View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11780_low_2 (Length: 889)

Name: NF11780_low_2
Description: NF11780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11780_low_2
NF11780_low_2
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (122-651)||(51192362-51192892)
chr3 (122-651)||(43018845-43019375)
chr3 (246-651)||(21688984-21689389)
chr3 (124-327)||(8457446-8457650)
chr3 (399-623)||(13443547-13443771)
chr3 (122-351)||(13441292-13441520)
chr3 (515-651)||(55219136-55219272)
chr3 (122-205)||(21688898-21688981)
chr3 (477-558)||(23484045-23484126)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (122-651)||(9359862-9360392)
chr7 (215-651)||(42851177-42851614)
chr7 (122-651)||(30465787-30466317)
chr7 (122-651)||(3962784-3963314)
chr7 (184-651)||(25611853-25612321)
chr7 (124-625)||(24268238-24268739)
chr7 (403-636)||(4595535-4595768)
chr7 (386-612)||(23361674-23361899)
chr7 (525-622)||(5865757-5865854)
chr7 (122-274)||(33336830-33336983)
chr7 (669-713)||(11668929-11668973)
[»] scaffold0200 (1 HSPs)
scaffold0200 (122-651)||(27428-27957)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (122-651)||(7436025-7436554)
chr6 (364-651)||(7607250-7607537)
chr6 (122-651)||(32956557-32957087)
chr6 (574-651)||(7597134-7597211)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (122-651)||(32283255-32283785)
chr8 (161-651)||(32577195-32577686)
chr8 (386-607)||(5839153-5839370)
chr8 (381-558)||(14220384-14220559)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (171-621)||(38452213-38452664)
chr2 (124-651)||(23770265-23770793)
chr2 (158-639)||(23797216-23797694)
chr2 (122-651)||(10212938-10213468)
chr2 (525-651)||(24477946-24478072)
chr2 (2-119)||(42636366-42636483)
chr2 (525-620)||(23408211-23408306)
[»] scaffold0011 (1 HSPs)
scaffold0011 (159-651)||(57555-58048)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (122-643)||(27452967-27453495)
chr5 (122-651)||(9609992-9610522)
chr5 (158-651)||(30797288-30797782)
chr5 (122-651)||(29242597-29243127)
chr5 (670-711)||(7958221-7958262)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (124-640)||(54551728-54552244)
chr4 (122-635)||(48445777-48446279)
chr4 (124-651)||(22359729-22360247)
chr4 (122-561)||(26006643-26007082)
chr4 (122-651)||(26429682-26430212)
chr4 (408-651)||(33845714-33845957)
chr4 (484-620)||(17424343-17424479)
chr4 (2-119)||(38553227-38553344)
chr4 (545-643)||(9034441-9034539)
chr4 (585-655)||(26006571-26006641)
chr4 (664-713)||(54852060-54852109)
chr4 (544-651)||(35852701-35852808)
chr4 (664-713)||(54855798-54855847)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (119-651)||(215581-216114)
[»] scaffold0577 (1 HSPs)
scaffold0577 (122-622)||(2718-3219)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (158-651)||(186280-186775)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (122-654)||(46091045-46091563)
chr1 (468-655)||(15303071-15303258)
chr1 (371-502)||(11079310-11079441)
chr1 (670-711)||(25078261-25078302)
[»] scaffold0607 (1 HSPs)
scaffold0607 (122-581)||(4790-5248)
[»] scaffold1351 (1 HSPs)
scaffold1351 (551-651)||(1890-1990)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 51192892 - 51192362
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |    
T  51192892 tgaatcatgatgtggcagttgtacaacaccgtgtgccgggtaactggaattgtatttggagtttaaaattgcccccaaaggtcaagaattttctatggag 51192793  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  51192792 agcttgtcgtacgtgtttgcccacaagaatccgattgcaatcaaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgactttggtgaggatagt 51192693  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  51192692 acccatctgttctttatgtgtgataaaagcaagatttgttggttacagagtggattatggagtgttttgatggctgtttttgatattgatgcaagctttc 51192593  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  51192592 caaccaatgtgtttgctatcttacaacacctggatcaacagcaaaagcaagttttcagtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaacaaagt 51192493  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||    
T  51192492 atggaacaatgttgctgaaacagctcaagccatttgtgctcgtgcaggatctcttcttactagttggaggaatgctcagtctattcgtcatcctatccct 51192393  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  51192392 caacatcccgctacctcgaacgacttgaagt 51192362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 43019375 - 43018845
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |  | | || |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  43019375 tgaatcatgatgtggtagttgtacaaccacgtgtgccgggtaactgaaattgtatttggagcttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcatatggag 43019276  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||| | | |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43019275 agcttgtcgtaattgtttgcccacaagaattagattgcaatcaaaaggagtttagtgtactggtaggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 43019176  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |  |||||| ||||    
T  43019175 acccatttgttctttatgtgtaataaaagcaagatttgttgacaacgtagtggattatggagtcttttgatggctgtttttgatagttctgcaagctttc 43019076  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43019075 caaccaatgtgtttgctatcttacaacacctggaccagcaacaaaagcaactattcagtgtgaccctttggagtatatggaagcatcgaaacaataaggt 43018976  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||  |||| |    
T  43018975 atggaacaatgttactgaaacagctcaagatatttgtgctcgtgcaagatctcttcttactagttggaggaatgctcagactattcgtcatcctatcctt 43018876  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  43018875 caacatcccgctaccccgaacgacttgaagt 43018845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 246 - 651
Target Start/End: Original strand, 21688984 - 21689389
Alignment:
Q  246 agaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatacccatttgttttttatgtgtgata 345  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| | | || ||||| ||| |||    
T  21688984 agaatccgattacaatcaaaaggagttcaatgtactgataggtgtgcaatgtgtgacgatttttgtgaggataatacccgtctattctttatatgtaata 21689083  T
Q  346 aaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttaca 445  Q
    | |||| |||||||||||||| |||||| ||||| |  ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  21689084 atagcatgatttgttggcagcggagtgggttatggaaccttttaatggttgtttttgatactgatgcaagttttccatccaatgtgtttgctatcttata 21689183  T
Q  446 acacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaact 545  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  21689184 acacctggaccaacaacatcagcaagttttcggtgtgactctctggagtatatggaagcatcaaaataataaggtatgaaacaatgtttctgaaacaact 21689283  T
Q  546 caagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatt 645  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||   |||| |||| |  |||| |||||||||| |||||||||| ||||    
T  21689284 caagctatttgtgctcgtgcaagttctcttcttactagttggaggaatgctcagactatttgtcagcctatccatcaacatcccactaccccgaatgatt 21689383  T
Q  646 tgaagt 651  Q
    ||||||    
T  21689384 tgaagt 21689389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 124 - 327
Target Start/End: Original strand, 8457446 - 8457650
Alignment:
Q  124 aatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgat 223  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||| | |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |     
T  8457446 aatcatgatttggcagttgtacaataccgtgtgtcggataactgaaattgtatttggagtttaaaattgcccccaaaggtcaagaatttcctatggaaag 8457545  T
Q  224 cttgtcgtaattgtttg-ccacaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatac 322  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  8457546 tttgtcgtaattgtttgcccacaagaatctgtttgcaatcaaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggcgaggatagtac 8457645  T
Q  323 ccatt 327  Q
    |||||    
T  8457646 ccatt 8457650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 399 - 623
Target Start/End: Original strand, 13443547 - 13443771
Alignment:
Q  399 tttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatat 498  Q
    ||||||| | ||||||| |||| ||| ||| || || |||| ||| |||| ||||| || ||| || | ||| ||||| ||||||| || ||||||||||    
T  13443547 tttgatactaatgcaagctttctaactaatgtgatttctattttaaaacatctggatcagcaacaaaagcaacttttctgtgtgactctatggagtatat 13443646  T
Q  499 ggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctca 598  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||| || |||| | |||| |||||||   | | ||||||||||    
T  13443647 ggaagcatcgaaacaataaggtaaggaacaatgttactaaaacagttcaagctatttgtgatcgtgcaggttctcctcttactaactagtggaatgctca 13443746  T
Q  599 atatattcgtcatcacatccctcaa 623  Q
       ||||||||||| ||||||||||    
T  13443747 gattattcgtcatcccatccctcaa 13443771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 122 - 351
Target Start/End: Original strand, 13441292 - 13441520
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || | | ||  |||||| ||||| ||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||| |    
T  13441292 tgaatcatgatgttgcagttgtacaacatcttgtgctgggtaattggaattgtgtttagagcttaaaattgcctccgaaggttaagaacttcatgtggag 13441391  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgccaca-agaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||||||||||||||||||  | |||||||  ||  || ||||||||||||| | |||  |||||||| ||  ||||||||| |||||||| |||| |    
