View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11787_high_29 (Length: 451)

Name: NF11787_high_29
Description: NF11787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11787_high_29
NF11787_high_29
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (121-436)||(19965024-19965339)
chr4 (11-98)||(19965332-19965421)
chr4 (15-289)||(4230855-4231129)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (11-337)||(33860220-33860546)
chr2 (24-61)||(34690239-34690276)
chr2 (24-61)||(34712651-34712688)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (11-298)||(45984300-45984587)
chr1 (17-333)||(38138432-38138748)
chr1 (15-333)||(43044390-43044708)
chr1 (15-333)||(43067283-43067601)
chr1 (15-333)||(43083234-43083552)
chr1 (15-333)||(3300124-3300442)
chr1 (15-271)||(43077222-43077478)
chr1 (204-294)||(7891563-7891653)
chr1 (235-290)||(40035308-40035363)
chr1 (242-333)||(50912034-50912125)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (107-350)||(4296922-4297162)
chr8 (15-333)||(4619079-4619397)
chr8 (11-347)||(4788021-4788354)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-271)||(16348537-16348793)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 121 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19965339 - 19965024
Alignment:
Q  121 cagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacataagatgt 220  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19965339 cagaaaactcgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtatagccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataagataagatgt 19965240  T
Q  221 aaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaatcccaca 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19965239 aaagtcagcggcccccatggctgggtcattgttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaatcccaca 19965140  T
Q  321 aagtcaccaggaaaggcaacatagagaggtaattcaccgtcaatcttcacagacttcaccttgcgttgcagctcagttggggaaaaattcaccaccatcc 420  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  19965139 aagtcaccaggaaaggcaacagagagaagaacttcaccatcaatcttcacagacttcactttgcgttgcagcccagttggggcaaaattcatcaccatcc 19965040  T
Q  421 caggtgtcaagtaacc 436  Q
    ||||||||||||||||    
T  19965039 caggtgtcaagtaacc 19965024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 19965421 - 19965332
Alignment:
Q  11 cataggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcac--cattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaac 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19965421 cataggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcacaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaac 19965332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Original strand, 4230855 - 4231129
Alignment:
Q  15 ggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||||| ||| ||||   |||  |||  | || ||||||||||||  |||||||  ||| | ||    
T  4230855 ggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatctccattcttcaggaatttaggctccttctcgatctccttaccagaacgcctgtcaatcttagtaa 4230954  T
Q  115 taagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacata 214  Q
     |||||||| |||||  ||  ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||  ||||  ||||||||  ||  | || || || |     
T  4230955 caagctcagcaaacttgactgcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcataaccatttccaatctggccagggtgattcatgataatcacctg 4231054  T
Q  215 agatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatcctt 289  Q
    |||||| |||| ||| ||| || ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  4231055 agatgtgaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggtgtttgaggcaacataaccacgcttgagatcctt 4231129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 11 - 337
Target Start/End: Original strand, 33860220 - 33860546
Alignment:
Q  11 cataggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttg 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||| | |||  |||  |||||||||||||| |||||| ||||  ||||    
T  33860220 cataggcttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttg 33860319  T
Q  111 gaaataagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataa 210  Q
    | ||||||||||  ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||  ||  ||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  33860320 gcaataagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtaaagccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataa 33860419  T
Q  211 cataagatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatc 310  Q
    | | ||||||||||| ||||||  || ||||||||| ||   |||||| |||||||||||| || |||| ||||||   ||||||||||| || |  |||    
