View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11788_low_115 (Length: 248)

Name: NF11788_low_115
Description: NF11788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11788_low_115
NF11788_low_115
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (13-248)||(32429526-32429762)
chr4 (13-248)||(18716212-18716448)
chr4 (13-248)||(18736885-18737121)
chr4 (13-247)||(3415396-3415630)
chr4 (13-245)||(18670567-18670800)
chr4 (13-248)||(30020093-30020328)
chr4 (44-248)||(35095785-35095989)
chr4 (13-247)||(3424944-3425178)
chr4 (60-248)||(35090688-35090876)
chr4 (58-245)||(14646514-14646701)
chr4 (62-247)||(47071183-47071368)
chr4 (58-248)||(34279734-34279925)
chr4 (122-247)||(54859401-54859525)
chr4 (58-138)||(34128569-34128649)
chr4 (186-241)||(34128487-34128542)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (13-248)||(43358477-43358714)
chr1 (13-247)||(35624743-35624977)
chr1 (13-247)||(44524263-44524496)
chr1 (44-248)||(28598066-28598270)
chr1 (13-238)||(21431918-21432143)
chr1 (13-248)||(48366294-48366529)
chr1 (58-248)||(13654106-13654296)
chr1 (58-248)||(28574068-28574258)
chr1 (13-248)||(29681317-29681551)
chr1 (15-248)||(10186826-10187052)
chr1 (62-247)||(16050981-16051166)
chr1 (86-248)||(3465272-3465434)
chr1 (69-248)||(19310607-19310785)
chr1 (85-247)||(1187625-1187788)
chr1 (62-247)||(17415429-17415614)
chr1 (13-49)||(49061589-49061625)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (13-248)||(25953402-25953637)
chr8 (44-248)||(26982119-26982323)
chr8 (44-248)||(34107986-34108190)
chr8 (44-248)||(14315154-14315358)
chr8 (67-248)||(14318858-14319039)
chr8 (58-248)||(26987232-26987422)
chr8 (62-247)||(18608872-18609057)
chr8 (51-248)||(10341200-10341396)
chr8 (60-248)||(43957092-43957280)
chr8 (58-247)||(18884835-18885024)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (13-248)||(2022685-2022925)
chr5 (13-248)||(43378163-43378398)
chr5 (44-248)||(39908715-39908919)
chr5 (44-248)||(9872667-9872871)
chr5 (58-248)||(9877782-9877972)
chr5 (58-248)||(39903616-39903806)
chr5 (58-248)||(13556548-13556738)
chr5 (23-247)||(35369135-35369370)
chr5 (67-248)||(25183874-25184059)
chr5 (87-151)||(4553663-4553727)
chr5 (177-212)||(4555543-4555578)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (13-246)||(21937296-21937529)
chr6 (13-248)||(24509071-24509306)
chr6 (21-247)||(24509437-24509663)
chr6 (58-248)||(21275544-21275734)
chr6 (58-248)||(20752361-20752550)
chr6 (13-247)||(21936924-21937158)
chr6 (23-245)||(2887230-2887448)
chr6 (23-245)||(2888952-2889170)
chr6 (62-190)||(12909404-12909532)
chr6 (62-190)||(12934511-12934639)
chr6 (173-247)||(11183410-11183484)
chr6 (67-139)||(26910703-26910775)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (44-248)||(26055891-26056095)
chr7 (44-248)||(26065250-26065454)
chr7 (44-248)||(12856546-12856750)
chr7 (13-248)||(5436773-5437008)
chr7 (58-248)||(26050792-26050982)
chr7 (58-248)||(26060151-26060341)
chr7 (58-248)||(11056396-11056586)
chr7 (58-248)||(14610135-14610325)
chr7 (44-227)||(14615187-14615370)
chr7 (58-248)||(12851445-12851635)
chr7 (62-248)||(4181624-4181810)
chr7 (62-243)||(35352539-35352720)
chr7 (62-247)||(37460085-37460269)
chr7 (14-43)||(12239489-12239518)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (44-248)||(10586425-10586629)
chr3 (13-248)||(29827154-29827390)
chr3 (44-248)||(5458255-5458459)
chr3 (44-248)||(8464507-8464711)
chr3 (44-248)||(10673181-10673385)
chr3 (44-248)||(31076645-31076849)
chr3 (58-248)||(5481731-5481921)
chr3 (58-248)||(8458082-8458272)
chr3 (44-248)||(6853195-6853399)
chr3 (44-248)||(33702843-33703047)
chr3 (58-248)||(1302488-1302678)
chr3 (58-248)||(4049578-4049768)
chr3 (58-248)||(10591538-10591728)
chr3 (58-248)||(10678296-10678486)
chr3 (58-248)||(31081750-31081940)
chr3 (44-245)||(4054698-4054899)
chr3 (58-248)||(6858298-6858488)
chr3 (58-248)||(33703071-33703260)
chr3 (62-247)||(20890836-20891019)
chr3 (15-248)||(49784220-49784457)
chr3 (63-247)||(3187698-3187880)
chr3 (188-241)||(18024397-18024450)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (46-248)||(42779942-42780145)
chr2 (66-248)||(16284215-16284398)
chr2 (58-248)||(17720769-17720959)
chr2 (58-248)||(14917625-14917815)
chr2 (58-248)||(45120157-45120347)
chr2 (58-242)||(39196121-39196305)
chr2 (10-155)||(716084-716229)
chr2 (58-248)||(30283684-30283862)
[»] scaffold0391 (2 HSPs)
scaffold0391 (58-248)||(16378-16568)
scaffold0391 (58-135)||(16283-16360)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (58-248)||(143867-144057)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (58-245)||(170589-170776)
[»] scaffold0223 (2 HSPs)
scaffold0223 (58-222)||(7246-7410)
scaffold0223 (175-248)||(2262-2335)
[»] scaffold0756 (1 HSPs)
scaffold0756 (58-153)||(3916-4011)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 32429762 - 32429526
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32429762 agatgaacatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgtagtatatcttgattgttgggaagatgtggctgcacttgaaacctgaaaattttaatgg 32429663  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32429662 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgac 32429563  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32429562 cggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 32429526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 18716212 - 18716448
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18716212 agatgaacttgatgaagtgtgtacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 18716311  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgac 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  18716312 taatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactatatattggatgcaataaagaatgac 18716411  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  18716412 cggcgaatccccttcaggatactaagagttctttgac 18716448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 18736885 - 18737121
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  18736885 agatgaacttgatgaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacttgaaaagtttaatgg 18736984  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||    
T  18736985 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggtagccaaactaacctttaggttcaattcgcccccaccaataactatatattagatgcaataaagaatgac 18737084  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18737085 cggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 18737121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3415630 - 3415396
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||      
T  3415630 agatgaacatgatgaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgttgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatta 3415531  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3415530 tcatgcatgtaaaactcaaagcgcatgggattgccacactaacctttaggttcaattcgcccccaccaataactgtatattggatgtaataggaatgacc 3415431  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
       ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  3415430 aacgaatctccttcaggatactatgagttcattga 3415396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 245
Target Start/End: Original strand, 18670567 - 18670800
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18670567 agatgaacatgatgaagtgtgcacataaatttcaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagttgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 18670666  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcac-ccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatga 210  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  18670667 ttatgcatgtaaaattcaaagcgcatggagttgccacactaacctttaggttcgattcacaccccaccaataactatatattgaatgcaataaggaatga 18670766  T
Q  211 ccggagaatccccttcaggatactatgagttcctt 245  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18670767 ccggcgaat-cccttcaggatactatgagttcctt 18670800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 30020328 - 30020093