T  13441392 agcttgtcgtaattgtttgcccaagagaatccgcttagaagcaaaaggagttcagtgtactgataggtgtaca--gtgtgatgaatttggtgaagatagt 13441489  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagca 351  Q
    || ||| |||| |||||||||  ||||||||    
T  13441490 actcatatgttctttatgtgtagtaaaagca 13441520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 515 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 55219272 - 55219136
Alignment:
Q  515 ttaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcac 614  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||| || |||  | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||      
T  55219272 ttagatatggaacaacattactgaaatagctcaagctatttgtgttcgtgcgggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatattcgacatctt 55219173  T
Q  615 atccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||||||||  ||||    |||||||| ||||||||||    
T  55219172 atccctcagaatcctgacaccccgaatgatttgaagt 55219136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 122 - 205
Target Start/End: Original strand, 21688898 - 21688981
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtca 205  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  ||| | || | | ||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21688898 tgaatcatgatgtagcagttgtacaataccgtgtgccagataattggaattgtttttggagtttaaaactgcccccgaaggtca 21688981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 477 - 558
Target Start/End: Original strand, 23484045 - 23484126
Alignment:
Q  477 ggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtg 558  Q
    |||||||| || |||||||| |||||| || |||| ||  |||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  23484045 ggtgtgacgctatggagtatttggaagaatagaaataacaaggtttgtaacaatgttactgaaacatctcaaactatttgtg 23484126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Original strand, 9359862 - 9360392
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9359862 tgaatcatgatgtgacagttgtacatcaccgtgtggaaggtaactggaattgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggag 9359961  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||| |||||||| |||||||  |||||| |    
T  9359962 agcttgtcgtaattgtctgcccacaagaatccgattgcaatcaaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcaatgtgtgattattttggcaaggatagt 9360061  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    |||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  9360062 acccatctgttctttacgtgggataaaagcaagatttgttggcagcggagtggattatgaagtcttttgatggctgtttttgatattgatgcaagctttc 9360161  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||| ||||||||  || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  9360162 caaccaatgtgtttgctatctcataacaccttgaccaacagcaaaagcaagttttcagtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaataaagt 9360261  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||  ||||||    
T  9360262 atggaccaatgttactgaaacagctcaatctgtttgtgctcgtgcatgatctcttcttactagttggaggaatgcccagtctattcgtcatcttatccct 9360361  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  9360362 caacatcccgctatcccgaacgacttgaagt 9360392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 215 - 651
Target Start/End: Original strand, 42851177 - 42851614
Alignment:
Q  215 tatggtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtga 313  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42851177 tatggagagcttgtcgtaattgtttgcccacaagaattagattgcaatcaaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtga 42851276  T
Q  314 ggataatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgca 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||| |  ||||    
T  42851277 ggataatacccatttgttttttatgtgtaataaaagcaagatttgttggcaacgtagtggattatggaatcttttgatgactgtttttgatagttctgca 42851376  T
Q  414 agttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaaca 513  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || | ||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  42851377 agttttccaaccaatgtgtttgctatcttataacacctggaccagcaacaaaagcaagtattcagtgtgaccctttagagtatatggaagcatcgaaaca 42851476  T
Q  514 attaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatca 613  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||     
T  42851477 ataaggtatggaacaatgttactgaaacagctcaagatatttgtactcgtgcaggatctcttcttactagttggaggaatgctcagactattcgtcatcc 42851576  T
Q  614 catccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
     |||| |||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  42851577 tatccttcaacatcccgctaccccgaatgacttgaagt 42851614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Original strand, 30465787 - 30466317
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||| ||| |||||| || |||| | || | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |    
T  30465787 tgaatcatgatttggtagttgttcaacaccgtgtgccaggtaactggaattgtatctggagtttaaaattgcccccgaaagttaagaatttcctttggcg 30465886  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||| |||||||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||||| | |||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  30465887 agcttgccgtaattgcttgcccacgagaattcgtttgcaatctaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcaatgtgtgatgattttggagaggataac 30465986  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    || || ||||| |||||||||  |||||| | | ||||||| || || | ||  ||||| || | |||||||| ||||||||||||| |||  || ||||    
T  30465987 actcacttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctttgttgccaacatattgacttatggagccctttgatggttgtttttgatattaatgtcagctttc 30466086  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||  || | ||| ||||| |||||||||| || ||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  30466087 caaccaatgtatttgctatcctacaacacctggatcagcagcaaaagcaacttttcagtgtgaccctttgaagtatttgaaagcatcgaaacaataaggt 30466186  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    ||| |||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||    
T  30466187 atgaaacaacattactgaaacagctcaagatatttgtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatattcaacatcctatccct 30466286  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||  |||   | |||||||| ||||||||||    
T  30466287 cataatcttgccaccccgaatgatttgaagt 30466317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 3963314 - 3962784
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||| ||||| |||| || |||| | |   |||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||| || ||| |    
T  3963314 tgaatcatgatatggcaattgttcaacaccgtgtactgggtaattggaattgtatctggagtttaaaactgcccccgaaagttaagaattttctttggcg 3963215  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||| || ||||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||||| | |||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||      
T  3963214 agcttgccgcaattgcttgcccacgagaattcgtttgcaatctaaaggagttcagtgtactgacaggtgtgcagtgtgtgatgatttcggagaggatagc 3963115  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    | ||||||||| |||||||||  |||||| | | |||||||||| |  | ||| ||||| || | |||||||| ||| ||||||||| |||  |||||||    
T  3963114 aaccatttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctttgttggcaacgtattggcttatggagccctttgatggctgtctttgatattaatgtcagttttc 3963015  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||  || | ||| | ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  3963014 caaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcagcagcaaaagcaaatcttcagtgtgaccctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggt 3962915  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||  | ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||  | ||||    
T  3962914 atggaacaacatcactgatacagctcaagatatttgtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatattcggcatcctagccct 3962815  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  3962814 caaaatccttccaccccgaatgatttgaagt 3962784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 184 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 25612321 - 25611853
Alignment:
Q  184 ttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattatacca 282  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| || |||| |||||||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||||| | |||      
T  25612321 ttaaaattgcccccgaaagttaagaatttcctttggagagcttgccgtaattgcttgcccacgagaattcgtttgcaatctaaaggagttcagtgtactg 25612222  T
Q  283 ataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaag 382  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || |||||||  | ||||||||| |||||||||  |||||| | | |||||||||| |  | ||| ||||| ||    
T  25612221 acaggtgtgcagtgtgtgatgatttcggagaggatagcaaccatttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctttgttggcaacgtattggcttatggag 25612122  T
Q  383 tcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtg 482  Q
     | |||||||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||  || | ||| |||||  ||||    
T  25612121 ccctttgatggttgtctttgatattaatgtcagttttccaaccaatgtatttgctatcctacaacacctggatcagcagcaaaagcaaattttcaatgtg 25612022  T
Q  483 accctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactg 582  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||     
T  25612021 accctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggcatggaacaacatcactgatacagctcaagatatttgtgctcgtgcaggttctcttcttacta 25611922  T