T  33860420 cttgagatgtaaagtgagcggcttccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaacattcttgcaatc 33860519  T
Q  311 taatcccacaaagtcaccaggaaaggc 337  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  33860520 taatcccacaaagtcaccgggaaaggc 33860546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 61
Target Start/End: Original strand, 34690239 - 34690276
Alignment:
Q  24 ggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaa 61  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  34690239 ggaatcatcttaacaacagcggcatcaccattcttcaa 34690276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 61
Target Start/End: Original strand, 34712651 - 34712688
Alignment:
Q  24 ggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaa 61  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  34712651 ggaatcatcttaacaacagcggcatcaccattcttcaa 34712688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 45984587 - 45984300
Alignment:
Q  11 cataggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttg 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || | ||| ||||||| ||||||| |||  ||||  | |  ||||||||| ||||||| ||||||||  ||||    
T  45984587 cataggcttggtgggaatcatcttaataataccagtatcaccactcatcaaaaatttgggctccctctcaatttcctcaccagaacacctgtcaaccttg 45984488  T
Q  111 gaaataagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataa 210  Q
    ||||||||||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| || |||||  ||||||||  || ||||||||||    
T  45984487 gaaataagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtgtagccatttcgaatctggccagggtgattcgtaatgataa 45984388  T
Q  211 cataagatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaac 298  Q
    ||  ||||||||||| ||||||| | |  |||||||||   | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  45984387 caagagatgtaaagtgagcggcctctaccgctgggtcaccctcggagtttgaggcaacataaccttgcttgagatccctagcagcaac 45984300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 38138748 - 38138432
Alignment:
Q  17 cttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaata 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||  |||  | ||||||  ||||||||||||||||  ||||| || |    
T  38138748 cttggtgggaatcatcttaacaacaccagcatcaccattcttcaagaatttgggctccttctcgatttccaaaccagaaaacctgtcaaacttggtaaca 38138649  T
Q  117 agctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacataag 216  Q
    |||| || |||||  |||  ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||| ||||||||  |||||  |  || || |||||||||   |    
T  38138648 agcttagcaaacttgacaggaacgtgggaggtgtggcagtccagaataggtgtatagccattttgaatccggccagtttgattcgtgatgataacacggg 38138549  T
Q  217 atgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaatcc 316  Q
    ||||||| | ||| ||| || ||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||| |||   ||| ||  ||||  |||||    
T  38138548 atgtaaatttagcagcctccgtggctgggtcatgcttggagtctgaggcaacatagcctcgccggagatccttaacagacccatgctgaacattaaatcc 38138449  T
Q  317 cacaaagtcaccaggaa 333  Q
    ||||| |||||||||||    
T  38138448 cacaatgtcaccaggaa 38138432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 333
Target Start/End: Original strand, 43044390 - 43044708
Alignment:
Q  15 ggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||  ||||  |||  |||| ||||||||||||  ||| |||  ||| | ||    
T  43044390 ggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaa 43044489  T
Q  115 taagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacata 214  Q
     |||||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||  ||||  ||||||||  ||  | ||||| || |     
T  43044490 caagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcattatgatcacttg 43044589  T
Q  215 agatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaat 314  Q
    ||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||| ||||||||| || |||||  |||    
T  43044590 agatgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttgacattaaat 43044689  T
Q  315 cccacaaagtcaccaggaa 333  Q
    ||||||  |||||||||||    
T  43044690 cccacattgtcaccaggaa 43044708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 43067601 - 43067283
Alignment:
Q  15 ggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||  ||||  |||  |||| ||||||||||||  ||| |||  ||| | ||    
T  43067601 ggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaa 43067502  T
Q  115 taagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacata 214  Q
     |||||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||  ||||  ||||||||  ||  | ||||| || |     
T  43067501 caagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcattatgatcacttg 43067402  T
