View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11783_low_6 (Length: 231)

Name: NF11783_low_6
Description: NF11783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11783_low_6
NF11783_low_6
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-231)||(4890992-4891222)
chr8 (1-231)||(21440203-21440433)
chr8 (1-231)||(4735980-4736210)
chr8 (1-231)||(4725508-4725735)
chr8 (1-228)||(4702743-4702967)
chr8 (1-228)||(4995540-4995764)
chr8 (1-231)||(4744984-4745206)
chr8 (1-230)||(4688245-4688471)
chr8 (1-230)||(4914149-4914375)
chr8 (1-230)||(10445992-10446221)
chr8 (1-231)||(4777194-4777421)
chr8 (1-231)||(4714076-4714303)
chr8 (1-231)||(4925878-4926105)
chr8 (1-230)||(4680611-4680837)
chr8 (1-184)||(4875985-4876165)
chr8 (1-128)||(4905034-4905158)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 4890992 - 4891222
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4890992 acaagacatggttgtatgtaatctagcgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 4891091  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4891092 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 4891191  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4891192 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 4891222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21440203 - 21440433
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| |||  |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21440203 acaagacatggttttatgtaatctactgatggagtgtaaataatctccttgatagtgatgtgtgatgcattggagaacaacttcactgtatcccacacat 21440302  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||    
T  21440303 tagctccaaaatgaagatcaaattgtggtggttcatttagattatcatagtttccataatagaaagaagctcttattaaatatttagtaccacttgttac 21440402  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 231  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21440403 atttattttgtaacagtttctcactccactt 21440433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 4736210 - 4735980
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| || |  ||| ||| |||||||| ||  |||||    
T  4736210 acaaaacatggttgtatgtaatcttgtgatggagtataaatgatttccctgtatgtgaagtgtgatgtatggttggagaacctcactgtagccaccacat 4736111  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4736110 taggtccaaaatgaagatcaaattgtggtggcttgtctaaaccatcatagcttccataaagaaaagtagctctgattaaatatttagtaccacttgttac 4736011  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 231  Q
    | |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4736010 atttattttgtaacaatttctcactccactt 4735980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 4725735 - 4725508
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  ||||| | | |||  ||||| |   || || || |||||||| ||||    
T  4725735 acaagacatggttgtatgtaatctagtgatggagtgtaaatgatctcactggttgtgatgcgcgatagattggtg---aagtttacagtatcccaaacat 4725639  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||   ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||     
T  4725638 tagctccaaaatgaagatcaaattgtggtggcttgtttagatcatcatagttaccataatagaaagaagctctgattaaatatttagtaccacttgttat 4725539  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 231  Q
    | |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4725538 atttattttgtaacaatttctcactccactt 4725508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4702967 - 4702743
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||| |   || |||||||||||||| ||||    
T  4702967 acaagacatggttgtatgtaatctagtgatggagtgtaaatgatctccataaatgtgacgagtgatgcattgggg---aagttcactgtatcccagacat 4702871  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| ||| || |  |||| || ||||||||| ||||||   |||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  4702870 taggtccaaaatgaagatcaaattctgggggatcatttaaatcatcatagttaccataatagaaagtagctctgattaaatatttagtatcacttgttac 4702771  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactcca 228  Q
    | ||||  ||||||| ||||||||||||    
T  4702770 atttattctgtaacaatttctcactcca 4702743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4995764 - 4995540
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||  ||||| | |||||  | ||| |   ||||||||||||||||| ||||    
T  4995764 acaagacatggttgaatgtaatctagtgatggagtgtatatgatctcactgtctgtgatgtgtgatagactggcg---aacttcactgtatcccaaacat 4995668  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  4995667 taggtccaaaatgaagatcaaattctggtggcttgtttagattatcatagttaccataatagaaagatgctctgattaaatatttagtaccacttgctac 4995568  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactcca 228  Q
    | ||||  ||||||||||||||| ||||    
T  4995567 atttattctgtaacagtttctcattcca 4995540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 4745206 - 4744984
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||   ||||  || |||| |||||| |   || ||||| |||||||||||||    
T  4745206 acaagacatggttgtatgtaatctagtgatggagtgtaaatgatctcccttgttgtggtgactgatacattgggg---aaattcaccgtatcccacacat 4745110  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||| |||||| || | |||||||||||    
T  4745109 tagcaccaaaatgaagatcaaattgtggtggttgatttagattatcatagtttccataatagaaagaagctctgattaaatatatatttccacttgttac 4745010  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 231  Q
    ||||||||     ||||||||||||||||||    
T  4745009 acttatgt-----cagtttctcactccactt 4744984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 4688471 - 4688245
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||  || || |||||||  ||| | |   ||||| ||||||||||| ||||    
T  4688471 acaagacatggttgtatgtaatcttgtgatggagtgtaaatgatctcactggttgcgatgagtgataaatttgtg---aactttactgtatcccaaacat 4688375  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||   ||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  4688374 tagcgccaaaatgaagatcaaattgtggtggctcgtttaaatcatcatagtttccataatagaaagacgctctgattaaatatttagtatcacttgttac 4688275  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccact 230  Q