Q  583 gttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    | ||||||||||||||  ||||||| ||||  | ||||||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  25611921 gctggaggaatgctcagaatattcggcatcctagccctcaaaatccttccaccccgaatgatttgaagt 25611853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 124 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 24268739 - 24268238
Alignment:
Q  124 aatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgat 223  Q
    ||||||||||||| ||||  ||| |||| | |||  ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||| ||||| ||| ||     
T  24268739 aatcatgatgtggaagtttcacaacaccgtgtgttaggtaattggaattgtgtttggagcttaaaattatccccaaaggttaagaacttcctgtggagag 24268640  T
Q  224 cttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatac 322  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||    
T  24268639 cttgtcgtaattgtttgcccacgagaatccgcttgcaatcaaaaggagttcattgtactgataggtgtgcggtgtgtgatgaatttggtgaagatagtac 24268540  T
Q  323 ccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttcca 422  Q
     ||| |||| |||||||||  |||||||| | ||||||||||||| | ||| ||||| || | |||||||  ||  ||||||| | || |||| ||||||    
T  24268539 tcatatgttctttatgtgtagtaaaagcatgctttgttggcagcacattggcttatggagccctttgatgtctgcctttgatactaatacaagctttcca 24268440  T
Q  423 accaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtat 522  Q
     || || |||||||||| |||||||| ||||| || ||  || | ||||| || |||| ||| || ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  24268439 cccgatgtgtttgctattttacaacatctggatcagcagcaaaagcaagtatttggtgggactctatggagtatatggaagcaccaaaacaataaggtat 24268340  T
Q  523 ggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctca 622  Q
    | |||||||||||||| ||| ||||| |||| |||| || | || | || ||||||||| |   ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||    
T  24268339 gaaacaatgttactgatacagctcaaactatctgtgatcgttcaggttc-cttcttactagccagaggaatgctcagattattcgtcatcccatccctca 24268241  T
Q  623 aca 625  Q
    |||    
T  24268240 aca 24268238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 403 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 4595768 - 4595535
Alignment:
Q  403 atattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaa 502  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||  || | ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  4595768 atattgatggaagctttccaaccaatgtgtttgctatcttacaacacccggaccagcagcaaaagcaagttttcagtgtgatcctttggagtatatggaa 4595669  T
Q  503 gcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatat 602  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  4595668 gcatcgaaacaacaaagtatggaacaatgttactgaactagctcaagctatttgtgctcctgcacgatttcttcttactagttggaggaatgctcaatct 4595569  T
Q  603 attcgtcatcacatccctcaacatccctctaccc 636  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  4595568 attcgtcatcctatccctcagcatcccgctaccc 4595535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 386 - 612
Target Start/End: Original strand, 23361674 - 23361899
Alignment:
Q  386 tttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgacc 485  Q
    |||||||| ||| ||||||||| |||  || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||  || | |||  |||| ||||||||    
T  23361674 tttgatggctgtctttgatattaatgtcagctttccaaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcagcagcaaaagcaaactttcagtgtgacc 23361773  T
Q  486 ctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggtt 585  Q
     | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||| |||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| | |    
T  23361774 tt-tggagtatttggaagcatcgaaacaataaggtatggaacaacatcactgatacaactcaagatatttgtgctcatgcaagttctcttcttactagct 23361872  T
Q  586 ggaggaatgctcaatatattcgtcatc 612  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  23361873 ggaggaatgctcaaaatattcgacatc 23361899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 525 - 622
Target Start/End: Original strand, 5865757 - 5865854
Alignment:
Q  525 aacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctca 622  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || | | |||||||||||| |||||| ||||||| |   ||||||||||| |||||||||    
T  5865757 aacaatgttactgaaacagctcaagctatttgtcctcgtgtaagttctcttcttactagttggaagaatgcttagactattcgtcatcccatccctca 5865854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 122 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 33336983 - 33336830
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || | | |  | ||||| |  || ||| ||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| | ||| |    
T  33336983 tgaatcatgatgtggcagttttacaacatcgtgttccaggtaattaaaattgtgtttggagtttaaaattgccactaaaggtaaagaatttcttgtggag 33336884  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttca 274  Q
    | |||| |  ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  33336883 agcttgccacaattgtttgcctacgagaatccgattgcaatcaaaaggcgttca 33336830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 669 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 11668973 - 11668929
Alignment:
Q  669 gtaaatatatgttgaggtgtcaaaagattaagatgcggcaaaatt 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  11668973 gtaaatatatgttgaggtgtcaaaatattaagatggggcaaaatt 11668929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0200 (Bit Score: 307; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: scaffold0200
Description:

Target: scaffold0200; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 27957 - 27428
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |    
T  27957 tgaatcatgatgtggccgttgtacaacaccgtgtgtcgggtaattgaaattgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcatttggag 27858  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    |  |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  27857 agtttgtcgtaattgtttgcccataagaatccgattgcaatcaagaggagtttagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggcgaggatagt 27758  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  27757 acccatttgttcttta-gtgtgataaaagcaagatttattggcagcagagtggattatggagtcttttgatggctgtttttgatattgatgcaagctttc 27659  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| || | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | ||    
T  27658 cagccaatgtgtttgctatcttacaacacttggaccagcaacaaaagcaagttttcagtgtgaccctctagagtatatggaagcattgaaacaataaagt 27559  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||   ||||||    
T  27558 atggaacaatgttactgaaacagctcaagctatttgtgctcgtgcaggatctcttcttactagttggaggaatgctcagtctattcgtcattctatccct 27459  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    || |||||| |||||| |||||| |||||||    
T  27458 cagcatcccgctaccctgaacgacttgaagt 27428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 7436554 - 7436025
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |    
T  7436554 tgaatcatgatgtggcagttgtacaacaccgtgtgccgggtaactggaattgtatttagagtttaaaattgcccccaaaggtcaagaattttctatggag 7436455  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7436454 agcttgtcgtaattgtttgcccacaagaatccgattgcaatcaaaagaagttcagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggatagt 7436355  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  7436354 acccatctgttctttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtgatttatagagtgttttggtggctgtttttgatattgatgcaagctttc 7436255  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | || | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||    
T  7436254 caaccaatgtgtttgctatcttacaacacctggatcaac-acaaaagcaagttttcagtgtgaccctctagagtatatggaagcattgaaacaacaaagt 7436156  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
     |||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||    
T  7436155 ttggaacaatgttaccgaaacagctcaaggcatttgtgctcatgcatgatcttttcttactagttggaggaatgctcagtctattcgtcatcctatccct 7436056  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    || ||||||  |||||||||||| |||||||    
T  7436055 cagcatcccggtaccccgaacgacttgaagt 7436025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 364 - 651
Target Start/End: Original strand, 7607250 - 7607537
Alignment:
Q  364 agcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaata 463  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| | | |||||  |    
T  7607250 agcagagtgaattatggagtgttttgatgactgttttttatattgaggcaagctttccaaccaatgtatttgctatcttacaacacccgaatcaacagca 7607349  T
Q  464 acatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcat 563  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |    
T  7607350 aaaacaagttttcagtgtgaccctctggagtatatggaagcattgaaacaacaaagtatggaacaatgttactgaaacaactcaagtcatttctgctcgt 7607449  T
Q  564 gcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  7607450 gcatgatctcttcttactagttggaggaatgctcagtctattcgtcatcatatccctcagcatcccactacctcgaacgacttgaagt 7607537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Original strand, 32956557 - 32957087
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||| ||||| |||| || |||| | |  ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||| ||| |    
T  32956557 tgaatcatgatatggcaattgttcaacaccgtgtaccgggtaactggaattgtatctggagcttaaaatttcccctgaaagttaagaatttcctttggcg 32956656  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||| |||||||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||||| | |||  | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||      
