View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11787_low_4 (Length: 725)

Name: NF11787_low_4
Description: NF11787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11787_low_4
NF11787_low_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-711)||(3591978-3592681)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 667; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 711
Target Start/End: Original strand, 3591978 - 3592681
Alignment:
Q  12 atggacatcaacattggttcacttttttcttttagttaatatgcaagactttatgtctcaattgcaggttacttatgcctaaatatatttgagtcctcaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3591978 atggacatcaacattggttcacttttttcttgtagttaatatgcaagactttatgtctcaattgcaggttacttatgcctaaatatatttgagtcctcaa 3592077  T
Q  112 catggttttaaattgcagttgtgcctgtcgttgctataactttgcaattttgacattgtcgataaatgcggttcctccaaaacatttgtattgcagccgc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592078 catggttttaaattgcagttgtgcctgtcgttgctataactttgcaattttgacattgtcgataaatgcggttcctccaaaacatttgtattgcagccgc 3592177  T
Q  212 atttacgatttaaaacttaagtccacaatataaactggtttaaaagaaaaactaatagggaatgctaagaataccctgtgcaatgtacaatgaagtcagc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592178 atttacgatttaaaacttaagtccacaatatgaactggtttaaaagaaaaactaatagggaatgctaagaataccctgtgcaatgtacaatgaagtcagc 3592277  T
Q  312 aataactgcatttccatctttaaaaaccactgcaccatcttcatgaacactgtcaatctgcattgttcaagatcaagaagat----caaacaatctaagc 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  3592278 gataactgcatttccatctttaaaaaccactgcaccatcttcatgaacactgtcaatctgcattgttcaagatcaagaagatcgaccaaacaatctaagc 3592377  T
Q  408 aacagttatccaaaagtttatggatactaatgtcatgatggccatctaattctcaccataaataacaagttttaccatagaatgaagccacatgttatca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592378 aacagttatccaaaagtttatggatactaatgtcatgatggccatctaattctcaccataaataacaagttttaccatagaatgaagccacatgttatca 3592477  T
Q  508 tggccaggtaactttccaagcttatcttcttcaacagacctagctgcaatatgaacttctttagcaacggtagccacgtctcgagaaatatcaaccgcac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592478 tggccaggtaactttccaagcttatcttcttcaacagacctagctgcaatatgaacttctttagcaacggttgccacgtctcgagaaatatcaaccgcac 3592577  T
Q  608 tggcagcaccaccaattagaactacaacctacccagcacaaaaaatggataaaagccatgaagacgaaatatgattgtcatttcttaaaataagcatagt 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3592578 tggcagcaccaccaattagaactacaacctacccagcacaaaaaatggataaaagccatgaagacgaaatatgattgtcatttcttaaaataagcatagc 3592677  T
Q  708 aact 711  Q
    ||||    
T  3592678 aact 3592681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University