30117378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 274 - 549
Target Start/End: Original strand, 30131860 - 30132135
Alignment:
Q  274 ctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggttttt 373  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |    
T  30131860 ctaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcatttgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttat 30131959  T
Q  374 gagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatca 473  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  30131960 gagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcatca 30132059  T
Q  474 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctatg 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||    
T  30132060 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatcctttctgttcagaataagctcccttgtgttggggacaaactatg 30132135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 274 - 549
Target Start/End: Original strand, 30035678 - 30035953
Alignment:
Q  274 ctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggttttt 373  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||  || |    
T  30035678 ctaaaattctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagcattat 30035777  T
Q  374 gagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatca 473  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||    
T  30035778 gagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcacca 30035877  T
Q  474 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctatg 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||    
T  30035878 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatcctttctgttcagaataagctcccttgtgttggggacaaactatg 30035953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 274 - 549
Target Start/End: Original strand, 30229816 - 30230091
Alignment:
Q  274 ctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggttttt 373  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||  || |    
T  30229816 ctaaaattctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagcattat 30229915  T
Q  374 gagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatca 473  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||    
T  30229916 gagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcacca 30230015  T
Q  474 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctatg 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||    
T  30230016 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatcctttctgttcagaataagctcccttgtgttggggacaaactatg 30230091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 274 - 549
Target Start/End: Original strand, 30237109 - 30237384
Alignment:
Q  274 ctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggttttt 373  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||  |||| | | |    
T  30237109 ctaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcacaataagctctat 30237208  T
Q  374 gagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatca 473  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  30237209 gagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcatca 30237308  T
Q  474 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctatg 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||    
T  30237309 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatcctttctgttcagaataagctcccttgtgttggggacaaactatg 30237384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 268 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 30070145 - 30069865
Alignment:
Q  268 tgagttctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaag 367  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||  ||||||||||||| || || | || |||| |||||||||||| ||||||    
T  30070145 tgagtactaaacttctcaacttcatacttgttttataatgtccagtgcaaacgcttccactcgagaaaatctctgagaaggaactacatgtcaacttaag 30070046  T
Q  368 gtttttgagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagc 467  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||  |||||||  ||||||||||||| | |  ||||  | | || | ||| ||||||    
T  30070045 gttttcgagattgataaacctttgcaagaaacctgatggaaacttgacagactcgtcatgaaaacatcgtaggcaaagagatttcaccgcgtaaataagc 30069946  T
Q  468 tcatcattaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctat 548  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  30069945 tcatcattaagttgaccattgcgtaacatggagacatccttgcagctcagaataagctcccttgtgttctggacaacctat 30069865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 274 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 30254037 - 30253765
Alignment:
Q  274 ctaaacttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggttttt 373  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |  | | |||||| |||||| | |  |||||| ||||||| || | ||||||||||||    