T  32956657 agcttgccgtaattgcttgcccacgagaattcgtttgcaatctaaaggagttcagtgtactgacaggtgtgtagtgtgtgatgattttggagaggatagc 32956756  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    | ||||||||| |||||||||  |||||| | | |||||||||| |  | ||| ||||| || | |||||||| ||| ||||||||| |||  || ||||    
T  32956757 aaccatttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctttgttggcaacgtactggcttatggagccctttgatggctgtctttgatattaatgtcagctttc 32956856  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||  || | |||  |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  32956857 caaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcagcagcaaaagcaaactttcagtgtgaccctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggt 32956956  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
     ||||||||  | ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||| | ||| |||||||||||  |||||| ||||  | ||||    
T  32956957 gtggaacaacatcactgatacagctcaagatatttgtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggcggaatgctcaaattattcgacatcctagccct 32957056  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||  |||| || |||||||| ||||||||||    
T  32957057 cagaatccttccaccccgaatgatttgaagt 32957087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 574 - 651
Target Start/End: Original strand, 7597134 - 7597211
Alignment:
Q  574 ttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  7597134 ttcttactagttgaaggaatgctcaatctattcgtcatcctatcccttagcatcccgctaccccgaacgacttgaagt 7597211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 32283785 - 32283255
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |    
T  32283785 tgaataatgatgtggcagttgtacaacaccatgtgccgggtaactagaattgtatttggagtttaaaattgcccccaaaggtcaagaattttctatggag 32283686  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    |  || |||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32283685 agtttttcgtaattctttgcccacaagaatctgattgcaatcaaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggatagt 32283586  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  32283585 acccatatgttctttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagcggattatggagtgttttgatggctgtttttgatattgatgcaagctttc 32283486  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  || | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  32283485 caaccaatgtgtttgctatcttacaacacctggatcaacagcaaaagcaaattttcagtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaacaaagt 32283386  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||| | | | |||||||||||  ||||||    
T  32283385 atgaaacaatgttactgaaacagctcaagccatttgtgctcgtgcaggatctcttcttactagttggaagaatgattagtctattcgtcatcctatccct 32283286  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    || |||| | ||||| ||||||| |||||||    
T  32283285 cagcatctcgctacctcgaacgacttgaagt 32283255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 161 - 651
Target Start/End: Original strand, 32577195 - 32577686
Alignment:
Q  161 gtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgca 259  Q
    |||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| || |||| |||||||| ||||| || ||||| |  |||||    
T  32577195 gtaactggaactatatctggagattaaaattgcccccgaaagttaagaatttcctttggcgagcttgccgtaattgcttgcccacgagaattcgtttgca 32577294  T
Q  260 atcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgt 359  Q
    ||| ||||||||||| | ||   | ||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||| |||||||||  |||||| | | ||| |    
T  32577295 atctaaaggagttcagtgtattgacaggtgtgcagtgtgtgatgatttcggagaggatagtaaccatttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctttat 32577394  T
Q  360 tggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaac 459  Q
    ||||| |  | ||| ||||| || | |||||||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| || |    
T  32577395 tggcaacgtattggcttatggagccctttgatggctgtctttgatattaatgtcagttttccaaccaatgtatttgctatcctacaacacctggatcagc 32577494  T
Q  460 aataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgc 559  Q
    |  || | ||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||| ||| |||||| |||||||||    
T  32577495 agcaaaagcaaattttcagtgtgaccctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggtatggaacaacatcactgatacagctcaagatatttgtgc 32577594  T
Q  560 tcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    || |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||  | ||||||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  32577595 tcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatattcggcatcctagccctcaaaatccttccaccccgaatgatttgaagt 32577686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 386 - 607
Target Start/End: Original strand, 5839153 - 5839370
Alignment:
Q  386 tttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgacc 485  Q
    |||||||| | ||||||||||| | |  || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||  ||    | |||  |||  ||||||||    
T  5839153 tttgatggctctttttgatattaaggtcagctttccaaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcacaaa----agcaaactttgagtgtgacc 5839248  T
Q  486 ctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggtt 585  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||||||| | |    
T  5839249 ctttggagtatttggaagcatcgaaacaatatggtatggaacaacattactgaaacaactcaagttatttattctcgtgcatgttctcttcttactagct 5839348  T
Q  586 ggaggaatgctcaatatattcg 607  Q
    |||||||||||||  |||||||    
T  5839349 ggaggaatgctcagaatattcg 5839370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 381 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 14220559 - 14220384
Alignment:
Q  381 agtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtg 480  Q
    ||||| ||||||| ||| ||| ||  || ||||||||| || || ||| |||||||||| |||||| | ||||| |||||||||   |||||  | ||||    
T  14220559 agtctcttgatggttgtctttaatcatgctgcaagtttcccgacaaatgtgtttgctattttacaatatctggatcaacaataaa--caagtccttggtg 14220462  T
Q  481 tgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtg 558  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||| |||| ||  |||| ||||||||| | | |||| |||||||| |||| ||||    
T  14220461 tgaccctatggagtatctagaagcatagaaataacaaggtttggaacaatatcattgaatcaactcaaactatatgtg 14220384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 171 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 38452664 - 38452213
Alignment:
Q  171 atgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaagga 269  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  38452664 atgtatttgaaatttaaaattgccaccgaaggtcaagaattttctatggagagcttgtcgtaattgtttgcccacaagaattcaattgcaatcaaaagga 38452565  T
Q  270 gttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcaga 369  Q
    ||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38452564 gttcagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggatagtatccatttgttctttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcaga 38452465  T
Q  370 gtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatca 469  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||  || | ||    
T  38452464 gtggattatggagtcttttgatggctgtttttgatattgatgcaagctttccaaccaatgtgtttggtatcttacaacacctggaccagcagcaaaagca 38452365  T
Q  470 agttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatga 569  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  38452364 agttttcagtgtgaccctttggagtatatggaagcaccgaaacaataaagtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcgtgcaaga 38452265  T
Q  570 tctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctc 621  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||  |||||||    
T  38452264 tctcttcttactagttggaagaatgctcagtctattcgtcatcctatccctc 38452213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 124 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 23770793 - 23770265
Alignment:
Q  124 aatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgat 223  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| | | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  23770793 aatcacgatgaggcagttgtacatcatcgtgtgccgggtaactggaattgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggagag 23770694  T
Q  224 cttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatac 322  Q
    ||| |||||||| |||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||| ||||  |||||||| ||| ||| |||    
T  23770693 cttatcgtaattatttgcccataagaatctgattgcaatcaaaaggagttcaatgtactgataggtgtgcagtatgtgtggattttggcgagaatagtac 23770594  T
Q  323 ccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttcca 422  Q
     ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23770593 acatatgttctttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcggagtggattatggagtcttttgatggctgtttttgatattgatgcaagttttcca 23770494  T
Q  423 accaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtat 522  Q
    |||| | |||||||||||||||||||| ||||||| ||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  23770493 accactgtgtttgctatcttacaacacttggaccagcaacaaaaacaagttttcagtgtgaccctctggagtatatggaagcatagaaacaataaagtat 23770394  T
Q  523 ggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctca 622  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||  ||| ||||    
T  23770393 ggaacaatgtcactgaaacagctgaagctatttgtgctcgtgcaggatctgttcttactagttggaggaatgctcagtctatgcgtcctcctatcactca 23770294  T