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  30020328 agatgactatgatgaagtgtgcatataaattcaaaatattgttgtctatcttgattgttgagaagatgctgttgcacttgaaacctgaaaagttcaatgg 30020229  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30020228 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttaccatattaaccttt-ggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgac 30020130  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020129 cggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 30020093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Original strand, 35095785 - 35095989
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  35095785 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 35095884  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35095885 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 35095984  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  35095985 ttgac 35095989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3425178 - 3424944
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||      
T  3425178 agatgaacatgataaagtgtgcacataaattccaaagaatgttgtatatcttgattgttgggaagattgtgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatta 3425079  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  3425078 ttatgcatgcaaaactcaaagcgcatgggattgtcacactaacctttaggttcgattctcccccaccaataactgaatattggatgcaataggaatgaac 3424979  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
     | ||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  3424978 agcgaatctcctttaggatactatgagttcattga 3424944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 60 - 248
Target Start/End: Original strand, 35090688 - 35090876
Alignment:
Q  60 atcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaaccttt 159  Q
    |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| | |||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  35090688 atcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaatttaaagtgtatggggttgccacactaaccttt 35090787  T
Q  160 atgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35090788 aggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 35090876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 58 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 14646701 - 14646514
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||| ||||    
T  14646701 atatcttgattgttaggatgaagctgctgcacttgaaatctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaacttaaagctcatggggtttccacactgacct 14646602  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcctt 245  Q
    ||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14646601 ttaggttcgatttgcccccactaataactgtatattggatgcaataggaatgacccgcgaatcccctttaggatactatgagttcctt 14646514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 62 - 247
Target Start/End: Original strand, 47071183 - 47071368
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcactt-gaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaaccttta 160  Q
    |||||||||| | |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47071183 cttgattgttagaaagatgttgttgcactttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaaccttta 47071282  T
Q  161 tgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
     |||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  47071283 ggttcgattca-ccccatcaataattgtatatttgatgcaatatgaatgaccagcgaatccccttcatgatactatgagttccttga 47071368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 34279925 - 34279734
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagttt-aatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacc 156  Q
    |||||||| |||| ||||||| || | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  34279925 atatcttgtttgtagggaagaggcggctgcacttgaaacctgaaacgttttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgggattgtcacactaacc 34279826  T
Q  157 tttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  34279825 tttagcttcgattcgcccccaccaataactgtatattgaatgcaataggaatgaccgacgattccccttcaaaatactatgagtttcttgac 34279734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 54859525 - 54859401
Alignment:
Q  122 taaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatcc 221  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||    
T  54859525 taaaactcaaagcgcatggggttgccacactaacctttatgttcaattcgtccc-accaataattgtatattggatgcaataggaattaccagcgaaacc 54859427  T
Q  222 ccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||    
T  54859426 ccttcatgataatatgagttccttga 54859401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 58 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 34128649 - 34128569
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcat 138  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34128649 atatcttgattgttgggaagagactgctgcacttgaaaccttaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagtgcat 34128569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 34128542 - 34128487
Alignment:
Q  186 tgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagtt 241  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||    
T  34128542 tgtatattggatgcaaaaggaatgaccagcaaatctccttcaggatactatgagtt 34128487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 43358477 - 43358714
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  43358477 agatgactatgatgaagcgtgcacatgaattccaatgattgttgtatatcttgattgttgggaagatgctgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatga 43358576  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43358577 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacatttaggttcgatttgcccccaccaataactgtatattggatgcaataggagtgacc 43358676  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatac--tatgagttccttgac 248  Q
    || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  43358677 ggcgaatccccttcagaatactatatgagttccttgac 43358714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Original strand, 35624743 - 35624977
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  35624743 agatgaatattacgaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatattttgattgttcggaagatgctactgcacttgaaacatgaaaaatttaatgg 35624842  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35624843 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcgtggggttgtcatactaacctttaggttcgattcgcccccaccaacaactgtatattggatgcaataggagtgacc 35624942  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35624943 ggcgaatccccttcaggatactatgagttccttga 35624977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 44524496 - 44524263
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44524496 agatgaacatgatgaagtatgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtgtaatgg 44524397  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44524396 ttatgcatgcaaaactcaaagcgcatggggttgtcacactaacattta-gttcgattcgcccccatcaataactgtatattggatgcaataggaatgatc 44524298  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  44524297 gacgaatccccttcggaatactatgagttccttga 44524263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Original strand, 28598066 - 28598270
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  28598066 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 28598165  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28598166 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 28598265  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  28598266 ttgac 28598270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 21432143 - 21431918
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21432143 agatgaacatgctgaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaag-tgttactgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 21432045  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgac 211  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||    