T  30254037 ctaaacttctcaacttcataattgtttcagaatgtccgctggaagcacatccact-gaaaatcttt--gtgaaggaactacaagttatcttaaggttttt 30253941  T
Q  374 gagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatca 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||  |||||||||||| | | ||||| || |||| ||||||||   |||||      
T  30253940 gagattgataaacctttggaggaaacctgatggaaatttgtcagactcattatgaaaacatcgtaggcgaagagcttttaccgtgtagattgtctcattg 30253841  T
Q  474 ttaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaacctatg 549  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||| | |||||  |||||||||||    
T  30253840 ttatgttgaccattgcataacattgtgacatccttactgtttagaataagctcccttgtgttggagacaacctatg 30253765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 279 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 30792652 - 30792403
Alignment:
Q  279 cttcccaacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggtttttgagat 378  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||   |||||||||| | || || | || |||| ||||||||| ||||||||| | ||  || |    
T  30792652 cttctcaacttcatagttgtttcagaatgttcagtgcaaatgcttccactcaagaaaatctctgagaaggaactacatgacaccttaagatattccaggt 30792553  T
Q  379 tgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatcattaag 478  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    ||||||||||||| | | ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30792552 ggataaatctttggaggaaaccagatggaaatttttcagtcgtgtcatgaaaacatcgtaggcgaagagcttttactgtgtagatcagctcatcattaag 30792453  T
Q  479 ttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctccc 528  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||    
T  30792452 ttgaccgttgcataacatggtgacgtccttgcaattcagaataagctccc 30792403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 30792937 - 30792723
Alignment:
Q  45 tcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaacttctagctgttgatggtttcataatacttt 144  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||  || |||  |||||| | |||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||    
T  30792937 tcatcagttgcaactatttcttctatcttttcacaattatatatccataattttctaagtttttgtaaacttgtagctgttgacgatttcataatatttt 30792838  T
Q  145 ccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaacagaactgacgatggaaatatattctcaagtctagagcatgaatttactaccaa 244  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||| | || ||||||||||||||| | |   ||||||||||||||||  ||||||||||||  || |||| ||||    
T  30792837 ccaatccagcacaatcacccacctccaattgctctaaattctcaaacagcattccggatggaaatatattctttagtctagagcatatatatacttccaa 30792738  T
Q  245 tctttcaatcttttg 259  Q
    | ||||||| |||||    
T  30792737 tatttcaatgttttg 30792723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 30254345 - 30254148
Alignment:
Q  17 aaaaattagctcagaggcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaactt 116  Q
    |||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||  |  |||  ||||| | |||| || ||||||||     
T  30254345 aaaacttagctcagaatcatcattctcatcatcacttgctactatttctcctatcttttcacaaccctcgatgattaattttctaagtttctgtaaactg 30254246  T
Q  117 ctagctgttgatggtttcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaacagaactgacgatggaaatatatt 214  Q
     |||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||    
T  30254245 atagctgttgatgatttcacaatattttccaaaccagcacaattgcctacctccaactgttgtaaattctcaaacagcaccgaggatggaactatatt 30254148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 284 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 30176903 - 30176640
Alignment:
Q  284 caacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggtttttgagattgata 383  Q
    |||||||||  || ||||||||||| ||||||    ||||||||| || || || |  |||||  ||||||| | ||| ||||| ||||  |||||||||    
T  30176903 caacttcatctttctttcagaatgttcagtgccaaagcttccacttgagaaaatctcagtgaaagaactacaagacactttaagattttcaagattgata 30176804  T
Q  384 aacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatcattaagttgac 483  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||   ||||| || | ||||||||||||  ||| | |||||||||||    
T  30176803 aatctttggaggaaaccagttggaaacttctcagactcgtcatgaaaacatcgcagacgaagagctttcactgtgtagatagactcgttattaagttgac 30176704  T
Q  484 cattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaataagctcccctttgttgtggacaaccta 547  Q
    |  | ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | |||||  |||||||||    
T  30176703 cgctacataacatggtgacatccttgcaattcagaataagctcccttgtgttggtgacaaccta 30176640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30070441 - 30070238
Alignment:
Q  23 tagctcagaggcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaacttctagct 122  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||  || |||| | || | | | || |||||||||||   ||||    
T  30070441 tagctcagaagcatcattctcatcatcacttgcaactatttcttctatattttcacaatcatctatgcacaactttgtgagtttttgtaaactggcagct 30070342  T