Q  623 acatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
     |||||| |||||||||| || |||||||    
T  23770293 gcatcccgctaccccgaatgacttgaagt 23770265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 158 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 23797694 - 23797216
Alignment:
Q  158 cgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaatt 256  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||| |||||||||| |||    
T  23797694 cgggtaacttgaattgtatttggagtttaaaatttcccccgaaggtcaagaatttcctatgaagagcttgtcataattgtttgcccacaagaatccgatt 23797595  T
Q  257 gcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatt 356  Q
    |||||||||||||||||| | |||  |||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23797594 gcaatcaaaaggagttcagtgtactgatagctgtgcagtatgtgttgattttggcgaggatagtacccatttgttctttatgtgtgataaaagcaagatt 23797495  T
Q  357 tgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggacc 456  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23797494 tgttggcagcagagtggattatggagtcttttgatgactgttttagatattgatgcaagctttccaaccaatgtgtttgctatcttacaacacctggacc 23797395  T
Q  457 aacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttg 556  Q
    | ||| || | |||||||||  |||   ||||| |||||||| | |||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  23797394 agcaacaaaaacaagttttcaatgt---cctcttgagtatattgtagcatcgaaacaataaagtatggaac-atgtcactgaaacaactgaagctatttg 23797299  T
Q  557 tgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccga 639  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||    
T  23797298 tgctcgtgcaggatcccttcttactagttggaggaatgctcagtctattcgtcatcgtatccctcagcatcccgctaccccga 23797216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Original strand, 10212938 - 10213468
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||  | ||| |    
T  10212938 tgaatcatgatgtgtcagttgtacaacaccgtgtgtcgggtaattggaattgtgtttggagcttaaagttgcccccgaaggttaagaactttttgtggag 10213037  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | ||||||||||||||||||| || ||||||   ||||||  |||||||||||| | |||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |    
T  10213038 agcttgtcgtaattgtttgcctacgagaatctgcttgcaagtaaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcggtgtgtgatgaatttggtgaagatagt 10213137  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    || |||||||| |||||||||  |||||||| | | |||||| ||| || ||| ||||| || | |||||||| |   ||||||| | ||||||| ||||    
T  10213138 actcatttgttctttatgtgtagtaaaagcatgctatgttggtagcggattggcttatggagccctttgatggctacctttgatactaatgcaagctttc 10213237  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||  || | ||||| || | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10213238 caaccaatgtgtttgctattttacaacatctggatcaacatcaaaaacaagtatttgatgtgactctatggagtatatggaagcatcgaaacaataaggt 10213337  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||| | |||||||||| | | ||||||||||||||   ||||| |||||  ||||||    
T  10213338 atggaacaatgttactgaaacatctcaagccatttgtgatcgtgcaagttctcttcttagtagctggaggaatgctcagattattcttcatcctatccct 10213437  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    |||||  ||  ||| | ||||||||||||||    
T  10213438 caacactccattacactgaacgatttgaagt 10213468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 525 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 24478072 - 24477946
Alignment:
Q  525 aacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaac 624  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||   |||||||||||  ||||||||||    
T  24478072 aacaatgttactgaaacagttcaagatatttgtgctcgtgcaggatctcttcttaccagttggaggaatgctcagactattcgtcatcctatccctcaac 24477973  T
Q  625 atccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24477972 atcccgctaccccgaacgatttgaagt 24477946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 2 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 42636483 - 42636366
Alignment:
Q  2 gctgcagtaatgataactccaacttggcggactccaacaaatgaaccgatgaaaaactgatatttgggttgtaacatgctggcggactgggtcaatatac 101  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| ||||    
T  42636483 gctgaagtaacgataactccagcttggcagactccaacaaatgaacccatgaaaaactgatatttgtgttgtgacatgttgacggactgggtcaaaatac 42636384  T
Q  102 tactgctggagttgctct 119  Q
    |||  ||| |||||||||    
T  42636383 taccactgtagttgctct 42636366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 525 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 23408306 - 23408211
Alignment:
Q  525 aacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || | |||| || ||||||||| | ||||||||||||||   ||||||||||| |||||||    
T  23408306 aacaacgttaatgaaacaactcaagctatttgtgatcgtacatgttcacttcttactagctggaggaatgctcagattattcgtcatcccatccct 23408211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 159 - 651
Target Start/End: Original strand, 57555 - 58048
Alignment:
Q  159 gggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattg 257  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||| || |||||||||| |||     
T  57555 gggtaactgaaattgtatttggagtttaaaattgcccccgaagatcaagaattttctatggagagcttgtcgtaattgttttcccacaagaatccgatta 57654  T
Q  258 caatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagattt 357  Q
     |||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  57655 taatcaaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggatagtagccatttgttctttatgtgtgataaaagcaagaatt 57754  T
Q  358 gttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggacca 457  Q
    ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  57755 gttggaagtggagtggattatggagtcttttgatggttgttttttatattgatgcaagctttctaaccaatgtgtttgctatcttacaatacctggacca 57854  T
Q  458 acaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgt 557  Q
     ||  || | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  57855 gcagcaaaaacaagttttcagtgtgaccctttggagtatatggaagcatcgaaacaataaagtatggaacaatgttactaaaacagctcaagctatttgt 57954  T
Q  558 gctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||| |||||||    
T  57955 gctcgtgcataatctcttcttactagttgaaggaatgctcaatttatttgtcatcctattcctcagcatcccgcgaccccgaacgacttgaagt 58048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 277; Significance: 1e-154; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 122 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 27453495 - 27452967
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||  | || |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  27453495 tgaatcatgatgtggcagttgtagaacactgtgtgccgggtaactaaaattgtatttggagtttaaaattgcccccaaaggtcaagaatttcttatggag 27453396  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |    
T  27453395 agcttgtcgtaattgtttgcccacaagaattcgattgcaatcaaaaggagttcattgtactgatatgtgtgcaatatgtgatgattttggtgaggatagt 27453296  T
Q  321 acccatt-tgttttttatg-----tgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaa 414  Q
    ||||||  || |   | ||     ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27453295 acccatactgataggtgtgcagtatgtgataaaagcaagatttgttgtcagcggagtggattatggagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaa 27453196  T
Q  415 gttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaa 514  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| || | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27453195 gttttccatccaatgtgtttgctatcttacaacacctcgaccagcaacaaaagcaagttttcagtgtgaccctttggagtatatggaagcatcgaaacaa 27453096  T
Q  515 ttaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcac 614  Q
    | | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||      
T  27453095 taaagtatgggacaatgttactgaaacaactcaaactatttgtgctcgtgcaagatctcttcttactagttggaagaatgctcagtctattcgtcatcct 27452996  T
Q  615 atccctcaacatccctctaccccgaacga 643  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  27452995 atccctcaacatcccgctactccgaacga 27452967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 9610522 - 9609992
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||| ||||| |||| || |||| | |  ||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| || |||||||| || |||||    
T  9610522 tgaatcatgatatggcaattgttcaacaccgtgtaccgggtaattggaattgtatctggagcttaaaactgcccccgaaagttaagaattttctttggtg 9610423  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||| || ||||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||||| | |||  | ||||||||||||||||||||||| || ||| |||      
T  9610422 agcttgccgcaattgcttgcccacgagaattcgtttgcaatctaaaggagttcagtgtactgacaggtgtgcagtgtgtgatgatttcggagagtatagc 9610323  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    | ||||||||| |||||||||  |||||| | | |||||||||| |  | ||| ||||| || | |||||||| ||| ||||||||| |||  |||||||    
T  9610322 aaccatttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctttgttggcaacgtattggcttatggagccctttgatggctgtctttgatattaatgtcagttttc 9610223  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||| || | ||| | ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9610222 caaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcagcaacaaaagcaaatcttcagtgtgaccctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggt 9610123  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||  | ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||  | ||||    
