View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11787_high_1 (Length: 1015)

Name: NF11787_high_1
Description: NF11787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11787_high_1
NF11787_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-996)||(4996055-4997053)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 871; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 871; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 996
Target Start/End: Original strand, 4996055 - 4997053
Alignment:
Q  11 caaagggaacagaatctttccaaccattaacttttgtttcttttctttcaaaatctaccatgctgcattagtggttggaaattgaaatagattagagtac 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996055 caaagggaacagattctttccaaccattaacttttgtttcttttctttcaaaatctaccatgctgcattagtggttggaaattgaaatagattagagtac 4996154  T
Q  111 ataaattaaatgtcattttcctttctttagaatgcaccattccttattctcctaagcaaaatattcttactgtagccacctat-------------taca 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||    
T  4996155 ataaattaaatgtcattttcctttctttagaatgcaccattccttattctcctaagcaaaatattcttactgtagccacctatactatagctctattaca 4996254  T
Q  198 aaaatcacaaacaaagagacaataacatagtcaacatgttcatcaaatcatctccaaaatgtttcacatctctctctagtactatacaaatttcataggt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996255 aaaatcacaaacaaagagacaataacatagtcaacatgttcatcaaatcatctccaaaatgtttcacatctctctctagtactatacaaatttcataggt 4996354  T
Q  298 tgtccaaatttcttaaccttatcctatccccaagaatgattcttcttctggaagtaataatgctttaccccttacactctacctttggctgtgtcttgtt 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996355 tgtccaaatttcttaaccttatcctatccccaagaatgattcttcttctggaagtaataatgctttaccccttacactctacctttggctgtgtcttgtt 4996454  T
Q  398 cttcacttatggtttctcatgcaaaattcttattgctttcaagtattcactttttcaacttttcaaaagaatccaaatcttaatcacgtttccccctcca 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996455 cttcacttatggtttctcatgcaaaattcttattgatttcaagtaatcactttttcaacttttcaaaagaatccaaatcttaatcacgtttccccctcca 4996554  T
Q  498 ctttcaaacctttttccaaccgttcatcattgattgcacacttttctccataataatcccnnnnnnnnncaagaccttttttgttactatcttcaagttc 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996555 ctttcaaacctttttccaaccgttcatcattgattgcacacttttctccataataatcccaaaaaat--caagaccttttttgttactatcttcaagttc 4996652  T
Q  598 aacaactaaagtgaatcttgtgaactgtctctatcttcatgcatgaataagaggagcttctacttattcacgaggaaaatcactaagaagtgtgtgacgc 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4996653 aacaactaaagtgaatcttgtgaactgtctctatcttcatgcatgaataagaggagcttctacttattcacgaggaaaatcactaagaagtgtgtgactc 4996752  T
Q  698 atactaccaaacttcagcatcttcaactatacaaatacaaaattaacaccccttcaaaaaa-catgatcattctcatcctctcacacacactaccaaaa- 795  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4996753 atactaccaaactttagcatcttcaactatacaaatacaaa-ttaacaccccttcaaaaaaacacgatcattctcatcctctcacacacactaccaaaaa 4996851  T
Q  796 -attcacaacatgaaaaaactcattttcattcttctcttttcactactatgttcaaatggaaccaccttttcactctcaagagactatgaaattcttctt 894  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996852 aattcacaacatgaaaaaactcattttcattcttctcttttcactagtatgttcaaatggaaccaccttttcactctcaagagactatgaaattcttctt 4996951  T
Q  895 catgtaaagaacacacaaattgatgacaaaaacaaaagtctcaatgattggcttccaaacacagatcataatccttgtaactggagaggcataacctgcg 994  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996952 catgtaaagaacacacaaattgatgacaaaaacaaaagtctcaatgattggcttccaaacacagatcataatccttgtaactggagaggcataacctgcg 4997051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University