T  21432044 ttatgcatgtaaaactcaaatcgcatgaggttgccacactaacttttagattcgattcacccccaccaataactatatattgtttgcaataaggaatgac 21431945  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatga 238  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  21431944 cggtgaatccccttctggatactatga 21431918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 48366529 - 48366294
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  48366529 agatgaacatgatgaagtgtgcaaataaattcgaaagattgttgtatatcttgatcgttgggaagatgttgttgcacttgaaacctgaaaaatctaatgg 48366430  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgac 211  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  48366429 ttatgcatgt-aaactcaaagcgcatggggttgccataccaacctttaggttcgatttgcccccaccaataattgtatattggatgcaataaggaatgac 48366331  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  48366330 cggcgaatccccttgaggatactatgaggtccttgac 48366294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 13654106 - 13654296
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13654106 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgcttacgcatgtaaaattcaaagcgcatggggttgccacactaacct 13654205  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13654206 ttaggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataggagttaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 13654296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 28574068 - 28574258
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  28574068 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaacttaaagcgtatggggttgccacactaacct 28574167  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28574168 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 28574258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 29681317 - 29681551
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  29681317 agatgaacatgatgaagtgtgcaaataaattccaaagattgttgtatatcttgatcgttgggaagatgctgttgcacttgaaacctgaaaaatctaatgg 29681416  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgac 211  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29681417 ttatgcatgt-aaactcaaagcgcatggggttgccataccaacctttaggttcgatt-tgccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgac 29681514  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    |||  |||||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  29681515 cggcaaatccctttgaggatactatgaggtccttgac 29681551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10187052 - 10186826
Alignment:
Q  15 atgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggtt 114  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10187052 atgactatgatgaagcgtgcacataaattacaaagattattgtatatcttgatttttgagaagatgctgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatgatt 10186953  T
Q  115 atgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccgg 214  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  10186952 atacatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataattgtatattggatgcaatagaaatgaccag 10186853  T
Q  215 agaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
     ||||||       ||||||||||||||||||||    
T  10186852 tgaatcc-------gatactatgagttccttgac 10186826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 62 - 247
Target Start/End: Original strand, 16050981 - 16051166
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||     
T  16050981 cttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaaatttaatggttatgcatgtaaaactcagagcgcacggggttgccacactaacctttag 16051080  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||  | |||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  16051081 gttcgattcgcccccaccaataactgtatatttgatgcaaaatgaatgactagcgaatacccttcaagatactatgagttccttga 16051166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 86 - 248
Target Start/End: Original strand, 3465272 - 3465434
Alignment:
Q  86 gcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataac 185  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||     
T  3465272 gcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgtccccaccaataaa 3465371  T
Q  186 tgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3465372 tgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 3465434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 69 - 248
Target Start/End: Original strand, 19310607 - 19310785
Alignment:
Q  69 gttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgat 168  Q
    ||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  19310607 gttggaaagaggctgttgtacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtgaaactcaaagcgcatggggttgcaacactaacctttaggttcgat 19310706  T
Q  169 tcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||| |||||||||||||||    
T  19310707 tcacccccaccaataactctatattggatgcaataggaatgaccagcgaatcccctt-agtatattatgagttccttgac 19310785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 85 - 247
Target Start/End: Original strand, 1187625 - 1187788
Alignment:
Q  85 tgcacttgaaacct-gaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaata 183  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  1187625 tgcacttgaaacctagaaaaatttaatagttatgcatgtaaaactcaaagtgcatggggttgccacactaacctttaggtttgattcgcccccaccaata 1187724  T
Q  184 actgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  1187725 actgtatattggatgcaataggaaagaccagcgaatctccttcatgatactatgagttccttga 1187788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 62 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 17415614 - 17415429
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    ||||||||||| ||||| | || ||| |||| ||  | |||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||| ||||| ||||||||| ||||     
T  17415614 cttgattgttgagaagaggttgttgcgcttgcaatgtaaaaagtttaatggttatgcacgtaaaaatcaaagtgtatggggttgtcacactaacatttag 17415515  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    ||||| |||||||||||||| |||| |||||    
T  17415514 gttcgatttgcccccaccaataattgtatattggatgaaataggaatgaccatcaaatcctcttcaggatactattagtttcttga 17415429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 49061625 - 49061589
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaag 49  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49061625 agatgaacatgatgaagtgtgcacataaattctaaag 49061589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 25953637 - 25953402
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25953637 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaatttcaaagattgttgtatatcttaattgttgggaagagactactgcacttgaaacctgaaaagtttgatgg 25953538  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25953537 ttaagcatgtaaaactcaaagtgcatggggttgccacactaacctttaagtacgattcgcccccaccaataactgtataatggatgcaataggaatgacc 25953438  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25953437 ggcgaatccccttcagggtactatgagttccttgac 25953402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26982323 - 26982119
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  26982323 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 26982224  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26982223 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 26982124  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  26982123 ttgac 26982119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Original strand, 34107986 - 34108190
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  34107986 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaaatcaaagcgtatggggt 34108085  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108086 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 34108185  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  34108186 ttgac 34108190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 14315358 - 14315154
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  14315358 ctaaagattgttatatattttgtttgttgggaagaagctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 14315259  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14315258 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaatagaaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 14315159  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  14315158 ttgac 14315154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 67 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 14319039 - 14318858