T  9610122 atggaacaacatcactgatacagctcaagatatttgtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatattcggcatcctagccct 9610023  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  9610022 caaaatccttccaccccgaatgatttgaagt 9609992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 158 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 30797782 - 30797288
Alignment:
Q  158 cgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaatt 256  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| || |||| |||||||| ||||| |  ||||| |  ||    
T  30797782 cgggtaactggaattgtatctggagcttaaaattgcccccgaaagttaagaatttcctttggcgagcttgccgtaattgcttgcccatgagaattcgttt 30797683  T
Q  257 gcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatt 356  Q
    |||||| ||||||||||| |  ||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||  | ||||||||| ||||||||   |||||| | | ||    
T  30797682 gcaatctaaaggagttcaatgcactgacaggtgtgcagtgtgtgatgatttcggagaggatagcaaccatttgttctttatgtgcagtaaaagtatgctt 30797583  T
Q  357 tgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggacc 456  Q
    |||||||| || | ||| ||||| || | |||||||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  30797582 tgttggcaacatattggcttatggagccctttgatggctgtctttgatattaatgtcagttttccaaccaatgtgtttgctatcttacaacacctggatc 30797483  T
Q  457 aacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttg 556  Q
    | ||  || | ||| ||||  ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||| ||  |||||| ||||||    
T  30797482 agcagcaaaagcaaatttttagtgtgactctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggtatggaacaacatcactgataccgctcaagatatttg 30797383  T
Q  557 tgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||  | ||||||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  30797382 tgctcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatattcggcatcctagccctcaaaatccttccaccccgaatgatttgaagt 30797288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 29243127 - 29242597
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||| |||| || |||| | |  ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||| |    
T  29243127 tgaatcatgatgtggcaattgttcaacaccgtgtaccgggtaactggaactgtatctggagcttaaaaatgcccccgaaagttaagaatttcctttggcg 29243028  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||| |||||||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||| | | |||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  29243027 agcttgccgtaattgcttgcccacgagaattcgcttgcaatctaaaggagtttagtgtactgacaggtgtgcagtgtgtgatgattttggagaggataac 29242928  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    || ||||| || |||||||||  |||||| | | |||||||||| || | ||| ||||| |  | ||||| || ||| ||||||||| |||  |  ||||    
T  29242927 actcattttttctttatgtgtagtaaaagtatgctttgttggcaacatattggtttatggaaccctttgacggctgtctttgatattaatgtcaactttc 29242828  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||  || | ||| | ||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29242827 caaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcagcagcaaaagcaaatgttcagtgtgaccctttggattatttggaagcatcgaaacaataaggt 29242728  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||  | ||||| ||| | |||| ||||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||   ||||||    
T  29242727 atggaacaacatcactgacacagcccaagatatttgtgctcgtgcagggtctcttcttactagctggaggaatgctcaaaatattcgacattctatccct 29242628  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||  |||| || |||||||| ||||||||||    
T  29242627 cagaatccttccaccccgaatgatttgaagt 29242597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 670 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 7958262 - 7958221
Alignment:
Q  670 taaatatatgttgaggtgtcaaaagattaagatgcggcaaaa 711  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  7958262 taaatatatgttgaggtgtcaaaatattaagatgaggcaaaa 7958221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 124 - 640
Target Start/End: Original strand, 54551728 - 54552244
Alignment:
Q  124 aatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgat 223  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| | || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||| ||     
T  54551728 aatcatgacgtggcagttgtacatcaccgtgtgccggataactggacatgtatttggagtttaaaatttccctcgaaagtcaagattttcctatggagag 54551827  T
Q  224 cttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatac 322  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||    
T  54551828 cttgtcgtaattgtttgcccacaagaatccgattgcaatcaaaaggagttcagtgtactgataagtgtgcagtgcgtgatgattttgctgaggatagcac 54551927  T
Q  323 ccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttcca 422  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||| | ||||| ||||||||  ||||||||||    
T  54551928 ccatttattctttatgtgtaataaaagcatgatttgttggcagcgtagtggattatggattcttttgatggctattttttatattgatttaagttttcca 54552027  T
Q  423 accaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtat 522  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  54552028 accaacgtgtttgctatcttacaacacctggatcaacaacaaaagcaagttttcagtgtgaccc-ctggagtatatggaagcatcgaaacaataaggtat 54552126  T
Q  523 ggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctca 622  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| | ||||||||||||||   |||||||||||  ||||||||    
T  54552127 ggaacaatgttactaaaacagctcaagctatttgtgctcgtgtaggatgtcttcttactagatggaggaatgctcagactattcgtcatcctatccctca 54552226  T
Q  623 acatccctctaccccgaa 640  Q
     |||||| ||||||||||    
T  54552227 gcatcccgctaccccgaa 54552244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 122 - 635
Target Start/End: Original strand, 48445777 - 48446279
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| | || || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  48445777 tgaatcatgatgtggcagttgtacaacaccgtgtgccgagtaactggaattgtatttggattttaaaattgcccccaaaggtcaagaatttcgtatggag 48445876  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||            ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| |    
T  48445877 agcttgtcgtaattgtttgcccacaagactccgattgcaatcaaaagtagtt------------aggtgtgcaatatgtgttgattttggcgaggatagt 48445964  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  48445965 acccatctgttctttatgtgtgataaaagaaagatttgttggcagcggagtggattatggagtcttttgatgactgtttttgatattgatgcaagctttc 48446064  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||    
T  48446065 caacaaatgtgtttgctatcttacaacacctggaccagcaacaaaaacaagttttcagtgtaactctctggagtatatggaagcatcgaaataataaagt 48446164  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||    
T  48446165 atggaacaatgtcactgaaacagctcaagctatttgttctcgtgcaggatctcttcttactagttggaggaatgctcagtcaattcgtcatcctatccct 48446264  T
Q  621 caacatccctctacc 635  Q
    || |||||| |||||    
T  48446265 cagcatcccgctacc 48446279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 124 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 22360247 - 22359729
Alignment:
Q  124 aatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgat 223  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |||  | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  22360247 aatcatgaggtggaagttgtacaacacg-tgtgtcgggtaactggaattatatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcttatggagag 22360149  T
Q  224 cttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatac 322  Q
    |||||| ||||||||  || | ||||||   |||||||||||||||||||||   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22360148 cttgtcataattgttaacccataagaatatgattgcaatcaaaaggagttcagagtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggatagtac 22360049  T
Q  323 ccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttcca 422  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||    |||||||||||||||||  ||||||    
T  22360048 ccatatgttctttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcaacggagtggattatggagtcttttgatggcaacttttgatattgatgcaacctttcca 22359949  T
Q  423 accaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtat 522  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  |||||  || || | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  22359948 accaatgtgtttgctatcttacaacaccgagaccagtaacaaaagcaagttttcagtgtgatcctctggagtatatggaagcatcgaaacaataaagtat 22359849  T
Q  523 ggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctca 622  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||         |||||||| | |||||||||||  ||||||||    
T  22359848 gaaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcaagatctcttcctact---------aatgctcagtctattcgtcatcctatccctca 22359758  T
Q  623 acatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||||||| |||| ||||| || |||||||    
T  22359757 acatcccgctacgccgaatgacttgaagt 22359729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 122 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 26007082 - 26006643
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  | || ||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||| ||||| |    
T  26007082 tgaatcatgatgtggcagttgtacaacactgtgtgccggctaactgaaattgtatttggagtttaaaatttccctcgacgatcaagaatttcatatggag 26006983  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | ||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| | | |||  ||||||||||| ||| |||||||||||| || |||| |    
