View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11788_low_6 (Length: 769)

Name: NF11788_low_6
Description: NF11788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11788_low_6
NF11788_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-752)||(35452760-35453510)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 752
Target Start/End: Original strand, 35452760 - 35453510
Alignment:
Q  1 gaattacctcatgtggagaatagagaatggagtagcagaaggatcaaccgagattccaaaaggttcataatccttccttctaacaaactccttagaagaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35452760 gaattacctcatgtggagaatagagaatggagtagcagaaggatcaaccgagattccaaaaggttcataatccttccttctaacaa-ctccttagaagaa 35452858  T
Q  101 gagtgaatacttctgagtctgacaatcttgattaattgatcgtgttcaggtgaagcaatgccacttgagtataattttgtaggccttaatgcaatcagct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35452859 gagtgaatacttctgagtctgacaatcttgattaattgaccgtgttcaggtgaagcaatgccacttgagtataattttgtaggccttaatgcaatcagct 35452958  T
Q  201 ttgacaaaggttgctatgtgggacaagaactcatagctcgtacacaccaccgaggggtgattcgaaagcgtatagttcctctaaggtttcaagataatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35452959 ttgacaaaggttgctatgtgggacaagaactcatagctcgtacacaccaccgaggggtgattcgaaagcgtatagttcctctaaggtttcaagataatga 35453058  T
Q  301 tgggaaaggtaattagtagtttgtcttctttagtattaactattatgatatgcattgcttgacttaatacaatggtaaatgaactctgagcctctgtctt 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35453059 ggggaaaggtaattagtagtttgtcttctttagtattaactattatgatatgcattgcttgacttaatacaatggtaaatgaactctgagcctctgtctt 35453158  T
Q  401 cctgttaatccagaaatcataagcaaggtcagtcctggctcagaagtaataaacacatcatctgggaaaaaagttggtttagtgactactgccctaggat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35453159 cctgttaatccagaaatcataagcaaggtcagtcctggctcagaagtaataaacacatcatctgggaaaaaagttggtttagtgactactgccctaggat 35453258  T
Q  501 gtcgtgggatgggactattgcggctggaggaagctctaaagggatccacttccttgtctattcaaggacaagaggatgttaaggttgttgctagtaaacc 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35453259 gtcgtgggatgggactattgcggctggaggaagctctaaagggatccacttccttgtctattcaaggacaagaggatgttaaggttgtcgctagtaaacc 35453358  T
Q  601 agattggtggccttctgattggattcaagatcttcaacagcacaccgcgtttgcataaaatgctcgatgtcattcaaaagacaagtatctttgaacaatt 700  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35453359 agattggtggccttctgattggcttcaagatcttcaacagcacaccgcgtttgcataggatgctcgatgtcattcaaaagacaagtatctttgaacaatt 35453458  T
Q  701 tggtagatgaggaaactatgacagcaacagttgtggattttcttgctgagtg 752  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35453459 tggtagatgaggaaactatgacagcaacagttgtggattttcttgctgagtg 35453510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University