Alignment:
Q  67 ttgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcg 166  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  14319039 ttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacctttaggttcg 14318940  T
Q  167 attcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14318939 attcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 14318858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26987422 - 26987232
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  26987422 atatcttgtttgtagggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaacttaaagcgtatgtggttgccacactaacct 26987323  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26987322 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 26987232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 62 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18609057 - 18608872
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  18609057 cttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttgatggttatgcatgtaaaactcaaagcacatggggttgccacactaacctttag 18608958  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18608957 gttcaattcgcccccaccaataattgtatattggatgaaataggaatgaccagtaaatccccttcaggataatatgagttccttga 18608872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 51 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10341396 - 10341200
Alignment:
Q  51 ttgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccaca 150  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |    
T  10341396 ttgttggatatcttgattgttgggaagatgctactgcatttgaaacttgaaaagttcaatgattatgcatgtaaaactcaaagcgcatgggattgccata 10341297  T
Q  151 ctaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10341296 ctaacc-ttaggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataggagtgatcggcgaatccccttcatgatactatgagttccttgac 10341200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 60 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 43957280 - 43957092
Alignment:
Q  60 atcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaaccttt 159  Q
    |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  43957280 atcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaattcaaagcgtatggggttgtcacactaaccttt 43957181  T
Q  160 atgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  43957180 aggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggattctatgagttctttgac 43957092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 58 - 247
Target Start/End: Original strand, 18884835 - 18885024
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||||||||| | || | | || |||||||| || ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |    
T  18884835 atatcttgattgtttgaaaaaggatgttgcacttggaatctgaaaagtttaacggttatgcacataaaactcaaaacgtatggggttgccacactaacat 18884934  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  18884935 ttaggttcgattcgcccccaccaattactgtagattggattcaatgggaatgaccagtgaacccccttcaggatactttaagttccttga 18885024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 2022685 - 2022925
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatc----ttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagttta 108  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||    ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2022685 agatgaacatgatgaaatgtgcacataaatttcaaagattgttgtatatctatcttgattgttgtaaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagttta 2022784  T
Q  109 atggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  2022785 atggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccatactaacctttaggttccattcgcccccaccaataactgtatatttgatgcaataaggaa 2022884  T
Q  208 tgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2022885 tgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 2022925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 43378163 - 43378398
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  43378163 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaatttcaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagaagttgctgcacttgaaacttgaaaagtttaatgg 43378262  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||     
T  43378263 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgatttacccccaccaataattgtatatttgatgcaattggaatgaca 43378362  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
     | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  43378363 agtgaatccccttcaggatattattagttccttgac 43378398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Original strand, 39908715 - 39908919
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  39908715 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 39908814  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39908815 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 39908914  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  39908915 ttgac 39908919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 9872871 - 9872667
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  9872871 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagtgtatggggt 9872772  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9872771 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 9872672  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  9872671 ttgac 9872667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 9877972 - 9877782
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  9877972 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagtgtatggggttgccacactaacct 9877873  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9877872 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 9877782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 39903616 - 39903806
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39903616 atatcttgtttgttggaaagaggctgctgcacttgaaacccgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 39903715  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39903716 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 39903806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13556738 - 13556548
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  13556738 atatcttgtttgttgggaagaggttactgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 13556639  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||  | ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13556638 tttggctcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgatcgacgaatcccctttaggatactatgagttccttgac 13556548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 23 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 35369370 - 35369135
Alignment:
Q  23 gatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgt 122  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||   ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35369370 gatgaaatatgcacataaattcgaaagattgttgtatatcttgattgtt---aagagactgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgt 35369274  T
Q  123 aaaactcaaagcgcat---gaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataac-----------tgtatattggatgcaataggaat 208  Q
    ||||||||||||||||   | |||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||           |||||||||||||||||||||||    
T  35369273 aaaactcaaagcgcatatgggggttgccacactaatctttaggttcgattcgcacccaccaataactgtatattggatgtatattggatgcaataggaat 35369174  T
Q  209 gaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35369173 gaccagcgaatccccctcaggatactatgagttccttga 35369135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 67 - 248
Target Start/End: Original strand, 25183874 - 25184059
Alignment:
Q  67 ttgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatg----aggttgccacactaacctttatg 162  Q
    ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||     ||||||||||||| |||||| |    
T  25183874 ttgttcggaagaggcttctgcacttgaaacctgaaatctttaatgattatgcatgtaaaactgaaagcgcatgggccgggttgccacactatcctttagg 25183973  T
