View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11783_low_2 (Length: 375)

Name: NF11783_low_2
Description: NF11783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11783_low_2
NF11783_low_2
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (4-362)||(7714128-7714486)
chr4 (1-362)||(7129138-7129499)
chr4 (4-353)||(7527767-7528116)
chr4 (4-362)||(7481639-7481997)
chr4 (4-362)||(7722415-7722773)
chr4 (1-353)||(7494050-7494402)
chr4 (4-316)||(7506351-7506663)
chr4 (4-353)||(7519717-7520066)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-335)||(16750451-16750769)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 362
Target Start/End: Original strand, 7714128 - 7714486
Alignment:
Q  4 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714128 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 7714227  T
Q  104 ttaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatg 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714228 ttaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttgaaagaaaagagaagttggttggatgatg 7714327  T
Q  204 agaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatc 303  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||     
T  7714328 agaagaagatgcaaacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcacctcaggtcttccgtgttgaagtaattgagaaagtcatcggcatcata 7714427  T
Q  304 aagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7714428 aagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctccctgct 7714486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Original strand, 7129138 - 7129499
Alignment:
Q  1 ctttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7129138 ctttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttgta 7129237  T
Q  101 aaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatg 200  Q
    ||||||||   |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  7129238 aaattaaagactctcttatcaaaattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatg 7129337  T
Q  201 atgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  7129338 atgagaagaagatgcgaacctttttagccttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttaaagtcatcaagcaagtcatcggcatc 7129437  T
Q  301 atcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 362  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  7129438 atcaagagcatccttgagcttttccaaccagagttgaacttgatggttgttggctccctgct 7129499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 4 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 7528116 - 7527767
Alignment:
Q  4 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 103  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  7528116 tttcttttcctcatctcttccaataacatcttctgcactaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttgtaaaa 7528017  T
Q  104 ttaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatg 203  Q
    |||||   |||||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  7528016 ttaaagactctcttatcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatg 7527917  T
Q  204 agaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatc 303  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7527916 agaagaagatgcggacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcagttcttccgtgttgaagtaatcgagaaagtcatcggcatcatc 7527817  T
Q  304 aagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 353  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7527816 aaaagcatctttgagattttccagccatagttgaacttgatggttgttgg 7527767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 7481997 - 7481639
Alignment:
Q  4 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  7481997 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtacgatttgtaaaa 7481898  T
Q  104 ttaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatg 203  Q
    |||||| |||||| |  | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  7481897 ttaaaaattctctgaccaacattaagagcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatg 7481798  T
Q  204 agaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatc 303  Q
    |||||||||||  || ||||||||| ||||||| | || |||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7481797 agaagaagatgtaaaactttttagccttcttgttactggtcatgacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcatcatc 7481698  T
Q  304 aagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 362  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  7481697 aagagcatctttgagcttttccagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgct 7481639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 362
Target Start/End: Original strand, 7722415 - 7722773
Alignment:
Q  4 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7722415 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtctcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 7722514  T
Q  104 ttaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatg 203  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||    
T  7722515 ttaaaacttctcttatcaatattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggatgatg 7722614  T
Q  204 agaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatc 303  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  7722615 agaagaagatgcaaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcatcatc 7722714  T
Q  304 aagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 362  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  7722715 aagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgct 7722773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 7494402 - 7494050
Alignment:
Q  1 ctttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  7494402 ctttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcacgatttgta 7494303  T
Q  101 aaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatg 200  Q
    ||||||||   |||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  7494302 aaattaaagactctcttagcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatg 7494203  T
Q  201 atgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatc 300  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  7494202 atgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacctgtcgcctcaagtcttccgtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcatc 7494103  T
Q  301 atcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 353  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  7494102 atcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttgg 7494050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 7506663 - 7506351
Alignment:
Q  4 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506663 tttcttctcctcatctcttccaataacttattcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 7506564  T
Q  104 ttaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatg 203  Q
    |||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  7506563 ttaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttggatgatg 7506464  T
Q  204 agaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatc 303  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  7506463 agaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagcatcatc 7506364  T
Q  304 aagagcatctttg 316  Q
    |||||||||||||    
T  7506363 aagagcatctttg 7506351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 4 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 7520066 - 7519717
Alignment:
Q  4 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 103  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7520066 tttcttctcctcctctcttccaataacttcttctgcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaag 7519967  T
Q  104 ttaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatg 203  Q
    ||||||||||| |||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  7519966 ttaaaacttcttttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattatctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatg 7519867  T
Q  204 agaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatc 303  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  7519866 agaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttacaggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcaagcaagttatcggcatcatc 7519767  T
Q  304 aagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 353  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  7519766 aagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttgg 7519717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 335
Target Start/End: Original strand, 16750451 - 16750769
Alignment:
Q  17 tctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctct 116  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||  ||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||| || ||     
T  16750451 tctcttcctatgactttttcctcacgaatgaaggaatgagttactctctgcctcataactcgtttctcaggagtgtgattagtaaaattgaaaattttcc 16750550  T
Q  117 tattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcg 216  Q
    ||| | | |||||  ||||||||| ||| || |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  16750551 tatcaacgttaagaccctcaattcgcttcctaagtttcttaattttctgagccatgttaaacgaaaagagaagctggttggaagaggataagaagatgcg 16750650  T
Q  217 aacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttg 316  Q
    |||||||||||| |||||||  ||  |||  ||||| |||  || |||||| ||    |  | ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  16750651 aacctttttagccttcttgtcttttgtcagtacttgacgctacaagtcttcagtaaaaacatcatcaagcaagtcatcagcatcatcaagagtatctttg 16750750  T
Q  317 agattttccagccatagtt 335  Q
    || || |||| ||||||||    
T  16750751 agcttctccacccatagtt 16750769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University