    | ||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  4688274 atttattctgtaacaatttctcactccact 4688245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 4914149 - 4914375
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| ||| ||| ||||| |  |||| |||| | |   ||||| ||||| ||||| ||||    
T  4914149 acaagacatggttgtatgtgatcttgtgatggagtgtatatgatctccttgagtgtgatgcctgatacattagtg---aactttactgtttcccaaacat 4914245  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    |||||||||| || |||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4914246 tagctccaaaatgtagatcaaattctggtggttgatttagattatcatagtttccataataaaaagaagctctgattaaatatttagtaccacttgttac 4914345  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccact 230  Q
    | ||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  4914346 atttattctgtaacagtttctaactccact 4914375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 10446221 - 10445992
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||   | |  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10446221 acaagacatggttgtatgtaatcttgtgatggagtgtatatgatctccttgaatgcgaaccctaaatcattggaggagaacgtcactgtatcccacacat 10446122  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    ||| |||||| ||||||||||| |||||||  |  ||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||||| ||||||| | |||||||||| ||    
T  10446121 taggtccaaaatgaagatcaaactgtggtgtttcatttagattatcatagtttccataatagaaagaaactctgattaaatattgaataccacttgtaac 10446022  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccact 230  Q
    | ||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  10446021 atttattctgtaacaatttctcactccact 10445992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 4777194 - 4777421
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||  ||||| | |   |||||||||||| |   |||||||| |||||||| ||||    
T  4777194 acaagacatggttgtatgtaatcttgtgatggactgtaaatgatctcattgaatctcatacgtgatgcattgggg---aacttcacagtatcccaaacat 4777290  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||| || ||||||||| ||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  4777291 tagctccaaaatgaagatcaaattgtggagggtcatttaaatcatcatagttaccataatagaaagaagctctgattaaatatttagtaccagatgttac 4777390  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 231  Q
    | ||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  4777391 atttattctgtaacaatttctcactccactt 4777421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 4714303 - 4714076
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||| || |||  ||||| | |||||  ||| |     ||||||||||||||||| ||||    
T  4714303 acaagacatggttgtatgtaatctaataatggagtgtatatgatctcactgtctgtgatgtgtgatatattagtt---aacttcactgtatcccaaacat 4714207  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||  |||| || |||||||||||| |||   ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  4714206 taggtccaaaatgaagatcaaattctggtggctcatttaaatcatcatagtttccgtaatagaaagaagatctgattaaatatttaataccacttgttac 4714107  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 231  Q
    | ||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  4714106 atttattctgtaacaatttctcactccactt 4714076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 4925878 - 4926105
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||| ||| ||| ||||  | |||||||||||||  |||||   || |||||||||||||    
T  4925878 acaagacatggttgtatgtaatcttttgatggaatgtaaatgatctccttgattgtggggcgtgatgcattggataacaac---accgtatcccacacat 4925974  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||| |  |||  |  ||||    
T  4925975 taggtccaaaatgaagatcaaattgtggtggttcatttatattatcatagtttccataaaggaaagtagctctgattaaatattgaacacccatgtttac 4926074  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccactt 231  Q
    | ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  4926075 atttattctgtaacagtttctaactccactt 4926105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 4680837 - 4680611
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||| ||| | | |||||  ||| | |   ||||| ||||||||||| ||||    
T  4680837 acaagacatggttgtatgtaatctagtgatggagtgtatatgatctccttgattgtcatgcgtgataaatttgtg---aactttactgtatcccaaacat 4680741  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttac 200  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || ||| ||||||||||||   ||||||| |||||| |||||||| |||||| | |||||    
T  4680740 taggtccaaaatgaagatcaaattgtggtggctcatttaaatcatcgtagtttccataatagaaagaagctctgattaaatatttggtaccattggttac 4680641  T
Q  201 acttatgttgtaacagtttctcactccact 230  Q
    |  ||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  4680640 atctattttgtaacaatttttcactccact 4680611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 4875985 - 4876165
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| ||| ||||  | |||||  ||| | |   ||||||||||||||||||||||    
T  4875985 acaagacatggttctatgtagtctagtgatggagtgtatatgatctccttgattgtggtgcgtgataaatttgtg---aacttcactgtatcccacacat 4876081  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatt 184  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||   |||| || |||||| |||||||    
T  4876082 taggtccaaaatgaagatcaaattgtggtggatcatttagattatcatagtttccataatagaaagtagctctgattaaatatt 4876165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 4905034 - 4905158
Alignment:
Q  1 acaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||| |||   |||||||||| | | |   ||||| ||||||||||| ||||    
T  4905034 acaagacatggttgtatgtaatcttgtgatggagtgtaaatgatctccttgattgtagtgagtgatgcaattgtg---aactttactgtatcccaaacat 4905130  T
Q  101 tagctccaaagtgaagatcaaattgtgg 128  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||    
T  4905131 ttgctccaaaatgaagatcaaattgtgg 4905158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University