Q  163 ttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25183974 ttcgattctcccccaccaataactgtatattggatgcaataggagttaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 25184059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 87 - 151
Target Start/End: Original strand, 4553663 - 4553727
Alignment:
Q  87 cacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacac 151  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||| |||||    
T  4553663 cacttgaaatctaaaaagtttaatggttatgcacgtaaaattcaaagcgtatggggttgtcacac 4553727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 177 - 212
Target Start/End: Original strand, 4555543 - 4555578
Alignment:
Q  177 accaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4555543 accaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 4555578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 246
Target Start/End: Original strand, 21937296 - 21937529
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21937296 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattacaaagatttttgtatatcttgattgttgggaagagactgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 21937395  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  21937396 taatgcatataaaactcaaagcgcatggggtttccatactaacctttaggctcgattcgcccccaccaataaccatatattggatgcaataggaatgacc 21937495  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttg 246  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21937496 ggcgaatcccctttaggatactatgagttccttg 21937529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 24509306 - 24509071
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  24509306 agatgagtatgatgaagtttgcaaataaatttcaaagattgttatatatcttgattgttgggaagaggctgctgcacttgaaacttcaaaagtttaatgg 24509207  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  24509206 ttatgcatgtaaaactcaaaacgcatggggttgccatactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactatatattggatgcaataggaatgatc 24509107  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    || ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  24509106 ggcgaatccccttcataatactatgagttccttgac 24509071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 21 - 247
Target Start/End: Original strand, 24509437 - 24509663
Alignment:
Q  21 atgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcat 120  Q
    ||||||||| ||||||| |||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24509437 atgatgaagagtgcacaaaaatttcaaatattgttgtatatcttgattgttgggaagaggttgttgcacttgaaaccttaaaagtttaatggttatgcat 24509536  T
Q  121 gtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatc 220  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  24509537 gtaaaactcaaatcgcatggggttgccatactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactatatattggatgcaataggaatgatcggcgaatc 24509636  T
Q  221 cccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||    
T  24509637 cccttcataatactatgagttccttga 24509663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 21275544 - 21275734
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  21275544 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 21275643  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21275644 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 21275734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 20752550 - 20752361
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  20752550 atatcttgtttgttggga-gaggctgttgcacttgaaacctgaaatgtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcacatggggttgccatactaacct 20752452  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20752451 ttaggttcgattcgcccccacaaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactacgagttccttgac 20752361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21937158 - 21936924
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  21937158 agattaatataatgaagtgtacacataaatttcaaagattgttttatatcttgattgttgggaacaggttgctgcacttgaaactcgaaaagtttaatgg 21937059  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgacc 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||||||| | |||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |    
T  21937058 ttatgcatgtaaaactcaaagtgcatagggtttccatactaacctttaggctcgattcgtccccaccaataattgtatattagatgcaataggaatggtc 21936959  T
Q  213 ggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21936958 ggagaatccccttcagaatactatgagttccttga 21936924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 245
Target Start/End: Original strand, 2887230 - 2887448
Alignment:
Q  23 gatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgt 122  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2887230 gatgaagtgtgcacatatattctaaatattgttgtatatcttgattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 2887329  T
Q  123 aaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgaccggagaatcc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||     | ||||||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  2887330 aaaactcaaagcgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccgacgaatcc 2887424  T
Q  222 ccttcaggatactatgagttcctt 245  Q
     ||||| |||||||||| ||||||    
T  2887425 tcttcacgatactatgaattcctt 2887448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 23 - 245
Target Start/End: Original strand, 2888952 - 2889170
Alignment:
Q  23 gatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgt 122  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||| | || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2888952 gatgaaatgtgcacatatattctaaatattgttgtatatcttgattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaatctggaaagtttaatggttatgaatgt 2889051  T
Q  123 aaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgaccggagaatcc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||     | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  2889052 aaaactcaaagcgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 2889146  T
Q  222 ccttcaggatactatgagttcctt 245  Q
     ||||| |||||||||| ||||||    
T  2889147 tcttcacgatactatgaattcctt 2889170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 62 - 190
Target Start/End: Original strand, 12909404 - 12909532
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    ||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  12909404 cttgattgttgggaagaggcggctgcacttaaaacctgaaaaaattaatcgttatgcatgtaaacttcaaagcgcatggggttgccacactaacctttag 12909503  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtat 190  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  12909504 gttcgattcgcccccaccaataacggtat 12909532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 62 - 190
Target Start/End: Original strand, 12934511 - 12934639
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    ||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12934511 cttgattgttgggaagaggcggctgcacttaaaacctgaaaaaattaatcattatgcatgtaaacttcaaagcgcatggggttgccacactaacctttat 12934610  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtat 190  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  12934611 gttcgattcgcccccaccaataacggtat 12934639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 173 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 11183484 - 11183410
Alignment:
Q  173 ccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| | | ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  11183484 ccccaccaataactgtatattggatgtgatgggaatgatcagtgaatcccattcaagatattatgagttccttga 11183410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 67 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 26910775 - 26910703
Alignment:
Q  67 ttgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatg 139  Q
    ||||| |||||| | || |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||| |||||    
T  26910775 ttgttaggaagaggttgttgcacttgaaacctgaaaagattaaggattatgcatgtaaaattcaaagtgcatg 26910703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Original strand, 26055891 - 26056095