Q  123 gttgatggtttcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaacagaactgacgatggaaatatattctcaagtc 222  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||| || ||||| ||| | || ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  ||||    
T  30070341 gttgatgatttcacaataatttccaatccagtacaatcgctcacctgcaagtgctctaaattctcaaacagcactgaggatggaactatattcttgagtc 30070242  T
Q  223 taga 226  Q
    ||||    
T  30070241 taga 30070238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 192
Target Start/End: Original strand, 30236810 - 30236976
Alignment:
Q  26 ctcagaggcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaacttctagctgtt 125  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||| |||||| ||||| ||  |||  |||||| |  ||| ||| ||||| |  ||  ||||    
T  30236810 ctcagaagcatcattctcatcatcacttgcaacgattacttctatcttttcacaaaaaactatacataattttcgaagttttggtaaattggtaattgtt 30236909  T
Q  126 gatggtttcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaaca 192  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||| |||||||  |||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  30236910 gatgatttcataatatattccaatccaccacaatttaccacttccaactgctctaaattctcaaaca 30236976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 30031989 - 30031816
Alignment:
Q  284 caacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggtttttgagattgata 383  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||     ||||||||| || || || | ||||||| |||| || |||||| |||| ||||  |||||||||    
T  30031989 caacttcattgttgtttccgaatgtccagtgtcaaagcttccacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgata 30031890  T
Q  384 aacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgt 457  Q
    || ||||||||||| |   |||||||  |||||||||||   |||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  30031889 aatctttggaggaagctgtatggaaatatttcagactcattgtgaaaacaacgcaagcgaagatcttttactgt 30031816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 190
Target Start/End: Original strand, 30035386 - 30035543
Alignment:
Q  33 gcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaacttctagctgttgatggtt 132  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||| |||||| ||||| ||| |||| |||||| |  ||| ||| ||||| |  ||  |||||||| ||    
T  30035386 gcatcattctcatcatcacttgcaacgattacttctatcttttcacaaaaatctatgcataattttcgaagttttggtaaattggtaattgttgatgatt 30035485  T
Q  133 tcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaa 190  Q
    ||||||||  ||||| |||| |||||||  |||| ||||||| || ||||||||||||    
T  30035486 tcataatatattccagtccaccacaatttaccacttccaactgctctaaattctcaaa 30035543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 30226127 - 30225954
Alignment:
Q  284 caacttcataattgtttcagaatgtccagtgcattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggtttttgagattgata 383  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||     ||||||||| || || || | ||||||| |||| || |||||| |||| ||||  |||||||||    
T  30226127 caacttcattgttgtttccgaatgtccagtgtcaaagcttccacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgata 30226028  T
Q  384 aacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagactcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgt 457  Q
    || ||||||||||| |   |||||||  |||||||||||   |||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  30226027 aatctttggaggaagctgtatggaaatatttcagactcattgtgaaaacaacgcaagcgaagatcttttactgt 30225954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 190
Target Start/End: Original strand, 30229524 - 30229681
Alignment:
Q  33 gcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaacttctagctgttgatggtt 132  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||| |||||| ||||| ||| |||| |||||| |  ||| ||| ||||| |  ||  |||||||| ||    
T  30229524 gcatcattctcatcatcacttgcaacgattacttctatcttttcacaaaaatctatgcataattttcgaagttttggtaaattggtaattgttgatgatt 30229623  T
Q  133 tcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaa 190  Q
    ||||||||  ||||| |||| |||||||  |||| ||||||| || ||||||||||||    
T  30229624 tcataatatattccagtccaccacaatttaccacttccaactgctctaaattctcaaa 30229681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 30177104 - 30177005
Alignment:
Q  131 tttcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaacagaactgacgatggaaatatattctcaagtctagagcat 230  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||| ||  |||||||| | || ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| | |  ||||||||||||    
T  30177104 tttcataatattttccaatccagcgcaatagcgtacctccaaatgctctaaattcccaaacaggactgacgatggaactatacttttcagtctagagcat 30177005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 30092649 - 30092441
Alignment:
Q  320 gcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggtttttgagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagac 419  Q