T  26006982 agcttgtcgaaattgtttgcccacaagaatctgattgcaatcaaaaggagtttagtgtactgataggtgtgcaatgtatgatgattttggcgatgatagt 26006883  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    |||||| | || |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  26006882 acccatctattcttta-gtgtgatataagcaagatttgttggcagcagagcggattatggagtcttttgattgttgtttttgatgttgatgcaagttttc 26006784  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||| || | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||    
T  26006783 caaccaatgtgttttctatcttacaacaccttgaccagcaacaaaagcaagttttcagtgtgaccctctggactatatggaagcatcgaaactataaagt 26006684  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctc 561  Q
    ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  26006683 atgtaacaatgttactgaaacagcttaagctatttgtgctc 26006643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 122 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 26430212 - 26429682
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||| ||||| |||| || |||| | |  ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |    
T  26430212 tgaatcatgatatggcaattgttcaacaccgtgtaccgggtaactggaattgtatctggagcttaaaattgcccccgaaagttaagaatttcctttggcg 26430113  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||| ||  |||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||||| | |||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  26430112 agcttgccgcgattgcttgcccacgagaattcgtttgcaatctaaaggagttcagtgtactgacaggtgtgcagtgtgtgatgattttggagaggatagc 26430013  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    | ||||||||| |||||||||  |||||| | | |||||||||| |  | ||| ||||| || | |||||||| ||| ||||||||  |||  |||||||    
T  26430012 aaccatttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctttgttggcaacgtattggcttatggagccctttgatggctgtctttgatatcaatgtcagttttc 26429913  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||  || | ||| | ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26429912 caaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcagcagcaaaagcaaatcttcagtgtgaccctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggt 26429813  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||  | ||||| |||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||  | ||||    
T  26429812 atggaacaacatcactgatacaactcaagatatttgtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatattcggcatcctagccct 26429713  T
Q  621 caacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    ||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  26429712 caaaatccttccaccccgaatgatttgaagt 26429682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 408 - 651
Target Start/End: Original strand, 33845714 - 33845957
Alignment:
Q  408 gatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatc 507  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33845714 gatgcaaactttccaaccaatgtgtttgttatcttacaacacctggatcaacaacaaaaacaagttttcagtgtgaccctctggagtatatggaagcatc 33845813  T
Q  508 gaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcg 607  Q
    |||||||  | ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  33845814 gaaacaacaaagtatgaaacaatgttgctgaaacagctcaagccatttgtgttcgtgcaggatcttttcttactagttggaggaatgcccaatctattcg 33845913  T
Q  608 tcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    |||||  |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||    
T  33845914 tcatcctatccctcagcatcccggtacctcgaacgacttgaagt 33845957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 484 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 17424479 - 17424343
Alignment:
Q  484 ccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactgg 583  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |    
T  17424479 ccctttggagtatatggaagcatcgaaacaataaggtatgtaacaatgttactgaaacagcttaagctatttgtgctcgtgcaagttctcttcttactag 17424380  T
Q  584 ttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
     ||||||||||||||   ||||||||||| |||||||    
T  17424379 atggaggaatgctcagactattcgtcatctcatccct 17424343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 119
Target Start/End: Original strand, 38553227 - 38553344
Alignment:
Q  2 gctgcagtaatgataactccaacttggcggactccaacaaatgaaccgatgaaaaactgatatttgggttgtaacatgctggcggactgggtcaatatac 101  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  38553227 gctgaagtaacgataactccagcttggcggactccaacaaatgaactcatgaaaaactgatatttgggttgtgacatgctggcggattgggtcaaaatac 38553326  T
Q  102 tactgctggagttgctct 119  Q
    |||   ||||||||||||    
T  38553327 taccagtggagttgctct 38553344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 545 - 643
Target Start/End: Original strand, 9034441 - 9034539
Alignment:
Q  545 tcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacga 643  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||  |||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  9034441 tcaagctatctgtgctcgtgcatgatctcttcttattagttggaggaatgctcaatctatttgtcatcctatccttcagcatcccgctaccccgaacga 9034539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 585 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 26006641 - 26006571
Alignment:
Q  585 tggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagtagat 655  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  26006641 tggaggaatgctcagtctattcgtcatcctatccctcagcatcccgctaccccgaacgacttgaagtagat 26006571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 664 - 713
Target Start/End: Original strand, 54852060 - 54852109
Alignment:
Q  664 aaagagtaaatatatgttgaggtgtcaaaagattaagatgcggcaaaatt 713  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  54852060 aaagggtaaatatatgttgaggtgtcaaaagattaagatggggcaaaatt 54852109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 544 - 651
Target Start/End: Original strand, 35852701 - 35852808
Alignment:
Q  544 ctcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacga 643  Q
    |||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||  ||||  ||||||||  ||||  | |||||||| ||    
T  35852701 ctcaagatatttgtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaaggctcaaaatattcaacatcctatccctcagaatcctgccaccccgaatga 35852800  T
Q  644 tttgaagt 651  Q
    ||||||||    
T  35852801 tttgaagt 35852808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 664 - 713
Target Start/End: Original strand, 54855798 - 54855847
Alignment:
Q  664 aaagagtaaatatatgttgaggtgtcaaaagattaagatgcggcaaaatt 713  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  54855798 aaagggtaaatatatgccgaggtgtcaaaagattaagatgaagcaaaatt 54855847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 262; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 119 - 651
Target Start/End: Original strand, 215581 - 216114
Alignment:
Q  119 ttatgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatg 218  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||| |||| | |||| ||||||| ||  ||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  215581 ttatgaatcatgatatggaagttttacaacaccgtgtgtcaggtaactcgagttgtatttggagattaaaatttccctcgaagttcaagaatttcctatg 215680  T
Q  219 gtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggat 317  Q
    | || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  215681 gagagcttgtcgtaattgtttgcccacaagaatccgattgcaatcaaaaggagttcagtgtattgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggcgaggat 215780  T
Q  318 aatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagtt 417  Q
      | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |    
T  215781 ggtgcccatttgttctttatgtgtgataaaatcaagattttttggcagcggagtggattatggagtcttttgatgactgtttttgattttgatgcaagct 215880  T
Q  418 ttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaatta 517  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||  || | ||||||||| |||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  215881 ttccaaccaatgtgtttgctaccttacaacacctggaccagcagcaaaagcaagttttcagtgtgatcctttagagtaaatggaagcatcgaaacaataa 215980  T
Q  518 ggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatc 617  Q
     |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||  |||    
T  215981 agtatggaacaatattactgaaatagctcaaactatttgttctcgggcatgatctcttcttactagttggaggaatgctcagtcaattcgtcatcctatc 216080  T
Q  618 cctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    |||||||||||| ||| |||||| || |||||||    
T  216081 cctcaacatcccgctaacccgaatgacttgaagt 216114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0577 (Bit Score: 174; Significance: 4e-93; HSPs: 1)
Name: scaffold0577
Description:

Target: scaffold0577; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 122 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 3219 - 2718
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||| | || ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| |    
T  3219 tgaatcatgatgtggcagttgttcaacaccgtgtgccgggtaactggaattgtatctagagtttaaaattgcccccgtaagtaaagaatttcctttggcg 3120  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttg-ccacaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | |||| |||||||| ||| |||| |||||||  |||||||| ||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3119 agcttgccgtaattgcttgtccacgagaatccgtttgcaatctaaaggagttcagtgtactgataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggatagt 3020  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||||| | | |||| ||||| |  | ||| ||||| || | |||||||| ||||||||||||| |||  || ||||    