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26055891 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatgaggt 26055990  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26055991 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 26056090  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  26056091 ttgac 26056095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Original strand, 26065250 - 26065454
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26065250 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatgaggt 26065349  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26065350 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 26065449  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  26065450 ttgac 26065454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Original strand, 12856546 - 12856750
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  12856546 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 12856645  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856646 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 12856745  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  12856746 ttgac 12856750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 5437008 - 5436773
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||    
T  5437008 agatgaacatgatgaagtgtgcaaataaattccaaagattgttgtatatcttgatcgttgggaagatgctgctgcacttgaaacttgaaaaatctaatgg 5436909  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgac 211  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5436908 ttatgcatgt-aaactcaaagcgcatggggttgccataccaacctttaggttcgatttgcccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgac 5436810  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  5436809 cggcgaattcccttgaggatactatgaggtccttgac 5436773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 26050792 - 26050982
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  26050792 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 26050891  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26050892 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 26050982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 26060151 - 26060341
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  26060151 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 26060250  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26060251 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 26060341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 11056396 - 11056586
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| | || |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11056396 atatcttgtttgttgggaagaggttgctgcacttgaaacatgaaatgtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaacct 11056495  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11056496 ttatgtgtgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaatatgaatgaccgacgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 11056586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 14610135 - 14610325
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  14610135 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 14610234  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14610235 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccagcgaatccccttcaggatactatgagtttcttgac 14610325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 44 - 227
Target Start/End: Original strand, 14615187 - 14615370
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  14615187 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 14615286  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttca 227  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14615287 ttccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttca 14615370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 12851445 - 12851635
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  12851445 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaaactgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 12851544  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||||||||   | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12851545 ttaggttcgattcgaacacaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccgacgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 12851635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 62 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 4181810 - 4181624
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    |||||||||| | |||| | || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||     
T  4181810 cttgattgttagaaagaggttgctgcacttgaaacttgaaaagtttaatggttatgtatgtaaaattcaaagcgtatggggttgtcacactaacctttag 4181711  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4181710 gttcgattcttccccaccaataactctatattggatgcaattggaatgaccagagaatccccttcatgatactatgagttccttgac 4181624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 62 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 35352720 - 35352539
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    |||||||| |||||||| | |  |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||     
T  35352720 cttgattgatgggaagaggttcctgcacttgaaacatggaaagtttaatggttaagcatgtaaaactcaaagcgcatggggttaccacactaacctttag 35352621  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  35352620 gttcaattcgcccccaccaataattgtatattggatgcaataggaatgaccagcgaatcctcttcaggatactatgagttcc 35352539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 62 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 37460269 - 37460085
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    |||||||| ||| ||||  ||| || |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||| ||| |||||||| ||     
T  37460269 cttgattgctggaaagagactgttggacttgaaacctgaaatttttaatgattatgcatgtaaaacttaaagcgcacg-ggttcccatactaacctatag 37460171  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  37460170 cttcaattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataagaatgaccgatgaatccacttcatgatactatgagttccttga 37460085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 43
Target Start/End: Original strand, 12239489 - 12239518
Alignment:
Q  14 gatgaatatgatgaagtgtgcacataaatt 43  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12239489 gatgaatatgatgaagtgtgcacataaatt 12239518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10586629 - 10586425
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10586629 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatgaggt 10586530  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10586529 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 10586430  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  10586429 ttgac 10586425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 29827154 - 29827390
Alignment:
Q  13 agatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatgg 112  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29827154 agatgactatgatgaagtttgaacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttggaaagatactgctgcacttaaaacctgaaaagtttaatgg 29827253  T
Q  113 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacact-aacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  29827254 ttatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttaccacactaaacctttaggttcgattcgcctccaccaataattgtatattggatgcaataggagcgac 29827353  T
Q  212 cggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29827354 cggcgaatccccttcaagatactatgagttccttgac 29827390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 5458459 - 5458255
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  5458459 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 5458360  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5458359 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 5458260  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  5458259 ttgac 5458255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Original strand, 8464507 - 8464711