Q  215 agatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaat 314  Q
    ||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||| ||||||||| || |||||  |||    
T  43067401 agatgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttgacattaaat 43067302  T
Q  315 cccacaaagtcaccaggaa 333  Q
    ||||||  |||||||||||    
T  43067301 cccacattgtcaccaggaa 43067283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 333
Target Start/End: Original strand, 43083234 - 43083552
Alignment:
Q  15 ggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||  ||||  |||  |||| ||||||||||||  ||| |||  ||| | ||    
T  43083234 ggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaa 43083333  T
Q  115 taagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacata 214  Q
     |||||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||  ||||  ||||||||  ||  | ||||| || |     
T  43083334 caagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttg 43083433  T
Q  215 agatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaat 314  Q
    ||||||||||| ||| ||  || ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||| ||||||||| || |||||  |||    
T  43083434 agatgtaaagttagcagcttccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttgacattaaat 43083533  T
Q  315 cccacaaagtcaccaggaa 333  Q
    ||||||  |||||||||||    
T  43083534 cccacattgtcaccaggaa 43083552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 333
Target Start/End: Original strand, 3300124 - 3300442
Alignment:
Q  15 ggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | |||||||||| ||| ||||||||  ||||  |||  |||| ||||| ||||||  |||||||  ||| | ||    
T  3300124 ggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaa 3300223  T
Q  115 taagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacata 214  Q
     |||||||| ||| |  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||  ||||  ||||||||  ||  ||||||| || |     
T  3300224 caagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcataatgatcacttg 3300323  T
Q  215 agatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaat 314  Q
    ||||||||||| ||| ||| || |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||| | ||  ||||  |||    
T  3300324 agatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatccttaacagcaacgttcttaacattaaat 3300423  T
Q  315 cccacaaagtcaccaggaa 333  Q
    ||||||  |||||||||||    
T  3300424 cccacattgtcaccaggaa 3300442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 43077478 - 43077222
Alignment:
Q  15 ggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||  |||| || |  ||||  || ||||||||  ||| |||  ||||| ||    
T  43077478 ggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcatcaggaatttgggcttcgtctcaatcaccataccagaacgcctatcaatcttggtaa 43077379  T
Q  115 taagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacata 214  Q
     |||||||  |||||  |||| || |||| |||||||||||| ||||||| ||| ||| ||| ||| |||| |||||||||  ||  | | ||  || |     
T  43077378 caagctcatcaaacttgacaagaatgtggaaggtgtggcagtgaagaacaggtgcatagccattttcaatcttgccagggtgattcatgacgacgacttg 43077279  T
Q  215 agatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacata 271  Q
    ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||   ||||||| |||||||||||    
T  43077278 agatgtaaagttagcggcctccttggctgggtcatccatggagttagaggcaacata 43077222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 204 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 7891653 - 7891563
Alignment:
Q  204 atgataacataagatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcag 294  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||   |||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||    
T  7891653 atgataacatgagatgtaaattcagcagcctccatagctgggccacgcttggagtttgaggcaacatagcctcgcctgagatccttagcag 7891563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 40035363 - 40035308
Alignment:
Q  235 ccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatcctta 290  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  40035363 ccatggctggatcatcgttggagtttgaggcaacataaccttgcttgagatcctta 40035308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 333
Target Start/End: Original strand, 50912034 - 50912125
Alignment:
Q  242 tgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaatcccacaaagtcaccaggaa 333  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||| ||  |||| ||  ||||  |||||||||| |||||||||||    
T  50912034 tgggtcatcgttggagtttgaggcaatatagcctcgccggagatccttagaagacacattcttaacattaaatcccacaatgtcaccaggaa 50912125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 107 - 350