    ||||||||| || || || | ||||||| |||| || |||||| |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| |    ||||||  ||||||||    
T  30092649 gcttccacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgataaatctttggaggaagctgtgtggaaatatttcagac 30092550  T
Q  420 tcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatcattaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaa 519  Q
    |||   |||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||  ||   | ||||| |||||  || |||||||| || |||||| | | ||||| ||    
T  30092549 tcattgtgaaaacaacgcaagcgaagatcttttactgtatagatcggcctgtgattaaattgactgttccataacatagtaacatcccttccgttcagaa 30092450  T
Q  520 taagctccc 528  Q
    |||||||||    
T  30092449 taagctccc 30092441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 30114502 - 30114294
Alignment:
Q  320 gcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggtttttgagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagac 419  Q
    ||||||||| || || || | ||||||| |||| || |||||| |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| |    ||||||  ||||||||    
T  30114502 gcttccacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgataaatctttggaggaagctgtgtggaaatatttcagac 30114403  T
Q  420 tcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatcattaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaa 519  Q
    |||   |||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||  ||   | ||||| |||||  || |||||||| || |||||| | | ||||| ||    
T  30114402 tcattgtgaaaacaacgcaagcgaagatcttttactgtatagatcggcctgtgattaaattgactgttccataacatagtaacatcccttccgttcagaa 30114303  T
Q  520 taagctccc 528  Q
    |||||||||    
T  30114302 taagctccc 30114294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 30129254 - 30129046
Alignment:
Q  320 gcttccactcgaaaatatatatgtgaagaaactacatgtcaccttaaggtttttgagattgataaacctttggaggaaaccagatggaaacttttcagac 419  Q
    ||||||||| || || || | ||||||| |||| || |||||| |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| |    ||||||  ||||||||    
T  30129254 gcttccacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgataaatctttggaggaagctgtgtggaaatatttcagac 30129155  T
Q  420 tcagcatgaaaacatcgcaagtgaagatctgttactgtgtagataagctcatcattaagttgaccattgcataacatggtgacatccttgctgttcaaaa 519  Q
    |||   |||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||  ||   | ||||| |||||  || |||||||| || |||||| | | ||||| ||    
T  30129154 tcattgtgaaaacaacgcaagcgaagatcttttactgtatagatcggcctgtgattaaattgactgttccataacatagtaacatcccttccgttcagaa 30129055  T
Q  520 taagctccc 528  Q
    |||||||||    
T  30129054 taagctccc 30129046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 33 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 30025311 - 30025152
Alignment:
Q  33 gcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaacttctagctgttgatggtt 132  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || ||| |||| |||||| ||||| ||| |||| |||||| |  ||| ||| ||||| |  ||  |||||||| ||    
T  30025311 gcatcattctcatcgtcacttgcaacgattacttctatcttttcacaaaaatctatgcataattttcgaagttttggtaaattggtaattgttgatgatt 30025212  T
Q  133 tcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaaca 192  Q
    ||||||||  ||||| |||| |||||||   ||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  30025211 tcataatatattccagtccaccacaattaaacacttccaactgctctaaattctcaaaca 30025152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 33 - 192
Target Start/End: Original strand, 30116811 - 30116970
Alignment:
Q  33 gcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaacttctagctgttgatggtt 132  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || ||| |||| |||||| ||||| ||| |||| |||||| |  ||| ||| ||||| |  ||  |||||||| ||    
T  30116811 gcatcattctcatcgtcacttgcaacgattacttctatcttttcacaaaaatctatgcataattttcgaagttttggtaaattggtaattgttgatgatt 30116910  T
Q  133 tcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaaca 192  Q
    ||||||||  ||||| |||| |||||||   ||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  30116911 tcataatatattccagtccaccacaattaaacacttccaactgctctaaattctcaaaca 30116970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 33 - 192
Target Start/End: Original strand, 30131568 - 30131727
Alignment:
Q  33 gcatcattcacatcatcacttgctactatttcttcaatctttccacaacaatgtatgtataattctttaagattttgtaaacttctagctgttgatggtt 132  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || ||| |||| |||||| ||||| ||| |||| |||||| |  ||| ||| ||||| |  ||  |||||||| ||    
T  30131568 gcatcattctcatcgtcacttgcaacgattacttctatcttttcacaaaaatctatgcataattttcgaagttttggtaaattggtaattgttgatgatt 30131667  T
Q  133 tcataatactttccaatccagcacaattgcccacctccaacttctgtaaattctcaaaca 192  Q
    ||||||||  ||||| |||| |||||||   ||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  30131668 tcataatatattccagtccaccacaattaaacacttccaactgctctaaattctcaaaca 30131727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University