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  8464507 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 8464606  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8464607 tgccacactaacctttaggttcgattcgccccaaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 8464706  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  8464707 ttgac 8464711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10673385 - 10673181
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  10673385 ctaaagattgttatatattttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 10673286  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10673285 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 10673186  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  10673185 ttgac 10673181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 31076849 - 31076645
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  31076849 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 31076750  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31076749 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccgacgaatccccttcaggatactatgagttcc 31076650  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  31076649 ttgac 31076645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 5481921 - 5481731
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  5481921 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 5481822  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5481821 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 5481731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 8458082 - 8458272
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8458082 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 8458181  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8458182 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 8458272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 6853399 - 6853195
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  ||| || | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  6853399 ctaaagattgttatataactagtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 6853300  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6853299 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 6853200  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  6853199 ttgac 6853195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 33703047 - 33702843
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  33703047 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 33702948  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33702947 tgccacactaacctttaggttcgattcgctcccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgactggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 33702848  T
Q  244 ttgac 248  Q
    |||||    
T  33702847 ttgac 33702843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 1302678 - 1302488
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  1302678 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 1302579  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1302578 ttaggttcgatacgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 1302488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 4049578 - 4049768
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  4049578 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatatttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 4049677  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4049678 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 4049768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10591728 - 10591538
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10591728 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 10591629  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10591628 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcattgac 10591538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10678486 - 10678296
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10678486 atattttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 10678387  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10678386 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 10678296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 31081940 - 31081750
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  31081940 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctaaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 31081841  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081840 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 31081750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 44 - 245
Target Start/End: Original strand, 4054698 - 4054899
Alignment:
Q  44 ctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggt 143  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  4054698 ctaaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctggaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggt 4054797  T
Q  144 tgccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4054798 tgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccgacgaatccccttcaggatactatgagttcc 4054897  T
Q  244 tt 245  Q
    ||    
T  4054898 tt 4054899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 6858488 - 6858298
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  6858488 atatcttgtttgttgggaagaggatgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 6858389  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6858388 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcaaatccccttcaagatactatgagttccttgac 6858298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 33703071 - 33703260
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33703071 atatcttgtttgttggaaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 33703170  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  33703171 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaat-ccgttcaggatactatgagttccttgac 33703260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 62 - 247
Target Start/End: Original strand, 20890836 - 20891019
Alignment:
Q  62 cttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttat 161  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||     
T  20890836 cttgattgttgggaagagactgctgcactttaaatctaaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacctttaa 20890935  T
Q  162 gttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    ||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20890936 gtttgattc-gcgccaccaataactgtatattggatgcaatatgaatgactagtgaatccccttca-gatactatgagttccttga 20891019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Original strand, 49784220 - 49784457
Alignment:
Q  15 atgaatatgatgaa-gtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggt 113  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  |||| | || ||||||||||||      ||||||||| |    
T  49784220 atgaatgtgatgaaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgatttttgacaagaggttgctgcacttgaaact-----agtttaatgat 49784314  T
Q  114 tatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttcgattcacccc-------caccaataactgtatattggatgcaat-agg 205  Q
    |||||||||||  ||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  49784315 tatgcatgtaa--ctcaaagcgcatggggttgtcaaactaacatttaggttcgattcgccccccccccccaccaataactgtatattggatgcaataagg 49784412  T
Q  206 aatgaccggagaatccccttcaggat--actatgagttccttgac 248  Q
    |||||| || |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||    
T  49784413 aatgactggcgaatccccttcaagatacactatgagttctttgac 49784457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 63 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3187880 - 3187698
Alignment:
Q  63 ttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatg 162  Q
    |||||| |||||| || ||| ||||||||||||  |||||| ||||||  | ||||| |||||| |||||| | ||| ||||| || ||||||||| | |    