Target Start/End: Original strand, 4296922 - 4297162
Alignment:
Q  107 cttggaaataagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatg 206  Q
    |||| |||||||||||| ||| |  |||  || ||||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||   || ||||  || |||||  ||||| |||    
T  4296922 cttgtaaataagctcagcaaatttgacaggaatgtgggaggtgtggcagtgaagaataggtgtatagccttcttcaatctggctagggtgatttgtgatg 4297021  T
Q  207 ataacataagatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcga 306  Q
    ||||||| ||||||||||| || | || || ||||||||||||  | || ||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||| ||||   | ||    
T  4297022 ataacatgagatgtaaagtgagtgacctccttggctgggtcatcctcggggtttgaggcaacatagccttgcttgagatccgtagcagaaaca---ttga 4297118  T
Q  307 catctaatcccacaaagtcaccaggaaaggcaacatagagaggt 350  Q
    |||  |||| ||||| |||||||||| |||| |||| |||||||    
T  4297119 cattaaatctcacaatgtcaccaggataggccacatcgagaggt 4297162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 333
Target Start/End: Original strand, 4619079 - 4619397
Alignment:
Q  15 ggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| ||||  ||||   ||  ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||  |    
T  4619079 ggcttggtgggaatcatcttaataatgccagcatcaccattcttcaggaatttgggctcattctcaattaccttaccagaacacctgtcaatcttggcta 4619178  T
Q  115 taagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacata 214  Q
     ||||| |  |||||  ||| ||  ||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| ||  ||||  ||||||||  ||  | ||||||||| |    
T  4619179 gaagcttatcaaacttgacagcagtgtgggaggtgtggcaatgaagaacaggtgtatagccatttccaatctggccagggtgattcctgatgataacaca 4619278  T
Q  215 agatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaat 314  Q
     ||  | |||| | | ||| || ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||| || |||||  |||| ||| ||||  |||    
T  4619279 tgagatgaagttatctgcctccttggctgggtcatgcttggagtttgagacaacatagcctcgcttgagatgctcagcagacacattctcaacattaaat 4619378  T
Q  315 cccacaaagtcaccaggaa 333  Q
    ||||||  |||||||||||    
T  4619379 cccacattgtcaccaggaa 4619397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 11 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 4788354 - 4788021
Alignment:
Q  11 cataggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttg 110  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || || | || ||||||||||| |||||||| | ||| |||   ||||| ||| |||||||    |||||  ||||    
T  4788354 cataggcttggtgggaaccatctcaataagaccatcatcaccattcttcaagaatgcaggcctctcctcaattacctaaccagaatgattgtcaaccttg 4788255  T
Q  111 gaaataagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataa 210  Q
     |||||||||||  ||| || ||| |||  |||||||||||||||| ||||| | | ||||| ||  ||| ||||   |||||||  ||||| |||||||    
T  4788254 caaataagctcatcaaattcgacagcaatttgggaggtgtggcagtgaagaataggcgtatagcctttttcaatctgtccagggtgatttgtgatgataa 4788155  T
Q  211 cataagatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatc 310  Q
    ||| ||||||||||| | ||||| || ||||    ||||   ||| |||| || ||||||| ||| ||| ||||||| |||||| ||   | |||||||     
T  4788154 catgagatgtaaagtaatcggcctccttggccacatcatccatggtgttttagacaacatagccttgcttgagatccatagcagaaa---cgtcgacatt 4788058  T
Q  311 taatcccacaaagtcaccaggaaaggcaacatagaga 347  Q
     |||||||||| |||||||||| |||| |||| ||||    
T  4788057 aaatcccacaatgtcaccaggataggccacatggaga 4788021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 271
Target Start/End: Original strand, 16348537 - 16348793
Alignment:
Q  15 ggcttggcgggaatcatcttaacaacagcagcatcaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaacctgtcatgcttggaaa 114  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||   || ||||||| ||| ||||||||  ||||  |||  |||||  ||| ||||||||||||||   ||||| ||    
T  16348537 ggcttggtgggaatcatctgaataatgccaccatcacctttcttcaagaatttgggctccttcacaattatcttgccagaaaacctgtctaccttggcaa 16348636  T
Q  115 taagctcagaaaactcaacaacaacgtgggaggtgtggcagtcaagaacaagtgtatatccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataacata 214  Q
     ||||| || |||||  ||| ||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||  ||| |||   ||||||||  || || |||||||| |     
T  16348637 gaagcttagcaaacttgacagcaatgtaggaggtgtggcagttaagaacaggtgtataacccttttcaatttggccagggtgattcgtgatgataacttg 16348736  T
Q  215 agatgtaaagtcagcggcccccatggctgggtcatttttggagtttgaggcaacata 271  Q
    ||||||||||| |  |||| || ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  16348737 agatgtaaagttaatggcctccttggctgggtgatgcttggagtttgaggcaacata 16348793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University