T  3019 actcatttgttctttatgtgtaataaaagtatgctttgctggcaacgtattggtttatggagccctttgatggctgtttttgatattaatgtcagctttc 2920  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| || ||| ||   ||| | | |  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  2919 caaccaatgtgtttacaatcctacaacacctggatcagcaacaaacgcaaatgtccaatgtgaccctctagagtatttggaagcatcgaaacaataaggt 2820  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccct 620  Q
    |||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | | |||| ||||  | ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| ||    
T  2819 atggaacaacattaccgaaacagctcaagctatttgtgctcgtgcaggttatctttttaccagctggaggaatgctcagaatattcgacatcatatctct 2720  T
Q  621 ca 622  Q
    ||    
T  2719 ca 2718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 152; Significance: 5e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 158 - 651
Target Start/End: Original strand, 186280 - 186775
Alignment:
Q  158 cgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtgatcttgtcgtaattgtttgcc-acaagaatccaatt 256  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| || |||| |||||||| ||||| || ||||| |  ||    
T  186280 cgggtaattggaactgtatctggagcttaaaattgcccccgaaagttaagaatttcctttggcgagcttgccgtaattgcttgcccacgagaattcgttt 186379  T
Q  257 gcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataatacccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatt 356  Q
    |||||| ||||||||||| | |||  | |||||||||||||||||||||||  | |||||||  | ||||||||| |||||||||  |||||| | | ||    
T  186380 gcaatctaaaggagttcagtgtactgacaggtgtgcagtgtgtgatgatttcagagaggatagcaaccatttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctt 186479  T
Q  357 tgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggacc 456  Q
    |||||||| |  | |||  |||| || | |||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |    
T  186480 tgttggcaacgtattggcatatggagccctttgatggctgtttttgatattaatgtcagttttccaaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatc 186579  T
Q  457 aacaataacatc-aagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctattt 555  Q
    | ||  || | | || ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| ||| |||||| |||||    
T  186580 agcagcaaaagcaaatttttcagtgtgaccctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggtattgaacaacatcactgatacagctcaagatattt 186679  T
Q  556 gtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagt 651  Q
    |||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||| | ||||  | ||||||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  186680 gtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatatttggcatcctagccctcaaaatccttccaccccgaatgatttgaagt 186775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 133; Significance: 1e-68; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 122 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 46091563 - 46091045
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||| |||| || |||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| || ||||||||||| ||| |    
T  46091563 tgaatcatgatgtggcaattgttcaacaccatgtgccgggtaactggaattgtatctggagtttataattgccctcgaaagttaagaatttcctttggcg 46091464  T
Q  222 atcttgtcgtaattgtttgccacaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataata 321  Q
    | |||| |            ||| ||||||   |||||||| ||||||||| | | |||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  46091463 agcttgcc------------cacgagaatctgtttgcaatctaaaggagtttagtgtactgataggtgtgcaatgtgtgatgattttggagaggataaca 46091376  T
Q  322 cccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttcc 421  Q
    | ||||| || |||  ||||  |||||| | | |||||||||| |  | ||| ||||| || | |||||||| ||||||||||||| |||  || |||||    
T  46091375 ctcatttattcttt--gtgtagtaaaagtatgctttgttggcaacgtattggcttatggagccctttgatggttgtttttgatattaatgtcagctttcc 46091278  T
Q  422 aaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggta 521  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||  || | ||| ||||| |||||||||| || ||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  46091277 aaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcagcagcaaaaacaacttttcagtgtgaccctttgaagtatttgaaagcatcgaaacaataaggta 46091178  T
Q  522 tggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctc 621  Q
    ||||||||  ||||||||||  |||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||| | |||| |||||||||  ||||||  ||||  |||||||    
T  46091177 tggaacaacattactgaaacggctcaagatatttgtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggatgaatgctcataatattcaacatcctatccctc 46091078  T
Q  622 aacatccctctaccccgaacgatttgaagtaga 654  Q
    |  ||||  | |||||||| |||||||||||||    
T  46091077 agaatcctgccaccccgaatgatttgaagtaga 46091045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 468 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 15303258 - 15303071
Alignment:
Q  468 caagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggtatggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcat 567  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||  || |     
T  15303258 caagttttcagtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaataaagtatggaacaatattactgaaacagctcaagttatttgtgcttgtggag 15303159  T
Q  568 gatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaagtagat 655  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||  |||||| ||||| ||||||| ||||| |||||    
T  15303158 gatctcttcttactagttggaggattgctcagactattcgtcatcatatccctcggcatcccgctacctcgaacgacttgaaatagat 15303071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 371 - 502
Target Start/End: Original strand, 11079310 - 11079441
Alignment:
Q  371 tggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttccaaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaa 470  Q
    ||||||||| |||  ||| |||| |||||| |||  ||||| |||||||   || ||| |||||||||| |||||||| || || |||||| || |  ||    
T  11079310 tggattatgcagtgattttatggttgttttcgatcatgatgtaagttttttgactaatgtgtttgctattttacaacatctagatcaacaacaaaagtaa 11079409  T
Q  471 gttttcggtgtgaccctctggagtatatggaa 502  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||    
T  11079410 gtgtttggtgtgaccctctggagtatttggaa 11079441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 670 - 711
Target Start/End: Original strand, 25078261 - 25078302
Alignment:
Q  670 taaatatatgttgaggtgtcaaaagattaagatgcggcaaaa 711  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  25078261 taaatatatgttgaagtgtcaaaatattaagatggggcaaaa 25078302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0607 (Bit Score: 130; Significance: 7e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0607
Description:

Target: scaffold0607; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 122 - 581
Target Start/End: Original strand, 4790 - 5248
Alignment:
Q  122 tgaatcatgatgtggcagttgtacatcaccatttgtcgggtaactggaaatgtatttggagtttaaaattgcccccgaaggtcaagaatttcctatggtg 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||  | |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||  ||| || ||||||||||| ||| |    
T  4790 tgaatcatgatgtggcaattgtacaacaccgtgtgctgcgtaaatggaattgtatctggagtttaagattgccc--gaaagtgaagaatttcctttggcg 4887  T
Q  222 atcttgtcgtaattg-tttgccacaagaatccaattgcaatcaaaaggagttcattataccaataggtgtgcagtgtgtgatgattttggtgaggataat 320  Q
    | ||||  ||||||| ||| |||| ||||||   |||||||| ||||||||| | | |||  |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||      
T  4888 agcttgctgtaattgctttcccacgagaatctgtttgcaatctaaaggagtttagtgtactgataggtatgcagtgtgtgatgatattggagaggatagc 4987  T
Q  321 acccatttgttttttatgtgtgataaaagcaagatttgttggcagcagagtggattatgaagtcttttgatggatgtttttgatattgatgcaagttttc 420  Q
    || |||||||| |||||||||  |||||| | | |||||||||| |  | ||| ||||| || | |||||||| ||||||| ||||| |||  || |||     
T  4988 actcatttgttctttatgtgtagtaaaagtatgctttgttggcaacgtattggcttatggagccctttgatggttgttttttatattaatgtcagctttt 5087  T
Q  421 caaccaatatgtttgctatcttacaacacctggaccaacaataacatcaagttttcggtgtgaccctctggagtatatggaagcatcgaaacaattaggt 520  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||| || | ||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5088 caaccaatgtgtttgctatcctacaacacctggatcagcaacaaaagcaaattttcagtgtgaccctttggagtatttggaagcatcgaaacaataaggt 5187  T
Q  521 atggaacaatgttactgaaacaactcaagctatttgtgctcatgcatgatctcttcttact 581  Q
    |  ||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| | |||| |||||||    
T  5188 agagaacaacattactgaaacagctcaagctatttatgctcgtgcaggttctcatcttact 5248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1351 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold1351
Description:

Target: scaffold1351; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 551 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 1990 - 1890
Alignment:
Q  551 tatttgtgctcatgcatgatctcttcttactggttggaggaatgctcaatatattcgtcatcacatccctcaacatccctctaccccgaacgatttgaag 650  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||  | ||||||| |||| || |||||||| |||||||||    
T  1990 tatttgtgctcgtgcaggttctcttcttactagctggaggaatgctcagaatattcggcatcctagccctcaaaatccttccaccccgaatgatttgaag 1891  T
Q  651 t 651  Q
    |    
T  1890 t 1890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University