T  3187880 ttgattcttgggaggaggctaatgcacttgaaatttgaaaaatttaataataatgcacgtaaaagtcaaagtgtatggggttgtcatactaaccttaagg 3187781  T
Q  163 ttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttga 247  Q
    |||||||| | ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  3187780 ttcgattcgctccg-ccaataactatatattggatgcaataggaatgactggcgaatccccttaaggatac-atgagtttcttga 3187698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 18024450 - 18024397
Alignment:
Q  188 tatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagtt 241  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||    
T  18024450 tatatttgatgcaataggaatgaccagcgaatatccttcaggatactatgagtt 18024397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 46 - 248
Target Start/End: Original strand, 42779942 - 42780145
Alignment:
Q  46 aaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttg 145  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||     
T  42779942 aaagattattgtatatcttgtttgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcatatggggtta 42780041  T
Q  146 ccacactaacctttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcct 244  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42780042 ccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataacgaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcct 42780141  T
Q  245 tgac 248  Q
    ||||    
T  42780142 tgac 42780145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 66 - 248
Target Start/End: Original strand, 16284215 - 16284398
Alignment:
Q  66 attgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacctttatgttc 165  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||    
T  16284215 attgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaccttttaggttc 16284314  T
Q  166 gattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatcccc-ttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16284315 gattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccagcgaatcccctttcaggatactatgagttccttgac 16284398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17720959 - 17720769
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  17720959 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacattaacct 17720860  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17720859 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 17720769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 14917815 - 14917625
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  14917815 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 14917716  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14917715 ttaggttcgattcgcctccaccaataaatgtatattggatgcaatagaaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 14917625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 45120157 - 45120347
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  45120157 atatattgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 45120256  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45120257 ttaggttcgactcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 45120347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 58 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 39196305 - 39196121
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39196305 atatcttgtttgttgggaagaggatgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 39196206  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttc 242  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39196205 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttc 39196121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 155
Target Start/End: Original strand, 716084 - 716229
Alignment:
Q  10 atgagatgaatatgatgaagtgtgcacataaattctaaagattgttgcatatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaa 109  Q
    |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  716084 atgaaatgaatatgatgaagcgtacacataaattctaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgttgttgcacttgaaacctgaaaagtttaa 716183  T
Q  110 tggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaac 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  716184 tggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaac 716229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 30283862 - 30283684
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||           ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  30283862 atatcttgtttgttgggaaga-gctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatg-----------aaaactcaaagcgtatgtggttgccacactaacct 30283775  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30283774 ttaagttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 30283684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 16378 - 16568
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  16378 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 16477  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16478 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 16568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 58 - 135
Target Start/End: Original strand, 16283 - 16360
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcg 135  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  16283 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcg 16360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 58 - 248
Target Start/End: Original strand, 143867 - 144057
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  143867 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgcttacgcatgtaaaattcaaagcgcatggggttgccacactaacct 143966  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  143967 ttaggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataggagttaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 144057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 58 - 245
Target Start/End: Original strand, 170589 - 170776
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||| ||||    
T  170589 atatcttgattgttaggatgaagctgctgcacttgaaatctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaacttaaagctcatggggtttccacactgacct 170688  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttcctt 245  Q
    ||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  170689 ttaggttcgatttgcccccactaataactgtatattggatgcaataggaatgacccgcgaatcccctttaggatactatgagttcctt 170776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 2)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 58 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 7410 - 7246
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacactaacct 157  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||  ||  ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  7410 atatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaatctttaatttttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacct 7311  T
Q  158 ttatgttcgattcacccccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccc 222  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7310 ttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccc 7246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 2335 - 2262
Alignment:
Q  175 ccaccaataactgtatattggatgcaataggaatgaccggagaatccccttcaggatactatgagttccttgac 248  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2335 ccaccaataaatgtatattggatgcaataggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgac 2262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0756 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0756
Description:

Target: scaffold0756; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 58 - 153
Target Start/End: Original strand, 3916 - 4011
Alignment:
Q  58 atatcttgattgttgggaagatgctgatgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccacacta 153  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  3916 atatcttgtttgttgagaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacacta 4011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University